View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19957_high_1 (Length: 782)

Name: NF19957_high_1
Description: NF19957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19957_high_1
NF19957_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-767)||(14927459-14928212)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 727; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 727; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 14928212 - 14927459
Alignment:
Q  13 gaagataggcaggcatgtacatatactgaatgaaaaggacacttattactatagttttttcaacctgggaacaaacaatgtcttggggtgtgatgctttt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14928212 gaagataggcaggcatgtacatatgctgaatgaaaaggacacttattactatagttttttcaacctgggaacagacaatgtcttggggtgtgatgctttt 14928113  T
Q  113 gaagttgtctagtttttcctttggaacagaaaattcattgcataactacaaaatggagtaaatgtttgtgtcaatttgtcagcacatggtatttatgtat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14928112 gaagttgtctagtttttcctttggaacagaaaattcattgcataactacaaaatggagtaaatgtttgtgtcaatttgtcagcacatggtatttatgtat 14928013  T
Q  213 tatcattactgtctgcacaaatattaaattctctctacctatcagaaatagtgtcaccaaaataagaataggtcaaaaatttatcaggtacttcactgta 312  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14928012 -atcattactgtttgcacaaatattaaattctctctacctatcagaaatagtgtcaccaaaataagaataggtcaaaaatttatcagttacttcactgta 14927914  T
Q  313 tggctgacctggtatagatcccttctgcgaatgcgtagaaccaactttctggattcctccagttcatgattggaagaacattcaattgttttgagaactg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927913 tggctgacctggtatagatcccttctgcgaatgcgtagaaccaactttctggattcctccagttcatgattggaagaacattcaattgttttgagaactg 14927814  T
Q  413 agtcgtctaactgaaatataagagtgtcagttccataatgccaaatgaaaatttccaacatcaaaagcctgcaatttactcaagaccttccaaaattcag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927813 agtcgtctaactgaaatataagagtgtcagttccataatgccaaatgaaaatttccaacatcaaaagcctgcaatttactcaagaccttccaaaattcag 14927714  T
Q  513 atggttgatgaattgaggatgcaatatgaagatatggatctgctttcaccagtgcatccagaaccatcaactcaattgcctgacaaaggaaacaagaaaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927713 atggttgatgaattgaggatgcaatatgaagatatggatctgctttcaccagtgcatccagaaccatcaactcaattgcctgacaaaggaaacaagaaaa 14927614  T
Q  613 attagtgttttctctctgaacacaaatataatttgttttgccattaataaatttgttgaaatcgctcacctttacttttgcatgtgtgtagactgttcta 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927613 attagtgttttctctctgaacacaaatataatttgttttgccattaataaatttgttgaaatcgctcacctttacttttgcatgtgtgtagactgttcta 14927514  T
Q  713 tgcaaatccgcacgggttgcaaataacttgtgagttgtcagatctgaccaacatg 767  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927513 tgcaaatcagcacgggttgcaaataacttgtgagttgtcagatctgaccaacatg 14927459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University