View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19982_low_2 (Length: 559)

Name: NF19982_low_2
Description: NF19982
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19982_low_2
NF19982_low_2
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-531)||(17451080-17451610)
chr6 (51-483)||(5241533-5241965)
chr6 (136-531)||(14825795-14826198)
chr6 (527-559)||(17450968-17451000)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-531)||(24432031-24432561)
chr1 (10-527)||(29990892-29991409)
chr1 (87-527)||(16502931-16503371)
chr1 (527-559)||(24431919-24431951)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (50-531)||(53016806-53017286)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (51-531)||(20669736-20670217)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (234-529)||(12544399-12544693)
chr7 (53-179)||(12546378-12546504)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (463-527)||(15269193-15269256)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 17451610 - 17451080
Alignment:
Q  1 tcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451610 tcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaa 17451511  T
Q  101 ataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17451510 ataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcgaatgcgttg 17451411  T
Q  201 agaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451410 agaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggt 17451311  T
Q  301 tggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451310 tggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtatggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatag 17451211  T
Q  401 atgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451210 atgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtc 17451111  T
Q  501 aagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451110 aagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 17451080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 51 - 483
Target Start/End: Original strand, 5241533 - 5241965
Alignment:
Q  51 agaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagag 150  Q
    |||||||||||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||   ||| |||||||||||||||    
T  5241533 agaacctgcatgcgtgtcactaggaaaaaggtcaacatcagggttagtaaagagaggagtggaagtagacgggattgacttaaactttgacaaggaagag 5241632  T
Q  151 aacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaa 250  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||    
T  5241633 aacattatatgttcccaaaagacaacatggcgagagatgcgaatgcgttgcgatattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagttccataaccaa 5241732  T
Q  251 gaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatc 350  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  5241733 gaaaacgacacagacgagcacgaggctcaagtttagtatactcatggggctgaaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttgagtgatttataatc 5241832  T
Q  351 aggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccc 450  Q
     ||||||||| | |||||| |||||||||||||||  |||||||| | ||  ||||| ||||  || || || |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5241833 tggtgtagtgagataaagatgctcaaaaggagagacgttaccaaatacagcggaagggagacagtttatcatatggacagcggtaagagcagcttcaccc 5241932  T
Q  451 caagcacgttcaggacaagaggctgagataagc 483  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  5241933 caagcgcgttttggacaagaggctgagataagc 5241965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 136 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 14826198 - 14825795
Alignment:
Q  136 tttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgtt 235  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||  | | ||||| ||| || || || |||||||||||  ||||||| ||||    
T  14826198 tttgacaaagaagagaacattatgtgttcccaaaagacaacatgacgagaaatacgaatgcattgggatatagggtcccaacatcggaaacctttgtgtt 14826099  T
Q  236 caataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacacctt 335  Q
    || | |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| ||| | || |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14826098 catttccataacctagaaaacaacagagatgggcacgtggctctagtttagtatattcataggattggagaagaacaaaacaagcacaatcaaacacctt 14825999  T
Q  336 aagtaaattataatcaggtgtagtg--------tggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtgga 427  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||        || || ||||||||||| || |||| |||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  14825998 aagtgaattgtaatctggtgtagtggtgtagtgtgatatagacgctcaaagggtgagacattaccaaggacagatgagggaagacgattaataatgtgga 14825899  T
Q  428 cagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagc 527  Q
    || |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  14825898 caacagttagacatgcttcacaccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacgaacagaatcaagaatgggacgatgctttctctcagc 14825799  T
Q  528 acga 531  Q
    ||||    
T  14825798 acga 14825795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 527 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 17451000 - 17450968
Alignment:
Q  527 cacgatattccatggcattatctcggcgaaaaa 559  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451000 cacgatattccatggcattatctcggcgaaaaa 17450968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 519; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 24432561 - 24432031
Alignment:
Q  1 tcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432561 tcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaa 24432462  T
Q  101 ataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24432461 ataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcgaatgcgttg 24432362  T
Q  201 agaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432361 agaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggt 24432262  T
Q  301 tggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432261 tggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtatggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatag 24432162  T
Q  401 atgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24432161 atgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacaaagtc 24432062  T
Q  501 aagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432061 aagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 24432031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 10 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 29991409 - 29990892
Alignment:
Q  10 gaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggag 109  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||  |||| ||||| |||||||    
T  29991409 gaagtggattgaacatcggaaggggttggaagctcactagaaaaacctgcatgtgtgttactaggaaaaaggtcaacatcgaggttcgtaaagaaaggag 29991310  T
Q  110 tggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttgagaaatggg 209  Q
    ||||||| ||  | || ||   ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||| || || || ||    
T  29991309 tggaagtagaaaggatcgagttaaactttgataaggaagagaacattatatgttcgcaaaagataacatgacgagaggtgcgaatgcgctgggatattgg 29991210  T
Q  210 atcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggagg 309  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || ||||||    
T  29991209 atcccaacatcgataacctttgtgttcagtgtcataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggagg 29991110  T
Q  310 acaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaa 409  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| || | |  |||| |    
T  29991109 acaaaacacgcacaaccaaacaccttaagtgatttataatctggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataataaggga 29991010  T
