View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19896_low_2 (Length: 665)

Name: NF19896_low_2
Description: NF19896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19896_low_2
NF19896_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-657)||(12234370-12235010)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 12235010 - 12234370
Alignment:
Q  17 aaacattacctggagatgttttggttttggctgattttaaacctgaatcaacgaatgatttgcagagatttggaagaatgtggagttttttgacagttgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12235010 aaacattacctggagatgttttggttttggctgattttaaacctgaatcaatgaatgatttccagagatttggaagaatgtggagttttttgacagttgt 12234911  T
Q  117 gaggacagaagatgagaatgagagtgataaaatggatgctgtttgtcttaaagtcaaggcatcaaaagatcttgatcttgatgagttaagatacaaacct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12234910 gaggacagaagatgagaatgagagtgataaaatggatgctgtttgtcttaaagtcaaggcatcaaaagatcttgatcttgatgagttaagatacaaacct 12234811  T
Q  217 ctttttattgttttcttgacaaatgttgggtcttctagaaaagcatggagtggtctccacatgactaatggtaacttgaagcttgtcaaacaaatcttgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12234810 ctttttattgttttcttgacaaatgttgggtcttatagaaaagcatggagtggtctccacatgactgatggtaacttgaagcttgtcagacaaatcttgt 12234711  T
Q  317 gcaacggcgatgatgaggtaacaaacttgatttctagtagtgttacttaaggtttattgtagcattgtactgttatattatctcttctagctaactaaac 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12234710 gcaacggcgatgacgaggtaacaaacttgatttctagtagtgttacttatggtttattgtagcattgtactgttatattatctcttctagctaactaaac 12234611  T
Q  417 ttcatttctatcatcattattcagttttagtagagcatcttaatgtaatacttgtatgatttcagcattaatgtatatcttcttgtttttcgttaatatt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12234610 ttcatttctatcatcattattcagttttagtagagcatcttaatgtaatacttgtatgatttcagcatttatgtatatcttctcgtttttcgttaatatt 12234511  T
Q  517 atattcacctaaaacctacaatttatgttgaaggcgtgtccaagtatctatctaacattcacacggtatcgacacttgtgatttcatacactcacttcta 616  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12234510 ctattcacctaaaacctacaatttatgttgaaggcgtgtccaagtatctatctaacattcacacggtatcgacacttgtgatttcatacactcacttcta 12234411  T
Q  617 ttttctcaacctattattggagtctttccggtgtctgtgct 657  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12234410 ttttctcaacctattattggtgtctttccggtctctgtgct 12234370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University