View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19868_low_6 (Length: 406)

Name: NF19868_low_6
Description: NF19868
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19868_low_6
NF19868_low_6
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (15-391)||(38227210-38227583)
chr4 (15-391)||(38214787-38215163)
chr4 (15-390)||(38248825-38249197)
chr4 (15-391)||(38253940-38254313)
chr4 (15-389)||(38243677-38244048)
chr4 (15-391)||(38220829-38221202)
chr4 (15-179)||(38238739-38238903)
chr4 (253-391)||(38238944-38239082)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (15-390)||(17434340-17434709)
chr6 (15-390)||(17455440-17455812)
chr6 (358-391)||(18559535-18559568)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (182-391)||(15912984-15913190)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (270-389)||(21546417-21546536)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (286-386)||(47089-47189)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (270-379)||(11484993-11485102)
chr2 (276-390)||(11472319-11472433)
chr2 (270-389)||(11478712-11478831)
chr2 (16-143)||(11485202-11485329)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 15 - 391
Target Start/End: Original strand, 38227210 - 38227583
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  38227210 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaacccttgtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatctggaatatctgttgtcgtt 38227309  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| |||| |||  ||||| | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  38227310 cctcgtgtttctgacccaagtccaaagtattgtgaaatagcatttccctggcatatgccactgttccttacaagaacatgatcag---agttttgaagca 38227406  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227407 tcatgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaagccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 38227506  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38227507 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 38227583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 15 - 391
Target Start/End: Original strand, 38214787 - 38215163
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  38214787 ggcatgaacattaaccaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgtt 38214886  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214887 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 38214986  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||  |||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  38214987 tcctgtggctatcattttctgtgtgtgtaacatgttttctttgatgatatcttccaacagcccaatgatgaagataagtttcatggaggggtataggatt 38215086  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215087 accatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctacatgacctcttggaaaatcaatatcataataat 38215163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 15 - 390
Target Start/End: Original strand, 38248825 - 38249197
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||    
T  38248825 ggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaatatctgttgtcgtt 38248924  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| | || |||||||||||||| || |||||||||||||||    ||||||||||||    
T  38248925 cctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggcatatgccactgttccttacaagaacatgatcat---agttttgaagca 38249021  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38249022 tcatgtggctaccatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtcattcaacaagccaatgatggagataggtttcatggaggggtataggatt 38249121  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataa 390  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||    
T  38249122 accatcttcatcaacaacttcagcattgaaactcttgagtgctatatgatcacttggaaaatcaatataataataa 38249197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 391
Target Start/End: Original strand, 38253940 - 38254313
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||||||||| || |||||| || |||||||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||    
T  38253940 ggcatgaacattaaccatccatttctcatcaaacccttctggaacctctgcaggattacctacctctataccaaaagggtccggaatatctgtcagtgtt 38254039  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||    |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||    
T  38254040 cctcttgtttcggatccaaggccaaagtattgtccaagataatttccctggcatatgccactgtttctcacaagaacatgatcag---agttttgtagca 38254136  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38254137 tcatgtggctatcattttctgtgtgtgtaacatgttttctttgatgatatcttccaacaacccaatgatggagataagtttcatggagaggtataggatt 38254236  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
     ||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38254237 tccagattcatcaactacttcagcatggaaatccttgattgctatatggcctcttggaaaatcaatatcataataat 38254313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 389
Target Start/End: Original strand, 38243677 - 38244048
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  || || |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  38243677 ggcatgaacattaagcacccatttatcctcggacccttctgaaacctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgtt 38243776  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||    |||| | ||||||||||||||||| |||||    |||  || || |    |||||||||    
