View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19970_low_1 (Length: 857)
Name: NF19970_low_1
Description: NF19970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19970_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 840
Target Start/End: Original strand, 10402825 - 10403659
Alignment:
| Q |
6 |
gcatgtccaagaatatcactcaaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatt |
105 |
Q |
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| T |
10402825 |
gcatttccaataatatcactcaaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatt |
10402924 |
T |
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| Q |
106 |
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205 |
Q |
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| T |
10402925 |
tcaatgattttgttccatatctcttatcactatccccagccacaattgccacttttgataaggcatttgatattacaaaattatacaagtttctctcctt |
10403024 |
T |
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| Q |
206 |
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305 |
Q |
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| T |
10403025 |
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10403124 |
T |
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| Q |
306 |
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405 |
Q |
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| T |
10403125 |
ttaaaccatattataccctcttgaaaaatgttacacttttgggttattttatgtgttgcattttgcacacattgttcacataagtaaaagggaacatcac |
10403224 |
T |
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| Q |
406 |
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505 |
Q |
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| T |
10403225 |
cacgacacatgaagagtccaaatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaagtaagaaaaaagggttgtaag |
10403324 |
T |
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| Q |
506 |
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605 |
Q |
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| T |
10403325 |
gtgaactttgaaagtgttgttaaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaagtttttgtttgtggaagt |
10403424 |
T |
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| Q |
606 |
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705 |
Q |
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| T |
10403425 |
agaatttgttgtgatgtagtatctattgatgaaccaatactattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaactc |
10403524 |
T |
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| Q |
706 |
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805 |
Q |
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10403525 |
tccctccaactcttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttagacaagttctacaatcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgagc |
10403624 |
T |
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| Q |
806 |
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840 |
Q |
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| T |
10403625 |
taaacaataaagggtttgaaattttgatatagtta |
10403659 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 20232072 - 20231246
Alignment:
| Q |
26 |
caaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgattttgttccatat |
125 |
Q |
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| T |
20232072 |
caaacaacctttgcaatcatcacttgacaaatcttgtgtacattgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcactttcagtgattttgttccaaat |
20231973 |
T |
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| Q |
126 |
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225 |
Q |
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| T |
20231972 |
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20231873 |
T |
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| Q |
226 |
taacattcatttcatgatacacatgacttttgtccactaaagagaagaaattccaataggaatatctaatcatgcattgattaaaccatattataccctc |
325 |
Q |
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| T |
20231872 |
taatattcatctcataatagacatgagttttgtccactatagagaagaaattccaattcgaataccgaatcatgcattgagtataccaaattataccctc |
20231773 |
T |
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| Q |
326 |
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425 |
Q |
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| T |
20231772 |
ttgaaaaatgttacactctttgcttattctttgtgttgcatttttcacacactgctcacataacgaaaagggaacatcgccacggcacatgaagagtcca |
20231673 |
T |
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| Q |
426 |
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525 |
Q |
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| T |
20231672 |
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20231573 |
T |
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| Q |
526 |
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604 |
Q |
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| T |
20231572 |
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20231476 |
T |
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| Q |
605 |
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704 |
Q |
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| T |
20231475 |
tataatttgttgtgatgaaggat---ttgatgaaccattagaa---gagatataaaaagggtagaattcatacctaatattacaacttggatttagaact |
20231382 |
T |
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| Q |
705 |
ctccctccaactcttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttaggcaagttctacaatcatgtggtaataaatttggtgtacattgag |
804 |
Q |
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| T |
20231381 |
cttcctccaactcttccttcacaacacactggaagttcctctatcaatccacttagacaacttctacattcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgaa |
20231282 |
T |
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| Q |
805 |
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840 |
Q |
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| T |
20231281 |
ctaaacaataaagggtttgaaatttcgatatagtta |
20231246 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 22126056 - 22125230
Alignment:
| Q |
26 |
caaacaagccttgcaatcatcacttgataaatcttgtgtacactgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcaatttcaatgattttgttccatat |
125 |
Q |
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22126056 |
caaacaacctttgcaatcatcacttgacaaatcttgtgtacattgaccaagtgtataaagtgtttgcaaatcattcactttcagtgattttgttccaaat |
22125957 |
T |
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| Q |
126 |
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225 |
Q |
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22125857 |
T |
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| Q |
226 |
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325 |
Q |
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| T |
22125856 |
taatattcatctcataatagacatgagttttgtccactatagagaagaaattccaattcgaataccgaatcatgcattgagtataccaaattataccctc |
22125757 |
T |
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| Q |
326 |
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425 |
Q |
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| T |
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ttgaaaaatgttacactctttgcttattctttgtgttgcatttttcacacactgctcacataacgaaaagggaacatcgccacggcacatgaagagtcca |
22125657 |
T |
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| Q |
426 |
aatattgtaccatccacatcatctttatgaaatatgcttttagtggcattagaagacaggtaagaaaaaagggttgtaaggtgaactttgaaagtgttgt |
525 |
Q |
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aaagttgtattttcaacttcagctttatgaaatagacttttagtggcattagaagacatgtaggaaaaaagggttgtaaggtgtttcttgaaagtgttac |
22125557 |
T |
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| Q |
526 |
taaaagtgaaggttttgttattacttgaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctga---------------------agtttttgtttgtggaag |
604 |
Q |
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| T |
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taaaagtgaaggttttgttacta---gaacaattgtgtgaaaggtaaaaagggtgttctgaaatagttgaatcagcatctaaattttttgtttggggaag |
22125460 |
T |
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| Q |
605 |
tagaatttgttgtgatgtagtatctattgatgaaccaatgctattggatagataaaaagggtaaaattcatacctaatattacaacttggattcagaact |
704 |
Q |
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tataatttgttgtgatgaaggat---ttgatgaaccattagaa---gagatataaaaagggtagaattcatacctaatattacaacttggatttagaact |
22125366 |
T |
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| Q |
705 |
ctccctccaactcttccttcacaacacaatggaagtttctctatcaatccacttaggcaagttctacaatcatgtggtaataaatttggtgtacattgag |
804 |
Q |
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cttcctccaactcttccttcacaacacactggaagttcctctatcaatccacttagacaacttctacattcatgtggtgacaaatttggtgtgcattgaa |
22125266 |
T |
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| Q |
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ctaaacaataaagggtttgaaattttgatatagtta |
840 |
Q |
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ctaaacaataaagggtttgaaatttcgatatagtta |
22125230 |
T |
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