View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19932_low_26 (Length: 365)

Name: NF19932_low_26
Description: NF19932
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19932_low_26
NF19932_low_26
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (16-349)||(4575013-4575349)
chr6 (16-349)||(4561209-4561546)
chr6 (53-341)||(4470516-4470806)
chr6 (111-340)||(3172455-3172684)
chr6 (49-341)||(4461836-4462131)
chr6 (96-349)||(4481398-4481651)
chr6 (95-343)||(4514294-4514542)
chr6 (105-343)||(4506568-4506806)
chr6 (105-340)||(4458309-4458547)
chr6 (49-211)||(4489484-4489650)
chr6 (105-348)||(4266346-4266592)
chr6 (262-343)||(4503725-4503806)
chr6 (112-184)||(4517191-4517263)
chr6 (120-192)||(4593096-4593168)
chr6 (113-192)||(4602654-4602733)
chr6 (113-192)||(4617887-4617966)
chr6 (96-174)||(4503643-4503721)
chr6 (302-343)||(4489735-4489776)
chr6 (96-156)||(4259328-4259388)
chr6 (105-192)||(4484022-4484110)
chr6 (120-192)||(4564576-4564648)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (96-341)||(20863017-20863262)
chr8 (115-205)||(1675079-1675169)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (121-205)||(1281966-1282050)
[»] scaffold0199 (1 HSPs)
scaffold0199 (115-205)||(316-406)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (105-348)||(24103705-24103951)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4575349 - 4575013
Alignment:
Q  16 caatatcagtaggataacacaaccaaaattatt-ttgcaaatgtgattgtaaaccatgatatatat--ttatacatatgacttgctattgatttttgcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4575349 caatatcagtaggataacacaaccaaaattattattgcaaatgtgattttaaaccttgatatatatatttatacatatgacttgctattgatttttgcaa 4575250  T
Q  113 ttatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttccta 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4575249 ttatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttccta 4575150  T
Q  213 ggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatacttc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4575149 ggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaatactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatggtattcaatacttc 4575050  T
Q  313 gaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctat 349  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4575049 taatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctat 4575013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4561546 - 4561209
Alignment:
Q  16 caatatcagtaggataacacaaccaaaattatt-ttgcaaatgtgattgtaaaccatgatatatatttatacatatgactt---gctattgatttttgca 111  Q
    |||||||| || |||| ||||  |||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  4561546 caatatcaatatgatagcacaggcaaaattattattgttaatgtgattttaaaccatgatatatatttatacatatgactttaagctattgatttttgca 4561447  T
Q  112 attatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4561446 attatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatctggacacgaaagttgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcct 4561347  T
Q  212 aggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatactt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4561346 aggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcttagagcttctggtatggtattcaatactt 4561247  T
Q  312 cgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctat 349  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4561246 ctaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctat 4561209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 53 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4470806 - 4470516
Alignment:
Q  53 aaatgtgattgtaaaccatgatatatatttatacatatgactt--gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaata 150  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||  |||| ||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||    
T  4470806 aaatgtgattttaaaccttggtatatatttatgtatataacttcagctattgactttttcaattatgatatgcagatgagagttatctaatagatggata 4470707  T
Q  151 tttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgata 250  Q
    ||| ||||   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||     |||||||| |||| ||||||||||||| | | ||    
T  4470706 tttcgacattgaagttgactggattccaggtttgaaaaacttcagattgaaggattttcctgaaacaataaagataaaagatcctaatgactttatgtta 4470607  T
Q  251 agatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatg 341  Q
    | || ||  | ||||||| || |||||||||| |||||||||| |||  | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4470606 aaatatacaaatgaagtgacaaataaatgtcaaagagcttctgctattgttttgaatacttctaatgaacttgaaagtgatgttatgaatg 4470516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 111 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 3172684 - 3172455
Alignment:
