View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19913_low_27 (Length: 428)

Name: NF19913_low_27
Description: NF19913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19913_low_27
NF19913_low_27
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (145-414)||(8842981-8843250)
chr6 (145-359)||(8647446-8647660)
chr6 (145-359)||(8507687-8507901)
chr6 (158-363)||(8527226-8527431)
chr6 (158-363)||(8541058-8541263)
chr6 (158-354)||(8514354-8514550)
chr6 (161-358)||(8548690-8548887)
chr6 (158-342)||(5082705-5082888)
chr6 (177-358)||(8625444-8625625)
chr6 (157-414)||(8834167-8834412)
chr6 (157-414)||(8830457-8830702)
chr6 (178-318)||(8627385-8627517)
chr6 (1-67)||(8842828-8842894)
chr6 (269-357)||(8504602-8504690)
chr6 (307-358)||(8632050-8632100)
chr6 (303-357)||(8639577-8639632)
chr6 (9-42)||(8830842-8830875)
chr6 (9-42)||(8834548-8834581)
chr6 (265-349)||(8443944-8444028)
chr6 (265-349)||(8452748-8452832)
chr6 (16-48)||(8647792-8647824)
[»] scaffold0155 (2 HSPs)
scaffold0155 (145-359)||(26052-26266)
scaffold0155 (158-359)||(34229-34430)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (187-359)||(10779787-10779962)
chr4 (187-359)||(10973396-10973571)
chr4 (160-306)||(10782148-10782297)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (215-341)||(4538662-4538788)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 145 - 414
Target Start/End: Original strand, 8842981 - 8843250
Alignment:
Q  145 gagtcgatacttttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaa 244  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8842981 gagtcgatacttctctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatatcatttgcaaa 8843080  T
Q  245 gaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8843081 gaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatg 8843180  T
Q  345 tgcttaatgacaattcgtcccgcgcatttgacctaatgaagaacttgatggatattgctgaaaatgatac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8843181 tgcttaatgacaattcgtcccgcgcatttgacctaatgaagaacttgatggatattgctgaaaatgatac 8843250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 145 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 8647660 - 8647446
Alignment:
Q  145 gagtcgatacttttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaa 244  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8647660 gagtcaatacttctctctcttgttgatgctttttgttctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagccaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaga 8647561  T
Q  245 gaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatg 344  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  8647560 gaagcctccaatcctacatattgttcaaatcttctcaactcaaagcaaggaggtgcaaaaggtgtagatcttgtcgaccttgcagaatacacaattgatg 8647461  T
Q  345 tgcttaatgacaatt 359  Q
    |||||| ||| ||||    
T  8647460 tgcttagtgagaatt 8647446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 145 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 8507901 - 8507687
Alignment:
Q  145 gagtcgatacttttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaa 244  Q
    ||||| ||| || |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8507901 gagtcaatatttctctctctacttggtgattcttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagccaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaa 8507802  T
Q  245 gaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatg 344  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  8507801 gaagcctccaatccttcattttgttcaaatcttctcaactcaaaaccaggatgagcaaaaagtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattaagg 8507702  T
Q  345 tgcttaatgacaatt 359  Q
    ||||| |||| ||||    
T  8507701 tgcttgatgaaaatt 8507687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 158 - 363
Target Start/End: Original strand, 8527226 - 8527431
Alignment:
Q  158 tctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 257  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  8527226 tctctcttgttggtgcttttgattctatgtgttgcttcctccaattcaatctcagccaaagttgttgatgtggatatcatttgcaaagaagcatccaatc 8527325  T
Q  258 ctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 357  Q
    || ||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  8527326 cttcgtattgctcaaatcttctcaattcgaagccaggaggtgcaaaaggtgtagatcttgtcgaccttgcacgatacacaattgatgtgcttaataataa 8527425  T
Q  358 ttcgtc 363  Q
    ||||||    
T  8527426 ttcgtc 8527431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 158 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 8541263 - 8541058
Alignment:
Q  158 tctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 257  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  8541263 tctctcttgttggtgcttttgattctatgtgttgcttcctccaattcaatctcagccaaagttgttgatgtggatatcatttgcaaagaagcatccaatc 8541164  T
Q  258 ctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 357  Q
    || ||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  8541163 cttcgtattgctcaaatcttctcaattcgaagccaggaggtgcaaaaggtgtagatcttgtcgaccttgcacgatacacaattgatgtgcttaataataa 8541064  T
Q  358 ttcgtc 363  Q
    ||||||    
T  8541063 ttcgtc 8541058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 158 - 354
Target Start/End: Original strand, 8514354 - 8514550
Alignment:
Q  158 tctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 257  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  8514354 tctctcttgctggtgcttcttattctatgttttgcttcctccaattcaatttcagccgaagttgttgacgtagatatcatttgcaaagaagcctctaatc 8514453  T
Q  258 ctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatga 354  Q
       ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514454 aatcgtattgctcaaatcttctcaactcgaagccaggaggtgcaaaaggtgtagatcttgttgaccttgcacaatacacaattgatgtgcttaatga 8514550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 161 - 358
