View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19971_low_24 (Length: 392)

Name: NF19971_low_24
Description: NF19971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19971_low_24
NF19971_low_24
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (30-377)||(37710184-37710531)
chr5 (30-377)||(37638423-37638770)
chr5 (30-377)||(37822581-37822928)
chr5 (30-377)||(37531777-37532124)
chr5 (30-377)||(37592881-37593228)
chr5 (30-377)||(37402134-37402481)
chr5 (32-375)||(37394024-37394367)
chr5 (30-377)||(37695272-37695619)
chr5 (82-375)||(37701418-37701708)
chr5 (32-375)||(37434389-37434732)
chr5 (32-375)||(37439750-37440092)
chr5 (33-375)||(37427733-37428072)
chr5 (146-357)||(37383482-37383693)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (30-365)||(16844144-16844479)
chr4 (32-363)||(24218881-24219209)
chr4 (209-365)||(16846811-16846966)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37710184 - 37710531
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710184 tgttgtttgttcttttcaatcttatgtcaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccggtgaagaagaatacattatatccgaatag 37710283  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710284 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 37710383  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710384 tcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37710483  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710484 tgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37710531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37638423 - 37638770
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37638423 tgttgttcgttcttttcaatcttatgtcaaacatatgttcaacatgtcttgcaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatcccaatag 37638522  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638523 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatccggattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 37638622  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638623 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37638722  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638723 tgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37638770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37822581 - 37822928
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37822581 tgttgttcgttcttttcaatcttatgtcaaacatatgttcaacatgtcttgcaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 37822680  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37822681 caacccgaagattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggccgatct 37822780  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37822781 tcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37822880  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37822881 tgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37822928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37531777 - 37532124
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37531777 tgttgtttgttcttttcagtcttatgttaaacatgttttcaacaattctaacaagccattgaggtttaccagtgaagaagaatacattatatcccaagag 37531876  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37531877 gaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 37531976  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37531977 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37532076  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532077 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37532124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37592881 - 37593228
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37592881 tgttgtttgttcttttcagtcttatgttaaacatgttttcaacaattctaacaagccattgaggtttaccagtgaagaagaatacattatatcccaagag 37592980  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37592981 gaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatccggattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 37593080  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593081 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37593180  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593181 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37593228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37402481 - 37402134
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37402481 tgttgtttgttcttttcagtcttatgttaaacatgttttcaacaattctaacaagccattgaggtttaccagtgaagaagaatacattatatcccaagag 37402382  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402381 gaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatccggattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 37402282  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402281 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatgtattaaactgttgacctttaggta 37402182  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37402181 tgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 37402134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 37394367 - 37394024
Alignment:
Q  32 ttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagca 131  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37394367 ttgtttgatcttttcaatcttatgttaaacatattttcaacatgtcttgcaagccattggggttttccagtgaagaagaatacattatatcccaacagca 37394268  T
Q  132 acccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttc 231  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37394267 acccatatattgccccacatccatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgcggtggaagatcttc 37394168  T
Q  232 ctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatg 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  37394167 ctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctgtaggtatg 37394068  T
Q  332 attccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaa 375  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37394067 actccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagaatgagaggaa 37394024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 30 - 377
Target Start/End: Original strand, 37695272 - 37695619
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37695272 tgttgtttgttcttttcagtcttatgttaaacatgttttcaacaattctaacaagccattgaggtttaccagtgaagaagaatacattatatcccaagag 37695371  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
     |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  37695372 gaacccggatattgccccacatccatatccaattgccacagctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgtcgaatgtggtggtagatct 37695471  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    || |||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37695472 tcatcatttttgcataatctagacaatgggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacgtattaaactgttgacctttaggta 37695571  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagt 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37695572 tgattccctcaaggtggttttgtgaaagttttaagactgagaggaagt 37695619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 82 - 375
Target Start/End: Original strand, 37701418 - 37701708
Alignment:
Q  82 aagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagcaacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagcca 181  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37701418 aagccattgaggttttccagtgaagaagaatacattatatcccaagagcaacccgaatattgccccacatgcatatcctattgctaccgctttccagcca 37701517  T
Q  182 aatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttc 281  Q