T  38243777 cctcgtgtttcggatccaatgccaaagtattgtccaagagtatttccctgacatatgccactgttcctcactttcacaatattagaac---tttgaagca 38243873  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    |||| | || | ||| |  |||||||||||||| ||| ||||||| || ||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38243874 tccttttgccatcatttcttgtgtgtgtgacatgtttactttgatgatatcttccaacaccccaatgatggagataagtttcatggagaggtataggatt 38243973  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataata 389  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38243974 accaacttcatcaactacttcagcattgaaactcttgagtgcaatatgacctcttggaaaatcaatatcataata 38244048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 391
Target Start/End: Original strand, 38220829 - 38221202
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    ||||||||| || |||| |||| | |||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||     
T  38220829 ggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagtcgccgtc 38220928  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||  | | | | |||| || ||||| |||||||| || || | || || ||||| |   |||| | |||    
T  38220929 cctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgtttatttatactttcctggcatataccactgttccttaccataatattatcagaa---ttttcaggca 38221025  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    || | |||| | ||| |  |||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  38221026 tcttttggccatcatttcttgtgtgtgtgacatgtttactttgatgatatctttcaacaacccaatgatgaagataagtttcatggaggggtataggatt 38221125  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
    |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38221126 accatcttcatcaactacttcagcatggaaactcttgattgctacatgacctcttggaaaatcaatatcataataat 38221202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Original strand, 38238739 - 38238903
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||    
T  38238739 ggcatgaacattaagcaaccatttttcgtgaaacccttctggaatctcttcaggattgcctatctctataccgaaaggatccggaatatcggtcgccgtt 38238838  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtt 179  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||  ||    |||| |||||||||||||||||||    
T  38238839 ccacgtgtttcggatccaaggccaaagtattgtccaagagtatttccttgacatatgccactgtt 38238903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 253 - 391
Target Start/End: Original strand, 38238944 - 38239082
Alignment:
Q  253 ctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactcttta 352  Q
    ||||||| || ||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |  || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  38238944 ctttgatgatatcttacaacaagccaatgatggagataagtttcatggagaggtacaggattccctgattcgtcaactacttcagcattgaaactcttga 38239043  T
Q  353 gtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  38239044 gtgctacatgacctcttggaaaaccaatatcataataat 38239082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 390
Target Start/End: Original strand, 17434340 - 17434709
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |  |||    
T  17434340 ggcatgaatattaaacaaccacttctcctcaaacccttctggaatatctgcaggattacctatctctataccaaaaggatctggaatgtcagtcggcgtt 17434439  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  | || | | || ||||||||| |||| || |||||||||| |||||   ||||||||||||    
T  17434440 cctcgtgtttcggatccaaggccgaaatactgtggaagaatatctgcctggcatatgccattgttccttacaagaacataatcag---agttttgaagca 17434536  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    |||| |||||| ||| |||||||| |||||||| |   ||| ||| || ||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| || |  ||||| | |||    
T  17434537 tcctatggctatcattttctgtgtatgtgacatgt---cttagatgatatcttgcaacaacccaatgatgaagataagtttcgtgcaacggtatcgaatt 17434633  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataa 390  Q
     ||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||| | ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  17434634 cccagcttcatcaacaacttctgcatcaaaactcttgattgctacatgaccttttggaaaatcaatatcataataa 17434709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 390
Target Start/End: Original strand, 17455440 - 17455812
Alignment:
Q  15 ggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgtt 114  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||| |||   |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||||    
T  17455440 ggcatgaatattaaacaaccatttctcctcaaacccttctggaatttctgttggattacccatctccataccaaaaggatccggaatatcggtcggtgtt 17455539  T
Q  115 cctcgtgtttcggatccaaggccaaagtactgtggaatgacattttcttgacatatgccactgtttctcacaagaacatgatcagcagagttttgaagca 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  | |||| |||| || ||||||||||| ||||| ||| |  ||| |||    ||||||||||    
T  17455540 cctcgtgtttctgatccaaggccgaaatactgtggaagaatatttccttggcaaatgccactgttcctcacgagacctggataagc---tttttgaagca 17455636  T
Q  215 tcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggatt 314  Q
    || |||| ||| ||| ||||||||||||| |||  || ||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||| | |||    
