View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19897_high_6 (Length: 505)

Name: NF19897_high_6
Description: NF19897
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19897_high_6
NF19897_high_6
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (16-496)||(20292909-20293389)
chr7 (17-487)||(20169357-20169827)
chr7 (16-467)||(20302140-20302591)
chr7 (18-374)||(20300160-20300516)
chr7 (36-466)||(20272132-20272562)
chr7 (16-484)||(20277858-20278326)
chr7 (22-470)||(20063836-20064269)
chr7 (16-466)||(20229980-20230430)
chr7 (16-465)||(20241931-20242380)
chr7 (16-484)||(20282436-20282905)
chr7 (18-361)||(20287673-20288019)
chr7 (40-216)||(20090388-20090564)
chr7 (28-465)||(20262564-20262986)
chr7 (222-368)||(19937428-19937574)
chr7 (222-368)||(19968567-19968713)
chr7 (287-466)||(20090586-20090765)
chr7 (222-318)||(47602086-47602182)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-496)||(40820452-40820937)
chr4 (18-368)||(40825122-40825472)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (322-423)||(134795-134894)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 20293389 - 20292909
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293389 agtagatttccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 20293290  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293289 taacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 20293190  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293189 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 20293090  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20293089 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 20292990  T
Q  416 catcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcattttgtaaagtataat 496  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20292989 catcccaccgcgtttcatctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcattttgtaaagtataat 20292909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 487
Target Start/End: Original strand, 20169357 - 20169827
Alignment:
Q  17 gtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgt 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||| |||| |||||||||||| |||| |||    
T  20169357 gtagattgccggtccaagacatacaaccaatcccatcatcatgagaatatgcaaggcaagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtctgatgt 20169456  T
Q  117 cacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacac 216  Q
     ||||  | |||||| ||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20169457 aacagtcaaaccttcagcaaaatctggaactttaatcatttgtagtttcaaaaacccatcttcctttgtacttgtggttttattgttgaccctttcacac 20169556  T
Q  217 tccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtg 316  Q
    | |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  20169557 tgcaaaggtgtccttcgaacacacccaccggtccagttatgtatattccattgttctatgtttctgggttcaaaccctctcaaacagctacatgttggtg 20169656  T
Q  317 agctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcatc 416  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||   | ||||||||||||| |||||| ||  ||||||||   |||| || |||||||||||||||    
T  20169657 agctcaatgaattacaacttgcaaatgccccacataagtcgtaaacatcacactttgattcccgacttgtccatagaacttgcacttctttcttctcatc 20169756  T
Q  417 atcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcattttgta 487  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||| |||| | || | |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20169757 atcccaccccgtttcttctaattctccttttgaatttaggttatagataaaaaattcatcatcattttgta 20169827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 20302591 - 20302140
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |  || || ||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  20302591 agtaaattcccagtccaagacatgcagccaatcccagcatcgttggagtatgcagtgcaagagcaattctccaagcataagcttctgcatatatctggtg 20302492  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20302491 taacagctacaccttctgcaaaatcgggaactttaaccatctgcaatttcaaaaacccatcttcttttgtacttgtggttttattgttgaccctttcaca 20302392  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    || ||||| | | ||||||||||||||||  |||||||| | | || ||||||| | ||||||  | ||  |||| ||| |||||||||| || |||||     
T  20302391 ctgcaaagatcttctcctaacacacccactagtccaattgtttctattccattcctgtatgttgattggatcaaaccctttcaaacagctgcaaattggc 20302292  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 415  Q
    | |||||||||| ||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||   || | ||  || | |||| || |||||||||||| |    
T  20302291 gtgctcaatgaattacaaattgcaaatgccccgcaaataccataaacatcacactccgatttctggctagtgaatttaacttccacttctttcttctcgt 20302192  T
Q  416 catcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaa 467  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  20302191 cattccaccgcatttcttctaattttccttgtgaattcaggttatagatcaa 20302140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 20300516 - 20300160