Q  111 aattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcc 210  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  3172684 aattatgatatgcagatgagagttatgaaacaaatggatatttggacactatagttgactggattccaggtttgaaaaactttagattgaagcatcttcc 3172585  T
Q  211 taggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatact 310  Q
    ||  ||||| | || |||| |||||||||| |||| ||||  |||||  | |||||| | |||||||||||| | |||||||| |||  | ||||| |||    
T  3172584 tactttaattaggataaaagatcctaatgatttgatgatagaatttatgattgaagtaggagataaatgtcacaaagcttctgctattgttttcaacact 3172485  T
Q  311 tcgaatgaacttgagagtgatgttatgaat 340  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  3172484 tctaatgaacttgagagtgatgttatgaat 3172455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4462131 - 4461836
Alignment:
Q  49 ttgcaaatgtgattgtaaaccatgatatatatttatacatatgactt---gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaat 145  Q
    |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||  |||| ||||   |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||    
T  4462131 ttgcaaatgtgattttataccttgatatatatttatgtatataacttcaagctattgacttttttaattatgatatgcagatgagatttatctaacagat 4462032  T
Q  146 gaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttga 245  Q
    | |||||| |||||  || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     |||||||| |||| |||||||| |||||     
T  4462031 ggatatttagacactgaagttgactggattccaggtttgaaaaatttcagattgaaggattttcctgaaacaataaagataaaagatcctaataacttgc 4461932  T
Q  246 cgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatg 341  Q
     ||||| ||||  || |||| || ||||||||||||| |||||||||| | |  | || |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||    
T  4461931 tgataaaatttgtcagtgaaatgacagataaatgtcacagagcttctgctgttattttgaatacttctaatgaactcgaaagtgatattatgaatg 4461836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 96 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4481651 - 4481398
Alignment:
Q  96 gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcag 195  Q
    |||||||| |||||  ||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||| ||| | | |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4481651 gctattgaattttgtgattgtgatatgcagatgagagttatttaacagatggatatttggacgcaacagtagactggattccaggtttgaaaaactttag 4481552  T
Q  196 attgaaggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggt 295  Q
    ||||||||| ||||||   ||||| |||  || | |||||||| ||||||  |||| || ||| | ||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |    
T  4481551 attgaaggaccttcctgatttaattaaggtaacagatcctaatcacttgatcataaaatataaaaatgaagtgacagataaatgtcaaagagcatctgct 4481452  T
Q  296 atgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttctat 349  Q
     |  |  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4481451 tttgttatcaatacttcttatgaacttgagagtgatgttatgaattctctctat 4481398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 95 - 343
Target Start/End: Original strand, 4514294 - 4514542
Alignment:
Q  95 tgctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttca 194  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||  |||||| |    
T  4514294 tgctatttacttttgcaattatgatatgcagatgagagttatttgacaaatggatatttggacactaaagttgactggattccaggtttgcgaaacttta 4514393  T
Q  195 gattgaaggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctgg 294  Q
    || ||||||| ||||||   || |||  ||||| | || ||||||| |||| | ||  ||||| |  |||| ||| ||||| |  ||||||||||||||     
T  4514394 gactgaaggaccttcctgattttatacggacaacagatgctaatgatttgatgttagaatttatctttgaaatggtagatagacttcatagagcttctgc 4514493  T
Q  295 tatgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgct 343  Q
    |||  | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4514494 tatttttttaaatacttctaatgatcttgagagtgatgttatgaatgct 4514542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 105 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 4506806 - 4506568
Alignment:
Q  105 ttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaagga 204  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||| |||||| ||| |||| ||    
T  4506806 ttttgtaattatgatatgcagatgagagttatctaacaaatggatatttggacactaaggtagactggattccaggtttgagaaactttagactgaaaga 4506707  T
Q  205 tcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattc 304  Q
    |||||||   || |||| ||||| | ||||||| || |||| ||||  |||||  | |||||  ||||| | || ||||||||| |||  |||  |  ||    
T  4506706 tcttcctgattttataaggacaacagatcctaacgatttgaggatagaatttattattgaagcagcagaaacatttcatagagcctcttctattgttctc 4506607  T
Q  305 aatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgct 343  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4506606 aatacttctaatgaacttgagagtaatgttctgaatgct 4506568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 105 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 4458547 - 4458309
