View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19899_low_1 (Length: 834)

Name: NF19899_low_1
Description: NF19899
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19899_low_1
NF19899_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-816)||(30737116-30737915)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 30737915 - 30737116
Alignment:
Q  1 ggattgaagttaattgaagaagtggattttcaaagatcattttatccaggttattataacaagagaggatcaggctcgaaatgtaaccagagtttccata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737915 ggattgaagttaattgaagaagtggattttcaaagatcattttatccaggttattataacaagagaggatcaggctcgaaatgtaaccagagtttccata 30737816  T
Q  101 ttggaaggagtagtacctacaaattttgtagggttttttattttgaaaaggaaatttttcctttgtattgagtacgtagtaatctcaacaagtttgtgca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30737815 ttggaaggagtagtacctacaaattttgtagggttttttattttgaagaggaaatttttcctttgtattgagtacgtagtaatctcaacaagtttctgca 30737716  T
Q  201 tttatcaagaaggtatttcttgatgcaaatttgacacacttaaatagagtctttctctatgctgaagtggaggaatctgatatctgagtgaaggatcttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  30737715 tttatcaagaaggtatttcttgatgtaaatttgacacacttaaatagaggctttctctatgctgaagtggacgagtctgatatatgagtgaaggatcttc 30737616  T
Q  301 acagacatgacttattatgcttgggtcaaggcataatttaacat-gatgtatataaaacatctatgatgcttcttttgtattggaggcttccaatagatt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737615 acagacatgacttattatgcttgagtcaaggcataagttaacatggatgtatataaaacatctatgatacttcttttgtattggaggcttccaatagatt 30737516  T
Q  400 ttgtgtccttgcttcaatgatgaattcattgcatagtgtttacatcgagagatgtaagttggctcggatgtatttaaaacattcgagaccaggcattttt 499  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737515 tcgtgtccttgcttcaaggatgaattcattccatagtgtttac--------atgtaagttggctcggatgtatttaaaacattcgagaccaggcattttt 30737424  T
Q  500 ctacaaatgctcgacttggtttttactgaattaaaccaatgatggggtagaggaaccttgatcttcccttcattattgaattagaggaacaattgttcca 599  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737423 ctacaaatgctcgacttggtttttcctgaattaaaccaatgatggggtagaggaaccttgatcttcccttcattattgaattagaggaacaattgttcca 30737324  T
Q  600 tcagaggatcgattacatgactcagatttcttagccattgtttctacttgatgccattccttggactgaatggatgcacttgccgttgtggggaacgcaa 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30737323 tcagaggatcgattacatgactcagatttcttagccattgtttctacttgatgccattccttggactgaattgatgcacctgccgttgtggggaacgcaa 30737224  T
Q  700 cttctgttcaaccagatgtagagagatgccttgttgaatcctagcatagagatgcttccatagagtctagattcatgtatcgtgtagatctttatttgac 799  Q
    ||||||         ||| |  |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737223 cttctg--------aatgga-tgccattccttgttgaatcctagcatagagatgcttccatagagtttagattcatgtatcgtgtagatctttatttgac 30737133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University