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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19917_low_1 (Length: 2121)
Name: NF19917_low_1
Description: NF19917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19917_low_1 |
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| [»] chr8 (12 HSPs) |
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| [»] chr4 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1637; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 421 - 2121
Target Start/End: Complemental strand, 38322235 - 38320535
Alignment:
| Q |
421 |
catcatcaccatcggcgtttgacttcaaaatcaaaaccattagatgcttgctccatttagtcatcactatcagtttcattcattatttcttcaaagtcat |
520 |
Q |
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| T |
38322235 |
catcatcaccaccggcgtttgacttcaaaatcaaaaccattagatgcttgctccatttagtcatcactgtcagtttcattcattatttcttcaaagtcat |
38322136 |
T |
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| Q |
521 |
cgtcatcttctccaactacatatcataattgaaaaggttaataattaaagtgaaaactagttatcaaaacagtacaatcatatgtatttacacttaaatt |
620 |
Q |
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| T |
38322135 |
cgtcgtcttctccaactacatatcataattgaaaaggttaataattaaagtgacaactagttaccaaaacaatacaatcatatgtatttacacttaaatt |
38322036 |
T |
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| Q |
621 |
acgtagattaccatcgtgaacaaaattgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgttaaaa |
720 |
Q |
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| T |
38322035 |
acgtagattaccatcgcgaacaaaattgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgttaaaa |
38321936 |
T |
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| Q |
721 |
acgtgcaagcccatgcaaaaatccaaatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattat |
820 |
Q |
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| T |
38321935 |
acgtgcaagcctatgcaaaaatccaaatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattat |
38321836 |
T |
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| Q |
821 |
tattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagtaac |
920 |
Q |
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| T |
38321835 |
tattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatttgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagtaac |
38321736 |
T |
|
| Q |
921 |
aagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtg |
1020 |
Q |
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| T |
38321735 |
aagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattatg |
38321636 |
T |
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| Q |
1021 |
aattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttc |
1120 |
Q |
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| T |
38321635 |
aattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttc |
38321536 |
T |
|
| Q |
1121 |
tttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatc |
1220 |
Q |
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| T |
38321535 |
tttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatc |
38321436 |
T |
|
| Q |
1221 |
aagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctca |
1320 |
Q |
| |
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| T |
38321435 |
aagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctca |
38321336 |
T |
|
| Q |
1321 |
aacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaat |
1420 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38321335 |
aacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaat |
38321236 |
T |
|
| Q |
1421 |
acatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttc |
1520 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38321235 |
acatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttc |
38321136 |
T |
|
| Q |
1521 |
taccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttc |
1620 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38321135 |
taccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttc |
38321036 |
T |
|
| Q |
1621 |
acagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttggcttcgactctttgaatctc |
1720 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38321035 |
acagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttgccttcgactctttgaatccc |
38320936 |
T |
|
| Q |
1721 |
taaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaagacgtgcataacaatgccc |
1820 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38320935 |
taaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgccc |
38320836 |
T |
|
| Q |
1821 |
gtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtg |
1920 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38320835 |
gtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtg |
38320736 |
T |
|
| Q |
1921 |
agagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaa |
2020 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38320735 |
agagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaa |
38320636 |
T |
|
| Q |
2021 |
ccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatat |
2120 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38320635 |
ccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatat |
38320536 |
T |
|
| Q |
2121 |
c |
2121 |
Q |
| |
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| |
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|
| T |
38320535 |
c |
38320535 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 517 - 2121
Target Start/End: Complemental strand, 38301397 - 38299790
Alignment:
| Q |
517 |
tcatcgtcatcttctccaactacatatcataattgaaaaggttaataattaaagtgaaaactagttatcaaaacagtacaatcatatgtatttacactta |
616 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| | | ||||||||| || || |||||||| |||||||| | | |
|
|
| T |
38301397 |
tcatcatcatcttctccatctacatatcataattgaagaggtttataattcaattgaacagtggttatcaaaccaataaaatcatatctatttacattca |
38301298 |
T |
|
| Q |
617 |
aattacgtagattaccatcgtgaacaaaattgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgtt |
716 |
Q |
| |
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|||| | || |||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38301297 |
aattccataaattaccattattaacaaaattgtgcaaccaggtgcgagtacacattctagtttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgtt |
38301198 |
T |
|
| Q |
717 |
aaaaacgtgcaagcccatgcaaaaatccaaatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcga |
816 |
Q |
| |
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||| ||| | ||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38301197 |
aaagacgcgtgagcccatgcaaaactcaaaatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcga |
38301098 |
T |
|
| Q |
817 |
ttattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccag |
916 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38301097 |
ttattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccag |
38300998 |
T |
|
| Q |
917 |
t------aacaagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaa |
1010 |
Q |
| |
|
| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||| ||||| |||| ||| | || |
|
|
| T |
38300997 |
tttcagtaacaagctgttgatggtgcactttcaattcctattatatttcacacgtgaaaagggaagcaatggggttaaaaaaattaaagaaagaaagaaa |
38300898 |
T |
|
| Q |
1011 |
ttaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcc |
1110 |
Q |
| |
|
|||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
38300897 |
gaaaattgccaattaaaaaaa---atataaacttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcc |
38300801 |
T |
|
| Q |
1111 |
tgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacagg |
1210 |
Q |
| |
|
|| ||| |||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
38300800 |
tggataattctttgcacgcaagaaggagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtg |
38300701 |
T |
|
| Q |
1211 |
ccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatccca |
1310 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38300700 |
ttgatgcatcaagttttgagtaacaattagccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatccca |
38300601 |
T |
|
| Q |
1311 |
atatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaact |
1410 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38300600 |
atatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaact |
38300501 |
T |
|
| Q |
1411 |
tgcaaaaaatacatgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttt |
1510 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
38300500 |
tgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttt |
38300401 |
T |
|
| Q |
1511 |
tccattcttctaccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaata |
1610 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
38300400 |
tccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaata |
38300301 |
T |
|
| Q |
1611 |
agttgagttcacagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttggcttcgactc |
1710 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
38300300 |
agttgagttcactcttttaggcgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactc |
38300201 |
T |
|
| Q |
1711 |
tttgaatctctaaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaagacgtgcat |
1810 |
Q |
| |
|
||||||| || | ||||| |||||| | ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
|
|
| T |
38300200 |
tttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaa |
38300101 |
T |
|
| Q |
1811 |
aacaatgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatc |
1910 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| | ||| | | ||||||| |
|
|
| T |
38300100 |
aacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatc |
38300001 |
T |
|
| Q |
1911 |
atctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacag |
2010 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
38300000 |
ttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacag |
38299901 |
T |
|
| Q |
2011 |
aaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacag |
2110 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
38299900 |
aaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaag |
38299801 |
T |
|
| Q |
2111 |
ttaaagatatc |
2121 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38299800 |
ttaaagatatc |
38299790 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 466 - 2121
Target Start/End: Complemental strand, 38318107 - 38316437
Alignment:
| Q |
466 |
gcttgctccatttagtcatcactatcagtttcattcattatttcttcaaagtcatc---gtcatcttctccaactacatatcataattgaaaaggttaat |
562 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||| || ||||| |||||||||||||| | || |||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38318107 |
gcttgcaccattttttcaccattatcaatttcattcattattccatccaagtcatctctgtcgccttctctgtctacatatcacaattgaagaggttaat |
38318008 |
T |
|
| Q |
563 |
aattaaagtgaaaactagttatcaaaacagtacaatcatatgtatttacacttaaattac---gtagattaccatcgtgaacaaaattgtacaaccaatt |
659 |
Q |
| |
|
||| ||| ||| ||| ||||||| || | ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
38318007 |
aataaaattgaccactggttatcagaagaatacaatcatatttatttacatttaaagaacatagtagattaccatcgcttacaaaattgtataaccaact |
38317908 |
T |
|
| Q |
660 |
gcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgttaaaaacgtgcaagcccatgcaaaaatccaaatcagaagcgata |
759 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| |||| |||| | || | | ||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||||| || |||||||||| | | |
|
|
| T |
38317907 |
gcgagtacagattctagtttccacattcgtgggcagcgtacgatcttcatacttgttaaagacacgtgaacccatgcaaaattcagaatcagaagcaaca |
38317808 |
T |
|
| Q |
760 |
gtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcat |
859 |
Q |
| |
|
||| || |||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38317807 |
gtggcaatgggaacacttaacaagtcgcaagctaatattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccattgtaatacatccatatcttcat |
38317708 |
T |
|
| Q |
860 |
aacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttc------cagtaacaagctgctcatggtgagttttcaattcctatta |
953 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38317707 |
aacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagattttctagtttcagtaacaagctgccgttggtgcactttcaattcctatta |
38317608 |
T |
|
| Q |
954 |
tatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaat |
1053 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38317607 |
tatttcacacgtgaaaaggaaagcaatgaggttaaacaaattcaaggtggaaagtaattaaattgctgattcaaaaaatatatataaacttacattgaat |
38317508 |
T |
|
| Q |
1054 |
aggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaat |
1153 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||| |
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| T |
38317507 |
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1981 |
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|
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Q |
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Q |
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T |
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1273 |
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T |
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Q |
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Q |
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ttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattc |
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1973 |
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2072 |
Q |
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tctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagat |
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T |
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2121 |
Q |
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38305757 |
ataagtctcagcagtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatc |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
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Target Start/End: Complemental strand, 38310026 - 38308442
Alignment:
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T |
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T |
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829 |
Q |
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T |
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tccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaag |
923 |
Q |
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T |
|
| Q |
924 |
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1023 |
Q |
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T |
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| Q |
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tccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttcttt |
1123 |
Q |
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gcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaag |
1223 |
Q |
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|
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Q |
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ttttgagtaacaataagccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaac |
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T |
|
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ttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaataca |
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Q |
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T |
