View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19953_low_18 (Length: 301)

Name: NF19953_low_18
Description: NF19953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19953_low_18
NF19953_low_18
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-286)||(19279245-19279530)
chr1 (1-249)||(13271453-13271701)
chr1 (1-229)||(13080942-13081170)
chr1 (1-264)||(12963952-12964215)
chr1 (1-229)||(30368185-30368413)
chr1 (1-228)||(13085995-13086222)
chr1 (1-229)||(13244598-13244826)
chr1 (8-229)||(13070260-13070481)
chr1 (8-261)||(13094254-13094507)
chr1 (8-250)||(13204325-13204567)
chr1 (8-229)||(13100888-13101108)
chr1 (8-261)||(13129683-13129936)
chr1 (8-261)||(13161376-13161629)
chr1 (8-229)||(13007087-13007308)
chr1 (1-205)||(13065290-13065494)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 19279245 - 19279530
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19279245 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatgtacca 19279344  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279345 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 19279444  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcgtattgaagggtttaaggtcaatctt 286  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  19279445 agtttcgcatacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcgtattgaaggctttacggtcaatctt 19279530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 13271701 - 13271453
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  13271701 gtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtacca 13271602  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13271601 tcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattatgga 13271502  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttc 249  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||| | ||||||    
T  13271501 agtttcacatacatgtggtggaaggtcagtctgttactcctagggtttc 13271453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 13080942 - 13081170
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||     
T  13080942 gtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagtgccg 13081041  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |    
T  13081042 tcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttattta 13081141  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  13081142 agtttcacattcaggtggtggaaggtcac 13081170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 12963952 - 12964215
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||    
T  12963952 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgcca 12964051  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||    
T  12964052 tcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtgttgtgga 12964151  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcgtat 264  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||| |||| || || ||||||||||    
T  12964152 agtttcacatagaagtggtggaaggtcactttgttactccaagggttgctatggttcttcgtat 12964215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 30368185 - 30368413
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||    
T  30368185 gtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtacca 30368284  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || |||||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||    
T  30368285 tcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatgga 30368384  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368385 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 30368413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13086222 - 13085995
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| | |||||||||    
T  13086222 gtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcagataaaggacatattttgcatgtacca 13086123  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || | |||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13086122 tcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaaatggttgcagctgctatgttatgga 13086023  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtca 228  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||    
T  13086022 agtttcacatacaagttgtggaaggtca 13085995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 13244598 - 13244826
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| || |||||||||||   |||||||   |||||| |||||||     
T  13244598 gtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccg 13244697  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  13244698 tcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatgga 13244797  T
Q  201 agtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13244798 agtttcgcatacaggtggtggaaggtcac 13244826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Original strand, 13070260 - 13070481
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  13070260 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgttccatcttaca 13070359  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||| ||| | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  |||||||||    
T  13070360 agttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttca 13070459  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  13070460 catacaggtggtggaaggtcac 13070481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 13094507 - 13094254
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  13094507 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttaca 13094408  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  13094407 agttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttca 13094308  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcg 261  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||| || |||| | |||||||| |||||||    
T  13094307 catacaggtggtggaaggtcaccctgtaaccccaaggctttctgtgtttcttcg 13094254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13204567 - 13204325
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13204567 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttaca 13204468  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||| |||||    
T  13204467 agttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaattttca 13204368  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttct 250  Q
    |||| || | ||||||||||||  ||| || |||||| |||||    
T  13204367 cataaagatagtggaaggtcaccctgtaaccccaaagatttct 13204325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 13101108 - 13100888
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13101108 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttaca 13101009  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  |||||||||    
T  13101008 agttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttaccgaagtttca 13100910  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  13100909 catacaggtggtggaaggtcac 13100888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 13129936 - 13129683
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  13129936 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttaca 13129837  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    ||||| |||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  |||||||||    
T  13129836 agttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttca 13129737  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcg 261  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||| || |||| | |||||||| |||||||    
T  13129736 catacaggtggtggaaggtcaccctgtaaccccaaggctttctgtgcttcttcg 13129683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 13161629 - 13161376
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | |||||||||||||| || ||||    
T  13161629 atgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttaca 13161530  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||| | || ||  |||| || ||||  ||| | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  13161529 agttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttca 13161430  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcacattgttactccaaaggtttctgtgattcttcg 261  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||| || |||| | |||||||| |||||||    
T  13161429 catacaggtggtggaaggtcaccttgtaaccccaaggctttctgtgtttcttcg 13161376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 13007308 - 13007087
Alignment:
Q  8 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtaca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13007308 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttaca 13007209  T
Q  108 agttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttca 207  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||| ||| | |||   ||||||||    
T  13007208 agttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagcagctttgttaccaaagtttca 13007109  T
Q  208 catacaggtcgtggaaggtcac 229  Q
    |||| |||| |||| |||||||    
T  13007108 cataaaggtggtggcaggtcac 13007087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 13065290 - 13065494
Alignment:
Q  1 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacca 100  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||| || || ||| ||||||||  ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||     
T  13065290 gtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtaccg 13065389  T
Q  101 tcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatgga 200  Q
    || |||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||| | || |||||||| || ||| || ||||||| |||| ||| || ||| || ||||||    
T  13065390 tcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaagatggctgccgcggctatactatgga 13065489  T
Q  201 agttt 205  Q
    |||||    
T  13065490 agttt 13065494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University