Alignment:
Q  18 tagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||      
T  20300516 tagattcctagtccaagacatacaaccaattccagcatcatgagaattcgcaacgcatgagcaattctacaagcataagcttctgcatatgtctggtgca 20300417  T
Q  118 acagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacact 217  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20300416 acagctacaccttctgcaaattcaggaactttaaccatctgcaatatcaaaaatccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttaacact 20300317  T
Q  218 ccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtga 317  Q
      |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| | | || ||||||||| |||     ||||| ||||| || |||||||| | || ||||||||    
T  20300316 gaaaagctgtcctcctgacacacccaccagtccaattgtttctattccattcttgtatcgacttgggttcaaattctttcaaacaggtgcaaattggtga 20300217  T
Q  318 gctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctga 374  Q
     || | ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  20300216 acttagtgaactacagcttgcaaataccccgcatataccataaccatcacactctga 20300160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 36 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 20272562 - 20272132
Alignment:
Q  36 catacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtcacagctacaccttctgca 135  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||| |||| |||||||||||| || ||||| ||   || |||||| |||    
T  20272562 catacagccaatcccatcatcatgagaatatgcaaggcaagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtcaggtgtaacgattaaaccttcagca 20272463  T
Q  136 aaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacactccaaaggtgtcctcctaa 235  Q
    |||||||||||||||| | |||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  20272462 aaatctggaactttaatcgtctgtagtttcaaaatcccatcttcctttgtacttgtggttttattgtggaccctttcgcactgcaaaggtgtcttcctaa 20272363  T
Q  236 cacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctcaatgaactacagct 335  Q
    |||||||||| | ||| || | | |  |||||||   ||| ||| | ||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||| |    
T  20272362 cacacccaccagaccagttgtttattttccattcacgtatatttttaggttcaaatcctttcagacagctgcatattggtgaggtcgatgaactacagat 20272263  T
Q  336 tgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcatcatcccaccgcgtttcgtct 435  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |  | ||||||||||||||||||||||||  |||| |||    
T  20272262 tgcaaatgcgccacatataccataaacatcacactctgaatctcggcttgtccatgtaacatgaacttctttcttctcatcatcccaccgtttttcttct 20272163  T
Q  436 aattttccttgtgaagtcagctgatagatca 466  Q
    |||  ||| |||||| |||  ||||||||||    
T  20272162 aatactccatgtgaattcaaatgatagatca 20272132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 20278326 - 20277858
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| | ||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  20278326 agtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtg 20278227  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    | ||||||| | |||| |||||| |||| ||||| ||| |||  |||||||||||| ||||||||||| | |  ||||||||||||||  ||||   |||    
T  20278226 taacagctaaagcttcagcaaaagctggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctactaca 20278127  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    || |||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  20278126 ctgcaaagtggttctcctaacacacccaccggtccagttatgtccattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggt 20278027  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 415  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| || |||||||||| ||  | | |||||| ||||| |    
T  20278026 gagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccaagtcttggcttgtccatgtaacaataacttcttttttctcgt 20277927  T
Q  416 catcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcatttt 484  Q
    ||| |||| | ||| | |||||||||||||||||| | || ||| |||||| ||| || ||||||||||    
T  20277926 cataccactgtgttgcttctaattttccttgtgaatttaggtgaaagatcacaaagtcctcatcatttt 20277858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 22 - 470
Target Start/End: Original strand, 20063836 - 20064269
Alignment:
Q  22 ttcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtcacag 121  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | ||| |||||| |||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||    
T  20063836 ttcccagtccaagtcatacaaccaatcccagcatcgttagagtacgcagtgcaagagcaattctccaagcataaccttctgcatatgtccggtgtctcag 20063935  T
Q  122 ctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacactccaa 221  Q
    |||  ||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           | |||    ||||||| | |||    
T  20063936 ctattccacttgcaaaatcaggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcttttgtact-----------ttttg----tttcacatttcaa 20064020  T
