View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19914_low_2 (Length: 623)

Name: NF19914_low_2
Description: NF19914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19914_low_2
NF19914_low_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-613)||(38707388-38707982)
chr7 (18-468)||(10045741-10046192)
chr7 (468-613)||(10045561-10045708)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-468)||(45467594-45468045)
chr4 (468-596)||(45467431-45467561)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-404)||(42449842-42450229)
chr2 (18-318)||(742586-742887)
chr2 (470-560)||(42450316-42450408)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (58-317)||(43064658-43064913)
chr5 (58-168)||(43065079-43065189)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 38707982 - 38707388
Alignment:
Q  18 ttaccctggtgttgcaccaatcaatcttgatagagtctttttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttattg 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38707982 ttaccctggtggtgcaccaatcaatcttgatagagtctttttccatgtattccgacatgtcgagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttattg 38707883  T
Q  118 agcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccatttggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctcaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38707882 agcaagagccttagcaagttctgttttaccaacactatttggaccaaggaataggaagggaccagttggtttttgaggtcttcttaaaccaactctc-ga 38707784  T
Q  218 tctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcattt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38707783 tctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcattt 38707684  T
Q  318 tgcactagacgagtcaccggtgtaccggtccatcggctaacaaccttagctatatggtctggtccaacagtttctgtcagcatcaagttatcatctttgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38707683 tgcactagacgagtcaccggtgtaccggtccatcggctaacaaccttagctatatggtctggtccaacagtttctgtcagcatcaagttatcatctttgt 38707584  T
Q  418 ttccatcagtgctaccttcaagattttttattgcattttccaccttttcaagatcataccacctctcagcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38707583 ttccatcagtgctaccttcaagattttttattgcattttccaccttttcaagatcataccacctctcagcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacg 38707484  T
Q  518 tatgtttcagccttcgaatctcatcaatcctctctttctctttgttatactgcatcttcagatgttgaagtttgtctcttaaattttcaagttctt 613  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38707483 tatgtttcagccttcaaatctcatcaatcctctctttctctttgttatactgcatcttcagatgtcgaagcttgtctcttaaattttcaagttctt 38707388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 10046192 - 10045741
Alignment:
Q  18 ttaccctggtgttgcaccaatcaatcttgata--gagtctttttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| |    
T  10046192 ttaccctggtggtgcaccaatcaatcttgatacggagtatttctccatgtattccgacatgtcaagtctaaccatctgattttcattatcaaagagttgt 10046093  T
Q  116 tgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccatttggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||     
T  10046092 tgagcaagagccttagcaagttctgttttaccgacaccagttggaccaaggaataggaaggaaccagttggttgttgtggtcttcctagaccagctctc- 10045994  T
Q  216 gatctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcat 315  Q
    || || |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10045993 gaccttactacagccccagcgacagctttaactgcttggtcttgtcccacaactctagtatgcaatctgtctccaagtccaaccaacctttctttatcat 10045894  T
Q  316 tttgcactagacgagtcaccggtgtaccggtccatcggctaacaaccttagctatatggtctggtccaacagtttctgtcagcatcaagttatcatcttt 415  Q
    ||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10045893 tttggcctaaacgagtcactggtataccggtccatcggctaacaacctcagcaatttgatctggtccaacagtttctgtcagcatcaagttctcaccttt 10045794  T
Q  416 gtttccatcagtgctaccttcaagattttttattgcattttccaccttttcaa 468  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10045793 gttcccatcagtgctaccttcaagattttttattgcattttccacctcttcaa 10045741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 468 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 10045708 - 10045561
Alignment:
Q  468 agatcataccacctctcagcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacgtat--gtttcagccttcgaatctcatcaatcctctctttctctttgttat 565  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10045708 agatcataccgcctctcagcctcttgtagtgcaaagaggagctcttcacgtttctgtttcagacttcgaatctcatcaatcctctctttctctttgatat 10045609  T
Q  566 actgcatcttcagatgttgaagtttgtctcttaaattttcaagttctt 613  Q
    ||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  10045608 acttcatcttcagaggctgaagcttgtctcttaaattgtcaagttctt 10045561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 45468045 - 45467594
Alignment:
Q  18 ttaccctggtgttgcaccaatcaatcttgata--gagtctttttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||  |||||||||||| |||| || |      
T  45468045 ttaccctggtggtgcaccaatcaatcttgatacagagtgttgttccatgtattccgacatgtcaattctcaccaactgattttcatcatcaaatagctgc 45467946  T
Q  116 tgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccatttggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctca 215  Q
    |  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||      
T  45467945 tctgcaagagcctttgcaagctcagttttaccaacaccagtcggaccaaggaataagaaggaaccagttggttgttggggtcttcctaaaccagctctt- 45467847  T
Q  216 gatctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcat 315  Q
    ||||||| ||||||| |||||| | | ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  45467846 gatctcaatacagcctcagcaacagcattaaccgcttggtcttgtcccacgactctagtgtgcagtctgtcaccaagtccaaccaaccttgctttctcat 45467747  T
Q  316 tttgcactagacgagtcaccggtgtaccggtccatcggctaacaaccttagctatatggtctggtccaacagtttctgtcagcatcaagttatcatcttt 415  Q
    ||||  | || | |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||  |    
