View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19898_low_1 (Length: 943)

Name: NF19898_low_1
Description: NF19898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19898_low_1
NF19898_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-926)||(33502778-33503683)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 840; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 33503683 - 33502778
Alignment:
Q  11 agcaaaggagaaagaagaaaagaagttaactgcaaaaaccactcaagaacaggatgatatccctcttttttattcagacatcatgcccctccttgtaaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503683 agcaaaggagaaagaagaaaagaagttaactgcaaaaaccactcaagaacaggatgatatccctcttttttattcagacatcatgcccctccttgtaaga 33503584  T
Q  111 acattttcttcttcattttttaaattttgaaaccaagccagattgatacaggtacattgaaattgaatatttatgattttaggtccaaagtgtaactggt 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503583 acattttcttcttcatttttaaaaatttgaaaccaagccagattgatacaagtacattgaa------tatttatgattttaggtccaaagtgtaactggt 33503490  T
Q  211 tacttactcttactttgtacaacttgctttctaatcatattgcataaattatctcaccaggttactaatgagccaactgttggagaggatgcatttgtat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503489 tacttactcttactttgtacaacttgctttctaatcatattgcataaattatctcaccaggttactaatgagccaactgttggagaggatgcatttgtat 33503390  T
Q  311 ggttgggatcattagttccattagtagcagatgttgcgaatggaaggttcacttttgaatctttaacagcaccaacaggcctccgactacattttccagc 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503389 ggttgggatcattagttccattagtagcagatgtagcgaatggaaggttcacttttgaatctttaacagcaccaacaggcctccgactacattttccagc 33503290  T
Q  411 atacgacatgttcctgaaagaaatggacaagtaatgctttgatctgattaaagataattttctggagttcaaaaaattaatacattaatatgtattgata 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  33503289 atacgacatgttcctgaaagaaatggacaagtaatgctttgatctgattaaagataattttctggagttcaaaaagttaatacattgatatgtattgata 33503190  T
Q  511 tataacttcgggttgaggccaatcttcctgcaggaagatatatatggctttattcccttccctacctagctaggctaactgcatgatacatgcctccata 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503189 tataacttcgggttgaggccaatcttcctgcaggaagatatatatggctttactcccttccctacctagctaggctaactgcatgatacatgcctccata 33503090  T
Q  611 ataattttgtaatgttcaatcgttgataataagtttatatatttctttgatattcattcattcataattctagcatcaagaggcaaaatgattttgtagc 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503089 ataattttgtaatgttcaatcgttgataataagtttttatatttctttgatattcat----tcataattctagcatcaagaggcaaaatgattttgtagc 33502994  T
Q  711 gggatgagacatttgcaaaatcaatagattcgagttagaatcaactatagagccaaaataattttgtagcggcataagaatcaatttgaggcaaaatgat 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33502993 gggatgagacatttgcaaaatcaatagattcgagttagaatcaactatagaggcaaaataattttgtagcggcataagaatcaatttgaggcaaaatgat 33502894  T
Q  811 tgtgtaactacatgatacatgccgttataacgattttgtaatgattctataggtgcataaggcatttgcagaaacaggcaacaccatctggtgtggaact 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33502893 tgtgtaactacatgatacatgccgttataacgattttgtaatgattctataggtgcataaggcatttgcagaaacaggcaacaccatctggtgtggaact 33502794  T
Q  911 ggaagaagacgaatat 926  Q
    ||||||||||||||||    
T  33502793 ggaagaagacgaatat 33502778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University