Q  222 aggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctc 321  Q
     | ||||||||||||||||||||| ||||| || | | || ||||||| | |||| | || ||| |||||||| |||||||||| |||||||||| | ||    
T  20064021 tgatgtcctcctaacacacccacctgtccagttgtttctattccattcctgtatgctcctaggttcaaatcctttcaaacagctgcatattggtgtgttc 20064120  T
Q  322 aatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcatcatccc 421  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||    
T  20064121 aatgaactacagcttgcaaatgccccacatgtaccatatacatcacactctgattttcggctagtccatgtaacttgcacttctttctcctcatcattcc 20064220  T
Q  422 accgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaa 470  Q
    |   |||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  20064221 aagacgtttcttctaattttccttgtgaattaagcttatagatcaaaaa 20064269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 20230430 - 20229980
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || |||||||| | |||||||||| |||||||| | || ||||    
T  20230430 agtagattgccggtccaagacatacagccaatcccatcatcatgagaatacgcaacacaagagcaattctccaaacataagattctgcatctgtcaggtg 20230331  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    || |  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||  || ||||| |||    
T  20230330 tcccttctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcaaaaacccgtcttcctttctacctgtggttttattgccgatccttttaca 20230231  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    || ||| ||| ||| |||||||||||| || ||||| || | | || ||||||| | ||||||    ||  |||| ||| |||||||||| || |||||     
T  20230230 ctgcaatggtttccgcctaacacacccgccagtccagttgtttctattccattcctgtatgttcaccggatcaaaccctttcaaacagctgcaaattggc 20230131  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 415  Q
    | |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | | || || |||||| |||  ||||||||||||||| ||    
T  20230130 gtgctcaatgaattacagcttgtaaatgccccacatagaccataaacatcacactctgagtattggcttttccatgccaccatcatttctttcttctgat 20230031  T
Q  416 catcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatca 466  Q
    |||||||||   |||| || ||| |||||| |||| |||| ||||||||||    
T  20230030 catcccaccatatttcttccaatattccttctgaattcaggtgatagatca 20229980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 20242380 - 20241931
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||  || |||||||| |  ||||||||| |||||||| | || ||||    
T  20242380 agtagattgccggtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgcaacacaagagcaattctctaaacataagattctgcatgtgtcaggtg 20242281  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    | || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||    
T  20242280 taactgctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcagaaacccatcttcctttctacttgtggttttattggtgacccttttaca 20242181  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    |  ||||||| ||  |||||||||||| || ||||| || | | ||||||||||     | ||||||||| |||||||| ||||||| || || | ||||    
T  20242180 cagcaaaggtctctgcctaacacacccgccagtccagttgtttctactccattcacgagtatttctgggttcaaatcctttcaaacaactgcaaactggt 20242081  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcat 415  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||  | ||||||| ||||||||||||||| ||||  | | || || ||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  20242080 gagctcaatgaattacagcttgtaaaatctccacatagaccataaacatcacattctgcgttttggcttttccatctcactttcatttctttattctgat 20241981  T
Q  416 catcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatc 465  Q
    ||||||||| | |||  || ||| |||||| |||| |||| |||||||||    
T  20241980 catcccaccacattttttcaaatattccttttgaattcaggtgatagatc 20241931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 20282905 - 20282436
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| | ||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  20282905 agtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtg 20282806  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactg-gtggttttattgttgaccctttcac 214  Q
    | ||||||| | |||| |||||| | || ||||| |||||||  | ||| ||||| | || ||||||| | ||| ||||||||||||||  || |  |||    
T  20282805 taacagctaaagcttcagcaaaagccggtactttcaccatctgtagtttgaaaaagc-atattcctttct-ctgtgtggttttattgttagccttgccac 20282708  T
Q  215 actccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagc--tacatatt 312  Q
    ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||   ||||||||    
T  20282707 actgcaaaggggttctcctaacacacccaccggtccagttatgtatattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagagatacatatt 20282608  T
Q  313 ggtgagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttct 412  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||| ||  | | |||||||||||    
T  20282607 ggtgagaccaatgaattacagcttgcaaatgccccacatataccataagcatcacactctgagtcttggcttctccatgtaacaataacttctttcttct 20282508  T
