View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19869_low_10 (Length: 347)

Name: NF19869_low_10
Description: NF19869
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19869_low_10
NF19869_low_10
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (2-332)||(15019737-15020067)
chr2 (1-328)||(14528762-14529095)
chr2 (1-328)||(14542988-14543321)
chr2 (1-327)||(14512312-14512644)
chr2 (1-332)||(15003869-15004199)
chr2 (11-329)||(15007844-15008162)
chr2 (1-328)||(14520152-14520479)
chr2 (1-329)||(14567384-14567712)
chr2 (1-328)||(14850329-14850656)
chr2 (10-332)||(14534005-14534324)
chr2 (10-331)||(31969170-31969491)
chr2 (38-330)||(14547172-14547464)
chr2 (10-330)||(15013253-15013570)
chr2 (1-318)||(14552345-14552662)
chr2 (24-329)||(15023794-15024099)
chr2 (207-292)||(14847655-14847740)
chr2 (206-329)||(14525112-14525235)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 295; Significance: 1e-166; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 2 - 332
Target Start/End: Original strand, 15019737 - 15020067
Alignment:
Q  2 cttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtag 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  15019737 cttattcctctgatattattccattgttaactgcacaccctagaattttacaaggtagcttggagagacgaataatccctttttttgaattattaagtag 15019836  T
Q  102 gtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttg 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  15019837 gtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctactaatccccatgaccgtattgtgtctaatatcaatttg 15019936  T
Q  202 atggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15019937 atggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagttattggaggaaa 15020036  T
Q  302 ttaagggtttagggtttaacccttcaacgac 332  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15020037 ttaagggtttagggtttaaaccttcaacgac 15020067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 14528762 - 14529095
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattat 94  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  14528762 gcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattat 14528861  T
Q  95 taagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatat 194  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14528862 taagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatat 14528961  T
Q  195 caatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattg 294  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  14528962 caatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattg 14529061  T
Q  295 gaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 328  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | |||||||    
T  14529062 gaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaa 14529095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 14542988 - 14543321
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagc------ttggagagacgaataatccctctttctgaattat 94  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||      ||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  14542988 gcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcctggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattat 14543087  T
Q  95 taagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatat 194  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14543088 taagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatat 14543187  T
Q  195 caatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattg 294  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  14543188 caatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattg 14543287  T
Q  295 gaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaa 328  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | |||||||    
T  14543288 gaggaagttaaggatttagggtttcatccttcaa 14543321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 14512312 - 14512644
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttgga------gagacgaataatccctctttctgaattat 94  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||      || || |||||||||||||| ||||||||    
T  14512312 gcttcttcctctgatattgttccattgttaactacaaaccctagaattttacgaagtagcttggacttggagaaacaaataatccctctttttgaattat 14512411  T
Q  95 taagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatat 194  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14512412 taagtaggttcttgaaaaccaacaaggatatcattctttgcttaattcgatattggactgcatttgctactaatccctatcaccttattgtgtctaatat 14512511  T
Q  195 caatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattg 294  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||  |   |||| ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||     
T  14512512 caatttgatgtctgattttggagtttctgataatgttattggtagtttgcttcagtcaaggccgtctatatttggttcaaaggatttgattaagtcatta 14512611  T
Q  295 gaggaaattaagggtttagggtttaacccttca 327  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | ||||||    
T  14512612 gaggaagttaaggatttagggtttcatccttca 14512644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 15004199 - 15003869
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagta 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  15004199 gcttcttcctctgatattgtttcattgttaacttcaaaccctcgaattttacaaagtagcttggagaatcgaataatccctctttttgaattgttaaata 15004100  T
Q  101 ggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaattt 200  Q
    |||  | |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |   | ||| ||  | |||||||||||  | | | | |||||||||||||    
T  15004099 ggttttcgaaa-ccaacaaggataccattgttggcttaattcgatattcaagatcgtttactttttatccctatcactttctagaggctaatatcaattt 15004001  T
Q  201 gatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaa 300  Q
    |||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  15004000 gatggtggattttgatgtttctgattctaccattgctagattgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcaaaggatttgattatgtcattggaggaa 15003901  T
Q  301 attaagggtttagggtttaacccttcaacgac 332  Q
     ||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  15003900 gttaagtgtttagggtttgacgcttcaacgac 15003869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 11 - 329
