View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1992_high_1 (Length: 633)
Name: NF1992_high_1
Description: NF1992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1992_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 37032311 - 37031710
Alignment:
| Q |
15 |
atatatacatgttatagtctggtttgtaccatcttggtctaacataatgttagaagaacaatgctatgtagtactcattcacctactttaaatttatgta |
114 |
Q |
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| T |
37032311 |
atatatacatgttatagtctggtttgtaccatcttggtctaacataatgttagaagaacaatgctatgtagtactcattcacctactttaaatttatgta |
37032212 |
T |
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| Q |
115 |
taactcccaaaacagatcatatttaggtgtatgtcccgcaattatttgagatataccccc-aacctattcatatttaaatacagtgtcttacgtgtggac |
213 |
Q |
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| T |
37032211 |
taactcccaaaacagatcatatttaggtgtatgtcccgcaattatttgagatacaccccccaacctattcataattaattacagtgtcttacgtgtggac |
37032112 |
T |
|
| Q |
214 |
caatttagaatgaagttccactcccacatttatagaacacactcagagcctagtcttcgtaattgaaaagnnnnnnnnnnnnggtgtagtttagcttcca |
313 |
Q |
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| T |
37032111 |
caatttagaatgaagttccactcccacatttatagaacacactcagagcctagtcttcgtaattgaaaa--------aaaaaggtgtagtttagcttcca |
37032020 |
T |
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| Q |
314 |
ctaatacaagtttatatgtacgaattataacttaggtttcataatttcattccttatgtgtttgtaaactgacggtgatgaaattaattgattctgaatt |
413 |
Q |
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| T |
37032019 |
ctaatacaagtttatatgaacgaattataacttaggtttcataatttcattccttatgtgtttgtaaactgacggtgatgaaattaattgattctgaatt |
37031920 |
T |
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| Q |
414 |
gggccacacgtaggacagtgtctttaaatggaaaggtatatacctcgaaaataatatgcgtgacagatacaacttgaagagttttgggagatatcatagc |
513 |
Q |
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| T |
37031919 |
gggccacacgtaggacagtgtctttaaatggaaaggtatatacctcgaaaataatatgcgtgacagatacaacttgaagagttttgggagatatcatagc |
37031820 |
T |
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| Q |
514 |
acaaatttaaagtttgcatatatatgtaggccaatataaaattatctaccatgaaataatacatgtgtatgtggtccaaaacaaaatctttggcctaaag |
613 |
Q |
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| T |
37031819 |
acaaatttaaagtttgcatatatatgtaggccaatataaaattatctaccatgaaataatacatgtgtatgtggtccaaaacaaaatctttggcctaaag |
37031720 |
T |
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| Q |
614 |
ggaaattcat |
623 |
Q |
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| T |
37031719 |
ggaaattcat |
37031710 |
T |
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