View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19903_low_3 (Length: 661)

Name: NF19903_low_3
Description: NF19903
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19903_low_3
NF19903_low_3
[»] chr3 (30 HSPs)
chr3 (13-454)||(23385689-23386118)
chr3 (13-454)||(23462679-23463120)
chr3 (13-452)||(23404060-23404487)
chr3 (36-323)||(23351374-23351661)
chr3 (13-368)||(23439253-23439614)
chr3 (45-327)||(23471821-23472103)
chr3 (13-285)||(23498403-23498675)
chr3 (19-285)||(23477960-23478226)
chr3 (13-285)||(23446654-23446926)
chr3 (450-643)||(23454993-23455186)
chr3 (458-643)||(23352883-23353068)
chr3 (458-643)||(23464223-23464408)
chr3 (463-643)||(23405597-23405777)
chr3 (450-643)||(23387210-23387403)
chr3 (450-643)||(23448228-23448421)
chr3 (450-643)||(23479517-23479710)
chr3 (450-643)||(23499996-23500189)
chr3 (17-288)||(23453434-23453701)
chr3 (450-643)||(23473381-23473574)
chr3 (450-643)||(23440849-23441042)
chr3 (371-454)||(23453816-23453899)
chr3 (374-453)||(23472204-23472283)
chr3 (373-453)||(23439668-23439748)
chr3 (375-454)||(23351699-23351778)
chr3 (371-454)||(23447046-23447129)
chr3 (371-454)||(23478346-23478429)
chr3 (375-454)||(23498829-23498908)
chr3 (292-334)||(23498713-23498755)
chr3 (373-413)||(36002285-36002325)
chr3 (373-413)||(36023390-36023430)
[»] scaffold0201 (3 HSPs)
scaffold0201 (13-314)||(10824-11125)
scaffold0201 (464-643)||(12393-12572)
scaffold0201 (373-454)||(11200-11281)
[»] scaffold0570 (1 HSPs)
scaffold0570 (536-643)||(10685-10792)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (45-102)||(12897546-12897603)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 30)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Original strand, 23385689 - 23386118
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23385689 gagatgaacaaccattgagtaaaagtacacagagagattttgaatgaatgttggatttaaggctttcaatctttatgcaacctcttaaatctagatatat 23385788  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  23385789 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagctgacgcaggctttcacattccgagagatgtattctgtcaagatttatagccctagataagtctggg 23385888  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23385889 atctcaatcagatctttggaggattcaagccaaagtactcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 23385988  T
Q  313 acaaaacctagttaaacataaagagaaacatcctagctctgctgcaattttgtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 412  Q
    |||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23385989 acaaaacctagtt------------aaacatcctagctctgctgcaattttgtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 23386076  T
Q  413 tttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23386077 tttgattcatgcaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 23386118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Original strand, 23462679 - 23463120
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||      
T  23462679 gagatgaacaaccattgagtaagagttgacgaagagattttgaatgaatgtttgttttaaggctttcaatacttatgcaacctcttaagtctagatattg 23462778  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||  |||     ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23462779 aagttgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaagctttcacattccgagagaagtacaacaacaagatttgtagccctagataagtctggg 23462878  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23462879 atctcaatcagatctttggaggatcgaagccaaagtgttcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 23462978  T
Q  313 acaaaacctagttaaacataaagagaaacatcctagctctgctgcaattttgtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23462979 acaaaacctagttaaacataaagagaaacatcctagctctgctgcaatttagtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 23463078  T
Q  413 tttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    | |||  |||| |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  23463079 tatgactcatgcaaagatatacaagcatttcagcacaaaagg 23463120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Original strand, 23404060 - 23404487
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||      
T  23404060 gagatgaacaaccattgagtaagagttgacaaagagattttgaatgaatgtttgttttaaggctttcaatacttatgcaacctcttaagtctagatattg 23404159  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||  |||  |  ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23404160 aagttgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaagctttcacattccgagagaagtacaatagcaagatttgtagccctagataagtctggg 23404259  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23404260 atctcaatcagatctttggaggattcaagccaaagtgttcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 23404359  T
Q  313 acaaaacctagttaaacataaagagaaacatcctagctctgctgcaattttgtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 412  Q
    |||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23404360 acaaaacctagtt------------aaacatcctagctctgctgcaattttgtgaaaaacatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgc 23404447  T
Q  413 tttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaa 452  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23404448 tttgagccatgcaaagctctacaagcatttcagcacaaaa 23404487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 36 - 323
Target Start/End: Original strand, 23351374 - 23351661
Alignment:
Q  36 agttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgtaattcgagggagagaaaagatgg 135  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  23351374 agtttacaaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttatgcaatcttctaaatctagaaatataagtcgagggagagaaaagatgg 23351473  T
Q  136 atggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcagggatctcaatcagatctttggagga 235  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23351474 atggatggagctgacgcaggctttcacattgacagagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtctgggatctcaatcagatctttggagga 23351573  T
Q  236 ctgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaaacaaaacctag 323  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23351574 ttgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaataagaaataaacatgcatgagttttgattaaaagagaaacaaaacctag 23351661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 368