Target Start/End: Original strand, 15007844 - 15008162
Alignment:
Q  11 ctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaa 110  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||    
T  15007844 ctgatattgtttcattgttaactgcaaaccctacaattttacgaagtagcttgggcaaacgaataatccctctttttgaattgttaagtaggttctttaa 15007943  T
Q  111 aaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |   | |||  || ||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||   || |    
T  15007944 aaccaacaaggatatcattgtttgcttacttcgacattcaatgtcgtttattattagcccatatcaccttattgtggctaatatcaatttgataactggt 15008043  T
Q  211 tttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtt 310  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  15008044 tttggagtttctgattctaccattgctaaattgcttcagaaaaggccatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagaggaagttaagcgtt 15008143  T
Q  311 tagggtttaacccttcaac 329  Q
    |||||||| | ||||||||    
T  15008144 tagggtttcatccttcaac 15008162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 14520152 - 14520479
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagta 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| ||    
T  14520152 gcttcttcctctgatattattcgcctgttaactgcaaatcctaaaattttacaaagtagtttggagaaacgaataatccctctttttcaattgttaaata 14520251  T
Q  101 ggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactg-cattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatt 199  Q
    |||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||  | |||  || | ||||||||||   | | | | ||||||||||||    
T  14520252 ggttttcgaaaaccaacaaggataccattgtttgcttaattcgaaattc-actatcgtttattatttatccctatcatgttctagaggctaatatcaatt 14520350  T
Q  200 tgatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggagga 299  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  14520351 tgatgattgaatttggagtttctgattctaacattgctagattgcttcaaacaaggtcatctatatttggttcaactgatttgattaagtcattagagga 14520450  T
Q  300 aattaagggtttagggtttaacccttcaa 328  Q
    | ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14520451 agttaagtgtttagggtttcatccttcaa 14520479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 14567384 - 14567712
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagta 100  Q
    |||| ||||||||| ||| ||  |||||||||| || |||||| |||||| || | ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  14567384 gcttcttcctctgagattgtttcattgttaacttcaaaccctataattttgcatattagtttggagaaacgaataatccctctttttgaattgttaagta 14567483  T
Q  101 ggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaattt 200  Q
     || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||||||  ||| ||||||||| |||| ||  |||| |||||||    
T  14567484 agttcttgaaaaccaacaaagatatcattatttgcttaattcggcattcaactgcattttctatgaattcctatcaccttattatggataatgtcaattt 14567583  T
Q  201 gatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaa 300  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  |  ||||||||| |||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  14567584 gatgtctgattttggagtttctgataatgtcattgctagtttgcttcagtcaaggccatctatagttggttcaaaggaattgattaagtcattggaggaa 14567683  T
Q  301 attaagggtttagggtttaacccttcaac 329  Q
     ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14567684 gttaagagtttagggtttgatccttcaac 14567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 14850656 - 14850329
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagta 100  Q
    |||| ||||||| ||||||||  |||||||||| || |||||  ||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14850656 gcttcttcctctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaatatagcttagacaaacgaataatccctctttttgaattattaagta 14850557  T
Q  101 ggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaattt 200  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  14850556 ggttcttgaaatccagcaaggataccattctctgcttaattcgatgttccactgcatttactataaatccctatcgcattattgtggctaatatcaattt 14850457  T
Q  201 gatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaa 300  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  |  |||||||||  ||||||   || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  14850456 gatgactgattttggagtttctgataatgtcattgctagtatgcttcagtcatggccatctgtatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaa 14850357  T
Q  301 attaagggtttagggtttaacccttcaa 328  Q
     ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  14850356 gttaagtgtttagggtttgatccttcaa 14850329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 332
Target Start/End: Original strand, 14534005 - 14534324
Alignment:
Q  10 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttga 109  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |    
T  14534005 tctgatattgttccattgttaactacaaaccctcgaattttacgaagtagcttggagaaacaaataatccctctttttcaattattaagtaggtgcttaa 14534104  T
Q  110 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttga 209  Q
    ||||||||| ||||  |||| ||||||||||   | |||||||| ||||| ||| | ||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  14534105 aaaccaacagggatgccattatttgcttaataaaacattggactacatttactatttat---tatcaccttattgtggctaatatcaatttgatgactga 14534201  T
Q  210 ttttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggt 309  Q
    ||||||| || || |||||  ||||||||||||| ||||| | || |||| | || || ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14534202 ttttggaattcctcattctgtcattgctagattgattcgatctagaccatttttaatttgttcaaaggatttgattaattcattggaggaaattaagggt 14534301  T
Q  310 ttagggtttaacccttcaacgac 332  Q
    ||||||||| | |||||||||||    
T  14534302 ttagggtttgatccttcaacgac 14534324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 331
Target Start/End: Original strand, 31969170 - 31969491
Alignment:
Q  10 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttga 109  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| |||| |||||  | ||    
T  31969170 tctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacgaataatccctctttttcaattgttaaataggttttcga 31969269  T
Q  110 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttga 209  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||  |   | |||  |  | |||||  | ||| | | | | ||||||||||||||||||||||    
