View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19969_low_4 (Length: 445)

Name: NF19969_low_4
Description: NF19969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19969_low_4
NF19969_low_4
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (19-445)||(6423413-6423839)
chr8 (204-441)||(6351754-6351991)
chr8 (204-441)||(7458577-7458814)
chr8 (187-437)||(6362670-6362920)
chr8 (204-441)||(6331395-6331632)
chr8 (204-441)||(7470979-7471216)
chr8 (204-441)||(6320888-6321125)
chr8 (311-441)||(6274123-6274253)
chr8 (184-441)||(6288246-6288503)
chr8 (26-112)||(6331055-6331141)
chr8 (352-441)||(6390632-6390721)
chr8 (204-441)||(6409689-6409926)
chr8 (26-97)||(6287965-6288036)
chr8 (26-97)||(6320593-6320664)
chr8 (19-112)||(6351496-6351589)
chr8 (26-106)||(6273714-6273794)
chr8 (19-97)||(7458237-7458315)
chr8 (19-97)||(7470639-7470717)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 445
Target Start/End: Original strand, 6423413 - 6423839
Alignment:
Q  19 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaaggtatatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423413 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaaggtatatc 6423512  T
Q  119 acattagcataaataaaaattacttttgtgaatcaattgctttttcctttatgaataaacatagaatctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423513 acattagcataaataaaaattacttttgtgaatcaattgctttttcctttatgagtaaacatagaatctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagat 6423612  T
Q  219 catttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgttgattctataatacc 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423613 cattaggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgttgattctataatacc 6423712  T
Q  319 ctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaagg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423713 ctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaagg 6423812  T
Q  419 tgtctgtttgttgctatgatgaacggc 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  6423813 tgtctgtttgttgctatgatgaacggc 6423839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 6351754 - 6351991
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| |||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  6351754 accttttgattagatcgttaggtagtccttgctcaatgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttccaaagcataatttccccacaagaaggt 6351853  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  6351854 tgattctataataccctctgcattgaccaagacatttcgtgcaagtgcatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttatgaataggg 6351953  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  6351954 tgaaccacactaagatgcctgtttgttgctatgatgaa 6351991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 7458577 - 7458814
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||||| ||||||||| || || |||||||| ||||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| ||    
T  7458577 accttttgattagatcattaggaagtccttgctcggtgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttcaacagcataatctccccacaagaaagt 7458676  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
    | |||| |||| |||| | |||||||| | || | | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||    
T  7458677 taattccataacaccccctgcattgaccaagatagttcgtgcgagggaatttatgttcattgtgtcacggtagtgtggaagtaaaagtttatgaataggg 7458776  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  7458777 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 7458814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 187 - 437
Target Start/End: Original strand, 6362670 - 6362920
Alignment:
Q  187 taatgctttgtaatatcaccttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatat 286  Q
    ||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  | |||| ||||||||||||||||||     
T  6362670 taatgttttgtaaggttaccttttgattagatcattaggtaggccttgctcagtgaaaacccaatccttgtaaacgacagaagacatttccaaagcatac 6362769  T
Q  287 cctccccacaagaatgttgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagta 386  Q
      |||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||| || || ||||| |    
T  6362770 tttccccacaagaaagttgactcgataataccctcggcattgaccaacacatttcgtgctagtgcatttatgttcatcgtgtcacgataatgtggaagca 6362869  T
Q  387 aaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatga 437  Q
     |||||| || | ||||||||||  ||| || || || |||||||||||||    
T  6362870 gaagtttatgaatagggtgaaccacacttagatgcctatttgttgctatga 6362920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 6331395 - 6331632
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||| |||| |||||| || || || |||||  |||||||||||||| |||||   | |||||||| ||| |||| ||| | ||||  |||||||||    
T  6331395 accttttcagtaaatcattaggaagaccgtgctctatgaaaacccaatccttatataatagagcagacaattctaaagaataacgtcccatcaagaatgt 6331494  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || | |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||| | ||||    
T  6331495 cgattctataataccctctgcattaaccaagacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgataatgtggaagtagaagtttgtgaataggg 6331594  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6331595 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 6331632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 7470979 - 7471216
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| ||    
T  7470979 accttttgattagatcattaggaagtccttgctcagtgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttcgacagcataatctccccacaagaaagt 7471078  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
    | |||| |||| |||| | |||||||| | || | | ||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | | ||    
T  7471079 taattccataacaccccctgcattgaccaagatagttcgtgcgagggaatttaagttcattgtgtcacagtagtgtggaagtaaaagtttatgaatatgg 7471178  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  7471179 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 7471216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 6320888 - 6321125
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||| |||||   |||| ||||| ||| | || ||  | |||| | ||||||||    