|
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tgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctac |
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Q |
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| T |
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T |
|
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1524 |
cgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcaca |
1623 |
Q |
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| T |
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cgcaggacatgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcact |
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T |
|
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gtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttggcttcgactctttgaatctctaa |
1723 |
Q |
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T |
|
| Q |
1724 |
aaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaagacgtgcataacaatgcccgtg |
1823 |
Q |
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T |
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| Q |
1824 |
aaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtgaga |
1923 |
Q |
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Target: chr8; HSP #7
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|
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|
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Q |
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|
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1836 |
Q |
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| T |
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T |
|
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1936 |
Q |
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T |
|
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Q |
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T |
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Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 642 - 2121
Target Start/End: Original strand, 38849411 - 38850908
Alignment:
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642 |
aaaattgtacaaccaattgcgagtacaaaatctagcatccaaattcatcggtaacatacgatctttatacttgttaaaaacgtgcaagcccatgcaaaaa |
741 |
Q |
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| T |
38849411 |
aaaattgtacaaccaactgcgagtacaaattctagcttccacattcatcggcaacatacgatctttatacttgttaaagacacgtgagcccatgcaaaat |
38849510 |
T |
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| Q |
742 |
tccaaatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgta |
841 |
Q |
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| T |
38849511 |
tcagaatcagaagctacagcggcaatgggaacacttaacaagtcgcaggccaatattgatagatccggaaatcgatcattattactcttccaccattgta |
38849610 |
T |
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842 |
atacatccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtg |
935 |
Q |
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| T |
38849611 |
atacatccatttctgcataacaacgaaaatccaaaactgactcatctaagtaaacatcaagttgagactttccagttttggtaacaagctgctgatggtg |
38849710 |
T |
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| Q |
936 |
agttttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatata |
1035 |
Q |
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| T |
38849711 |
cactttcaattcctattacatttcacaagtgaaaaggaaaccaatgaagttaaacaaattcaagatagaatgtaatttaagtgttgatccaaaaaatata |
38849810 |
T |
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1036 |
tataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctga---------atagttctttgca |
1126 |
Q |
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| T |
38849811 |
taaaaacttacatcaaataggccatgagataaagactttaatttcttttgtaatggcatgctagaagattggtcctgattctccttaatagttctttgaa |
38849910 |
T |
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1127 |
ccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttt |
1226 |
Q |
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| T |
38849911 |
ccccagcagtagtgctgttgccagaatgcttctcaaatagcatgcacaactttctctttacttgctgtagcttcctttcacaggttgatgcatccagttt |
38850010 |
T |
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1227 |
tgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttg |
1326 |
Q |
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| T |
38850011 |
tgaataacaataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttg |
38850110 |
T |
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| Q |
1327 |
ctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgt |
1426 |
Q |
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| T |
38850111 |
ctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagt |
38850210 |
T |
|
| Q |
1427 |
ttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccga |
1526 |
Q |
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| T |
38850211 |
tggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccga |
38850310 |
T |
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| Q |
1527 |
aggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtc |
1626 |
Q |
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| T |
38850311 |
aggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactc |
38850410 |
T |
|
| Q |
1627 |
atagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttggcttcgactctttgaatctctaaaaa |
1726 |
Q |
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| T |
38850411 |
atagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaa |
38850510 |
T |
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| Q |
1727 |
acaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaagacgtgcataacaatgcccgtgaaa |
1826 |
Q |
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| T |
38850511 |
acatgatactctctctgatcttatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaa |
38850610 |
T |
|
| Q |
1827 |
gaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtgagagag |
1926 |
Q |
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| T |
38850611 |
gaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagag |
38850710 |
T |
|
| Q |
1927 |
aagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt---gggatcaacagtacagaaggtgagaacct |
2023 |
Q |
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| T |
38850711 |
aaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataacct |
38850810 |
T |
|
| Q |
2024 |
tactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatatc |
2121 |
Q |
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| T |
38850811 |
tactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatc |
38850908 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 443 - 553
Target Start/End: Original strand, 38849199 - 38849312
Alignment:
| Q |
443 |
cttcaaaatcaaaaccattagatgcttgctccatttagtcatcactatcagtttcattcattatttcttcaaagtcatcgtca---tcttctccaactac |
539 |
Q |
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| T |
38849199 |
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38849298 |
T |
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| Q |
540 |
atatcataattgaa |
553 |
Q |
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| T |
38849299 |
atatcataattgaa |
38849312 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 142
Target Start/End: Original strand, 38848652 - 38848714
Alignment:
| Q |
79 |
agaatcaaaagatggaacccaaaagccaaatgcaagagctagaagctctacaacttgaaagtgc |
142 |
Q |
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| T |
38848652 |
agaatcaaaagatagaacccaaaa-ccaaatgcaagaactagaagctctgcaatctgaaagtgc |
38848714 |
T |
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