View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19895_high_3 (Length: 487)

Name: NF19895_high_3
Description: NF19895
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19895_high_3
NF19895_high_3
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (13-471)||(22831367-22831843)
chr7 (95-445)||(22805671-22806027)
chr7 (94-445)||(22840414-22840772)
chr7 (185-471)||(22858755-22859041)
chr7 (201-445)||(22810006-22810252)
chr7 (128-445)||(22815389-22815715)
chr7 (142-445)||(22842526-22842843)
chr7 (161-445)||(22876278-22876567)
chr7 (236-471)||(22898599-22898836)
chr7 (230-445)||(22889654-22889868)
chr7 (158-442)||(22894309-22894606)
chr7 (95-314)||(22885988-22886210)
chr7 (201-442)||(22880929-22881158)
chr7 (158-364)||(22873589-22873794)
chr7 (158-269)||(22841175-22841286)
chr7 (16-92)||(22810396-22810470)
chr7 (351-443)||(22914032-22914124)
chr7 (16-62)||(22859131-22859177)
chr7 (365-397)||(22885937-22885969)
chr7 (108-159)||(22810292-22810343)
chr7 (21-62)||(22842942-22842983)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (107-445)||(21150029-21150352)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22831843 - 22831367
Alignment:
Q  13 aatattcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattcatgt------------------ 94  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |                      
T  22831843 aatattcccccacaactacagatggaaagaaaaattgtggttcaaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattaattttcactaaactaaatatct 22831744  T
Q  95 cagatgataaggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattag 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22831743 cagatgataaggcaatttaagaaactttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggacatttcttagtaggtcccaaattag 22831644  T
Q  195 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcc 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831643 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattcacaaactataatcatgttcc 22831544  T
Q  295 acaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttga 394  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22831543 tcaagcttgtgtttatgttgttttttcttgttacatttgtagcaagtgaagacagcagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttga 22831444  T
Q  395 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttct 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831443 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttct 22831367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 95 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22806027 - 22805671
Alignment:
Q  95 cagatgataa-ggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagc-----taggttccaggatatttcttagtaggtccca 188  Q
    |||||||||| |||||||| || |||| ||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||     || ||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  22806027 cagatgataaaggcaattttagtaaccatgtcatgtgatgtttcttttagaaatgattcgtagctaagttatgttccaggacatttcttactaggaccca 22805928  T
Q  189 aattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatca 288  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22805927 aattagacttgcaattttttcttcacttaggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattctcaaactataatca 22805828  T
Q  289 tgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttata 388  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805827 tgttcctcaaacttgtgtttatgttgttttttcatgttacattagtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttata 22805728  T
Q  389 tcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22805727 tcttgatggttttgctgagttaacctcagatggcatactaagactcaccaatgatac 22805671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 94 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22840772 - 22840414
Alignment:
Q  94 tcagatgataa-ggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaatt 192  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| |||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22840772 tcagatgataaaggcaaatttagtaacctggtcatgaaatgtttctttcagaaataattcgtagctaggttccaggacatttcttagtaggacccaaatt 22840673  T
Q  193 aggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgtt 292  Q
    || |||| |||||||  |||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22840672 agacatgaaatttttctttcacttaccacaaaatcttataaataataaacaccaaacagaactacagaagcatcatttattcacaaactataatcatgtt 22840573  T
Q  293 ccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatct------ataatggattccaatcatcacattta 386  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||    
T  22840572 catcaaacttgtgttcatgttgttttttcatgttacattggtagcaagtatagacaacagtttcatctataaatataatggattccaatcatcaaattta 22840473  T
Q  387 tatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22840472 tatcttgatggtaccgctgagttagcctcaactggcttactaagactcaccaatgatac 22840414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 185 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22859041 - 22858755
Alignment:
Q  185 cccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactata 284  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  22859041 cccaaattagacatgcaatttttccttcacttagcacaaaatcttataaataacaaacaccgaacagaactacacaagcattgttcattcacaaactaaa 22858942  T
Q  285 atcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatt 384  Q
    |||||||||| |||  |||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22858941 atcatgttcctcaagtttgtctttatgttatgtttgcttgttacattggtagcaagtgaagacaacggtttcatctataaaggattccaatcatcacatt 22858842  T
Q  385 tatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttct 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  22858841 tatatcttgatggtattgctgagttaacttcaactggcttactaagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttct 22858755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 201 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22810252 - 22810006
Alignment:
Q  201 aatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccaca 297  Q
    ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22810252 aattttttcttcacttagaa-aaaatcttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctca 22810154  T
