View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1987_low_1 (Length: 1383)

Name: NF1987_low_1
Description: NF1987
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1987_low_1
NF1987_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-1372)||(43950323-43951684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1278; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1278; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1372
Target Start/End: Complemental strand, 43951684 - 43950323
Alignment:
Q  14 acatcattcaaacagaatataaacatttcatgccacatctcaatttgaacaccaaagaaaacaaaaatcacttcaagcctatctaattcgtggtaaatca 113  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951684 acatcattcaaacagaatattaacatttcatgccacatctcaatttgaacaccaaagaaaacaaaaatcacttcaagcctatctaattcgtggtaaatca 43951585  T
Q  114 atggaatatgttttccccaagtgtgcaacattctcaagctcatccttcccaaaacaatagtactatcaaaaagggaacatcgaggtacacaatttaccca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951584 atggaatatgttttccccaagtgtgcaacattctcaagctcatccttcccaaaacaatagtactatcaaaaagggaacatcgaggtacacaatttaccca 43951485  T
Q  214 cacaatcatggcatacagtgtagtacactatatgaccaaaaagaatttgaagaatttgaaaca--gcattgaagggagtgcctgcaattatttagtactt 311  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951484 cacaatcatggcatacagcgtagtacactatatgaccaaaaagaatttgaagaatttgaaacacagcattgaagggagtgcctgcaattatttagtactt 43951385  T
Q  312 ccatatcagcatgcacatccaccaccaccactttgctcactctctggaacagcctcaggaattccttgaaaatatctgcaattcaaattgaaataatgct 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43951384 ccatatcagcatgcacatccaccaccaccactttgctcactctctggaacagcctcaggaattccttgaaaatatctgcaattcaaatcgaaataatgct 43951285  T
Q  412 ttcagaaatcagaaaagcagcaatctacacacagctcaatctgaaaatttagaaggatgcatatactaagacttgagttnnnnnnnagaggaagaaaatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  43951284 ttcagaaatcagaaaagcagcaatctacacacaactcaatcagaaaatttagaaggatgcatatactaagacttgagttcccccccagaggaagaaaatt 43951185  T
Q  512 ttagtaaatacatatacaagttgtaagagtgaaaatagtgtcataatgaatatctccttctaaacctattttattcagaatctcctcaatttgttcttaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951184 ttagtaaatacatatacaagttgtaagagtgaaaatagtgtcataatgaatatctccttctaaacctattttattcagaatctcctcaatttgttcttaa 43951085  T
Q  612 atgtcgacagccagtttagagaactccttcaccattgatgtttgtaaatagcagctttccttacaattcctttctatttagatgcagatacctttcaaat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43951084 atgtcgacagccagtttagagaactccttcaccattgatgtttgtaaatagcagctttccttacaattcctttctatttagatgcagatacctttcaaat 43950985  T
Q  712 aggattttttaaagatgattggatttctctatagtagtttaagtcagataaaaatgggttaaatgcatcaaaattagcaatatcattgaaagatcaatgt 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950984 aggattttttaaagatgattggatttctctatagtagtttaagtcagataaaaatgggttaaatgcatcaaaattagcaatatcattgaaagatcaatgt 43950885  T
Q  812 ctttcagtgcatatttcaagccaccccaagtcccgcgtaaccgcgttaactttgaggcacttaacctatttcatgggaatgaaaactagaagactgacca 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950884 ctttcagtgcatatttcaagccaccccaagtcccgcgtaaccgcgttaactttgaggcacttaacctattttatgggaatgaaaactagaagactgacca 43950785  T
Q  912 tcatctgaatcaaattatcttctagaagaattctactactgctaa-aaaattatcaagatacaacttctattgcatattgctgagatcccacaataccgc 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950784 tcatctgaatcaaattatcttctagaagaattctactactgctaaaaaaattatcaagatacaacttctattgcatattgctgagatcccacaataccgc 43950685  T
Q  1011 agactttcaattgatactgcaatattcatatccatcctcttcctgcatactacgtaatctgattctaacataaggcttgggcaaccctcacatcttgagc 1110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950684 agactttcaattgatactgcaatattcatatctattctcttcctgcatactacgtaatctgattctaacataaggcttgggcaaccctcacatcttgagc 43950585  T
Q  1111 tacaggctgagcaagacctagccagaattctaagatagtattggaacttatcctagatctgtcatatggtcacatgaatttgtccacactcgagatgtct 1210  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43950584 tacgggctgagcaagacctagccagaattctaagatagtattggaacttatcctagatctgtcatatggtcacatgaatttgtccacactcgagatgttt 43950485  T
Q  1211 agtcctagacatatgtgttgtgattgggctacctgcgtttgatcacgttctagtgatccagttttcgacgtgaaagggtgtgttgagattccacatcaat 1310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950484 agtcctagacatatgtgttgtgattgggctacctgcgtttgatcacgttctagtgatccagttttcgacatgaaagggtgtgttgagattccacatcaat 43950385  T
Q  1311 tagagatatgatcgaagaagtctatatatttgggggtccaatttattaaaacaatgatgatg 1372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43950384 tagagatatgatcgaagaagtctatatatttgggggtccaatttattaaaacaatgatgatg 43950323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University