View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19974_low_16 (Length: 366)

Name: NF19974_low_16
Description: NF19974
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19974_low_16
NF19974_low_16
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (18-364)||(11028124-11028470)
chr1 (26-358)||(11033436-11033775)
chr1 (26-359)||(10983769-10984109)
chr1 (26-358)||(11007983-11008322)
chr1 (26-359)||(10914844-10915184)
chr1 (26-356)||(11004540-11004877)
chr1 (26-358)||(11011145-11011484)
chr1 (26-358)||(10903681-10904020)
chr1 (26-152)||(10974501-10974627)
chr1 (191-254)||(9464535-9464598)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 11028470 - 11028124
Alignment:
Q  18 catattatatccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatga 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028470 catattacatccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatga 11028371  T
Q  118 gaaaatatatattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaa 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028370 gaaaatatatatttttcgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaa 11028271  T
Q  218 gatggtgaatcctaccaatggtagcaatttcattgatagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028270 gatggtgaatcctaccaatggtagcaatttcattgatagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgt 11028171  T
Q  318 cctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgttatctt 364  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11028170 cctttgaaaacagacccataacctccacttcctagttttgttatctt 11028124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 26 - 358
Target Start/End: Original strand, 11033436 - 11033775
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | || ||||| |||||||| |||  ||| | | |||||| |||||||||||||    
T  11033436 atccattatgcaagtactcaatgcctcgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaataattttcttcattatgagaaaatat 11033535  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  11033536 gtatttttcgagtgatccatttggcataaattcatatatcagaacacgttttgaaccttccacacaaaaaccaatgagttgtaccacattaacatggtgg 11033635  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattga-------tagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||       | || ||| |||||||| | | ||||||||||| |||||||| || |  ||| ||||||||||||    
T  11033636 atcctaccaatggtagcaacttcattgacaaaatctcgatcgttggacttggctctatccaataatttgactgctaccagacgaccacttcgaagttgtc 11033735  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgt 358  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||| | |||||||||||    
T  11033736 ctttaaaaacggatccataacctccattgcctagttttgt 11033775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 359
Target Start/End: Original strand, 10983769 - 10984109
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  10983769 atccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactctcttcattatgagaaaatat 10983868  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     |||||||  ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||| |||||||    
T  10983869 gtatttttccagtgacccatttggcatgaattcatatataagaacacgttttgaaccctccacgcaaaaaccaataaggtgtaccacattaacatggtga 10983968  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattga-------tagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||       | |||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||| |||||||    
T  10983969 atcctaccaatggtgacaacttcattgatgaaatcttgaccattggacttggctttgtccaataatttgactgctacaagacaaccgcttcgtagttgtc 10984068  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgtt 359  Q
    |||| |||||||  |||||| ||||| | |||| |||||||    
T  10984069 ctttaaaaacagttccataacctccattgcctaattttgtt 10984109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 26 - 358
Target Start/End: Original strand, 11007983 - 11008322
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| | || ||||| |||||||| |||  ||| | |||||||  |||||||||||||    
T  11007983 atccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagtgaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaataattctcttcggtatgagaaaatat 11008082  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11008083 gtatttttctagtgatccatttggcataaattcatatatcagaacacgttttgaaccttccacacagaaaccaatgagttgtaccacattaacatggtga 11008182  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattga-------tagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||       | || ||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  11008183 atcctaccaatggtagcaacttcattgacaaaatctcgatcgttggacttggcactgtccaataatttgactgctacaagacgaccacttcgaagttgtc 11008282  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgt 358  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||    
T  11008283 ctttgaaaacagatccataacctccattgcctagttttgt 11008322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 26 - 359
Target Start/End: Original strand, 10914844 - 10915184
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||  ||  ||| | ||||||   |||||||||||||    
T  10914844 atccattgtgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaacttaaggaataattctcttttgtatgagaaaatat 10914943  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||||||    
