View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19930_low_10 (Length: 505)

Name: NF19930_low_10
Description: NF19930
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19930_low_10
NF19930_low_10
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (16-487)||(47103-47574)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (16-487)||(16367-16823)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (16-419)||(20086486-20086874)
chr6 (16-363)||(18997338-18997685)
chr6 (16-285)||(20128333-20128602)
chr6 (16-285)||(22204268-22204537)
chr6 (130-363)||(20238455-20238688)
chr6 (130-363)||(22132439-22132672)
chr6 (96-419)||(24384560-24384890)
chr6 (178-231)||(21972555-21972608)
chr6 (174-282)||(20205943-20206051)
chr6 (174-282)||(22099966-22100074)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (16-484)||(4615-5074)


Alignment Details
Target: scaffold0074 (Bit Score: 460; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Original strand, 47103 - 47574
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47103 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 47202  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47203 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 47302  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
47303 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtctcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 47402  T
316 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47403 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 47502  T
416 tccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatg 487  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47503 tccaaggtttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatg 47574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 16 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 16823 - 16367
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||                  
16823 atccatggcttactttaaaattatctttttctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcaaggcacaggactctattt-------------- 16738  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
     ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||    
16737 -gttcctccaatggtaccacaaccaatagcacctaccaaatcaataccaggacactcctctcttccttatcatcaaaagccgtcggcaacaccgaattct 16639  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
16638 acaacaccacagtcaccacaggaaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagt 16539  T
316 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 415  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16538 taatgcaactcaaaaactttccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 16439  T
416 tccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatg 487  Q
    ||||   ||| | ||  |||||||  |  ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
16438 tccactgtttctacaagtccttggtatgcacagtgtacatatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttcatg 16367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 20086874 - 20086486
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||                  
20086874 atccatggcttactctagaattctctttttctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcaaggcacaggactctattt-------------- 20086789  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
     ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20086788 -gttcctccaatgggaccacaaccaatagcacctaccaaatcaataccaggacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 20086690  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
20086689 acaacaccacagtcaccacaggagaccactctaattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagt 20086590  T
316 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 415  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
20086589 taatgcaactcaaaaactttccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccagcgagtctttcttt 20086490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 18997685 - 18997338
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||| |    
18997685 atccatggcttactctaaaattctctttttctcaatccttattcgattcctctgttttgcaactatcaaggcagaggactctacttttctgtattccttt 18997586  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
    |||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
18997585 tgttcctccaatcttaccacaaccaatagcacctaccaaatcaataccaggacactcctctcttcattgtcatcagaagccaccgtcaacaccgaattct 18997486  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 315  Q
    |||||||||||||||||   | ||| |   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| |||| ||||||||||||    
18997485 acaacaccacagtcaccggtgtaaatcgaactgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctcctctcaaatctgtgttgaatgcatagt 18997386  T
316 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagc 363  Q
    | |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
18997385 tcatgcaactaaaaaactgtccttagattgccctttatccaaacaagc 18997338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20128602 - 20128333
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |    
20128602 atccatggcttactctaaaattctctttttcttaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcaaggcacaagactctacttttctgtattccatt 20128503  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||    
20128502 tgttcctccaatcgtaccacaaccaatagcacctaccaaatcaataccaggacactcctctcttctttatcatcaaaagccgtcggcaacaccgaattct 20128403  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgt 285  Q
    |||||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
20128402 acaacaccacagtcactagtataaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcagaggtgatgt 20128333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Original strand, 22204268 - 22204537
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |    
22204268 atccatggcttactctaaaattctctttttcttaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcaaggcacaagactctacttttctgtattccatt 22204367  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||    
22204368 tgttcctccaatcgtaccacaaccaatagcacctaccaaatcaataccaggacactcctctcttctttatcatcaaaagccgtcggcaacaccgaattct 22204467  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgt 285  Q
    |||||||||||||||| |    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
22204468 acaacaccacagtcactagtataaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcagaggtgatgt 22204537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 20238688 - 20238455
Alignment:
130 taccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattctacaacaccacagtc 229  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||   || || || |||||| | ||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||    
20238688 taccacaatcaacagcaccttccaaatcaatcttaacacccttctctctaccttgtcatcaaaagccatagacaacactgaattctacaacaccacagtc 20238589  T
230 accacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaa 329  Q
    || |  | ||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||| | ||| |||||||| |||||||||| | |||||    
20238588 actagtgtaaatcccactgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctactctcaactctgtcatgaatgcgtagttaatgctactcaaa 20238489  T
330 aaccgtccttagattgcccattatccaaagaagc 363  Q
    ||  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
20238488 aattgtccttagactgccctttatcaaaacaagc 20238455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 22132672 - 22132439
Alignment:
130 taccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattctacaacaccacagtc 229  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||   || || || |||||| | ||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||    
22132672 taccacaatcaacagcaccttccaaatcaatcttaacacccttctctctaccttgtcatcaaaagccatagacaacactgaattctacaacaccacagtc 22132573  T
230 accacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaa 329  Q
    || |  | ||| | | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | || |||| | ||| |||||||| |||||||||| | |||||    
22132572 actagtgtaaatcccactgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacgtctactctcaactctgtcatgaatgcgtagttaatgctactcaaa 22132473  T
330 aaccgtccttagattgcccattatccaaagaagc 363  Q
    ||  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||||    
22132472 aattgtccttagactgccctttatcaaaacaagc 22132439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 96 - 419
Target Start/End: Original strand, 24384560 - 24384890
Alignment:
96 ctacttttctgcattcctattgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagc 195  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||||  |||  || ||| ||| ||||||| |||||||||||||     
24384560 ctacttttatgtattccaattgttccaccattcgtaccacagccaatagcaccttccaaactaatctcatgactctcttctcttctttgtcatcaaaaga 24384659  T
196 caccggcaacaccgaattctacaacaccacagtcacca-caggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttca 294  Q
    |  | ||||||||||||||||||||||| ||||||  |  |  || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | | || |||    
24384660 cgtcagcaacaccgaattctacaacacctcagtcattagtataaaccctatctgattttgtctatggattgttcatgtgcaggggtgacatttactctca 24384759  T
295 aatatgtgatgaatgcatagttaatgcaattcaaaaaccgtc------cttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatg 388  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||      || ||||||| | || ||||||  |||||| |||||||||||  | ||||||    
24384760 actttgtcatgaatgcatagttaatgcaactcaaaaactgtcctcagactcagattgctctttctccaaacgagctatcatttggtatgaggagtgcatg 24384859  T
389 gttcgatactccaatgagtctttcttttcca 419  Q
    |||| |||||||||  | | |||||||||||    
24384860 gttcaatactccaactattatttcttttcca 24384890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21972608 - 21972555
Alignment:
178 ttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattctacaacaccacagtcac 231  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
21972608 ttcattgtcatcaaaagccataggcaacaccaaattctacaacaccacagtcac 21972555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 20206051 - 20205943
Alignment:
174 tctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattctacaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||   |||||||| |    ||| |  ||||| || |||||||||| |||||||||    
20206051 tctcttcattgtcatcaaaagccaaaggaaacaccaaattctacaaccatacagtcactagtataaatccttctgagtccgtctatggatcgttcatgtg 20205952  T
274 taggggtga 282  Q
    ||| |||||    
20205951 tagaggtga 20205943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 22100074 - 22099966
Alignment:
174 tctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattctacaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||   |||||||| |    ||| |  ||||| || |||||||||| |||||||||    
22100074 tctcttcattgtcatcaaaagccaaaggaaacaccaaattctacaaccatacagtcactagtataaatccttctgagtccgtctatggatcgttcatgtg 22099975  T
274 taggggtga 282  Q
    ||| |||||    
22099974 tagaggtga 22099966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 484
Target Start/End: Original strand, 4615 - 5074
Alignment:
16 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcctttgttttgcaactatcgaggcacaagactctacttttctgcattcctat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
4615 atccatggcttactctaaaattctctttctctcaatccttattcgattcttttgttttgcaactatcaaggcacaggactctacttttctgtattccaat 4714  T
116 tgttccaccaatggtaccacaagcaatagcacctaccaaatcaataccaagacactcctctcttcattgtcatcaaaagccaccggcaacaccgaattct 215  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||  |||  || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
4715 tgttccaccaatcgtaccacagccaatagcaccttccaaactaatctcatgaccctcctttcttccttgtcatcaaaagccacaggcaacaccgaattct 4814  T
216 acaacaccacagtcaccacaggaaaccactctgattctgtctatggattgttcatgtgtaggggtgatgtgtcctttcaaatatgtgatgaatgcatagt 315  Q
    ||||         || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
4815 acaa---------catcacaggaaacccctctgattctgtctatggattgttcatgtgcaggggtgatgtcacctttcaaatctgtgatgaatgcatagt 4905  T
316 taatgcaattcaaaaaccgtccttagattgcccattatccaaagaagctattatttggtatgacaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 415  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4906 taatgcaactcaaaaactgtccttagattgcccattatccaaacaagctgtaatttattacgaaaattgcatggttcgatactccaatgagtctttcttt 5005  T
416 tccaagttttatgcatatccttgggttatacagtataggtatgccaacgtctcaaacacgaaaagcttc 484  Q
    ||||   || || || |||||| | || ||  || || ||  ||||||||||||||||||| |||||||    
5006 tccactgttgatacaaatccttcgtttgtaatgtgtaagtccgccaacgtctcaaacacgacaagcttc 5074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University