View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19951_low_45 (Length: 288)

Name: NF19951_low_45
Description: NF19951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19951_low_45
NF19951_low_45
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-274)||(36314320-36314596)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (9-274)||(19503747-19504009)
chr8 (34-274)||(19355714-19355951)
chr8 (10-274)||(19404923-19405184)
chr8 (9-274)||(19345334-19345596)
chr8 (22-231)||(19410958-19411164)
chr8 (10-231)||(19555236-19555454)
chr8 (16-274)||(19376801-19377056)
chr8 (22-274)||(19592308-19592554)
chr8 (21-274)||(19337681-19337925)
chr8 (22-274)||(19469220-19469466)
chr8 (22-274)||(19540144-19540390)
chr8 (10-133)||(19468410-19468533)
chr8 (22-136)||(19457977-19458091)
chr8 (22-136)||(19522987-19523101)
chr8 (174-274)||(19390951-19391051)
chr8 (25-107)||(19172660-19172742)
chr8 (22-120)||(19287901-19287999)
chr8 (22-107)||(19390779-19390864)
chr8 (174-275)||(19172498-19172599)
chr8 (44-91)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-106)||(19543241-19543337)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 36314596 - 36314320
Alignment:
Q  1 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314596 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 36314497  T
Q  101 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa---gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagat 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314496 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagat 36314397  T
Q  198 gagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314396 gagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 36314320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 19504009 - 19503747
Alignment:
Q  9 tggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtt 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  19504009 tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtt 19503910  T
Q  109 tttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttgga 208  Q
    ||||||||||  | ||||||||||   ||  | ||||||||| || | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19503909 tttcagaaaattgcgggaacacca---aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttgga 19503813  T
Q  209 gaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    ||||||||| |||||||||||||   ||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19503812 gaaattgtaattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtatattctattcat 19503747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 34 - 274
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355951
Alignment:
Q  34 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 133  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T
Q  134 gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgt 233  Q
      |||   ||||||||| || |   |||| |  |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||      
T  19355814 ataaa---gacaatgcaacaactactgaaggtgatgtgaattatggttatagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattcca 19355910  T
Q  234 agaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    |||||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19355911 agaattatacattaattttactggatgtatatactattcat 19355951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 274
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405184
Alignment:
Q  10 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  110 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 209  Q
    ||||||  |||  ||||| ||||| ||  ||   |||||||||| |   |||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19405023 ttcagaggaagacgggaagaccaaacatcat---caatgcatcaactactgaaggtgatgtgaattatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 19405119  T
Q  210 aaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19405120 aaattgtaattgctatggattcgaagaactatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19405184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 274
Target Start/End: Original strand, 19345334 - 19345596
Alignment:
Q  9 tggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtt 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  19345334 tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtt 19345433  T
Q  109 tttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttgga 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |    | ||| ||| | ||   | |||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19345434 tttcagaaaatggtgggaacaccaacc---ttagactatgaaacagtgtttgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttgga 19345530  T
Q  209 gaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    ||||||||  |||||||||||||   ||||| |||| ||||  ||||||||||  |||||||||||    
T  19345531 gaaattgttattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtacattctattcat 19345596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 231
Target Start/End: Original strand, 19410958 - 19411164
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19410958 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19411057  T
Q  122 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 221  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || |||||||||   | || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  19411058 cgggaagaccaagc---atagacaattcaacaacatatgaattcgacgtgacttatagttacagtgattgcaagatcagatgttggaaaaattgtagttg 19411154  T
Q  222 caatggattc 231  Q
    ||||||||||    
T  19411155 caatggattc 19411164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555236
Alignment:
Q  10 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 109  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  110 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 209  Q
    |||||||||||| ||||| ||||   || || |||||| || || | |||||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagacca---aacatagacaattcaacaacgtatgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgaaatgttggaa 19555258  T
Q  210 aaattgtagttgcaatggattc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  19555257 aaattgtagttgcaatggattc 19555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 274
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19377056
Alignment:
Q  16 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcaga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttcaaa 19376900  T
Q  116 aaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattg 215  Q
     ||||   |||| ||||   || || |||||||||||| |   ||||  | |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19376901 gaaagactggaagacca---aacatagacaatgcatcaaccattgaacaggatgtgacttatgtttacagtgattgcaagataagatgttggagaaattg 19376997  T
Q  216 tagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    || |||||||||||||  |||||| |||   |||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19376998 taattgcaatggattccaagaattttatcgcaatgggactggatgtatattctattcat 19377056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 274
Target Start/End: Original strand, 19592308 - 19592554
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592308 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 19592404  T
Q  122 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 221  Q
     ||||||||||   ||  | ||||||||| || | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  19592405 cgggaacacca---aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattg 19592501  T
Q  222 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19592502 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19592554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 274
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337925
Alignment:
Q  21 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 120  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  121 gtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagtt 220  Q
    ||||||| |||||  |||   ||||||||| || || |||||     ||    | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19337781 gtgggaagaccaaataaa---gacaatgcaacaacagatgaa---cctg---ctaatggttacgatgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaatt 19337871  T
Q  221 gcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    || ||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19337872 gctatggattcgaagaattatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19337925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 22 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 19469466 - 19469220
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19469466 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaagg 19469370  T
Q  122 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 221  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19469369 cgggaagaccaagc---attgacaattcaacaacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattg 19469273  T
Q  222 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19469272 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19469220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 22 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 19540390 - 19540144
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19540390 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaagg 19540294  T
Q  122 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 221  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19540293 cgggaagaccaagc---attgacaattcaacaacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattg 19540197  T
Q  222 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 274  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19540196 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19540144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  10 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 109  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  110 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 133  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 136
Target Start/End: Original strand, 19457977 - 19458091
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19457977 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19458076  T
Q  122 tgggaacaccaagca 136  Q
     ||||| ||||||||    
T  19458077 cgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 19523101 - 19522987
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19523101 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19523002  T
Q  122 tgggaacaccaagca 136  Q
     ||||| ||||||||    
T  19523001 cgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 174 - 274
Target Start/End: Original strand, 19390951 - 19391051
Alignment:
Q  174 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 273  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  19390951 ttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattccaagaattgtatgataatgggactggatgtatattctattca 19391050  T
Q  274 t 274  Q
    |    
T  19391051 t 19391051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  25 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 107  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 120
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 120  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 107
Target Start/End: Original strand, 19390779 - 19390864
Alignment:
Q  22 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 107  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  19390779 aatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 19172599 - 19172498
Alignment:
Q  174 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 273  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||| |||  |||||| |||  ||||  |||||||||| |||| ||||||    
T  19172599 ttatggttacagtgattgtaagatcagttgttggagaaactgtgaatgcaatgggttccaagaattttatcgtaatgggactggatgtatattttattca 19172500  T
Q  274 tc 275  Q
    ||    
T  19172499 tc 19172498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 91
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  44 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 91  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 106
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  10 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 106  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University