View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19893_low_8 (Length: 427)

Name: NF19893_low_8
Description: NF19893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19893_low_8
NF19893_low_8
[»] chr5 (25 HSPs)
chr5 (2-393)||(30748801-30749192)
chr5 (10-381)||(30677730-30678101)
chr5 (2-388)||(29871349-29871735)
chr5 (2-378)||(30482577-30482953)
chr5 (2-387)||(30242926-30243311)
chr5 (2-405)||(30434968-30435371)
chr5 (2-395)||(30339079-30339472)
chr5 (2-389)||(30713976-30714375)
chr5 (2-388)||(30059520-30059918)
chr5 (5-387)||(30399229-30399623)
chr5 (1-386)||(29852464-29852861)
chr5 (206-389)||(4380820-4381003)
chr5 (100-216)||(17418821-17418937)
chr5 (105-181)||(30474742-30474818)
chr5 (108-231)||(30205833-30205956)
chr5 (1-68)||(30206008-30206075)
chr5 (1-74)||(17418710-17418783)
chr5 (116-149)||(30522299-30522332)
chr5 (116-149)||(30562639-30562672)
chr5 (317-387)||(30205674-30205747)
chr5 (297-338)||(17419018-17419059)
chr5 (113-146)||(30430351-30430384)
chr5 (10-78)||(17982400-17982468)
chr5 (189-284)||(29709670-29709766)
chr5 (34-78)||(30474854-30474898)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-393)||(20297144-20297548)
chr4 (34-78)||(52351439-52351483)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (101-405)||(26706478-26706782)
chr7 (1-79)||(26706816-26706894)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (2-78)||(7098897-7098973)
chr1 (103-228)||(7098735-7098860)
chr1 (10-78)||(7582281-7582349)
chr1 (112-228)||(7582395-7582511)
chr1 (317-386)||(7582597-7582666)
chr1 (317-377)||(7098589-7098649)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 25)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 2 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 30749192 - 30748801
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  30749192 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggtatacaaggaggaatctacggt 30749093  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749092 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 30748993  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       || |||||||    
T  30748992 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgagatttgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagattat 30748893  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcgactta 393  Q
     |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||| |||||    
T  30748892 atggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagtatggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaactta 30748801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 10 - 381
Target Start/End: Original strand, 30677730 - 30678101
Alignment:
Q  10 agtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggttagtgctg 109  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30677730 agtttatctgaagctgaagcggctaaattgatggataaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggaggaatctacggttagtgctg 30677829  T
Q  110 agcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttag 209  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677830 agcaagtacttgaagtgcttaaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaagattatcgttaccaagttggataattattcttag 30677929  T
Q  210 taatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatcttatatg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||  ||||    
T  30677930 taatttaatttctcttgaacttgaggaatgcaacaaaattgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatg 30678029  T
Q  310 gataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggag 381  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  30678030 aataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatgaaggtgagggttttcccatctctggag 30678101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 29871735 - 29871349
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||   |  || ||||||   |    
T  29871735 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcatggatatcgcaacaggaatctataat 29871636  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871635 tagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 29871536  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       |||  |||||    
T  29871535 attcttagtaatttaatttctcttaaacttgaggattgcaacaagattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattat 29871436  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  29871435 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcg 29871349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 2 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 30482953 - 30482577
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |  || ||||||   |    
T  30482953 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacaggaatctataat 30482854  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  30482853 tagtgctgagcaagtacttgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattacaatgaagggttatcgttaccaagttggataagc 30482754  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       |||  |||||    
T  30482753 cttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattat 30482654  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctg 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||    
T  30482653 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgatggttttccgatctctg 30482577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 387
Target Start/End: Original strand, 30242926 - 30243311
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |  |  ||||||   |    
T  30242926 atgttggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggatatcccaacatgaatctataat 30243025  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  30243026 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttaccaagttggataatt 30243125  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||       |||  |||||    