Q  413 catcatcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcatttt 484  Q
    | |||||||||||  |||| || ||||||||||||||| | || |||||||||| ||| || |||| |||||    
T  20282507 cctcatcccaccgtctttcttcaaattttccttgtgaattgaggtgatagatcataaagtcctcataatttt 20282436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 20288019 - 20287673
Alignment:
Q  18 tagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||     |||||||| |||||||| |||||||| |  || |||  |||||| ||||| ||||||||     
T  20288019 tagattcccagtccaagacatacaaccaatcccagcggtgtgagaatatgcaatgcaagagcaattctctaagcatcggcttctacatatgtctggtgta 20287920  T
Q  118 acagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctt---tgtactggtggttttattgttgaccctttcac 214  Q
    |  |||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  20287919 agtgctgaaccttgtgcaaaatcaggaactttaaccatcttcaatttcaaaaatccatcttccttctttgtacttgtggtgttattattgaccctttcac 20287820  T
Q  215 actccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattgg 314  Q
    ||| |||| || |||| |||||||||||||| ||||| || ||| || |||| || | | |||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  20287819 actgcaaaagtatccttctaacacacccaccagtccagttgtgtctattccactcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatattgg 20287720  T
Q  315 tgagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaa 361  Q
    | |  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  20287719 taacttcaatgaactacagcttgcgaatgccccacatataccataaa 20287673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 216
Target Start/End: Original strand, 20090388 - 20090564
Alignment:
Q  40 cagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtcacagctacaccttctgcaaaat 139  Q
    ||||||||| |||  || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  20090388 cagccaatctcagtgtcgtgacaatacgcaacgcaggagcaattatgcaaacataagctgctgcatatttctggtgcaacagctacaccttctgcaaaat 20090487  T
Q  140 ctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||| ||||    
T  20090488 ctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtatttgtggttttgttgttaaccttttgacac 20090564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 20262986 - 20262564
Alignment:
Q  28 gtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtcacagctacac 127  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||  || |||||||| | |||||||||| || ||||| | || ||||  || |||| ||    
T  20262986 gtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgcaacacaagagcaattctccaaacataagattttgcatttgtcaggtgcaactgctaaac 20262887  T
Q  128 cttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacactccaaaggtgt 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||         ||||      ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |    
T  20262886 cttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttgaaaaaccc---------tgta------gttttattgctgatcctttcacactgcaaaggtct 20262802  T
Q  228 cctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctcaatgaa 327  Q
    || |||||||||||| || ||||| || | | ||||||||||     | ||||||||| |||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||||||    
T  20262801 ccgcctaacacacccgccagtccagttgtttctactccattcacgagtatttctgggttcaaatcctttcaaacaactgcataccggtgagctcaatgaa 20262702  T
Q  328 ctacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcatcatcccaccgcg 427  Q
     ||||||||| |||  | ||||| | ||||||||||||||| ||||  | | || || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||       
T  20262701 ttacagcttgtaaattctccacagagaccataaacatcacattctgtgttttggcttttccatgtcactttcatttctttattcttatcatcccaccata 20262602  T
Q  428 tttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatc 465  Q
    |||| || ||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  20262601 tttcttcgaatattccttgtgaattcaggtgatagatc 20262564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 222 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 19937574 - 19937428
Alignment:
Q  222 aggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctc 321  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| || ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  19937574 aggtgtcctcctaacacatccttcggtccaattttgtttattccattcctctttgttccttggctcaaaccctttcaaacagctacatattggtgagctt 19937475  T
Q  322 aatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcaca 368  Q
      |||| |||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||    
T  19937474 tgtgaattacagcttgcaaaatgtccacatacaccataaacatcaca 19937428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 222 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 19968713 - 19968567
Alignment:
Q  222 aggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctc 321  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||| ||| |||| || ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  19968713 aggtgtcctcctaacacatccttcggtccaattttgtttattccattcctctttgttccttggctcaaaccctttcaaacagctacatattggtgagctt 19968614  T