T  6320888 accttttaagtagatcattaggtagtccttgatctgggaaaacccaatccttatataatacagaagacagttctatagaatgacttcccaataagaatgt 6320987  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | |||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||| | ||||||||| | ||||    
T  6320988 tgattctataataccctctgcatttaccaagacactccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgataatgtggaagcagaagtttgtgaataggg 6321087  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || || || ||||||||||||||    
T  6321088 tgaaccacactaagatgcctattagttgctatgatgaa 6321125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 441
Target Start/End: Original strand, 6274123 - 6274253
Alignment:
Q  311 ataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccg 410  Q
    |||| |||||| |||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||     
T  6274123 ataacaccctctgcattgaccaaaacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgatagtgcggaagtaaaagcttatgaataggatgaacca 6274222  T
Q  411 tactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
     |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6274223 cactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 6274253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 441
Target Start/End: Original strand, 6288246 - 6288503
Alignment:
Q  184 atctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagca 283  Q
    |||||||| |||||||  | ||||||| ||||||||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||  |||||   || ||||||| ||| |||| |    
T  6288246 atctaatgttttgtaaggttaccttttaagtagatcattaggcaaaccttgatcggtgaaaacccagtctttatatattaccgcagacaattctaaagaa 6288345  T
Q  284 tatcctccccacaagaatgttgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaa 383  Q
    || | ||||  |||||| ||    || |||| |||||  |||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6288346 taacttcccatcaagaacgtcttctcaataacaccctttgcattgaccaaaacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgatagtgcggaa 6288445  T
Q  384 gtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||| || || | ||| ||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6288446 gtaaaagcttatgaataggatgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 6288503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 112
Target Start/End: Original strand, 6331055 - 6331141
Alignment:
Q  26 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaagg 112  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6331055 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaattccatgtggggaagttggatcctcaacagccactcctctagataacaagcaagg 6331141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 352 - 441
Target Start/End: Original strand, 6390632 - 6390721
Alignment:
Q  352 atttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6390632 atttatgttcattgtgttacgatagtgtggaagtaaaagtttatgaatagggtgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 6390721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 441
Target Start/End: Original strand, 6409689 - 6409926
Alignment:
Q  204 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 303  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||  |||| || | ||||||||||||| | ||  || ||| ||||| |||||  | ||| | |||  ||||| ||||    
T  6409689 accttttgattagatcattaggtagtgcttgatccgggaaaacccaatccttgtaaacatcagaagacaattccattgaataacttccaaacaagtatgt 6409788  T
Q  304 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 403  Q
    ||| |||||||||||| | || ||||  | |||||  || |||   | ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || | ||||    
T  6409789 tgactctataataccccctgctttgatcaagacatctcgcgcattggcatttatgttcattgtgttacgatagtgtggaagtaatagtttatgaataggg 6409888  T
Q  404 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaa 441  Q
    ||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6409889 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaa 6409926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 97
Target Start/End: Original strand, 6287965 - 6288036
Alignment:
Q  26 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 97  Q
    ||||||||| ||||| |  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6287965 agcataagggtaatcttttatcagaaggcgaaggccgtgtggggaagttggatcctcaacagccactcctct 6288036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 97
Target Start/End: Original strand, 6320593 - 6320664
Alignment:
Q  26 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 97  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6320593 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaattccatgtggggaagttggatcctcaacagccactcctct 6320664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 112
Target Start/End: Original strand, 6351496 - 6351589
Alignment:
Q  19 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaagg 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |  |||   || || ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  6351496 catcagaagcataaggataatcctctatcagaaggcggagaccggtaggagaggctggatcctcaacagctactcctctaaataacaagcaagg 6351589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 106
Target Start/End: Original strand, 6273714 - 6273794
Alignment:
Q  26 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaa 106  Q
    ||||||||| || ||||| |||| |||||||| ||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  6273714 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaaggccgtgtggggaacttggatccttaacagccactcctctagataacaa 6273794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Original strand, 7458237 - 7458315
Alignment:
Q  19 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 97  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||  || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7458237 catcagaagcataaggatagtcctctatcagaagtcgaacaccatgtggagaagctggatcctgaactgccactcctct 7458315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 97
Target Start/End: Original strand, 7470639 - 7470717
Alignment:
Q  19 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 97  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||| ||| ||||  || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7470639 catcagaaacataaggatagtcctctatcagaagtcgaacaccatgtggagaagctggatcctgaactgccactcctct 7470717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University