T  30243126 cttcttagtaatttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattat 30243225  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactc 387  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  30243226 tcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactc 30243311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 30435371 - 30434968
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   |  || ||||||   |    
T  30435371 atgttggtagtttatctgaagctgaagcggctaatttgaagggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataat 30435272  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    |||  |||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30435271 tagatctgagcaattactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggatataaattgctatgacggattatcgttaccaagttggataatt 30435172  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||       || ||| |||    
T  30435171 attcttagtaatttaatttctcttaaacttggggattgcaacaaaattgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtat 30435072  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcgacttacatgggtt 401  Q
     |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  30435071 atggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgggtt 30434972  T
Q  402 acca 405  Q
    ||||    
T  30434971 acca 30434968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 395
Target Start/End: Original strand, 30339079 - 30339472
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacggt 101  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||   |  || ||||||   |    
T  30339079 atgttggcaggttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatcaattatgcttgtcgtggatatcgcaacaggaatctataat 30339178  T
Q  102 tagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatt 201  Q
    ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  30339179 tagtgctgagcaagtgctcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaattccttgacagtaaatttctatgaaggattatcgttaccaagttggataagc 30339278  T
Q  202 attcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattat 301  Q
     ||||||||||||||||||||||| | |||  | | |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||       || ||| |||    
T  30339279 cttcttagtaatttaatttctcttaatctttggaattgcaacaaaattgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtat 30339378  T
Q  302 cttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcgacttaca 395  Q
     |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30339379 atcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttaca 30339472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 389
Target Start/End: Original strand, 30713976 - 30714375
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaagga--gaaatctacg 99  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||  |  ||| || |      
T  30713976 atgttggcagtttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 30714075  T
Q  100 g----------ttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacca 189  Q
    |          ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30714076 gacccctgttgttagtgctgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcattacca 30714175  T
Q  190 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnn 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||         
T  30714176 agttggataattattcttagtaatttagtttctcttgtacttctccattgcaagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaa 30714275  T
Q  290 nnctgagattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcga 389  Q
      |||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  30714276 aactgagattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcga 30714375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30059918 - 30059520
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaa----gga-------- 89  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||    |||            
T  30059918 atgttggcaggttatttgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatacttgtcatggaaagacaaacaaggaattccaaa 30059819  T
Q  90 gaaatctacggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacca 189  Q
    |||  ||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||| || |||    
T  30059818 gaaccctgttgttagtgttgagcaagtacttgaagttcttcaacctcactcaaatctcaactgcttgaaaataagtttctatgagggattatccttgcca 30059719  T
Q  190 agttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnn 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||   || || ||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |         
T  30059718 agttggataattattcttagtaatttagtttctcttaaacttaagcgttgtaagaaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaa 30059619  T
Q  290 nnctgagattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcg 388  Q
      |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  30059618 acctggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcg 30059520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 30399623 - 30399229
Alignment:
Q  5 ttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaagga--ga------aatct 96  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  |  ||      ||||     
T  30399623 ttggcagtttatctcaagctcaagcggctgatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgggaaagcaactatggatttaccaatcc 30399524  T
Q  97 ----acggttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagt 192  Q
        ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30399523 cccaactattagtgctcagcaagtactcgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataaattactatgacggattatcattaccaagt 30399424  T
Q  193 tggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnc 292  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||| ||| ||||||| ||||  ||| ||||||||||||| |||||       |    
T  30399423 tggataattattcttagtaatttagtttctcttgaacttgggaattgcaagaaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaac 30399324  T
Q  293 tgagattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactc 387  Q
    ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  30399323 tggaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactc 30399229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29852861 - 29852464
