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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19934_high_16 (Length: 404)
Name: NF19934_high_16
Description: NF19934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19934_high_16 |
 | |
|
| [»] scaffold0003 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0655 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0172 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 209 - 387
Target Start/End: Original strand, 48187536 - 48187714
Alignment:
| Q |
209 |
ctttgttccactatctttatacattcacagttaaatacttaataacttagtttcatacttgaggtactcctgatccgtactaagggctttggtttggttt |
308 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48187536 |
ctttgttctactacctctataccttcacaattaaatacttaataacttagtttcatacttgaggtactcctgatccgtactaagggctttggtttggttt |
48187635 |
T |
|
| Q |
309 |
aaggtaactaactcctgcctggttaattactttgttatcaaaatataatatagtaaacacgagtattaaatataactat |
387 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48187636 |
aaggtaactaactcttgcctggttaattactttgttgtcaaaatataatatagtaaacacgagtattaaatataactat |
48187714 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Original strand, 21268179 - 21268348
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
21268179 |
taatacccataatattcatgcaaaaacaacatcaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcactcatttcaaaacaacaacactataa |
21268278 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21268279 |
taatcatcacaacacaaatatatacacacatacacgtacggaagcgcgtgaagtgatgcccttacctttg |
21268348 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 16421744 - 16421583
Alignment:
| Q |
7 |
acataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatca |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16421744 |
acataatattcatgccaaaacaacaccaccaagataattatcacatcaccaatatataacacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatca |
16421645 |
T |
|
| Q |
107 |
tcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16421644 |
tcacaacacaa--atagtcacacatacacgtacggacgtgcgtggagtgatgcccttacctttg |
16421583 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 169
Target Start/End: Original strand, 48187370 - 48187501
Alignment:
| Q |
38 |
agataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgt |
137 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48187370 |
agataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgt |
48187469 |
T |
|
| Q |
138 |
acggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48187470 |
atggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
48187501 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Original strand, 11283359 - 11283522
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
11283359 |
acacataatattcataccaaagcaa-accaccaagataattatcacaacaccaatatataacacataatcattcatttctaaacaacatcattatgataa |
11283457 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11283458 |
ttatcacaacacaattatacacacatatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
11283522 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 36018017 - 36017877
Alignment:
| Q |
31 |
accaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacac |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
36018017 |
accaccaagataattatcacaacaccaatatataacacataatcattcatttcaaaacaacaccaatatgataattatcacaacacaattatatacacat |
36017918 |
T |
|
| Q |
130 |
atacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36017917 |
atacacgtacggaagcacgtggagtgatgcccttacctttg |
36017877 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 12528693 - 12528858
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||| || |
|
|
| T |
12528693 |
acacataatattcatacaaaagcaa-accaccaagataattatcacaacatcattatataacacataatcattcatttcaaaacaacaccattatgacaa |
12528791 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
| |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12528792 |
ttatcataacacaattatatacacatatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
12528858 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28384171 - 28384009
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28384171 |
taatacacataatgttcatgccaaaacaacaccaccaag-taattaccacaccacgaatatataacacataacattcatttcaaaacaacaacattatga |
28384073 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||| |||| |||||| |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
28384072 |
taattatcaaaacacagatatat----acatacacgtaccgaaatgcgtggagtgatactcttacctt |
28384009 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28393046 - 28392884
Alignment:
| Q |
2 |
aatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgat |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
28393046 |
aatacacataatattcataccaaaacaacaacaccaagagaattaccacaccaccaatatataacacataacattcatttcaaaacaacaacattataat |
28392947 |
T |
|
| Q |
102 |
aatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
||| |||| || |||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
28392946 |
aattatcaaaaaacaaatatat----acatacacacaccgaaacgcgtggagtgatgctcttgcctt |
28392884 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 99 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 16484042 - 16483973
Alignment:
| Q |
99 |
gataatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16484042 |
gataattatcacaacacaaatatatacacatatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
16483973 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Original strand, 48186622 - 48186667
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataatta |
46 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
48186622 |
taatacacataatattcatgccaaaacaacaacaccaagataatta |
48186667 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 16484069 - 16484017
Alignment:
| Q |
12 |
atattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatata |
64 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
16484069 |
atattcatgccgaaacaaaaccaccaagataattatcacaacacaaatatata |
16484017 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 28393087 - 28393053
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccac |
35 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28393087 |
taatacacataatgttcatgccaaaacaccaccac |
28393053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 15419020 - 15418853
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15419020 |
