View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19929_low_54 (Length: 349)
Name: NF19929_low_54
Description: NF19929
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19929_low_54 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 56 - 316
Target Start/End: Original strand, 31492207 - 31492458
Alignment:
| Q |
56 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
155 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
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| T |
31492207 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31492306 |
T |
|
| Q |
156 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca |
255 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31492307 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca |
31492397 |
T |
|
| Q |
256 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
316 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
31492398 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31492458 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 56 - 316
Target Start/End: Original strand, 31497596 - 31497847
Alignment:
| Q |
56 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
155 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
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| T |
31497596 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31497695 |
T |
|
| Q |
156 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca |
255 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31497696 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca |
31497786 |
T |
|
| Q |
256 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
316 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31497787 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31497847 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 56 - 316
Target Start/End: Original strand, 31502982 - 31503234
Alignment:
| Q |
56 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
155 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
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| T |
31502982 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31503081 |
T |
|
| Q |
156 |
tattttgttc-aagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcc |
254 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
31503082 |
tattttgttcaaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcc |
31503172 |
T |
|
| Q |
255 |
acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
316 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31503173 |
acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31503234 |
T |
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