Alignment:
Q  1 gatgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacgg 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||   || ||| |    
T  29852861 gatgtgggcagtttatctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaacagacattcatgaattatgtttgtcatgggaaagcaatgatggatttactg 29852762  T
Q  101 ------------ttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacc 188  Q
                ||  || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852761 agcccccaactattcatgatgagcaagtactcgaagagcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggacataaattactatgaaggattatcgttacc 29852662  T
Q  189 aagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnn 288  Q
    |||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||        
T  29852661 aagttggataagccttcttagtagtttaatttctcttgaacttcggaattgcaacaaaattgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaa 29852562  T
Q  289 nnnctgagattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtact 386  Q
        ||  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29852561 aagttggtattattcaaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatact 29852464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 206 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 4381003 - 4380820
Alignment:
Q  206 ttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagattatctta 305  Q
    |||||||||||||||||||| |||||   |  ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||        ||  ||||| |      
T  4381003 ttagtaatttaatttctcttaaactttgtgtttgcaacaaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcg 4380904  T
Q  306 tatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcga 389  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4380903 tacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcga 4380820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 100 - 216
Target Start/End: Original strand, 17418821 - 17418937
Alignment:
Q  100 gttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataa 199  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  17418821 gttagtgctgagcaactacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttgaaaataacttactatgatggaatattgttaccaagttggataa 17418920  T
Q  200 ttattcttagtaattta 216  Q
     ||||||||||||||||    
T  17418921 gtattcttagtaattta 17418937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 30474818 - 30474742
Alignment:
Q  105 tgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattat 181  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||  ||||||||| |||||||    
T  30474818 tgctgagcaagtacttgaaatgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgaaaatactttactatgacggattat 30474742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30205956 - 30205833
Alignment:
Q  108 tgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattctt 207  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||   | ||||| |  ||||||  |||||||||||||||| ||||||     
T  30205956 tgagcaactatttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagaggttgataatttgtcactataacagattattcttaccaagttggataagtattctc 30205857  T
Q  208 agtaatttaatttctcttgaactt 231  Q
    ||||||||| || |||||| ||||    
T  30205856 agtaatttagttgctcttgtactt 30205833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 30206075 - 30206008
Alignment:
Q  1 gatgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatg 68  Q
    |||||| | |||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  30206075 gatgtttgtagtttatctgaagctcaagcagccaatttgatgggtaaaaaagacctccaggaattatg 30206008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Original strand, 17418710 - 17418783
Alignment:
Q  1 gatgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtc 74  Q
    |||||||| | |||| |||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  17418710 gatgttggtaatttatctgaagctcaagaagctaagttgataggtaaaaaagacctccaagaattatgcttgtc 17418783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 149
Target Start/End: Original strand, 30522299 - 30522332
Alignment:
Q  116 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30522299 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30522332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 149
Target Start/End: Original strand, 30562639 - 30562672
Alignment:
Q  116 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30562639 tacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaa 30562672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 30205747 - 30205674
Alignment:
Q  317 tgaaatacttggatgatgatgaa---tctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactc 387  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||| | |||||||| | || |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  30205747 tgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactc 30205674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 338
Target Start/End: Original strand, 17419018 - 17419059
Alignment:
Q  297 attatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatga 338  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  17419018 attatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 30430384 - 30430351
Alignment:
Q  113 aagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatct 146  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30430384 aagtacttgaagtgcttcaatctcactcaaatct 30430351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 17982468 - 17982400
Alignment:
Q  10 agtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 78  Q
    |||||| |||||| |||||  || ||||| || ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  17982468 agtttatctgaagttgaagaagcaaattttataggtaaaaaagacctcaatgaattatgcctgtcatgg 17982400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 189 - 284
Target Start/End: Original strand, 29709670 - 29709766
Alignment:
Q  189 aagttggataattattcttagtaatttaattt-ctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctct 284  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| | || ||||| ||   |||||| ||||| | | |||||||||||| ||||||    