T  31969270 aaaccaacaaggatactattgtttacttaattcgacattcaaggtcgtttattgtttatccccttaaccttctagaggctaatatcaatttgatggttga 31969369  T
Q  210 ttttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggt 309  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31969370 ttttggagtttatgattctgccattgctagattgcttcgaactaggaaatctatatcttgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaagggt 31969469  T
Q  310 ttagggtttaacccttcaacga 331  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  31969470 ttagggtttgacccttcaacga 31969491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 38 - 330
Target Start/End: Original strand, 14547172 - 14547464
Alignment:
Q  38 accctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgctt 137  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14547172 accctcgaattttgcgaagtagcttggagaaacgaattatccctctttttcaattgttaagtagcttcttgaaaaccaacaaggatgtcattctttgctt 14547271  T
Q  138 aattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctgattctaccattgct 237  Q
    | ||||| ||| ||||    || ||  |||| ||||||||| | |||   |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  14547272 acttcgacattcgacttatgttacttttaattcctatcaccttgttgccgctaatatcaatttgatgactgattttggagtttctgattctgtcattgct 14547371  T
Q  238 agattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaacccttcaacg 330  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  14547372 agcttgcttcaaaaaaggccatctatatttggttcgactgatttgattaagtcattggaggaagttaagtgtttagggtttgatccttcaacg 14547464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 330
Target Start/End: Original strand, 15013253 - 15013570
Alignment:
Q  10 tctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttga 109  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||  ||||    
T  15013253 tctgatattgttccattgttaactgcaaaccctcacattttacaaagtagcttggacaaacggataatccctctttttcaattattaaataggtttttga 15013352  T
Q  110 aaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataa-tccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttg 208  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||  |   | |||    |||| ||||  ||||| | | | | |||||||||||||||||||||    
T  15013353 aaaccaacaaggatactattgtttacttaattctaaattcaaggtcgttt----ataactccccttcaccttctagaggctaatatcaatttgatggttg 15013448  T
Q  209 attttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaaggg 308  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  15013449 attttggagtttgtgattctgccattgctagattgcttcgaactaggaaatctatatattgttcaaatgatttgattaagtcattggaggacgttaaggg 15013548  T
Q  309 tttagggtttaacccttcaacg 330  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  15013549 tttagggtttgacccttcaacg 15013570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Original strand, 14552345 - 14552662
Alignment:
Q  1 gcttattcctctgatattattcgattgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagta 100  Q
    |||| ||| ||| ||||||||  |||||||||| || |||||  |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  14552345 gcttcttcatctcatattatttcattgttaacttcaaaccctcaaattttacaaagtagcctggacaaacgaataatccctctttttgaattgttaagaa 14552444  T
Q  101 ggtacttgaaaaccaacaaggatatcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaattt 200  Q
     || ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| |    
T  14552445 tgttctttaaaactaacaaggatacaattgtttgcttaattcgacattcgaaatgggttgctagttatccccatcaccttattgtggctaatattaatct 14552544  T
Q  201 gatggttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaa 300  Q
    ||||  |||||||||  | ||| |||||  ||||||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  14552545 gatgtctgattttggcgtgtctcattctgtcattgctagattgcttcaaattaaaccatctatattttgttcaaaggatttgattaagtcattggaggaa 14552644  T
Q  301 attaagggtttagggttt 318  Q
     |||| ||||||||||||    
T  14552645 gttaaaggtttagggttt 14552662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Original strand, 15023794 - 15024099
Alignment:
Q  24 attgttaactgcacaccctagaattttacaaagtagcttggagagacgaataatccctctttctgaattattaagtaggtacttgaaaaccaacaaggat 123  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| | ||||  |||  |||| ||| ||||| |||||||||    
T  15023794 attgttaactacataccctcaaattttacaaactagctttgagaatcgaataatccctctttttaaattgctaacaaggttctttaaaactaacaaggat 15023893  T
Q  124 atcattgtttgcttaattcgatattggactgcattttctaataatccctatcaccgtattgtgtctaatatcaatttgatggttgattttggattttctg 223  Q
    |  |||||||||||||||| | ||| ||      || ||| | ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| ||||   |||||||||| ||||||    
T  15023894 actattgtttgcttaattcaacattcgaaatgggttactagtcatccccatcaccttattgtggctagtatcaatctgatttctgattttggagtttctg 15023993  T
Q  224 attctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaagggtttagggtttaaccc 323  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||    
T  15023994 attctgtcattgctagattgcttcaaaataagccatctatatttggttcaaaggatttgattaagtcattggaggaagttaagagtttagggtttgatcc 15024093  T
Q  324 ttcaac 329  Q
    ||||||    
T  15024094 ttcaac 15024099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 207 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 14847740 - 14847655
Alignment:
Q  207 tgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcat 292  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||||  || || | ||||||||||||    
T  14847740 tgattttggagtttgcgattctaccattgatagattgcttcaaaaaaggtcatctatatttggtcaaactggtttgattaagtcat 14847655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 206 - 329
Target Start/End: Original strand, 14525112 - 14525235
Alignment:
Q  206 ttgattttggattttctgattctaccattgctagattgcttcgaacaaggccatctatatttggttcaaatgatatgattaagtcattggaggaaattaa 305  Q
    |||||| |||| ||| ||||||  | |||||||||||||||   ||||| ||| ||||| |||| |||| |||| | ||||   | ||||||||| ||||    
T  14525112 ttgattatggagtttgtgattccgctattgctagattgcttttgacaagaccagctatacttggatcaattgatttcattagtactttggaggaagttaa 14525211  T
Q  306 gggtttagggtttaacccttcaac 329  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||    
T  14525212 gggtttagggtttcacctttcaac 14525235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University