View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19944_low_1 (Length: 516)

Name: NF19944_low_1
Description: NF19944
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19944_low_1
NF19944_low_1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (16-500)||(23004333-23004815)
chr6 (16-500)||(23783568-23784050)
chr6 (59-500)||(23000478-23000919)
chr6 (59-500)||(23787485-23787926)
chr6 (154-500)||(18158273-18158617)
chr6 (68-498)||(18146535-18146966)
chr6 (16-91)||(18158200-18158279)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 500
Target Start/End: Original strand, 23004333 - 23004815
Alignment:
Q  16 attgaggtgtctttatgttctgattggatcaaaccatatcttttaatcggtcaaattaaagtgacgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaa 115  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004333 attgagatgtcattatgttttgatcgaatcaaaccatatcttttaatcggtcaaattaaagtgatgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaa 23004432  T
Q  116 attgttcgcagtagatcaaaagccagaaataagtcatttttcccaatcaaaagttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004433 attgttcgcagtagatcaaaagctagaaataagtcatttttcccaatcaaaagttaaaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctat 23004532  T
Q  216 cagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaataaatgaaccataaacatgttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004533 cagatttaaaacattttttt--aaaaaaaaagcaacataaatgaaccataaacatgttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaatt 23004630  T
Q  316 actaaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaaattatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttc 415  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004631 aataaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaaattatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttc 23004730  T
Q  416 cttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattgtgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004731 cttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattgtgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 23004815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 23784050 - 23783568
Alignment:
Q  16 attgaggtgtctttatgttctgattggatcaaaccatatcttttaatcggtcaaattaaagtgacgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaa 115  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23784050 attgagatgtcattatgttttgatcgaatcaaaccatatcttttaatcggtcaaattaaagtgatgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaa 23783951  T
Q  116 attgttcgcagtagatcaaaagccagaaataagtcatttttcccaatcaaaagttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23783950 attgttcgcagtagatcaaaagctagaaataagtcatttttcccaatcaaaagttaaaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctat 23783851  T
Q  216 cagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaataaatgaaccataaacatgttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23783850 cagatttaaaacattttttt--aaaaaaaaagcaacataaatgaaccataaacatgttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaatt 23783753  T
Q  316 actaaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaaattatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttc 415  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23783752 aataaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaaattatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttc 23783653  T
Q  416 cttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattgtgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23783652 cttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattgtgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 23783568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 59 - 500
Target Start/End: Original strand, 23000478 - 23000919
Alignment:
Q  59 taatcggtcaaattaaagtgacgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaaattgttcgcagtagatcaaaagccagaaataagtcatttttcc 158  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||| |    
T  23000478 taatcgggaaaattaaagtgaagttttttcgtgtgaattgaaagttacaaggttcaaaatcttcgcaatagatcagaagttagaaataagtcattttttc 23000577  T
Q  159 c-aatcaaaagttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctatcagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaataaat 257  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||            |||| ||||||    
T  23000578 ctaatcaaaagttacaaactaattggatcagaaactaagttccaattaaatcctctatcggatttaaaacatttttt---caaagaaaagcaacataaat 23000674  T
Q  258 gaaccataaacatgtttttt-ccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaattactaaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaa-atta 355  Q
     |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23000675 taaccgtaaacatgtttttttccatcaaacatacatataggtcaaacacaattaaaattacaagacatgcaagttaaatggacaatacttaaaaacatta 23000774  T
Q  356 tagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  23000775 tagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaatgggaccttttttctttataaaatgcagaattg 23000874  T
