View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19948_high_4 (Length: 371)

Name: NF19948_high_4
Description: NF19948
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19948_high_4
NF19948_high_4
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (18-360)||(4011821-4012164)
chr4 (18-251)||(3821606-3821839)
chr4 (29-244)||(4003353-4003568)
chr4 (18-251)||(3812033-3812266)
chr4 (29-239)||(3952844-3953052)
chr4 (29-229)||(4026589-4026789)
chr4 (29-251)||(3915785-3916010)
chr4 (32-251)||(3988245-3988464)
chr4 (29-195)||(3926838-3927004)
chr4 (18-240)||(4220844-4221066)
chr4 (29-115)||(3962360-3962446)
chr4 (29-137)||(4019629-4019737)
chr4 (47-114)||(3792737-3792804)
chr4 (47-112)||(3825890-3825955)
chr4 (29-90)||(4318238-4318299)
chr4 (287-336)||(4026853-4026902)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (29-251)||(13399194-13399416)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 360
Target Start/End: Original strand, 4011821 - 4012164
Alignment:
Q  18 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4011821 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgacatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 4011920  T
Q  118 aaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggt 217  Q
    ||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  4011921 aaaagcgataaccaaatggccaaaaaatccgtggcggatgtcttcacctctaaagcttacaaaaacatcatcctttgattggggagaaatgtttgacggt 4012020  T
Q  218 gccttttctgctacagccttcaatttaataacaacnnnnnnncttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4012021 gccttttctgctacagccttcaattcaataagaacgaaaaaacttaggttcttcataaaaacttagatctctataacattaacaaaatacaacaacaatt 4012120  T
Q  318 -aaaaaatgttactacttaattatcaaaaagtgatgctattcat 360  Q
     ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  4012121 aaaaaaaatttactacttaatcatcaaaaagtgattctattcat 4012164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Original strand, 3821606 - 3821839
Alignment:
Q  18 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3821606 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcgtaagtgcgtcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 3821705  T
Q  118 aaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggt 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||  || |  |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| | |||||| |  |    
T  3821706 aaaagccttaaccaaatggctaagaaagctgtggcggatatcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattgaggagtattgtttggcatt 3821805  T
Q  218 gccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 251  Q
     || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  3821806 tccctttctgctacacccttcaacttattaacaa 3821839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 29 - 244
Target Start/End: Original strand, 4003353 - 4003568
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  4003353 gatccttcaattgcttctacaagtgcatgtgatatatcatctcccctcttaagtttttcgtcaacaaaggcatttatttgtttacgaggaaaagctttaa 4003452  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgc 228  Q
     |||||||| ||  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||  ||||||||||||    
T  4003453 tcaaatggccaagaaatccgtgacggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattggggagcatcgtttgacattgccttttctgc 4003552  T
Q  229 tacagccttcaattta 244  Q
    |||| |||||||||||    
T  4003553 tacacccttcaattta 4003568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Original strand, 3812033 - 3812266
Alignment:
Q  18 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  3812033 atgaaatgggagatccttccattgcttctacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaagaaaggcatttatttgctttcgaga 3812132  T
Q  118 aaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggt 217  Q
    |||||||| | ||||||||| ||  ||    | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| |  |    
T  3812133 aaaagcctcagccaaatggctaagaaagaacttgcggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattgaggagtattgtttggcatt 3812232  T
Q  218 gccttttctgctacagccttcaatttaataacaa 251  Q
     || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  3812233 tccctttctgctacacccttcaacttattaacaa 3812266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 29 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 3953052 - 3952844
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  3953052 gatccttcaattgcttcaaaaattgaatg--atatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgcttttgaggaaaagccttag 3952955  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgc 228  Q
    ||||||| | ||  || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  3952954 ccaaatgaccaagaaagccgtggcggatgtcctctcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattcgggagaattgtttgacattgtcttttctgc 3952855  T
Q  229 tacagccttca 239  Q
    |||| ||||||    
T  3952854 tacacccttca 3952844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Original strand, 4026589 - 4026789
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  4026589 gatccttctattgcttctacaagtgaattcgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagaaaaagccttag 4026688  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgc 228  Q
    ||||||||| ||  || || |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| |||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  4026689 ccaaatggccaagaaagccgtggcggatgtcctcacccctaaagtttacgaaaacatcatactttggttgaggagcattgttagacattgccttttctgc 4026788  T
Q  229 t 229  Q
    |    
T  4026789 t 4026789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 3916010 - 3915785
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  3916010 gatccttcgattgcttcaccaagtgaatctgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgcttttgacaaaaagccttaa 3915911  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgatt---ggggagcaatgtttgacggtgccttttc 225  Q
