View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19865_high_1 (Length: 701)
Name: NF19865_high_1
Description: NF19865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19865_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 681
Target Start/End: Original strand, 43075910 - 43076592
Alignment:
| Q |
1 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
100 |
Q |
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| T |
43075910 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
43076009 |
T |
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| Q |
101 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcata |
200 |
Q |
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| T |
43076010 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattctta |
43076109 |
T |
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| Q |
201 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
298 |
Q |
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| T |
43076110 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
43076209 |
T |
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| Q |
299 |
tacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
398 |
Q |
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| T |
43076210 |
tacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
43076309 |
T |
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| Q |
399 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatat |
495 |
Q |
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| T |
43076310 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatat |
43076406 |
T |
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| Q |
496 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
595 |
Q |
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| T |
43076407 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
43076506 |
T |
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| Q |
596 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaatgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
681 |
Q |
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| T |
43076507 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaacgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
43076592 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 681
Target Start/End: Original strand, 43086137 - 43086819
Alignment:
| Q |
1 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
100 |
Q |
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| T |
43086137 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
43086236 |
T |
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| Q |
101 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcata |
200 |
Q |
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| T |
43086237 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattctta |
43086336 |
T |
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| Q |
201 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
298 |
Q |
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| T |
43086337 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
43086436 |
T |
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| Q |
299 |
tacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
398 |
Q |
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| T |
43086437 |
tacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
43086536 |
T |
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| Q |
399 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatat |
495 |
Q |
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| T |
43086537 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatat |
43086633 |
T |
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| Q |
496 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
595 |
Q |
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| T |
43086634 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
43086733 |
T |
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| Q |
596 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaatgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
681 |
Q |
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| T |
43086734 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaacgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
43086819 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 681
Target Start/End: Original strand, 43089808 - 43090490
Alignment:
| Q |
1 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
100 |
Q |
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| T |
43089808 |
tcaactttctattaaaaaagaaagaccttcaatttgaaaattaattatatactacactcttcattattgatccaataatatactacaggtggccaagaat |
43089907 |
T |
|
| Q |
101 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagcaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattcata |
200 |
Q |
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| T |
43089908 |
atagacaaggatatacacatgcataagtaagcataaccaataaaaagtaaccaaaagtaaataataaacgaatcatccattatattcatgaatattctta |
43090007 |
T |
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| Q |
201 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacac--aaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
298 |
Q |
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| T |
43090008 |
agtaaagaataaagcaaaacaacacatcttctatccaaattgacacaaaaaattattttattaatgtattgattcacctcaaatgacagtgttacaaact |
43090107 |
T |
|
| Q |
299 |
tacagtacatattacaannnnnnnctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
398 |
Q |
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| T |
43090108 |
tacagtacatattacaatttttttctacacatctctatctcctccatcaatttttcacatatagctccaagtgaatttttattctataacaataaattat |
43090207 |
T |
|
| Q |
399 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaataagaagaatacgtgtaaaatgaaac---attactaaacagagtaatat |
495 |
Q |
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| T |
43090208 |
atgtaataataacaacaacaaaatgtacaattcaaataccgtggtagaaaat---aagaatacgtgtaaaatgaaacattattactaaacagagtaatat |
43090304 |
T |
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| Q |
496 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
595 |
Q |
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| T |
43090305 |
accagaagcagagaagaatagaggaaggagtgaaacacaatatactcaacatcgttgactatcaaacactgacagtgcaccgttgaacaatctgatactt |
43090404 |
T |
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| Q |
596 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaatgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
681 |
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| T |
43090405 |
aacagcgccgctatcaccgacgctaataccgttacttcttggaccaaacgtgataaaagcaggacaacgaacaaaaatatggtaat |
43090490 |
T |
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