T  10914944 gtatttttcgagtgatccatttggcatgaattcatatataagaacacgttttgaaccctccacacaaaaaccaataaggtgtgccacattaacatggtga 10915043  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattgata-------gaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    |||||||| |||||  ||| ||||||||||       |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| || |||||||||    
T  10915044 atcctaccgatggtgacaacttcattgataaaatcttgaccgttggacttggctttgtccaataatttaactgctacaagacgaccactttgaagttgtc 10915143  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgtt 359  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| | |||| |||||||    
T  10915144 ctttgaaaacagatccataacctccattgcctaattttgtt 10915184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 11004877 - 11004540
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||| ||| || ||||||||||| |||| ||||||||  |||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11004877 atccattatgcaagtatgcaatacctcgagctacaccaagagaaatggcatacaattttttacaactcaaagagttactctcttcaataagagaaaatat 11004778  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  11004777 gtatttttccagtgatccatttggcatgaattcatatataagagcacgttttgaaccctccacacaaaatccaatgagttgtaccacattgacatggtga 11004678  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattga-------tagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||       | |||||| || ||||| ||||||||||||||| || |||||||| |   || ||||||||| ||    
T  11004677 atcctaccaatggtagtaacttcattgacaaaatcttgaccgttggtcttggctttgtccaataatttgaccgctacaagacgatcacttcgaagttttc 11004578  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagtttt 356  Q
    |||| |||||||  |||||| ||||  | |||||||||    
T  11004577 ctttaaaaacagttccataacctccgttgcctagtttt 11004540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 358
Target Start/End: Original strand, 11011145 - 11011484
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| | || ||||| ||||||||  ||  ||| | ||||||   |||||||||||||    
T  11011145 atccatgatgcaagtactcaatgccacgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaacttaaggaataattctcttttgtatgagaaaatat 11011244  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     |||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  11011245 gtatttttcaagtgatccatttggcatgaattcatatataagaacacgttttgaaccttccacacaaaaaccaatgagctgcaccacattaacatggtga 11011344  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattga-------tagaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||       | || |   |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  11011345 atcctaccaatggtagcaacttcattgacaaaatcttgatcactggacttggctttgtccaataatttgactgctacaagacgaccacttcgaagttgtc 11011444  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgt 358  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||| | |||||||||||    
T  11011445 ctttgaaaacagatccataccctccattgcctagttttgt 11011484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 358
Target Start/End: Original strand, 10903681 - 10904020
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||| ||| ||||| |||| |||  ||  ||  || |   |||||||||||||    
T  10903681 atccgttatgcaagtacgcaatgcctcgagccacttcaacagaaatggcatacaacttttcacaactcaaggaaaaacaatccttggtatgagaaaatat 10903780  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcataaattcatatataagagcatgttttgaaccctccacataaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtga 225  Q
     |||||||  ||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  10903781 gtatttttcaagtgacccatttggcatgaattcatatattagagcacgctttgacccatccacacaaaatccaataagttgtaccacattaacgtggtga 10903880  T
Q  226 atcctaccaatggtagcaatttcattgata-------gaccgtcggacttggttttgtccaataattttactgctacaagtcagccatttcgaagttgtc 318  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||       |||| | ||| |||| ||||||||||||||| || ||| |||| |  ||| ||||||||||||    
T  10903881 atcctaccgatggtagcaacttcattgataaaatcttgaccattggatttggctttgtccaataatttcaccgctgcaagacgaccacttcgaagttgtc 10903980  T
Q  319 ctttgaaaacagacccataaactccacttcctagttttgt 358  Q
    ||||| | ||||| |||||  ||||| | |||| ||||||    
T  10903981 ctttgtagacagagccatagcctccattccctaattttgt 10904020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 152
Target Start/End: Original strand, 10974501 - 10974627
Alignment:
Q  26 atccattatgcaagtactcaatgcctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactctcttcaatatgagaaaatat 125  Q
    |||||||||| ||||||||||| || | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10974501 atccattatgaaagtactcaattccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactctcttcaatgtgagaaaatat 10974600  T
Q  126 atattttttgagtaatccatttggcat 152  Q
     |||||||  ||| | |||||||||||    
T  10974601 gtatttttccagttacccatttggcat 10974627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 191 - 254
Target Start/End: Original strand, 9464535 - 9464598
Alignment:
Q  191 aaaaaccaatgagttgtaccacattaagatggtgaatcctaccaatggtagcaatttcattgat 254  Q
    |||| ||||| || || |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  9464535 aaaagccaattaggtgaaccacattaacatggtgaatcgttccaatggtagcaacttcattgat 9464598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University