Alignment:
Q  105 ttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaat---tgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaa 201  Q
    |||||||||||  | ||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||| |||| |   |||||||||  |||||||| ||||||| || |||||    
T  4458547 ttttgcaattacaatatgcagaagagagttatttaacaaatggatatttggacaaaaaagtcggtgactggatttcaggtttgcaaaactttaggttgaa 4458448  T
Q  202 ggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgcta 301  Q
    ||| ||||||   || |||||||  | | |||||||| | |||| ||||| |||||  || ||||||||||||| |||||||||||| |||  |||  |     
T  4458447 ggaccttcctgattttataaagattacagatcctaataatttgatgataaaatttataaccgaagtggcagatagatgtcatagagcctcttctattgtt 4458348  T
Q  302 ttcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaat 340  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4458347 atcaatacttcttatgaacttgagagtgatgttatgaat 4458309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 211
Target Start/End: Original strand, 4489484 - 4489650
Alignment:
Q  49 ttgcaaatgtgattgtaaaccatgatatatattt-atacatatgactt---gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaa 144  Q
    ||||||| | |||| |||||| |||||||||||| ||| |||| ||||   |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  4489484 ttgcaaaggcgattttaaaccttgatatatattttatatatataacttcaagctattgacttttgaaattgtgatatgcagatgagagtaatctaacaga 4489583  T
Q  145 tgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggatcttcct 211  Q
    || | |||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||| | | || ||||||||| |||||    
T  4489584 tggaaatttggacactaaagttgaatggattccaggtttgaaaagcattagtttgaaggattttcct 4489650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 348
Target Start/End: Original strand, 4266346 - 4266592
Alignment:
Q  105 ttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattg---actggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaa 201  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| |||||| || |  ||| |||   ||||||| | ||||||| ||||||| || |||||    
T  4266346 ttttgcaattgcgatatgcagatgagagttatctaacaaatggatatttagataataaagttggtgactggattcaaggtttgcaaaactttaggttgaa 4266445  T
Q  202 ggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgcta 301  Q
    ||| ||||||   || | || ||  | | |||||||||| |||| ||||| |||||  || |||||||| |||| ||||||  |||| |||  |||  |     
T  4266446 ggaccttcctgattttacaaggattacagatcctaatgatttgatgataaaatttattaccgaagtggcggatagatgtcaccgagcctcttctattgtt 4266545  T
Q  302 ttcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttcta 348  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4266546 atcaatacttcatatgaacttgagagtgatgttatgaatgctctcta 4266592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 262 - 343
Target Start/End: Original strand, 4503725 - 4503806
Alignment:
Q  262 tgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgct 343  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4503725 tgaagtggcagataaatgtcaaagagcctcagccattgttttcaatacttctaatgaacttgagagtgatgctatgaatgct 4503806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4517263 - 4517191
Alignment:
Q  112 attatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttg 184  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  4517263 attatgatatgcagatgagagttatttgacaaatggatatttggacactaaagttgactggattccaggtttg 4517191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4593168 - 4593096
Alignment:
Q  120 atgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaactt 192  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  4593168 atgcagatgagagttatctaacaaatggatatttggaaactaaagtagattggattccaggtttgaaaaactt 4593096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4602733 - 4602654
Alignment:
Q  113 ttatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaactt 192  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||||||||| || |||||| |||||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  4602733 ttatgatatgcagatgatagttatctaacaaatggatgtttggaaacaaaagtagattggattccaggtttgaaaaactt 4602654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4617966 - 4617887
Alignment:
Q  113 ttatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaactt 192  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||||| || ||| | || ||||| || ||||||||||||||    
T  4617966 ttatgatatgcagatgagagttatctaacaaatggatgtttggaaactaaagtagattggattcccggtttgaaaaactt 4617887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 96 - 174
Target Start/End: Original strand, 4503643 - 4503721
Alignment:
Q  96 gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggat 174  Q
    |||||||| |||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||  ||| ||||||||||    