Target Start/End: Original strand, 8548690 - 8548887
Alignment:
Q  161 ctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatccta 260  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||     
T  8548690 ctcttgttagtgcttcttattctatgtgttgcttccttcaattcaatttcagccaaagttgttgatgtagatgtcatctgcaatgaagcttccaatcctt 8548789  T
Q  261 cgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaat 358  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  8548790 catattgttcgtatcttctcaactcaaagccaggaggagcaaaaggtgtagatcttgtccaccttgcagaatacatacttgatgtgcttgatcacaat 8548887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 158 - 342
Target Start/End: Original strand, 5082705 - 5082888
Alignment:
Q  158 tctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 257  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5082705 tctctcttgttggtgctttttgttctctgtgtaacttcctccaattcaatttcagccaaagttattgatgttgatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 5082804  T
Q  258 ctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattga 342  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| | ||||||||||||    
T  5082805 aatcatattgttcaaatcttctcaactcaaagccaggaggagcaaaaggt-cagatcttgtcgaccttgcgcgatacacaattga 5082888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 177 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 8625625 - 8625444
Alignment:
Q  177 ttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatcctacgtattgttcaaatct 276  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8625625 ttattctatttgttgtttccttcaattcaatttcagccaaagttgttgatgtagatgtcatctgcaatgaagcttccaatccttcatattgttcatatct 8625526  T
Q  277 tctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaat 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  | |||||| |||||| | ||||||||||| || |||||    
T  8625525 tctcaactcaaagccaggaggagcaaaaggcgtagatcttgtccaccttgcagaatacatacttgatgtgcttgatcacaat 8625444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 157 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 8834412 - 8834167
Alignment:
Q  157 ttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaat 256  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||    
T  8834412 ttctctcttgttggtgcttcttattctatgtgttgcctcctccaattcagtttcagccaaagttgttgatgtagatgtcatttgcagagaatcctccgat 8834313  T
Q  257 cctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgaca 356  Q
    | | | |||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  8834312 cattcatattgttcaaatcttctcaactcaaag------------cgaggtgtagatcttgtgaaccttgcacaatacacaattgatgtgctcaataaca 8834225  T
Q  357 attcgtcccgcgcatttgacctaatgaagaacttgatggatattgctgaaaatgatac 414  Q
    ||| | ||| ||||| ||||||||| | | || |||  || |||||||| ||||||||    
T  8834224 attggacccacgcatatgacctaatcagggacatgactgaaattgctgagaatgatac 8834167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 157 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 8830702 - 8830457
Alignment:
Q  157 ttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaat 256  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  8830702 ttctctcttgttggtgcttcttattctatgtgttgcctcctccaattcagtttcagccaaagttgttgatgtagatctcatttgcagagaagcctccgat 8830603  T
Q  257 cctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgaca 356  Q
    | | | ||||||||||||||||| |||||||||              |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  8830602 cattcatattgttcaaatcttctaaactcaaag------------cgaggtgtagatcttgtgaaccttgcacaatacacaattgatgtgctcaataaca 8830515  T
Q  357 attcgtcccgcgcatttgacctaatgaagaacttgatggatattgctgaaaatgatac 414  Q
    ||| | ||| ||||| ||||||||| | | || |||  || |||||||| ||||||||    
T  8830514 attggacccacgcatatgacctaatcagggacatgactgaaattgctgagaatgatac 8830457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 318
Target Start/End: Original strand, 8627385 - 8627517
Alignment:
Q  178 tattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatcctacgtattgttcaaatctt 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||        |||||| | |||||||||||||||    
T  8627385 tattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagccaaagttattgatgtagatgtcatttgcagag--------aatccttcatattgttcaaatctt 8627476  T
Q  278 ctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgt 318  Q
    |||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||    
T  8627477 ctcaactcaaagccagttggtgcaaaaggtgtagatcttgt 8627517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 8842828 - 8842894
Alignment:
Q  1 agaattgcatttaattaattgaccagaattcaattagaattatattcacatacgacttgtccatgac 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8842828 agaattgcatttaattaattgaccagtattcaattagaattatattcacatacgacttgtccatgac 8842894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 8504690 - 8504602
Alignment:
Q  269 tcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 357  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8504690 tcaaattttctcaatttaaagtcaggaggagcaaaaggcgtagatcttcttgaccctacacaacacacaattgatgtgcttcatgacaa 8504602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 307 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 8632100 - 8632050
Alignment:
Q  307 tgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaat 358  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8632100 tgtagatattgttgaccttgcacaatacacaattgatgtgc-taatgacaat 8632050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 357
Target Start/End: Original strand, 8639577 - 8639632
Alignment:
Q  303 aaggtgtagatcttgttgatctt-gcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 357  Q
    ||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8639577 aaggtgtagatatcgttgacctttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 8639632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 8830875 - 8830842