Target Start/End: Original strand, 23439253 - 23439614
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||  | |||||||||| |||||||||| ||||    
T  23439253 gagatgaacaaccatccagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttcgttttaaggctttcaatagtaatgcaacctcctaaatctagaaatgt 23439352  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23439353 aagtcgagggagagaaaagatggatggatggagctgacgcaagctttcacattgacagagagatgctcttccaagatttgtagccctagataagtcgggg 23439452  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttaga-ttcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagaga 311  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||    ||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23439453 atctcaatcagatctttggagtaattaaggcagattgtgattagattttacaagattctgtaacaagaaataaacatgcataagtgttgattaaaagaga 23439552  T
Q  312 aacaaaacctagttaaacataaagaga-----aacatcctagctctgctgcaattttgtgaa 368  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||       ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23439553 aacaaaacctagttaagaataaatagaggcatgtcatcctagctctgctacaattttgtgaa 23439614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 45 - 327
Target Start/End: Original strand, 23471821 - 23472103
Alignment:
Q  45 agagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgtaattcgagggagagaaaagatggatggatgga 144  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||     ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23471821 agagaatttgaatgaatattggttttaaggctttcgatctttatgcaacctcctaaatctagtacaataagtcgagggagagaaaagatgtatggatgga 23471920  T
Q  145 gttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcagggatctcaatcagatctttggaggactgaagcat 244  Q
    | ||||||||||||||||||  |  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | | |||  |    
T  23471921 gatgacgcaggctttcacatttatagagatgtactttttcaagatttgtagccctagataagtttgggatctcaatcagatctttggagtaattaaggct 23472020  T
Q  245 aattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaaacaaaacctagttaa 327  Q
    || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23472021 aaatgtgattagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatgcattagtgtcgattaaaagagaaacaaaacctagttaa 23472103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 23498403 - 23498675
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |    
T  23498403 gagaagaacaaccatcgagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatct 23498502  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    ||    ||||||||||||||| || | |||||| |||| ||||||||||||| ||   ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  23498503 aagatcagggagagaaaagatcgaagaatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctggg 23498602  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 285  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||  || |    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23498603 atctcaatcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 23498675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 23477960 - 23478226
Alignment:
Q  19 aacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgtaattcg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||        
T  23477960 aacaaccatcaagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatctaagatc 23478059  T
Q  119 agggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcagggatctca 218  Q
    ||||||||||||||| || | |||||| |||| ||||||||||||| ||   ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  23478060 agggagagaaaagatagaagaatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctgggatctca 23478159  T
Q  219 atcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 285  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||  || |    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23478160 atcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 23478226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 23446654 - 23446926
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||||||| |    
T  23446654 gagatgcacaaccatcgagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcagtctcgtaaatctagatatct 23446753  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    ||    |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||   ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  23446754 aagatcagggagagaaaagatggaaggatggagctgacccaggctttcacattgaaaaagatatactctatgaagatttgtagccttagataagtctggg 23446853  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaa 285  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | ||||  || |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23446854 atctcaatcagatttttggaggattcaagccaaagtatgtttagattcacaagattctgtaaaaagaaataaa 23446926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23454993 - 23455186
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  23454993 aaagggacttctatgtagggtgcatcaggatgaagattttcttcctataacaatgaagataaaagtttattgtatacaacattgagtccatacttgtttg 23455092  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||    
T  23455093 attcatccattacattgaggaagcaacgaccttcgaattgggaataaagtttagcatataaagtcttagcaagggttgtctttcctatgccacc 23455186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 458 - 643
Target Start/End: Original strand, 23352883 - 23353068
Alignment:
Q  458 ttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttgattcatcc 557  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |  | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23352883 ttctatgtaggatgcatcaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaaatttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatcc 23352982  T
Q  558 attacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  23352983 attacattgaggaagcaacgaccttcgaattgggaataaagtttagcatataaagtcctagcaagggtggtctttcctatgccacc 23353068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 458 - 643