T  4503643 gctattgagttttgcaattgtgttatacagatgagagttatctaacagatggaaatttggacagtaaagttgactggat 4503721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 343
Target Start/End: Original strand, 4489735 - 4489776
Alignment:
Q  302 ttcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgct 343  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  4489735 ttcaatacttctaatgaacttgagagtgatgctatcaatgct 4489776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 96 - 156
Target Start/End: Original strand, 4259328 - 4259388
Alignment:
Q  96 gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttgga 156  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||||||| |||| ||||    
T  4259328 gctattgacttttgtaattatgacaagcagataagagctatctaacaaatggatatctgga 4259388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 192
Target Start/End: Original strand, 4484022 - 4484110
Alignment:
Q  105 ttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaa-caaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaactt 192  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||| |||||| ||||||||||||  || | |||||| | |||| ||||||||||||    
T  4484022 ttttgtaattatgatatgcaaataagagttatctaagcaaatgtatatttggacactgaagtagactgggttccagatttgaaaaactt 4484110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4564648 - 4564576
Alignment:
Q  120 atgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaactt 192  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||| || ||  | || ||||| |||||||||||||||||    
T  4564648 atgcagatcagagctatctaacaaatggatatttggaaactaatgtagattggattccaggtttgaaaaactt 4564576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 341
Target Start/End: Original strand, 20863017 - 20863262
Alignment:
Q  96 gctattgatttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcag 195  Q
    |||| ||| ||||| | |||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||| ||||  |||| |||||||||  ||| |||||    
T  20863017 gctactgacttttggagttatgatatacagatgagagttatctaacaaatggatatttggagactaaagttgatcggattccaggtttgcgaaatttcag 20863116  T
Q  196 attgaaggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggt 295  Q
    | |||||||  ||| ||  |  |||| ||||| |||||||||||| | |  ||||  ||||  || |||||| | ||||| || ||| ||||| |||| |    
T  20863117 actgaaggactttcttacttgcataaggacaacaaatcctaatgattcgttgatagaatttctcattgaagtagtagatagatttcacagagcctctgct 20863216  T
Q  296 atgctattcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatg 341  Q
    ||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20863217 attgttttcaatactttcaatgagcttgagagtgatgttatgaatg 20863262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 1675169 - 1675079
Alignment:
Q  115 atgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggat 205  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  1675169 atgatatgcagatgagagacatctaacaaatggatatttggaaacaaaagtcgagtggattccaggtttgaaaaactttcggttgaaggat 1675079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 121 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 1282050 - 1281966
Alignment:
Q  121 tgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggat 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  1282050 tgcagatgagagttatctaacaaatggatatttggaaacaaaagtagattggattccaggtttgaaaaatttccggttgaaggat 1281966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0199 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0199
Description:

Target: scaffold0199; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 316
Alignment:
Q  115 atgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattgactggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaaggat 205  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  406 atgatatgcagatgagagacatctaacaaatggatatttggaaacaaaagtcgagtggattccaggtttgaaaaactttcggttgaaggat 316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 24103951 - 24103705
Alignment:
Q  105 ttttgcaattatgacatgcagatgagagtgatctaacaaatgaatatttggacacaaaaattga---ctggatcccaggtttgaaaaacttcagattgaa 201  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||  ||| |||    | |||| ||||||||| | ||||| || |||||    
T  24103951 ttttgcaattgtaatatgcagatgagagttatctaacaaatggatatttagacaataaagttggtggcaggattccaggtttgcataactttaggttgaa 24103852  T
Q  202 ggatcttcctaggttaataaagacaaaaaatcctaatgacttgacgataagatttaacactgaagtggcagataaatgtcatagagcttctggtatgcta 301  Q
    ||| ||||||   || | || ||  | | |||||||||| |||| ||||| |||||  || |||||||| |  | |||||| ||||| |||  |||  |     
T  24103851 ggaccttcctgattttacaaggattacagatcctaatgatttgatgataaaatttattaccgaagtggcggtaagatgtcacagagcctcttctattgtt 24103752  T
Q  302 ttcaatacttcgaatgaacttgagagtgatgttatgaatgctttcta 348  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24103751 atcaatacttcatatgaacttgagagtgatgttatgaatgctctcta 24103705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University