Q  410 gacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtg 509  Q
    || ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||     
T  29991009 gatgattgattatatggacagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctggacaagaggccgagataagcatgacacagactgagtcaagaatgta 29990910  T
Q  510 acgatgttttctctcagc 527  Q
    | |||| |||||||||||    
T  29990909 atgatgctttctctcagc 29990892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 87 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 16503371 - 16502931
Alignment:
Q  87 atcagggttagtaaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggag 186  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||    
T  16503371 atcagggttagtaaagagaggagtcgaagtagacggaattgacttaaactttgacaaggaagagaacattatatgttcccaaaagacaacatgttgagag 16503272  T
Q  187 gtgcaaatgcgttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttag 286  Q
       | |||||||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||| | || | ||| ||||||||    
T  16503271 acacgaatgcgttgagatatcgggtcccaacatcgatgacctttgtgttcagtaccataaccaagaaaacaacacaaacgagtaccatgctaaagtttag 16503172  T
Q  287 tatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagat 386  Q
    |||  || ||||  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||     
T  16503171 tatactcttgggtctgaagaaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtgagttataatcttgtgtagtgaaataaagacgctcaaaaggagagac 16503072  T
Q  387 attaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatg 486  Q
    |||||||| || ||| ||||  || |||||||| || |||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||||    
T  16503071 attaccaaggacagaggaagagaggcgattgattatatggacagcggtaagagcggcttcaccccaagcgcgttctgaacatgaggctgagatatgcatg 16502972  T
Q  487 gcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagc 527  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  16502971 gcacagactgagtcaagaatgtaacgatgctttctctcagc 16502931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 527 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 24431951 - 24431919
Alignment:
Q  527 cacgatattccatggcattatctcggcgaaaaa 559  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24431951 cacgatattccatggcattatctcggcgaaaaa 24431919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 50 - 531
Target Start/End: Original strand, 53016806 - 53017286
Alignment:
Q  50 aagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaaga 149  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||   ||| ||||||||||||||    
T  53016806 aagaacctgcatgtgtgtcactaggaaaaaggtcaacatcagggttagtaaagagaggagtggaagtagacgggattgacttaaactttgacaaggaaga 53016905  T
Q  150 gaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataacca 249  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||| || || |||||| |||||||||| ||||| |||| | | |||||||||    
T  53016906 gaacattatatgttcccaaaagacaacatggcgagagatgcaa-tgcgttgggatattggatcctaacatcgatagcctttgtgttaagtgccataacca 53017004  T
Q  250 agaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataat 349  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  53017005 agaaaacaacacagacgagcatgaggctcaagtttagtaaactcatggggttgaaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtgagttataat 53017104  T
Q  350 caggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcacc 449  Q
      ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||  |||||| |    
T  53017105 ttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacagaggaagggagacgattgattatatggactgcggtaagagcggcttcatc 53017204  T
Q  450 ccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 531  Q
    ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53017205 ccaagcgtgttctggacacgaggctgagataagcatggcacggactgagtcaagaatgtgacgatgctttctctcagcacga 53017286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 51 - 531
Target Start/End: Original strand, 20669736 - 20670217
Alignment:
Q  51 agaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagag 150  Q
    ||||||||||| | ||||||||  |||| | || ||||||||||||||||| | ||||||  | || ||||| |||||   ||| ||||| |||||||||    
T  20669736 agaacctgcatgtttgtcactaggaaaaaaatcgacatcagggttagtaaagagaggagtataggtagacgggattgacttaaactttgataaggaagag 20669835  T
Q  151 aacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcaaatgcgttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20669836 aacattatatgttcccaaaagacaacatgacgagagatgcgaatgcgctgagatattggatcctaacattgataacctttatgttcaatgccataaccaa 20669935  T
Q  251 gaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatc 350  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || || || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  20669936 gaaaataacacagacgagcacgaggctcaagttttgtatattcatgcggctgaaggaggacaaaacaatcacaacaaaacaccttaagtgatttataatc 20670035  T
Q  351 aggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttca-cc 449  Q
     ||||||||| | |||||   |||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||| |||| |||||| || |||| || |||||||| | ||||| ||    
T  20670036 cggtgtagtgagataaagtttctcaaagggagagacattaccaaggacagaggaagggagacaattgattatatggatagtagtaagagcatcttcaccc 20670135  T
Q  450 ccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagcacga 531  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  20670136 ccaagcacgttctggacaagaggctgggataagcatgacacgaattgagtcaagaatgtgacgatgctttctttcatcacga 20670217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 234 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 12544693 - 12544399
Alignment:
Q  234 ttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtggggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacacc 333  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||  || |||||  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  12544693 ttcaatgccataaccaagaaaacaacataggcgaccatgaggcgaaagtttagtatattcttggggttgaaggaggacaaaacaatcacaaccaaactcc 12544594  T
Q  334 ttaagtaaattataatcaggtgtagtgtggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaagatagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcag 433  Q
     ||  ||| |||||||  ||||||||| | || || ||| |||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||| ||||||| || || ||| |||    
T  12544593 atatataagttataatttggtgtagtgagatatagccgcccaaaaggagagacattaccaaggacagaggaagggagatgattgattatatgaacaacag 12544494  T
Q  434 taagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagcac 529  Q
    ||||||  |||||| ||| ||   | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12544493 taagagcggcttca-ccctagtgtgatctggacaagatgctgaaataagcatggcacggactgagtcaagaatgtgacgatgctttctctcagcac 12544399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 12546504 - 12546378
Alignment:
Q  53 aacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaa 152  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||   ||| |||||||||||||| ||    
T  12546504 aacctgcatacgtgtcactaggaaaatagccgacatcggggttagtaaaaagaggagtggaagttgagggaattgacttaaactttgacaaggaagaaaa 12546405  T
Q  153 cattttatgttcccaaaagacaacatg 179  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||    
T  12546404 cattatatgtttccaaaagacaacatg 12546378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 463 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 15269256 - 15269193
Alignment:
Q  463 ggacaagaggctgagataagcatggcacggacagagtcaagaatgtgacgatgttttctctcagc 527  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||  ||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  15269256 ggacaagag-ctgagataagcatgacacaaactaagtcaagaacgtgacgatgctttctctcagc 15269193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University