Q  298 aacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 397  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810153 agcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattagtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatgg 22810054  T
Q  398 tattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810053 tattgctgagttaaccccagatggcttactaagactcaccaatgatac 22810006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 128 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22815715 - 22815389
Alignment:
Q  128 gtgatgtttctttcagtaataat---tcgtagctaggttccaggatatttcttagta----ggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttgga 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||   || |||||| ||||||||| |||||||||||    || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | |    
T  22815715 gtgatgtttcttttagtaataataattcctagctaagttccaggacatttcttagtacctaggacccaaattagacatgcaatttttccttcacttagca 22815616  T
Q  221 caaaatcttataaataataaa-caccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta-taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgtttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  22815615 caaaatcttataaataacaaaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactaataatcatgttcctcaaacatgtgttcatgttgtttt 22815516  T
Q  319 ttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaga 418  Q
    |||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  22815515 ttctcgttacattggtagcaagtgtagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttaaatcttgatggtattgctgagttaacctcaaa 22815416  T
Q  419 tggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  22815415 tggcttactaaaactcaccaatgatac 22815389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 142 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22842843 - 22842526
Alignment:
Q  142 agtaataattcgtagct-----aggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaattttta-cttcactttggacaaaatcttataaat 235  Q
    |||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||   ||  ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||    
T  22842843 agtaataattcgtagctgagttaggttccaggacatttcttagtaggacccaaattagat-tggtattttcatcttcacttggcacaaaatcttataaat 22842745  T
Q  236 aataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 332  Q
    ||||||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842744 aataaacattgaacagcagaactacagaagcattgttcattcacaaacaataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 22842645  T
Q  333 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataat------ggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttac 426  Q
    || |||||| |||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  22842644 gtagcaagtgaagacaacagtttcatctataataatagaggattccaatcatttcatttgtatcttgatggtattgctgagttaacctcaggtggcttac 22842545  T
Q  427 taagactcaccaatgatac 445  Q
     ||||||||||||||||||    
T  22842544 caagactcaccaatgatac 22842526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 161 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22876567 - 22876278
Alignment:
Q  161 gttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatctt------ataaataataaacaccgaacagaac 254  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||| |       ||||||||||||||   ||||||||    
T  22876567 gttccaggacatttcttagtaggatccaaattagacttgcaattttttcttcacttaggacaaaatatataaataataaataataaacaatcaacagaac 22876468  T
Q  255 tacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtt 354  Q
    | || |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  22876467 tgcataagcattatt-atccacaaactataatcatgttcttcaggcttgtgttcatgttgttttatcttgttacattggtagcaagtgaagaaaacagtt 22876369  T
Q  355 tcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  22876368 tcatctataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatac 22876278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 236 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 22898836 - 22898599
Alignment:
Q  236 aataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta---taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 332  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  22898836 aataaacactaaacagaactacagaatcattatt-attcacaaactactataatcatgttcctcaagcttgcgttcatgttgttttttcatgttacattg 22898738  T
Q  333 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagac 432  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||| ||||    
T  22898737 gtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagac 22898638  T
Q  433 tcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttct 471  Q
    ||||||||||||||  || ||| | |||| |||||||||    
T  22898637 tcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttct 22898599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 230 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22889868 - 22889654
Alignment:
Q  230 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 329  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  22889868 ataaataagaaacaatgaaccgaactgtataagcattatt-attcacaacctataatcatgttcctcagacatgtgttcatgttgttttttcatgttaca 22889770  T
Q  330 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaa 429  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  22889769 ttggttgcaagtgaagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaa 22889670  T
Q  430 gactcaccaatgatac 445  Q
     |||||||||||||||    
T  22889669 aactcaccaatgatac 22889654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 158 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 22894606 - 22894309
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttata--------------aataataaaca 243  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||| | |||||||||||||||              |||||||||||    
T  22894606 taggttccaagacatttcttagtaggacccaaattagacttgcaattttttcttcacctaggacaaaatcttatacataataaataataaataataaaca 22894507  T
Q  244 ccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaa 343  Q
    | ||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  22894506 ctgaacagaactgtataagcattatt-attcacaaactataatcatgttcctcaggcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtaccaagtga 22894408  T