Target Start/End: Original strand, 23464223 - 23464408
Alignment:
Q  458 ttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttgattcatcc 557  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23464223 ttctatgtaggatgcatcgggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatcc 23464322  T
Q  558 attacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||| | |||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23464323 attacatagtggaagcaaagaacttcaaattgggaataaagtttaccaaataaagtcctagcaatggtggtctttcctatgccacc 23464408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 463 - 643
Target Start/End: Original strand, 23405597 - 23405777
Alignment:
Q  463 tgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttgattcatccattac 562  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23405597 tgtaggatgcatcgggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtgtagaccattgactccatacttgtttgattcatccattac 23405696  T
Q  563 attgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    || | |||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23405697 atagtggaagcaaagaacttcaaattgggaataaagtttaccaaataaagtcctagcaatggtggtctttcctatgccacc 23405777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23387210 - 23387403
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| || ||||| ||| ||||    
T  23387210 aaaggggattctatgtaggatgcataaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagacagaagtttattgtataaaacatcgagtccatgcttttttg 23387309  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||    
T  23387310 attcatccattacattgaggaagcaacgaccttcaaattgggaataaagtttaccatataaagtcttagcaagggtggtctttcctatgccacc 23387403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23448228 - 23448421
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||    
T  23448228 aaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacagaagtttattgtgtagaacattgagtccatacttgtttg 23448327  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||| |||||    
T  23448328 attcatccattacattgaggacgcaacgaccttcgaattgggaaaaatgtttagcatataatgtcttagcaagggtggtctttcctatcccacc 23448421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23479517 - 23479710
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||||||||||    
T  23479517 aaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgagtacaacattaagtccatacttgtttg 23479616  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| | ||||| | |||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  23479617 attcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccctagcaagggtggtctttcctatgccacc 23479710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23499996 - 23500189
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||||||||||    
T  23499996 aaaggggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgagtacaacattaagtccatacttgtttg 23500095  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| | ||||| | |||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  23500096 attcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccctagcaagggtggtctttcctatgccacc 23500189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 288
Target Start/End: Original strand, 23453434 - 23453701
Alignment:
Q  17 tgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgtaatt 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||      
T  23453434 tgaacaaccatcgagtaagagttcacgaagagattttgaatgaatgttggttttaaggctttcaatctttttgcaacctcgtaaatctagatatctaaga 23453533  T
Q  117 cgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcagggatct 216  Q
      ||||||| | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||     || | | ||||  | |||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  23453534 tcagggagacagaagatggaaggatggagctgacacaggctttcacat----tgaaaaacactccatgaagatttgtatccttagataagtctgggatct 23453629  T
Q  217 caatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacat 288  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||   | |    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23453630 caatcagatctttggaggattcaagccggagtatgtttagattcacaagattctgtaacaataaataaacat 23453701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23473381 - 23473574
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||||||    
T  23473381 aaagtggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaagtttattgtatacaacattatgtccatacctgtttg 23473480  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||| | ||||||| | || ||||| ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  23473481 attcatccattacattgagaaagcaacaaccttcaaattgagaataaattatagcatatgaagccctagcaagagtggtctttcctatgccacc 23473574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 450 - 643
Target Start/End: Original strand, 23440849 - 23441042
Alignment:
Q  450 aaaggggcttctgtgtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttg 549  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||||||    
T  23440849 aaagtggcttctatgtaggatgcatcaggatgaatattttcctcctctaacaatgaggataaaagtttattgtatacaacattatgtccatacctgtttg 23440948  T
Q  550 attcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||   ||||| ||| | ||||||| | || ||||| ||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  23440949 attcatcaattacattgagaaagcaacaaccttcaaattgagaataaattatagcatatgaagccctagcaagagtggtctttcctatgccacc 23441042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 371 - 454
Target Start/End: Original strand, 23453816 - 23453899
Alignment:
Q  371 acatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23453816 acatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctatgacccatgtgaagctctatgagcatttcagcacaaaagg 23453899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 374 - 453
Target Start/End: Original strand, 23472204 - 23472283
Alignment:
Q  374 tttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaag 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23472204 tttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctatgagtcatgtgaagctctacaagcatttcagcacaaaag 23472283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 373 - 453