    ||||||||| ||  || ||    ||||| ||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||| | ||||||||  || ||||||    
T  3915910 ccaaatggctaagaaagccgctacggatttccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttgaatgaggaggagtattgtttgacattgtcttttc 3915811  T
Q  226 tgctacagccttcaatttaataacaa 251  Q
     || ||| ||||||||||| ||||||    
T  3915810 cgcaacacccttcaatttattaacaa 3915785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 32 - 251
Target Start/End: Original strand, 3988245 - 3988464
Alignment:
Q  32 ccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaacca 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| | | |  || |||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||    
T  3988245 ccttcaattgcttcaacaagtgaatgtttgatttcatctcccctcttaattatgttgtctacaaagacatttattttcttttgacgaaaagccttaacca 3988344  T
Q  132 aatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgctac 231  Q
    |||||| ||  || || |  ||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||  || ||||||| ||||    
T  3988345 aatggccaagaaagccgtctcggatgtccttgcccctaaagctcacaaaaacatcatattttgattggggagcgttggttgacattgacttttctcctac 3988444  T
Q  232 agccttcaatttaataacaa 251  Q
    | ||||||| ||| ||||||    
T  3988445 acccttcaacttattaacaa 3988464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3927004 - 3926838
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  3927004 gatcctttgattgcttcaacaagtgaatctgatatgtcatctcccctgtgaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgcttttgaagaaaagccttaa 3926905  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttga 195  Q
    ||||||||| ||  || |     || |||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3926904 ccaaatggctaagaaagctgctacgaatgtccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttga 3926838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 4220844 - 4221066
Alignment:
Q  18 atgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgagg 117  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||||      
T  4220844 atgaaatggatgatccttcaattgcttcaccaagtgaatgtgatatgtcatctcctttcttaagtttgtaatcaacaaagatatttatttgttttcgaat 4220943  T
Q  118 aaaagccttaaccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggt 217  Q
    |||||||| |  ||| | || ||  || || | |||||  || |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||| | ||||||||  |    
T  4220944 aaaagcctcatacaatttgccaagaaagccgtcgcggacatcatttcccctaaagcttacaaaaacatcaaactttgatttaggagtattgtttgacatt 4221043  T
Q  218 gccttttctgctacagccttcaa 240  Q
    || ||||||||| || |||||||    
T  4221044 gctttttctgctgcacccttcaa 4221066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 3962446 - 3962360
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcga 115  Q
    |||||||||||||||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  3962446 gatccttcaattgctctgacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagtttatcatctacaaaggcttttattttctttcga 3962360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 137
Target Start/End: Original strand, 4019629 - 4019737
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    |||||||||||| ||   |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||| ||    
T  4019629 gatccttcaattcctctgacaagtgattgtagtatttcatctcccctcttaagctcatcatcaacaaaggcttttattttctttcgacgtaaagcctcaa 4019728  T
Q  129 ccaaatggc 137  Q
     ||||||||    
T  4019729 tcaaatggc 4019737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 114
Target Start/End: Original strand, 3792737 - 3792804
Alignment:
Q  47 acaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcg 114  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  3792737 acaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttcctttcg 3792804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 112
Target Start/End: Original strand, 3825890 - 3825955
Alignment:
Q  47 acaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgcttt 112  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3825890 acaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttccttt 3825955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 4318299 - 4318238
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatc 90  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4318299 gatcctttaattgcttcaacaaatgaatgtgatatttcatcccccctcttaagcttgtcatc 4318238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 336
Target Start/End: Original strand, 4026853 - 4026902
Alignment:
Q  287 tctataacattaacaaaatacaacaacaattaaaaaatgttactacttaa 336  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||    
T  4026853 tctataacattaacaaaatacagcaaaatttaataaatgttactacttaa 4026902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 29 - 251
Target Start/End: Original strand, 13399194 - 13399416
Alignment:
Q  29 gatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctttcgaggaaaagccttaa 128  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  13399194 gatccttcgattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatttcccctcttaagtttgtcgtcaacaaagacatttatttgcttttgagaaaaagccttaa 13399293  T
Q  129 ccaaatggcaaaataatccatggcggatgtcctcacccctaaagcttacaaaagcatcatactttgattggggagcaatgtttgacggtgccttttctgc 228  Q
     |||||||| ||  || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||| |  |||||  ||| ||||| ||    
T  13399294 acaaatggccaagaaagccgtggtggatgtcctcacccctaaagcttacaaaaacatcgtatattgattggggagcatttcttgacactgctttttcagc 13399393  T
Q  229 tacagccttcaatttaataacaa 251  Q
    || | ||||||| ||| ||||||    
T  13399394 tatacccttcaacttattaacaa 13399416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University