Q  456 tgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23000875 tgctcatgggattgatacgaagatatgtttttggagtctttttgt 23000919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 59 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 23787926 - 23787485
Alignment:
Q  59 taatcggtcaaattaaagtgacgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaaattgttcgcagtagatcaaaagccagaaataagtcatttttcc 158  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||| |    
T  23787926 taatcgggaaaattaaagtgaagttttttcgtgtgaattgaaagttacaaggttcaaaatcttcgcaatagatcagaagttagaaataagtcattttttc 23787827  T
Q  159 c-aatcaaaagttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctatcagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaataaat 257  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||            |||| ||||||    
T  23787826 ctaatcaaaagttacaaactaattggatcagaaactaagttccaattaaatcctctatcggatttaaaacatttttt---caaagaaaagcaacataaat 23787730  T
Q  258 gaaccataaacatgtttttt-ccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaattactaaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaa-atta 355  Q
     |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23787729 taaccgtaaacatgtttttttccatcaaacatacatataggtcaaacacaattaaaattacaagacatgcaagttaaatggacaatacttaaaaacatta 23787630  T
Q  356 tagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  23787629 tagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaatgggaccttttttctttataaaatgcagaattg 23787530  T
Q  456 tgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23787529 tgctcatgggattgatacgaagatatgtttttggagtctttttgt 23787485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 154 - 500
Target Start/End: Original strand, 18158273 - 18158617
Alignment:
Q  154 tttcccaatcaaaagttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctatcagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaat 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||            |||| ||    
T  18158273 tttcccaatcaaaagttacaaactaattggatcagaaacaaagttccaattaaatcctctatcggatttaaaacatttttt---caaaaaaaagcaacat 18158369  T
Q  254 aaatgaaccataaacatgttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaattactaaacatacaagttaaatggacaatactt--aaaaa 351  Q
    |||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  18158370 aaattaaccataaatgt-ttttttccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaattactaaacatacaagttaaatggacaatacttcaaaaaa 18158468  T
Q  352 attatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18158469 attatagaataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaatacttgtttccttgcaaggggaccttttttctttataacatgcata 18158568  T
Q  452 attgtgctcatgggattgataggaagatatgtttttggagtctttttgt 500  Q
    ||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  18158569 attgtgctcaattgattgatatgaagatatgcttttggagtctttttgt 18158617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 68 - 498
Target Start/End: Original strand, 18146535 - 18146966
Alignment:
Q  68 aaattaaagtgacgttttttcccatgaattggaagttacaatgtttaaattgttcgcagtagatcaaaagccagaaataagtcattttt-cccaatcaaa 166  Q
    |||||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| ||| ||| | || ||| ||||||| |||  |||| || ||||||||| ||||||||||    
T  18146535 aaattaaattgaagttttttcgtgtgaattggaagttacaaggttcaaaatctttgcaatagatcagaagttagaa-taggtcattttttcccaatcaaa 18146633  T
Q  167 agttacaaactaattcgatcagaatctaagttccaattaaatcctctatcagatttaaaacatttttttcnnnnnnnnnngcaaaataaatgaaccataa 266  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||            |||| |||||| ||||||||    
T  18146634 agttacaaactaattggatcagaaactaagttccaattaaatcctttatcggatttaaaacatttttt---caaagaaaagcaacataaattaaccataa 18146730  T
Q  267 acatgtttttt------ccatcaaacgtacatatagatcaaacataattaaaattactaaacatacaagttaaatggacaatacttaaaaa-attataga 359  Q
    |||||||||||      ||||||||| |||||||||    |||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  18146731 acatgttttttttttttccatcaaacatacatatagt---aacacaattaaaattacaagacatacaagttaaatcgacaatacttaaaaacattataga 18146827  T
Q  360 ataaaatgaaatttcaacaacttagtttgaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaaggggaccttttttctttataacatgcaaaattgtgct 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   |||||||    
T  18146828 ataaaatgaaatttcaacaacttagttggaacgaatgtgcattaaacacttgtttccttgcaaggggacttttttcctttataacatgcagtgttgtgct 18146927  T
Q  460 catgggattgataggaagatatgtttttggagtcttttt 498  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  18146928 catgtgattgataggaagatatgattttggtgtcttttt 18146966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 91
Target Start/End: Original strand, 18158200 - 18158279
Alignment:
Q  16 attgaggtgtctttatgttctgattggatcaaaccatatcttttaatcggtcaaatt----aaagtgacgttttttccca 91  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||    
T  18158200 attgagatgtctttacgttctgattggatcaaaccatatcttttaatcggtcaaattaattaaagtgacgttatttccca 18158279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University