    |||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701518 aatcctgactctt---catcttcagatgttgaatgaggtggaagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttc 37701614  T
Q  282 cttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaa 375  Q
    ||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  37701615 cttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaa 37701708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Original strand, 37434389 - 37434732
Alignment:
Q  32 ttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagca 131  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37434389 ttgtttgttcttttcattcttatgttaaacgtatgctcaacaagtctaagaagccattggggttttccagtgaagaagaatacattatatcccaacagca 37434488  T
Q  132 acccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttc 231  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  37434489 acccaaatattgccccacatccatatccgatcactaccgttttccagccaaatcctgattcttcttcgtcttcagatgttgaatgtggtggcagatcttt 37434588  T
Q  232 ctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatg 331  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  ||| ||||||||  ||||||||    
T  37434589 ctcgtttttgcatgatttagacaatgggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaattgttgacccgtaggtatg 37434688  T
Q  332 attccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaa 375  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| |||||    
T  37434689 actccctcaaggtggttgtttgaaaggttcaagaatgataggaa 37434732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 32 - 375
Target Start/End: Original strand, 37439750 - 37440092
Alignment:
Q  32 ttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagca 131  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||| |||| | ||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  37439750 ttgtttgttcttttcagtcttatgttaaatgtatgc-caacaagtctaagaagtcattcaggttttccagtgaagaagaatagattatatcccaatagca 37439848  T
Q  132 acccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttc 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  37439849 acccgaatattgccccacatccatatccgatcaccacagctttccagccaaatcctgattcctcttgatcatcagttgttgaatatggtggaagatcttc 37439948  T
Q  232 ctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatg 331  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||    
T  37439949 ctcatttttgcatggcttagacaatggatatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgcaggtatg 37440048  T
Q  332 attccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaa 375  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37440049 attccctcatggtggttttgtgaaaggtttaagacagagaggaa 37440092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 33 - 375
Target Start/End: Original strand, 37427733 - 37428072
Alignment:
Q  33 tgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagcaa 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| | |||| |||| |||||  ||||| |||   | ||||| |||| ||||||| || | ||     
T  37427733 tgtttgttcttttcaatcttatgttaaatgtttgctcaaaaagtctaacaaaccattatggtttccca---atgaagagtacaatatatcccaagatcat 37427829  T
Q  133 cccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcc 232  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||     
T  37427830 cccaaatattgtcccacatgcatatcttattactaccgctttccagccaaatcctgattcctcttcttcttcagatgttgaatgtggtggttgatcttca 37427929  T
Q  233 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||    
T  37427930 tcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggtatga 37428029  T
Q  333 ttccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaa 375  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||| ||| |||||    
T  37428030 ttccctcaaggtggttttgtgagagattcaagaatgataggaa 37428072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 146 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 37383693 - 37383482
Alignment:
Q  146 ccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatg 245  Q
    |||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||  || | |  |||||| ||| |||||||||    
T  37383693 ccacatgcatatcctattaccactgctttccagccaaatccagattcctcttcatcattagatgttgaatatggcgaccaatcttcatcagttttgcatg 37383594  T
Q  246 atttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtg 345  Q
    |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37383593 attttgacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgtaggtatgattccctcaaggtg 37383494  T
Q  346 gttttgtgaaag 357  Q
    ||||||||||||    
T  37383493 gttttgtgaaag 37383482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 30 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 16844479 - 16844144
Alignment:
Q  30 tgttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatag 129  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  16844479 tgttgattgttcttttcaatcttatgttaaacatacgttcaacatgtcttgcaaggcattggggttttccagtgaagaagaatacattatatcccaagag 16844380  T
Q  130 caacccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatct 229  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  16844379 caacccgaatattgcaccacatgcatatccgattgttaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgttgtggcagatct 16844280  T
Q  230 tcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggta 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  16844279 tcctcatttttgcatgaattagagaatggcaatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttgacctgtaggta 16844180  T
Q  330 tgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaaga 365  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  16844179 tgattcctttaaagtggttttgtgaaaggtttaaga 16844144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 32 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 24219209 - 24218881
Alignment:
Q  32 ttgtttgttcttttcaatcttatgttaaacatatgttcaacatgtcttacaagccattcgggtttaccagtgaagaagaatacattatatccgaatagca 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||| |   || ||||||| || || |    
T  24219209 ttgtttgtccttttcaatcttatgctaaatatgctttcaacatgtcttgcaagccattgaggtttcccagtgaagaaca---cactatatcccaagagga 24219113  T
Q  132 acccgaatattgccccacatgcatatccgattgctaccgctttccagccaaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttc 231  Q
      || | || |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||||||  |||||| |||||||    
T  24219112 ttccaagtactgccccacatccatatcctattgctactgctttccagccaaatcccgattcctcgtcatcattagacgttgaatatggtggccgatcttc 24219013  T
Q  232 ctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatg 331  Q
     ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||    
T  24219012 atcatttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgcatttccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgttggccggtaggtatg 24218913  T
Q  332 attccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaa 363  Q
    |||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  24218912 attcccttgagatggttttgtgaaaggtttaa 24218881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 209 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 16846966 - 16846811
Alignment:
Q  209 gttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtat 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  16846966 gttgaatgtggtggcagatcttcctcatttttt-atgatttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtag 16846868  T
Q  309 taaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaaga 365  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16846867 aaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttttgaaaggttcaaga 16846811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University