taatacacataatattcatgccaaaacaacaccaccaagataattatcacatcaccaatatataaaacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
15418921 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15418920 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatatacgtacggaagcgtgtggagtgatgcccttacctt |
15418853 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 15426037 - 15425870
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15426037 |
taatacatataatattcatgccaaaacaacaccaccaagctaattatcacatcaccaatatatagaacatagcattcacttcaaaacaacaatactatga |
15425938 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15425937 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatatacgtacggaagcgtgtggagtgatgcccttacctt |
15425870 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 169
Target Start/End: Original strand, 28654433 - 28654572
Alignment:
| Q |
31 |
accaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacac |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| || ||||| |||| |
|
|
| T |
28654433 |
accaccaagataattatcacaacaccaatatataacacataatcattcatttcaaaacaaccccattatgataattatcacaacagaattatatacacat |
28654532 |
T |
|
| Q |
130 |
atacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28654533 |
atacacgtacggaaacgcgtggagtgatgcccttaccttt |
28654572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 52944934 - 52944820
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatatt-catgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
52944934 |
acacataatatttcatgctaaaataaaaccaccaaggtaattatcacaacaccaattaataatacatagcattcatttcaaaacaacacca-----ataa |
52944840 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatat |
123 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52944839 |
ttatcacaacacaaatatat |
52944820 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 52944768 - 52944725
Alignment:
| Q |
125 |
cacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52944768 |
cacatatacatgtacggaagcgtgtggagtgatgcccttacctt |
52944725 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 44668982 - 44668815
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
44668982 |
taatacacataatattcatgccaaaacaacaacaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacataacattcacttcaaa-caacaacactatga |
44668884 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44668883 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtagagtgatgcccttaccttt |
44668815 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 170
Target Start/End: Original strand, 5537063 - 5537228
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
5537063 |
acacataatattcataccaaagcaa-accaccaagataattatcacaacaccactatataacacataatcattcatttcaaaacaacaccattatgataa |
5537161 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
5537162 |
ttatcactacacaattatatacacatatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgctgttacctttg |
5537228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Original strand, 3897271 - 3897438
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||| |||||||||||| ||| | |||| |
|
|
| T |
3897271 |
acacatgatattcatgccaaaacaacaccaccaaaataattatcacaacacaaatatgtaacacatagtcattcatttcaaaacaacaccaccaaaataa |
3897370 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaa--atatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
3897371 |
ttatcacaacacaattatatatatacatatacacgtacggaaacacgtggagtgatacccttaccttt |
3897438 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 6818647 - 6818492
Alignment:
| Q |
16 |
tcatgccaaaacaccaccaccaag-ataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaa-caacaacactatgataatcatcacaac |
113 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| || ||| ||||| || ||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
6818647 |
tcatgccaagacaaaaccaccaaatataattatcacaacaacaacatataacagataacattcatttcaaaaacaacaccactatgataattatcacaat |
6818548 |
T |
|
| Q |
114 |
acaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
|||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6818547 |
acaaatatatacaaatatacacgtacataagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
6818492 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 19932834 - 19932666
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
19932834 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataactatcacatcagcaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactataa |
19932735 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19932734 |
taatcatcacgacacaaatatattcataaatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
19932666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 1311574 - 1311405
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
1311574 |
taatacacataatattcatgccaaaacaacaccaccaagataattatcacatcaccaatatataacacatagtattcacttcaaaacaacaacactataa |
1311475 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |
|
|
| T |
1311474 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatactcttacatttg |
1311405 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 3224833 - 3224669
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatata--gcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgata |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||| || |||| || |
|
|
| T |
3224833 |
acacataatattcatgtcaaaacaacaacaccaagataattatcacaacaccaatatatatagcacataacattcatttcaaa-caacagcaatatgcta |
3224735 |
T |
|
| Q |
103 |
atcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3224734 |
attatcacaacacaaatatataatcatatacatgtacggaaacgcgtggagtgatgcccttacctt |
3224669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 33 - 168
Target Start/End: Original strand, 11034921 - 11035057
Alignment:
| Q |
33 |
caccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacacat |
131 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| || |
|
|
| T |
11034921 |
caccaagataattatcacaacaccaatatataacacataatcattcatttcaaaacaacatcattatgataattatcacaacacaattatatacacatat |
11035020 |
T |
|
| Q |
132 |
acacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11035021 |
acatgtacggaaacgcgtgaagtgatgcccttacctt |
11035057 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24540743 - 24540576
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
24540743 |
taatacacataatattcatgccaaaacaacaccaccaagataattatcacatcaccaatatataaaacatagcattcacttcaaaacaacaacaatatga |
24540644 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