Q  322 aatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcaca 368  Q
      |||| |||||||||||||    ||||||| |||||||||||||||    
T  19968613 tgtgaattacagcttgcaaaatgtccacatacaccataaacatcaca 19968567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 287 - 466
Target Start/End: Original strand, 20090586 - 20090765
Alignment:
Q  287 caaatcctctcaaacagctacatattggtgagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgt 386  Q
    ||||||||||||||||  | ||||| |||||| ||||| || ||||  ||||||| |||||||| || ||||||  |||  ||| ||| | | || ||||    
T  20090586 caaatcctctcaaacaaatgcatatcggtgagttcaattaattacacgttgcaaatgccccacaaatgccataacgatcgtactatgacttttggcttgt 20090685  T
Q  387 ccatgtcactttcatttctttcttctcatcatcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatca 466  Q
    |||||| |||  || || |||||| |||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  20090686 ccatgtaactagcacttatttcttgtcatcatcccaccatgtttcttctaatcttccttgtgaattcaggtgatagatca 20090765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 318
Target Start/End: Original strand, 47602086 - 47602182
Alignment:
Q  222 aggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgag 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| || ||||||  ||| |||| || ||| |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  47602086 aggtgtcctcctaacacacccaccagtccatttttgtctattccatttctctttgttccttggttcaaaccctttcaaatagctacatattagtgag 47602182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 496
Target Start/End: Original strand, 40820452 - 40820937
Alignment:
Q  16 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  40820452 agtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgcaggagcaattgtgcagacataagcttctgcatatgtctggtg 40820551  T
Q  116 tcacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcaca 215  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  40820552 taacagctacaccttctgcaaattctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaaacccattttcctttgtactcgtggttttattgctgatcctttcaca 40820651  T
Q  216 ctccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  40820652 ctccaaaggtgtcctcctaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctaaaacagctacatattggc 40820751  T
Q  316 gagctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtc-----catgtcactttcatttctttctt 410  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||     |||||||||||||||||||||||    
T  40820752 gagctcaataaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacactatgattctcggcttgtccatgtcatgtcactttcatttctttctt 40820851  T
Q  411 ctcatcatcccaccgcgtttcgtctaattttccttgtgaagtcagctgatagatcaaaaactcatcatcattttgtaaagtataat 496  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  40820852 ctcatcatcccatcgcgtttcatctaattttccttgtgatgttaggtgatagatcaaaatctcctcatcattttgtaaagtataat 40820937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 368
Target Start/End: Original strand, 40825122 - 40825472
Alignment:
Q  18 tagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtc 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||     |||||||| |||||||| |||||||| |  |  |||  |||| | ||||| ||||||||     
T  40825122 tagattgccagtccaagacatacaaccaatcccagtggtgtgagaatatgcaatgcaagagcaattctctatgcattggcttttacatatgtctggtgta 40825221  T
Q  118 acagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacact 217  Q
    || |||  || || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| |||||||||    
T  40825222 actgctgaactttgtgcaaaatcaggaactttaaccatctgcaatttcaaaaacccatcttcctttgtacttgttgtcttattattgaccttttcacact 40825321  T
Q  218 ccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggtccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtga 317  Q
     |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| || |||| || | | |||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||| |    
T  40825322 gcaaaagtgtccttctaacacacccacctgtccagttgtgtctattccactcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatatcggtaa 40825421  T
Q  318 gctcaatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcaca 368  Q
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  40825422 cttcaatgaactacagcttgaaaatgccccacatataccataaacgtcaca 40825472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 322 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 134894 - 134795
Alignment:
Q  322 aatgaactacagcttgcaaaggccccacatataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgtcactttcatttctttcttctcatcatccc 421  Q
    ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||| || |||| || ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  134894 aatgaactacaacttgcaaatactccacatataccataaa-at-acaccctaattctcaacttgtccatgtcactttcgtttctttcttctcatcatccc 134797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University