T  17455637 tcttgtgactatcattttctgtgtgtgtggcatgattactttgatgatatcttccaacaacccaatgatggagataagtttcgtgcaacggtatcgaatt 17455736  T
Q  315 accagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcataataa 390  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||  |||||||| | ||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17455737 cccagcttcatcaacaacttcagcatcaaaactcttgattgctacatgaccttttggaaaatcaatatcatcataa 17455812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 358 - 391
Target Start/End: Original strand, 18559535 - 18559568
Alignment:
Q  358 atatgccctcttggaaaatcaatatcataataat 391  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18559535 atatgacctcttggaaaatcaatatcataataat 18559568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 182 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 15913190 - 15912984
Alignment:
Q  182 tcacaagaacatgatcagcagagttttgaagcatcctgtggctaacatcttctgtgtgtgtgacatattttctttgataatgtctttgaacaacccaatg 281  Q
    |||||||||||||||||    || ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| | | ||| ||||| |  | | ||  |||| |||||||    
T  15913190 tcacaagaacatgatcaa---agctttgaagcatcatgtggctatcattttctgtgtgtgtggcgtgtttgctttgttgttattttacaacagcccaatg 15913094  T
Q  282 atggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaata 381  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||  | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  15913093 atggaaataggtttcatggagaggtataggattaccaacttcatcagctacctcgtcgttgaaactcttgagtgctatgtgacctcttggaaaatcaata 15912994  T
Q  382 tcataataat 391  Q
    | ||| ||||    
T  15912993 ttatattaat 15912984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 270 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 21546536 - 21546417
Alignment:
Q  270 aacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctctt 369  Q
    ||||| |||||| || ||||| |||| ||  |||||||||| ||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  21546536 aacaatccaatggtgtagataagtttgataaagaggtatagaattccctgcatcatcaactagctcagcattgaaactcttgagtgaaatatgacctctt 21546437  T
Q  370 ggaaaatcaatatcataata 389  Q
    ||||| |||| |||||||||    
T  21546436 ggaaactcaacatcataata 21546417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 286 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 47189 - 47089
Alignment:
Q  286 agataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaatcaatatcat 385  Q
    ||||| |||| ||| ||||||| || ||| || || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  47189 agataagtttgatgaagaggtacagaatttcctgcttcatcaactagttcagcattgaaactcttgagtgaaatatggcctcttggaaactcaacatcat 47090  T
Q  386 a 386  Q
    |    
T  47089 a 47089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 11485102 - 11484993
Alignment:
Q  270 aacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctctt 369  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||  | ||| || |  |||| |||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  11485102 aacaatccaatgatgtagataagtttgatggagaggtactgaattccctgattcattaactacttcagcaaagaaactcttgagtgaaatatgacctctt 11485003  T
Q  370 ggaaaatcaa 379  Q
    ||||||||||    
T  11485002 ggaaaatcaa 11484993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 11472433 - 11472319
Alignment:
Q  276 ccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctcttggaaaa 375  Q
    |||||| || ||||| |||| |||||||||||  | ||| || |  |||| |||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||    
T  11472433 ccaatggtgtagataagtttgatggagaggtactgaattccctgattcattaactacttcagcaaagaaactcttaagtgaaatatgacctcttggaaaa 11472334  T
Q  376 tcaatatcataataa 390  Q
    |||  ||||||||||    
T  11472333 tcagcatcataataa 11472319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 270 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 11478831 - 11478712
Alignment:
Q  270 aacaacccaatgatggagataggtttcatggagaggtataggattaccagcatcatcaactacttcagcattgaaactctttagtgctatatgccctctt 369  Q
    |||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| | ||  || |  ||||||||||||||||||  |||| | || | ||  ||||| || |||    
T  11478831 aacaacccaatggtgtagataagtttgatggagaggtattgaatgccctgattcatcaactacttcagcaaagaaatttttgactgaaatatgaccactt 11478732  T
Q  370 ggaaaatcaatatcataata 389  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  11478731 ggaaaatcaacatcataata 11478712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 16 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 11485329 - 11485202
Alignment:
Q  16 gcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaaccctagtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatccggaatatctgttgttgttc 115  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||| || |||||  |||||| |||||||||||||| |  ||||| ||  |||| || ||||||| |||  |||| |    
T  11485329 gcatgaacattaataaaccatttttccacatacccttttggaatttcttcaggattaccaacttctatgccataagggtcaggaatatatgtatttgtgc 11485230  T
Q  116 ctcgtgtttcggatccaaggccaaagta 143  Q
    ||| |||||| |||||||| ||| ||||    
T  11485229 ctcttgtttcagatccaagaccatagta 11485202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University