Target Start/End: Original strand, 23439668 - 23439748
Alignment:
Q  373 atttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaag 453  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23439668 atttgtacctgaactccatctcagagatttttaagcttgctatgagtcatgctaagctctacaagcatttcagcacaaaag 23439748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 375 - 454
Target Start/End: Original strand, 23351699 - 23351778
Alignment:
Q  375 ttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  23351699 ttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgcaatgagtcatgtgaagctcaataagcatttcagcacaaaagg 23351778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 371 - 454
Target Start/End: Original strand, 23447046 - 23447129
Alignment:
Q  371 acatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  || |  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23447046 acatttgtacctgaactccatcccatagctttttaagcttgctatgactcaagtgaagctctatgagcatttcagcacaaaagg 23447129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 371 - 454
Target Start/End: Original strand, 23478346 - 23478429
Alignment:
Q  371 acatttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  || |  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23478346 acatttgtacctgaactccatcccatagctttttaagcttgctatgactcaagtgaagctctatgagcatttcagcacaaaagg 23478429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 375 - 454
Target Start/End: Original strand, 23498829 - 23498908
Alignment:
Q  375 ttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  || |  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23498829 ttgtacctgaactccatcccatagctttttaagcttgctatgactcaagtgaagctctatgagcatttcagcacaaaagg 23498908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 334
Target Start/End: Original strand, 23498713 - 23498755
Alignment:
Q  292 tgagtgttgattaaaagagaaacaaaacctagttaaacataaa 334  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  23498713 tgagtgttgattaaaagagaaactaaacctaattaagcataaa 23498755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 373 - 413
Target Start/End: Original strand, 36002285 - 36002325
Alignment:
Q  373 atttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgct 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  36002285 atttgtacctgaattccatcccatagctttttaagtttgct 36002325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 373 - 413
Target Start/End: Original strand, 36023390 - 36023430
Alignment:
Q  373 atttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgct 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  36023390 atttgtacctgaattccatcccaaagcttttttagcttgct 36023430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 3)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 13 - 314
Target Start/End: Original strand, 10824 - 11125
Alignment:
Q  13 gagatgaacaaccatcaagtaagagttcacaaagagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaatctagatatgt 112  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| |||  ||||||||||||||||| | || |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||       
T  10824 gagatgaacaaccattgagtaaaagtacacggagagattttgaatgaatctcggctttaaggctttcaatatttatgcaacctcgtaaatctagataatc 10923  T
Q  113 aattcgagggagagaaaagatggatggatggagttgacgcaggctttcacatcgacggagatatactctttcaagatttgtagccctagataagtcaggg 212  Q
    || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||  ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||| | |    
T  10924 aagtcgagggagagaaaggatggatgtatggagctgacgcaggcttttacattgagtgagatatagactttgaagatttgtagccctggataagtctgag 11023  T
Q  213 atctcaatcagatctttggaggactgaagcataattgatcttagattcacaagattctgtaacaagaaataaacatccatgagtgttgattaaaagagaa 312  Q
    | |||||| |||||||| |||    |||||  ||    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  11024 agctcaatgagatctttagagtttggaagcgaaagaactgttagattcacaagatcctgtaacaagaaataaacaagcatgagtgttgattaaaagagaa 11123  T
Q  313 ac 314  Q
    ||    
T  11124 ac 11125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 464 - 643
Target Start/End: Original strand, 12393 - 12572
Alignment:
Q  464 gtaggatgcatcaggatgaattttttcttcctctaacaatgaagacaaaagtttattgtatgcaacattgaatccatacttgtttgattcatccattaca 563  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  12393 gtaggatgcatcaggatgaagattttcttcctctaacaatgaagaaaaaagtttactgtgtataacattgagtccatacttgtttgattcatcccttaca 12492  T
Q  564 ttgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcctatgccacc 643  Q
    || ||||| |||  |||||| ||| |||||||||||||  |||||||||| || | || |||||| |||| |||||||||    
T  12493 ttaaggaaacaaccgccttcaaattgggaataaagttttgcatataaagtactcgcaagggtggtttttcgtatgccacc 12572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 373 - 454
Target Start/End: Original strand, 11200 - 11281
Alignment:
Q  373 atttgtacctgaactccatcccagagctttttaagcttgctttgatccatggaaagctctacaagcatttcagcacaaaagg 454  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||    ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  11200 atttttacctgaactccttcccagagctttttaagcttgctatgacgcaattgaagctctacgagcattttagcagaaaagg 11281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 536 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 10792 - 10685
Alignment:
Q  536 tccatacttgtttgattcatccattacattgaggaagcaatggccttcgaatcgggaataaagtttaccatataaagtcctagaaatggtggtctttcct 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| | ||||| | |||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  10792 tccatacttgtttgattcatccattacattgagtaagcaacaaccttcgaattgagaatacattttagcatataaagccctagcaagggtggtctttcct 10693  T
Q  636 atgccacc 643  Q
    ||||||||    
T  10692 atgccacc 10685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 12897603 - 12897546
Alignment:
Q  45 agagattttgaatgaatgttggatttaaggcttccaatctttatgcaacctcttaaat 102  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  12897603 agagattttgaatgaatgttagttttcaggctttcaatctttttgcaaccttttaaat 12897546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University