View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19917_low_3 (Length: 795)

Name: NF19917_low_3
Description: NF19917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19917_low_3
NF19917_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-780)||(43363156-43363929)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 780
Target Start/End: Original strand, 43363156 - 43363929
Alignment:
Q  18 gagatcacctagacttgaacataattttgacgaataatgaaatgtatatttgaacacatgaaatttgtggataatcatattcaaaatcgtgtt------- 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  43363156 gagatcacctagacttgaacataattttgacgaataatgaaatgtatatttgaacacatgaaatttgtggataatcatattcaaaatcgtgtttaattgt 43363255  T
Q  111 ---atatgaatgataagttgtcacgccttgttattcattaaccaataaatttgatgataaattcttctaaatatgatttttcattttgtattttcaattg 207  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  43363256 gttatatgaatgataagttgtcacgccttgttattcattaaccaataaatttgatgataaattcttctaaatatcatttttcattttgtattttcaatta 43363355  T
Q  208 tttgtaccaaagcagagaaattgaaaagaaagttgaagaaattatggacaatggttcttcaattgtataannnnnnnacatgtacatacaaacacactac 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||    
T  43363356 tttgtaccaaagcagagaaattgaaaagaaagttgaagaaattatggacaatggttcttcaattgtatcatttttttacatgtacatacaaacacactac 43363455  T
Q  308 a-aagcaatcacattaagatagaacagcattgtatggaatggccacttctgctgcccctatggctatcctgtcctattcataaaaagaatcccttatcaa 406  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43363456 acaaacaatcacattaagatagaacagcattgtatggaatggccacttctgctgcccctatggctatcctgtcctattcataaacagaatcccttatcaa 43363555  T
Q  407 accttcccacaaatttcagtttcagaagcttcagcatattagtggcctatatatacagttgccacaagcctacaatctacattttgaagcagcttctcat 506  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43363556 accttcccacaaatttcagtttcaaaagcttcggcatattagtggcctatatatacagttgccacaagcctacaatctacattttgaagcagcttctcat 43363655  T
Q  507 acaaaatctaataaactatatacaaaggcttaattttcagtactgtttgaagatcttattcttatcagtgcaagaagagggaaaagcaagcagagagaag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43363656 acaaaatctaataaactatatacaaaggcttaattttcagtactgtttgaagatcttattcttatcagtgcaagaagagggaaaagcaagcagggagaag 43363755  T
Q  607 ttgctagaattcgaacatctaatctgagaagaatacttgcacttcagcttggtcagtacccattagaagggggagcgaatcaatattagttcctttgagc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43363756 ttgctagaattcgaacatctaatctgagaagaatacttgtacttcagcttggtcagtacccattagaagggggagcgaatcaatattagttcctttgagc 43363855  T
Q  707 tgaacctgctttctataattgtccaaatcataatctaattcagaccactcccgttcttcctcagcaggcttctt 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43363856 tgaacctgctttctataattgtccaaatcataatctaattcagaccactcccgttcttcctcagcaggcttctt 43363929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University