View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19895_low_2 (Length: 953)

Name: NF19895_low_2
Description: NF19895
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19895_low_2
NF19895_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-937)||(45614301-45615211)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 45615211 - 45614301
Alignment:
Q  8 gaggagcacagacaaggttagtttcatgtttggttcatcttatttttagaagcttctagcgagcactttcgatattgcgggaaaatatgattgtatctgc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45615211 gaggagcacagacaaggttagtttcatgtttggttcatcttatttttagaagcttctagcgagcactttcaatattgcgggaaaatatgattgtatctgc 45615112  T
Q  108 cacacaaaaatgaaaaagtgttcccaacagtttttagaaaccaaagactcatcacgaaaatgcttatatgtgaataaattcaaatatgaccgcaaatact 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45615111 cacacaaaaatgaaaaagtgttcccaacagtttttagaaaccaaagactcatcacgaaaatgcttatatgtgaataaattcaaatatgaccgcaaatact 45615012  T
Q  208 tcaaacatatacttctataatttaagctaacatacaaaaagaatatctaaatttacctttcaggaaggagcaaacaaagtgtgacagcagttgcatgctg 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45615011 tcaaacatagacttctataatttaagctaacatacaaaaagaatatctaaatttacctttcaggaaggagcaaacaaagtgtgacagcagttgcatgctg 45614912  T
Q  308 tgaaaatatagcaaaattgatcccattgtcgacttgtgatacacccaacggaaaagcttggcctggagaagtctcccatgatggtctcttctccaccact 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  45614911 tgaaaatatagcaaaattgatcccattgtcgacttgtgatacacccaacggaaaagcttggcctggagaagtctcccaggatggtctgttctccaccact 45614812  T
Q  408 tcgatggcttcttccttgaattgcaaaaggtaagacattgcaaaagcaaacaatagcatgcaacatacgagaatcacaaaagacaagacaagacattgca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45614811 tcgatggcttcttccttgaattgcaaaaggtaagacattgcaaaagcaaacaatagcatgcaacatacgagaatcacaatagacaagacaagacattgca 45614712  T
Q  508 tttcttactatgagtaatgctagcaacacactcacttttattggttaaattcatgtgagtcccatcaaatttaatatggaccgacggtgtgaattctaga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45614711 tttcttactatgagtaatgctagcaacacactcacttttattggttaaattcatgtgagtcccatcaaatttaatatggaccgacggtgtgaattctaga 45614612  T
Q  608 gtaacaaataaaata-aaaatgcattgggaagtgtattgctaacggttctcttcgggccaatagacacacacgttaatgagatggcatttataccttaag 706  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||    
T  45614611 gtaacaaataaaataaaaaatgcattggaaagtgtattgctaacggttctcttccggccaatagacacacacgataatgagatggcataaataccttaag 45614512  T
Q  707 aacctcttcttgagcatgaccataagcattagcattagcattggttgtcctaagcttgaaaccttctcttgtctaacctatgccaaaattttcaatgaca 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45614511 aacctcttcttgagcatgaccataagcattagcattagcattagttgtcctaagcttgaaaccttctcttgtctaacctatgccaaaattttcaatcaca 45614412  T
Q  807 tttcacaacacttataacaattcaaactcactgggattacttaaatgcattgttagaatgattacatacctgactataattcaatttgcttccagacatt 906  Q
    ||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45614411 tttcacaa--------------------cactgggattacttaaatgcattgttagaatgattacatacctgactataattcaatttgcttccagacatt 45614332  T
Q  907 tgcttactaaacttcaacctaatgataagat 937  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45614331 tgcttactaaacttcaacctaatgataagat 45614301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University