View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19969_low_1 (Length: 476)

Name: NF19969_low_1
Description: NF19969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19969_low_1
NF19969_low_1
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (12-462)||(37593492-37593942)
chr5 (12-462)||(37695883-37696333)
chr5 (11-462)||(37532387-37532838)
chr5 (12-462)||(37401420-37401870)
chr5 (12-462)||(37823192-37823642)
chr5 (12-462)||(37639034-37639484)
chr5 (64-442)||(37702023-37702401)
chr5 (43-447)||(37710823-37711227)
chr5 (38-442)||(37393319-37393723)
chr5 (11-445)||(37382765-37383199)
chr5 (139-444)||(37413605-37413910)
chr5 (11-442)||(37434997-37435428)
chr5 (11-216)||(37428339-37428543)
chr5 (80-168)||(26437679-26437767)
chr5 (80-168)||(26451048-26451136)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (43-462)||(16843418-16843837)
chr4 (11-462)||(16846086-16846536)
chr4 (11-446)||(24218169-24218604)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (38-442)||(14552686-14553090)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 462
Target Start/End: Original strand, 37593492 - 37593942
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593492 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37593591  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593592 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37593691  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593692 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37593791  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593792 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37593891  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593892 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 37593942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 462
Target Start/End: Original strand, 37695883 - 37696333
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695883 acagaatcattatagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37695982  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695983 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37696082  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696083 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37696182  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696183 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37696282  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696283 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 37696333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 462
Target Start/End: Original strand, 37532387 - 37532838
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37532387 cacagaatcattatagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatatt 37532486  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532487 ggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 37532586  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532587 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 37532686  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532687 tgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 37532786  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532787 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 37532838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 12 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 37401870 - 37401420
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401870 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37401771  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37401770 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37401671  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37401670 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37401571  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  37401570 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgc 37401471  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401470 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 37401420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 12 - 462
Target Start/End: Original strand, 37823192 - 37823642
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823192 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37823291  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37823292 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37823391  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37823392 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37823491  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  37823492 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgc 37823591  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37823592 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacatgaagagaatttaatg 37823642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 12 - 462
Target Start/End: Original strand, 37639034 - 37639484
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639034 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37639133  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37639134 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37639233  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37639234 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37639333  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  37639334 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgc 37639433  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37639434 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaagagaagttaatg 37639484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 64 - 442
Target Start/End: Original strand, 37702023 - 37702401
Alignment:
Q  64 tgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttagg 163  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  37702023 tgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttagg 37702122  T
Q  164 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttgga 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  37702123 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattggga 37702222  T
Q  264 aatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattca 363  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37702223 aatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattca 37702322  T
Q  364 actttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702323 actttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 37702401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 43 - 447
Target Start/End: Original strand, 37710823 - 37711227
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 142  Q
    ||||||||| | ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37710823 tgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 37710922  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgt 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| ||    
T  37710923 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggt 37711022  T
Q  243 agagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 342  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||| |||||||||| ||    
T  37711023 agagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatc 37711122  T
Q  343 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711123 cttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 37711222  T
Q  443 tacat 447  Q
     ||||    
T  37711223 aacat 37711227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 38 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 37393723 - 37393319
Alignment:
Q  38 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 137  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37393723 acccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttacta 37393624  T
Q  138 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 237  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||    
T  37393623 gagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacctgtaact 37393524  T
Q  238 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaa 337  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| || |||| | ||||||||    
T  37393523 cttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacattgtggtaa 37393424  T
Q  338 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393423 tggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgttcatttgcata 37393324  T
Q  438 tccaa 442  Q
    |||||    
T  37393323 tccaa 37393319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 37383199 - 37382765
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||    |  |||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37383199 cacagaatcattatagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgtt 37383100  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  37383099 ggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttat 37383000  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    |||||| ||| || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||       
T  37382999 ttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttt 37382900  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37382899 tgtacagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatg 37382800  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatac 445  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37382799 tgtccatagaggttgttcatttgcatatccaatac 37382765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 139 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 37413910 - 37413605
Alignment:
Q  139 aaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactc 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  37413910 aaacataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactc 37413811  T
Q  239 ttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaat 338  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  || | || ||||||||||||||||    
T  37413810 ttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaat 37413711  T
Q  339 ggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatat 438  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||    
T  37413710 ggtccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatat 37413611  T
Q  439 ccaata 444  Q
    ||||||    
T  37413610 ccaata 37413605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 442
Target Start/End: Original strand, 37434997 - 37435428
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||    |  |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37434997 cacagaatcattatagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgtt 37435096  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatta 209  Q
    |||||||  |||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||| ||||||| ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| |||    
T  37435097 ggcaaggatccactaaaattgtt-accgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagttta 37435195  T
Q  210 tttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaa 309  Q
    ||||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||      
T  37435196 tttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagtt 37435295  T
Q  310 ataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 409  Q
     |  |||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| || ||||||| ||| |||| ||    
T  37435296 ctgtacagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcat 37435395  T
Q  410 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    | ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  37435396 gcttccattaaggttgttcatttgcatatccaa 37435428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 216
Target Start/End: Original strand, 37428339 - 37428543
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||     
T  37428339 cacagaatcattatagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtc 37428438  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||| ||||||||| | ||  || | |  || |||||||||||||| || |||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||| || ||||    
T  37428439 ggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttat 37428537  T
Q  211 ttgatc 216  Q
    ||||||    
T  37428538 ttgatc 37428543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437767
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451136
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 43 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 16843837 - 16843418
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  16843837 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 16843738  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    || || ||||||||||||    
T  16843737 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgt 16843638  T
Q  243 agagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 342  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843637 agagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 16843538  T
Q  343 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843537 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 16843438  T
Q  443 tacattaagagaagttaatg 462  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  16843437 tacattaagagaagttaatg 16843418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 11 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 16846536 - 16846086
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||   ||   ||| |||| ||||||||| |||   | |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  16846536 cacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgtt 16846437  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatta 209  Q
    ||||| || ||||| || ||||| || ||| |  || ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||    
T  16846436 ggcaacggtccactgaatttgtt-atcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagttta 16846339  T
Q  210 tttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaa 309  Q
    ||||| | ||| || || || |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16846338 tttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagat 16846239  T
Q  310 ataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 409  Q
    || |||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16846238 atgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaat 16846139  T
Q  410 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 462  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846138 gcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatg 16846086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 24218604 - 24218169
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  24218604 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgtt 24218505  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||| ||| ||||  ||||| ||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  24218504 ggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgat 24218405  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||       
T  24218404 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 24218305  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    |   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||| |||| |||    
T  24218304 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 24218205  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 446  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218204 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 24218169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 38 - 442
Target Start/End: Original strand, 14552686 - 14553090
Alignment:
Q  38 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  14552686 acccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgtta 14552785  T
Q  138 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 237  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  14552786 gagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaact 14552885  T
Q  238 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaa 337  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  | ||||||||| ||| ||||||||||     
T  14552886 cttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtag 14552985  T
Q  338 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 437  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14552986 tggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcatttgcata 14553085  T
Q  438 tccaa 442  Q
    |||||    
T  14553086 tccaa 14553090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University