View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19953_high_2 (Length: 960)

Name: NF19953_high_2
Description: NF19953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19953_high_2
NF19953_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-944)||(2121576-2122508)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 2122508 - 2121576
Alignment:
Q  14 attattcttattttaacggagtgtctatgttatttatgttgatttcctnnnnnnnn-cagttattcaatgatgggatgctgagacatattctacttcaac 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2122508 attattcttattttgacggagtgtctatgttatttatgttgatttccttaaaaaaaacagttattcgatgatgggatgctgagacatattctacttcaac 2122409  T
Q  113 tatgaagaactgatgattaaggtactatataacaagatatcatcaaagaataaaataatgaaattccttagaaaaggtttgaacatggtgttcatagtta 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2122408 tatgaagaactgattattaaggtactatataacaagatatcatcaaagaataaaataatgaaattccttagaaaaggtttgaacatggtgttcatagtta 2122309  T
Q  213 cttgaaatgtagaaggtgtgttgcaaagccaaaagatactaacctaacattcatagtgaccttggtgggtgcgagaaaaagacttgttaataccgttcat 312  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2122308 cttgaaatgaagaaggtgtgttgcaaagccaaaagatactaacctaacattcatagtgaccttggtgggtgcgagaaaaagacttgttaataccgttcat 2122209  T
Q  313 gcatcatgatttgatgatacctttgaatcaaatcgagtttctagaacaatgtagtgccaccaaagacatcaagcaactcttccaccgttgggatacgaaa 412  Q
     ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2122208 acatcatgatctgatgataccgttgaatcaaatcgagtttctagaacaatgtagcgccaccaaagacatcaaacaactcttccaccgttgggatacgaaa 2122109  T
Q  413 tatattcttaaaggggatggatttagtggtatgtaatctaaatagaacctccatgacccatccttcnnnnnnnataagaattaaccgtgatgtaaacaac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||| ||||||||||||||||||    
T  2122108 tatattcttaaaggggatggatttagtggtatgtaatctaaatagaacctccatgacccatccttctttttttataagaatcaaccgtgatgtaaacaac 2122009  T
Q  513 ctggtgttaggccaaattaccctatgtctgacattgcattcatttgtctctcaatttcttgtttctagaaatatggataataataagaacgaacacttat 612  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2122008 ctggtgttaggccaaattatcctatgtctgacattgcattcatttgtctctcaatttcttgtttctagaaatacggataataataaggacgaacacttat 2121909  T
Q  613 gggttaagcgtgatgtaaaatcgaatggagtgttttatatcttcaacagatggtattgttgtcagttg--ttggaagaggccggagaatttatgtaaaag 710  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2121908 gggttaggcgtgatgtaaaatcgaatggagtgttttatatcttcgacagatggtattgttgtcagttgttttggaagaggccggagaatttgtgtaaaag 2121809  T
Q  711 gtgttctaggttggaattcattgtctggattaaaagaaactctaatgaaatgacgtgaatattaaataaatatacttatgacatcagtgtgaatgaggtg 810  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2121808 gtgttctaggtttgaatccattgtctgggttaaaagaaactctaatgaaatgacgtgaatattaaat-aatatacttatgacatcggtgtgaatgaggtg 2121710  T
Q  811 ttgcacttattgggtcataattaaatggatcccattgtcatggtcaccatccaattcaatcatctcgccatttataaatgattttattgtgagatctttg 910  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2121709 ttgcacttattgagtcataattaaatggatctcattgtcatggtcaccatccaattcaatcatctctccatctataaatgattttattgtgagatctttg 2121610  T
Q  911 ttgtctatcaaaatgggaccaagtgccttcaacc 944  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2121609 ttgtccatcaaaatgggaccaagtgccttcaacc 2121576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University