T  29709670 aagttgaataagtattcttagtaatttagtttgctcttgaacttaaagattgcaagaattgtgtgcgccttccttcatttggtaaactactatctct 29709766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 30474898 - 30474854
Alignment:
Q  34 aatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 78  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||    
T  30474898 aatttgatgggtaaaaaggacctccaagaattatccttgtcatgg 30474854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Original strand, 20297144 - 20297548
Alignment:
Q  1 gatgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggggatacaaggagaaatctacg- 99  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||| || |||| |||      
T  20297144 gatgttggcagtatatctgaagctcaagaagccaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcttgggaaagcaatgataaatttacca 20297243  T
Q  100 -----------gttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttacc 188  Q
               || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||||| | ||||||    
T  20297244 agccaccaactgtaagtgctgagaaagtactcgaagtgcttcaacctcagtcaaatctcaagtgcttggaaataaattgctatgatggattgtggttacc 20297343  T
Q  189 aagttggataattattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnn 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||        
T  20297344 aagttggataattattcttagtaatttagtttcttttgaacttgagaattgcaacgaaattgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaa 20297443  T
Q  289 nnnctgagattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcg 388  Q
       |||| | |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20297444 aaactgacaatatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcgggatggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcg 20297543  T
Q  389 actta 393  Q
    |||||    
T  20297544 actta 20297548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 52351483 - 52351439
Alignment:
Q  34 aatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 78  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||    
T  52351483 aatttgatgggtaaaaaagacctccgagaattatgcctgtcatgg 52351439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 101 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 26706782 - 26706478
Alignment:
Q  101 ttagtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataat 200  Q
    |||||| ||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||| |||     
T  26706782 ttagtgttgagcagctactcaaagtgcttcaacctcactcaaatctcaagtgcttggaaataaagtactacgacggattatcattaccaagttgggtaag 26706683  T
Q  201 tattcttagtaatttaatttctcttgaacttgaggactgcaacaaaattgtgcggcttccattacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgagatta 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       |||  ||||    
T  26706682 tattcttagtaatttagtttctcttgaacttggggattgcaagaaatttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaatta 26706583  T
Q  301 tcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtactcgacttacatgggt 400  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||    
T  26706582 tcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcaggatggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttatatgagt 26706483  T
Q  401 tacca 405  Q
    |||||    
T  26706482 tacca 26706478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 26706894 - 26706816
Alignment:
Q  1 gatgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatggg 79  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||  || ||||||||||| |||||| ||||  |  ||||||||||||||||||    
T  26706894 gatgttggcagtttatctgaagctcaagaagccaatttgatggggaaaaaaaacctcgaaaaattatgcttgtcatggg 26706816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 7098973 - 7098897
Alignment:
Q  2 atgttggcagtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 78  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7098973 atgttggtagtttatctgaagctaaagaagccaatttaatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7098897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7098860 - 7098735
Alignment:
Q  103 agtgctgagcaagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataatta 202  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| |||| |||  ||  |||||||||  || ||||||||||| |  |    
T  7098860 agtgatgatcaagtaattgaagtgcttcaacctcatacaaatctcaagagcttgaaaatacattcttaccaaggattatgctttccaagttggatcagaa 7098761  T
Q  203 ttcttagtaatttaatttctcttgaa 228  Q
     ||||||||||||| || ||||||||    
T  7098760 ctcttagtaatttagttactcttgaa 7098735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 78
Target Start/End: Original strand, 7582281 - 7582349
Alignment:
Q  10 agtttagctgaagctgaagcggctaatttgatgggtaaaaaagaccttcatgaattatgcttgtcatgg 78  Q
    |||||| |||||||| |||  || || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7582281 agtttatctgaagctcaagaagccaacttgatgggtaaaaaagacctcgatgaattatgcttgtcatgg 7582349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 228
Target Start/End: Original strand, 7582395 - 7582511
Alignment:
Q  112 caagtacttgaagtgcttcaacctcactcaaatctcaaatgcttgacaataaattactatgaaggattatcgttaccaagttggataattattcttagta 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||| |||  ||  |||| ||||  || ||||||||||| |  | |||| |||    
T  7582395 caagtacttgaagtgcttcaacctcacacaaatctcaagagcttgaaaatagatttttacaaaggtttatgcttcccaagttggatcagaactcttggta 7582494  T
Q  212 atttaatttctcttgaa 228  Q
    ||||| || ||||||||    
T  7582495 atttagttactcttgaa 7582511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 386
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582666
Alignment:
Q  317 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctctggaggtact 386  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtact 7582666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 317 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098589
Alignment:
Q  317 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttctcatctct 377  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctct 7098589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University