24540643 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacataaacgtacggaagcgtgtggagtgatacccttacctt |
24540576 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 3509929 - 3509768
Alignment:
| Q |
7 |
acataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatca |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
3509929 |
acataatattcatgccaaaacaacaacaccaaggtaattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatggtaacca |
3509830 |
T |
|
| Q |
107 |
tcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3509829 |
tcacaacacaa--atattcacacatacacatacggaagcgcatggaatgatgcccttacctttg |
3509768 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 15277960 - 15277846
Alignment:
| Q |
23 |
aaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatata |
122 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||||| |
|
|
| T |
15277960 |
aaaacaacaccaccaagataattatcataccaccaatatataacacatagcattcatttccaaacaacaatattatgttaattatcaaaacacaaatata |
15277861 |
T |
|
| Q |
123 |
ttcacacatacacgt |
137 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |
|
|
| T |
15277860 |
tacacacatacacgt |
15277846 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 18902065 - 18901896
Alignment:
| Q |
1 |
taatacacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
18902065 |
taatacacataatattcatgcaaaaacaacaacaccaagataactatcacatcaccaatatatagcacatatcattcacttcaaaacaacaacactataa |
18901966 |
T |
|
| Q |
101 |
taatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |
|
|
| T |
18901965 |
taatcatcacaacacaaatatattcacaaatacacgtacggaagcgcgtggaatgatacccttacctttg |
18901896 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 18153491 - 18153328
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
18153491 |
acacataatattcataccaaagcaa-accaccaagataattatcacaacaccaatatataacacataatcattcatttcaaaacaacaccattatgataa |
18153393 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18153392 |
ttatcaccacacaattatatacacatatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
18153328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 170
Target Start/End: Original strand, 51783494 - 51783595
Alignment:
| Q |
69 |
atagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
51783494 |
atagcatttacttcaaaacaacaacactataataatcattataacataaatatattcacacatatacgtacagaagcacgtggagtgatgcctttacctt |
51783593 |
T |
|
| Q |
169 |
tg |
170 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
51783594 |
tg |
51783595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 10456 - 10295
Alignment:
| Q |
7 |
acataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatca |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10456 |
acataatattcatgccaaaacaacaccaccaagataattatcacatcaccaatatataacacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataatca |
10357 |
T |
|
| Q |
107 |
tcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctttg |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10356 |
tcacaacacaa--atagtcacacatacacgtacggacgtgcgtggagtgatgcccttacctttg |
10295 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0655 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0655
Description:
Target: scaffold0655; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 7650 - 7491
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatagcattcacttcaaaacaacaacactatgataat |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||| | || ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7650 |
acacataatattcatggcaaaacaaaaccaccaagataattattacaacaccaatacataacacataac---catttcaa---aacaacaccatgataat |
7557 |
T |
|
| Q |
105 |
catcacaacacaaat--atattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
168 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7556 |
tatcacaacacaaatagatatataaacatacatgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttacctt |
7491 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0172 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0172
Description:
Target: scaffold0172; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Original strand, 34620 - 34785
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||| | |||||| | |||| ||||||| | || ||| | |||| |
|
|
| T |
34620 |
acacatgatattcatgccaaaacaacaccaccaaaataattatcacaacacaaatataaaacacataatccttcatttcaaaatagcaccaccaaaataa |
34719 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34720 |
ttatcacaacacagttatatatacatatacacgtacggaaacgcgtggagtgatgcccttaccttt |
34785 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 2039102 - 2038937
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacatag-cattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |||||| | |||||| | |||| |||||||| || ||| | |||| |
|
|
| T |
2039102 |
acacatgatattcatgtcaaaacaacaccaccaaaataattatcataacacaaatataaaacacataatccttcatttcaaaacggcaccaccaaaataa |
2039003 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
2039002 |
ttatcacaacacagttatatatacatatacatgtacggaagcacgtggagtgatgtccttaccttt |
2038937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 123
Target Start/End: Original strand, 29963026 - 29963145
Alignment:
| Q |
5 |
acacataatattcatgccaaaacaccaccaccaagataattatcacatcaccaatatatagcacat-agcattcacttcaaaacaacaacactatgataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||| | ||||| | | |||| |||||||| || ||| | |||| |
|
|
| T |
29963026 |
acacatgatattcatgccaaaacaacaccaccaaaataattatcacaacacaaatataaaacacataatccttcatttcaaaactgcaccaccaaaataa |
29963125 |
T |
|
| Q |
104 |
tcatcacaacacaaatatat |
123 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
29963126 |
ttatcacaacacaattatat |
29963145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 169
Target Start/End: Original strand, 29963185 - 29963229
Alignment:
| Q |
125 |
cacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
29963185 |
cacacacacacgtacggaagcgcgtggagtgatatccttaccttt |
29963229 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 91 - 169
Target Start/End: Original strand, 32870275 - 32870353
Alignment:
| Q |
91 |
aacactatgataatcatcacaacacaaatatattcacacatacacgtacggaagcgcgtggagtgatgcccttaccttt |
169 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
32870275 |
aacactatgataatcatcacaacataaatatatacacatatatacgtacggaagcacgtggagcgaaacccttaccttt |
32870353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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