View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19919_low_1 (Length: 927)
Name: NF19919_low_1
Description: NF19919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19919_low_1 |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 822; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 822; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 927
Target Start/End: Original strand, 7631595 - 7632503
Alignment:
| Q |
18 |
atagatcatgggaggcatattgtcatctccagcaggcttacataagctccaaatccaaaaacataacgcgggcgatgagaaagatatgatcagcaattta |
117 |
Q |
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| T |
7631595 |
atagatcatgggaggcatattgtcatctccagcaggcttacataagctccaaatccaaaaacataacgcgggcgatgagaaagatatgatcagcaattta |
7631694 |
T |
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| Q |
118 |
cctgatgatattctgcattatattctttgttttctccctatccaagacgttgtccgaacttccatattagcaacaaagtggaggtatttatggaccaatg |
217 |
Q |
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| T |
7631695 |
cctgatgatattctgcattatattctttgttttctccctatccaagacgttgtccgaacttccatattagcaacaaagtggaggtatttatggaccaacg |
7631794 |
T |
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| Q |
218 |
tatctgtcattaactttgaaattggtcatgttaagtcatacgattcaaagtctgtggattacctagatcaagtggacaaaatacttgacaaatctaattg |
317 |
Q |
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| T |
7631795 |
tatccgtcattaactttgaaattggtcatgttaagtcatacgattcaaagtcggtggattacctagatcaagtggacaaaatacttcacaaatctaattg |
7631894 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
7631895 |
cgtagtaagaatctgcgttaaaacacaaggaggtatcgttggtgtagctaaa-gttagtacttttatatcttctgttgtgaagcataaagtacacgatct |
7631993 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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| T |
7631994 |
taaaatttccctaaaatatctaaaaggtacggatgtgttacccaataggttcactgcatcacatacattaaacaagctgcatttaaaatttcctcgcgct |
7632093 |
T |
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| Q |
518 |
ctagatattcctagtgttatttcttttcctggtctgaaaacattagtagtttcaaaggtttacttcagaaatgagaaatcggttgaacgactcttcttag |
617 |
Q |
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| T |
7632094 |
ctagatattcctagtggtatttcttttcctggtctgaaaacattagtagtttcaaaggtttacttcagaaatgagaaatcggttgaacaactcttcttag |
7632193 |
T |
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| Q |
618 |
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717 |
Q |
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| T |
7632194 |
ggtgtcctgttctacaagagttgaccttggataattgtcattggatgaatataagggatatccattttgcaatttctacattaaggaagttgaccatcta |
7632293 |
T |
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| Q |
718 |
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817 |
Q |
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7632294 |
ttcataccgtcgtcatctagattattataatcattccggcaaatgtacaatcacaattgatgttaagaatcttttatctctatgttgccaaagcgatcca |
7632393 |
T |
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| Q |
818 |
gaagtagagtttttccttgttaaaccaacctccatagttgatgcagatatagatctagggcgttgcaatttaccagacaaacattattctggccaatgtg |
917 |
Q |
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| T |
7632394 |
gaagtagagtttttccttgttaaaccaacctccatagttgatgcagatatagatctagggtgttgcactttaccagacaaacattattctggccaatgtg |
7632493 |
T |
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| Q |
918 |
caattgagct |
927 |
Q |
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| T |
7632494 |
caattgagct |
7632503 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 873
Target Start/End: Original strand, 7638368 - 7639153
Alignment:
| Q |
96 |
gaaagatatgatcagcaatttacctgatgatattctgcattatattctttgttttctccctatccaagacgttgtccgaacttccatattagcaacaaag |
195 |
Q |
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| T |
7638368 |
gaaagatatgattagcgacttacatggcgatattctgcactatattctatctttgctccctaccaaagatgttataagaacttccgtattagcaacaaag |
7638467 |
T |
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| Q |
196 |
tggaggtatttatggaccaatgtatctgtcattaactttgaaattggtcatgttaagtcatacgattcaaagtct------gtggattaccta---gatc |
286 |
Q |
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| T |
7638468 |
tggaggtatttatggactaacttatccgtctttgactttgaaattggttatgttgtgtcatatgattcaaagtcaaagcccgtggattacctcttcgatc |
7638567 |
T |
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| Q |
287 |
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386 |
Q |
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| T |
7638568 |
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7638666 |
T |
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| Q |
387 |
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486 |
Q |
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| T |
7638667 |
cttctgttgtgaagcacaaagtacaagatcttaaaatttccgtagaatatctagaaggtacgtatgtgttacccaataggttcacagcctcatatgcatt |
7638766 |
T |
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| Q |
487 |
aaacaagctgcatttaaaatttcctcgcgctctagatattcctagtgttatttcttttcctggtctgaaaacattagtagtttcaaaggtttacttcaga |
586 |
Q |
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| T |
7638767 |
aaacaagctgcatttagaatttccttgcacactacatattcctagtggtatttgttttcctggtctgaaaacattagtagtttcaaatgttttcttttga |
7638866 |
T |
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| Q |
587 |
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686 |
Q |
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| T |
7638867 |
aatgagaattcggttgaactactcttcttagggtgtcctgttctacaagagttgaccttggataattgttattggatgaatataagggatatccattttg |
7638966 |
T |
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| Q |
687 |
caatttctacattaaggaagttgaccatctattctaaccgtcgtcatctagattattataatcattctgacaaatgtacaatcacaattgatgttgagaa |
786 |
Q |
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| T |
7638967 |
caatttctacattaaggaagttgaccatctattctgaccattgttatctagattataataatcattccgacaaatgtacaatcacaattgatgttgagaa |
7639066 |
T |
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| Q |
787 |
tcttttatctctatgttgcacaagcaatccagaagtagagtttttccttgttaaaccaacctccatagttgatgcagatatagatct |
873 |
Q |
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| T |
7639067 |
tcttttatctctatgttgcacaagcaatccagaagtagagtttttccttgttaaaccaacctccatagttgatgcatatatacatct |
7639153 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 833 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 54219796 - 54219756
Alignment:
| Q |
833 |
cttgttaaaccaacctccatagttgatgcagatatagatct |
873 |
Q |
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| T |
54219796 |
cttgttaaaccaacctccatagttgatgcatatattgatct |
54219756 |
T |
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