T  45467746 tttggccgagcctagtcactggtataccagtccatcggctaacaacctcggctatttggtccggtccaactgtttccgtcaacattaagttctcatccgt 45467647  T
Q  416 gtttccatcagtgctaccttcaagattttttattgcattttccaccttttcaa 468  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  45467646 gttcccatcagtgctaccttcaagatttttaattgcagtttccacctcttcaa 45467594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 468 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 45467561 - 45467431
Alignment:
Q  468 agatcataccacctctcagcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacgtatgt--ttcagccttcgaatctcatcaatcctctctttctctttgttat 565  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  45467561 agatcataccgcctctctgcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacgtttctgcttcagccttcgaatctcatcaatcctctctttctctttactat 45467462  T
Q  566 actgcatcttcagatgttgaagtttgtctct 596  Q
    ||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  45467461 acttcatcttcagaggttgaagcttgtctct 45467431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Original strand, 42449842 - 42450229
Alignment:
Q  18 ttaccctggtgttgcaccaatcaatcttgataga--gtctttttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttat 115  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||| |||  || || ||||||||| ||||||||||  | ||| | ||  |||||||||||| |||| ||||      
T  42449842 ttactctggtgctgcatcaatcaatcttgacagatagtgttgttccatgtactccgacatgttcattctcaccaactgattttcatcatcaaatagttgc 42449941  T
Q  116 tgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccatttggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctca 215  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||     
T  42449942 tcagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccagttggaccaaggaataggaaggaaccaattggatgttgaggtcttcctaaaccaactctcc 42450041  T
Q  216 gatctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcat 315  Q
    |  |||| |||||    |||||   | || ||||| || ||||||||||| |||||  |||| ||  |||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  42450042 g-cctcaatacagtgttagcaacggcatttactgcatgatcttgtcccactactcttttgtgtaacctgtcaccaagtccaagaaacctttctttctcat 42450140  T
Q  316 tttgcact-agacgagtcaccggtgtaccggtccatcggctaacaaccttagctatatggtctggtccaacagtttctgtcagcatcaag 404  Q
    ||| |||| || || | ||| ||| |||| ||| || |||||||||||  | ||||  |||||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  42450141 ttt-cactaagtcgggacactggtatacccgtcaataggctaacaaccaaacctattaggtctggttcaacagtttttgtcaacatcaag 42450229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 742586 - 742887
Alignment:
Q  18 ttaccctggtgttgcaccaatcaatcttgataga--gtctttttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttat 115  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| || | |  || || ||||||||| ||||||||||  | ||| | ||  || ||||||||| ||||||||| |    
T  742586 ttaccctggtgctgcatcaatcaatctggacacatagtgttgttccatgtactccgacatgttcattctcaccaactggttttcatcatcaaagagttgt 742685  T
Q  116 tgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccatttggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctca 215  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||     
T  742686 tcagcaagagctttagcaagttctgttttaccaacaccagttggaccaaggaataggaaggaaccaattggatgttgaggtcttcctgaaccagctctc- 742784  T
Q  216 gatctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtcttgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcat 315  Q
     | || | ||||||   |||||   | || |||||||| |||||||||||||||||| | |||||  ||||||||| |||||  ||||||||||| ||||    
T  742785 caccttaatacagcgttagcaacgtcatttactgcttgatcttgtcccacaactctattatgcaacctgtcaccaattccaagaaacctttctttctcat 742884  T
Q  316 ttt 318  Q
    |||    
T  742885 ttt 742887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 470 - 560
Target Start/End: Original strand, 42450316 - 42450408
Alignment:
Q  470 atcataccacctctcagcctcctgtagtgcaaagaggagctcttcacgtatgt--ttcagccttcgaatctcatcaatcctctctttctcttt 560  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42450316 atcattccgcctctcagcctcctgtagagacaagataagctcttcacgtttctgcttcagcctttgaatctcatcaatcctcactttctcttt 42450408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 58 - 317
Target Start/End: Original strand, 43064658 - 43064913
Alignment:
Q  58 ttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttattgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccattt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |   ||||||||||| |||  |||| ||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  43064658 ttccatgtattccgacatgtcaattctaactaaccgattttcatcatcaagaagttgttctgcaagagccattgcaagttcagttttaccaacaccaatt 43064757  T
Q  158 ggaccaaggaataggaagggaccagttggttgttgaggtcttcttaaaccaactctcagatctcactacagccccagcaaaaactttaactgcttggtct 257  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||| ||| |||| || ||||| |    
T  43064758 ggaccaaggaataggaagggacatgttggttgttgagctcttcctaaaccagctct-tgatctcaatacagcctcagcaagaacattaattgtttggtat 43064856  T
Q  258 tgtcccacaactctactgtgcaatttgtcaccaagtccaaccaacctttctttatcattt 317  Q
    |||||  |||||   ||||||||| | |||| |||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  43064857 tgtcctgcaact---ctgtgcaatctatcacaaagtccaatcaatctttctttctcattt 43064913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 43065189 - 43065079
Alignment:
Q  58 ttccatgtattccgacatgtcaagtctaatcatatgattttcatcagcaaagagttattgagcaagagccttagcaagttctgttttaccaacaccattt 157  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |  |   ||||||||||| |||| |||| ||   |||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||    
T  43065189 ttccatgtattccgacatgttaattctcactaaccgattttcatcatcaaaaagttgttccacaagagcctttgcaagtccagttttaccaacaccagtt 43065090  T
Q  158 ggaccaaggaa 168  Q
    |||| ||||||    
T  43065089 ggacaaaggaa 43065079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University