Alignment:
Q  9 atttaattaattgaccagaattcaattagaatta 42  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8830875 atttaattaattgaccagaattcaattagaatta 8830842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 8834581 - 8834548
Alignment:
Q  9 atttaattaattgaccagaattcaattagaatta 42  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8834581 atttaattaattgaccagaattcaattagaatta 8834548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 349
Target Start/End: Original strand, 8443944 - 8444028
Alignment:
Q  265 ttgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgctt 349  Q
    ||||||||  |||||||| |||||| | ||||| |||||||| | ||| || | |  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  8443944 ttgttcaacccttctcaattcaaagcccggaggggcaaaaggcgcagacctcgctactcttgcgcaatacacaattgatgtgctt 8444028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 349
Target Start/End: Original strand, 8452748 - 8452832
Alignment:
Q  265 ttgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgctt 349  Q
    ||||||||  |||||||| |||||| | ||||| |||||||| | ||| || | |  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  8452748 ttgttcaacccttctcaattcaaagcccggaggggcaaaaggcgcagacctcgctactcttgcgcaatacacaattgatgtgctt 8452832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 8647824 - 8647792
Alignment:
Q  16 taattgaccagaattcaattagaattatattca 48  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8647824 taattgaccagaatacaattagaattatattca 8647792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 145 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 26266 - 26052
Alignment:
Q  145 gagtcgatacttttctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaa 244  Q
    ||||| |||||  ||||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26266 gagtcaatactcctctctcttgttagtgtttgttattctatgtttttcttcctccaattcaatttcagccaaagttgttgatgtagatgttatttgcaaa 26167  T
Q  245 gaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatg 344  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||    
T  26166 gaagcatccaatccttcatattgttcaaatctcctcaactcaaagccaggaggagcaaaaaatgtagatcttgttgatcttgcaaattacactattggtg 26067  T
Q  345 tgcttaatgacaatt 359  Q
    || |||| |||||||    
T  26066 tggttaaggacaatt 26052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 158 - 359
Target Start/End: Original strand, 34229 - 34430
Alignment:
Q  158 tctctcttgttggtgctttttattctatgtgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatc 257  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| ||  | ||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  34229 tctctcttgttggggctttttattctacatgttgtttcctctaaatcaatatccaccaaagttgttgaagtaaaagtcatttgtaaagaagcccccaatc 34328  T
Q  258 ctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaa 357  Q
    || | ||||| | ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34329 cttcatattgcttaaatcttctcaactcaaaaccaggacgagtaaaaggtgtagatcttgttaaccttgcagagtacacaattgatgtgctcaatgacaa 34428  T
Q  358 tt 359  Q
    ||    
T  34429 tt 34430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 187 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10779962 - 10779787
Alignment:
Q  187 tgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactca 286  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| | ||||||||||||||||    
T  10779962 tgttgattcctccaaatcagtttccactaaagttgtcgaagtaaatgtcatttgcaaagaagcctcaaatccttcatattgcttaaatcttctcaactca 10779863  T
Q  287 aagtcaggaggagcaaaaggt---gtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaatt 359  Q
    ||| |||||||||||||||||   |||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10779862 aagccaggaggagcaaaaggtgtagtagatcttgttcaccttgcatattacacaattgatgtgcttaataacaatt 10779787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 187 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10973571 - 10973396
Alignment:
Q  187 tgttgcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactca 286  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| | ||||||||||||||||    
T  10973571 tgttgattcctccaaatcagtttccactaaagttgtcgaagtaaatgtcatttgcaaagaagcctcaaatccttcatattgcttaaatcttctcaactca 10973472  T
Q  287 aagtcaggaggagcaaaaggt---gtagatcttgttgatcttgcacaatacacaattgatgtgcttaatgacaatt 359  Q
    ||| |||||||||||||||||   |||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10973471 aagccaggaggagcaaaaggtgtagtagatcttgttcaccttgcatattacacaattgatgtgcttaataacaatt 10973396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 160 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 10782297 - 10782148
Alignment:
Q  160 tctcttgttggtgctttttattctatgtgtt------gcttcctccaattcaatttcagctaaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctcc 253  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||      | ||||||||| ||| ||||  ||||||||||||| ||| ||| ||||   ||||||||||||    
T  10782297 tctcttgttggtgctttttcttctatatgttaatgttgattcctccaaatcagtttccactaaagttgttgaagtaaatggcatt---aaagaagcctcc 10782201  T
Q  254 aatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaagg 306  Q
    |||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10782200 aatccttcatattgcttaaatcttctcaactcaaagtcaggaagagcaaaagg 10782148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 215 - 341
Target Start/End: Original strand, 4538662 - 4538788
Alignment:
Q  215 aaagttgttgatgtagatgtcatttgcaaagaagcctccaatcctacgtattgttcaaatcttctcaactcaaagtcaggaggagcaaaaggtgtagatc 314  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4538662 aaagttattgatgttgatgtcatttgcaaagaagcctccaatcaatcatattgttcaaatcttctcaactcaaagccaggaggagcaaaaggtgcagatc 4538761  T
Q  315 ttgttgatcttgcacaatacacaattg 341  Q
    |||| || ||||| | |||||||||||    
T  4538762 ttgtcgaccttgcgcgatacacaattg 4538788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University