Q  344 agataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatga 442  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22894407 agacaaaagtttcatctataatgatttccaatcatctcatttgtatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaagactcaccaatga 22894309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 95 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22886210 - 22885988
Alignment:
Q  95 cagatgataaggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattag 194  Q
    |||||||||||||||||| || |||     || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  22886210 cagatgataaggcaattttagtaac-----catgtgatgtttcttttagtaataattcgtagctaggttctaggaaatttcttagtaggacccgaattag 22886116  T
Q  195 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacac--------cgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataat 286  Q
     |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  22886115 acatgcaatttttccttcacttagcacaaaatcttataaataataaacaccgaacactcgaacagaactacagaagcatgattcattctcaaactataat 22886016  T
Q  287 catgttccacaaacttgtgtttatgttg 314  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||    
T  22886015 catgttcctcagacttgtgttcatgttg 22885988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 201 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 22881158 - 22880929
Alignment:
Q  201 aatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaac 300  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||| |    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||            
T  22881158 aattttttcttcacttaggacaaaatcttataaatt-tgaacatc----agaactacagaagtattattcattcacaaactataa----gtt-------- 22881076  T
Q  301 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa------tggattccaatcatcacatttatatcttga 394  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22881075 -tgtgtttatgttgttttttcttgttacattgatagcaagtgaagaaaacagtttcatctataaatacaatggattccattcatcacatttatatcttga 22880977  T
Q  395 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatga 442  Q
    |||||||||| || |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22880976 tggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatga 22880929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22873794 - 22873589
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactac 257  Q
    |||||||| |||||||||| || |||  ||||||  | | ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |    
T  22873794 taggttccgggatatttctaagcaggaaccaaatgtgacctgcaaatttttcttcacttaggacaaaatcatataaataataaacactgaatagaactgc 22873695  T
Q  258 agaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttca 357  Q
    | |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| | |||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||    
T  22873694 ataagcattatt-attcacaatccataatcatgttcctcaggcttgtgctcatgttgttttatcttgttacattagtagcaagtgaagacaacagtttca 22873596  T
Q  358 tctataa 364  Q
    |||||||    
T  22873595 tctataa 22873589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 158 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22841286 - 22841175
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactac 257  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |    
T  22841286 taggttccaggacatttcttagtaggacccaaataagacttgcaattttttcttcactttggacaaaatcttataaataataaacactgaacataactgc 22841187  T
Q  258 agaagcattatt 269  Q
    | ||| ||||||    
T  22841186 ataagaattatt 22841175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 22810470 - 22810396
Alignment:
Q  16 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattcat 92  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810470 attcccccgctactacagatggaaagaaaat--gtggttcaaatgtgcacatttattcaaatgtgtaacacattcat 22810396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 351 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 22914124 - 22914032
Alignment:
Q  351 agtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgat 443  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  22914124 agtttcacatataatggtttcaaatcatcacatttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgat 22914032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 22859177 - 22859131
Alignment:
Q  16 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtg 62  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22859177 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtggttcaaatgtg 22859131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 22885969 - 22885937
Alignment:
Q  365 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885969 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 22885937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22810343 - 22810292
Alignment:
Q  108 aatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagcta 159  Q
    ||||| || |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22810343 aattttagtaaccatgtcatgtgatgtttctttaagtaataattcgtagcta 22810292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 22842983 - 22842942
Alignment:
Q  21 cccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtg 62  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22842983 cccactactacagttggaaagaaaatttgtggttcaaatgtg 22842942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 107 - 445
Target Start/End: Original strand, 21150029 - 21150352
Alignment:
Q  107 caatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttt 206  Q
    |||||| || |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||                |||||||||||    
T  21150029 caattttagtaaccatgtcatgtgatgtttcttttagtaataattcgtagctaggttcccggacatttcttaga---------------catgcaatttt 21150113  T
Q  207 tacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgt 306  Q
    | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  21150114 tccttcacttagcacaaaatcttataaataataaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgt 21150213  T
Q  307 ttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctga 406  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150214 ttatgttgtttaatcttgttacattggtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctga 21150313  T
Q  407 gttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 445  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21150314 gttaacctcaaatggcttactaagactcactagtgatac 21150352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University