View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19983_low_1 (Length: 493)

Name: NF19983_low_1
Description: NF19983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19983_low_1
NF19983_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-481)||(13378798-13379278)
chr5 (4-481)||(13373002-13373479)
chr5 (139-444)||(13419297-13419602)
chr5 (139-444)||(13446848-13447153)
chr5 (222-447)||(13385407-13385632)
chr5 (222-447)||(13389228-13389453)
chr5 (224-444)||(13426188-13426408)
chr5 (149-447)||(13393562-13393860)
chr5 (308-447)||(13412949-13413088)
chr5 (224-366)||(13453879-13454021)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-456)||(28430404-28430845)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (139-447)||(47601116-47601424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 13379278 - 13378798
Alignment:
Q  1 caaggtgacaaacatcaaagttggagataaggttggtgtggggtgcatggttggatcctgccattcatgtcaaagttgtggcgaggatctcgaaaattac 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13379278 caaggtgaaaaacatcaaagttggagatagggttggtgtggggtgcatggttggatcctgccattcatgtcaaagttgtggcgaggatctcgaaaattat 13379179  T
Q  101 tgctcaaagatgattcagacatacagttccaagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13379178 tgctcaaagatgattcagacatacagttccaagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattg 13379079  T
Q  201 tccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13379078 tccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacc 13378979  T
Q  301 tggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13378978 tggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttct 13378879  T
Q  401 cctaacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagctgactcattcgtggttagtcgcgaacaagaccagatgaaggtg 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13378878 cctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagctgactcattcgtggttagtcgcgaacaagaccagatgaaggtg 13378798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 13373479 - 13373002
Alignment:
Q  4 ggtgacaaacatcaaagttggagataaggttggtgtggggtgcatggttggatcctgccattcatgtcaaagttgtggcgaggatctcgaaaattactgc 103  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  13373479 ggtgacaaagttcaaagttggagacaaggtaggtgtagggtgcatggttggatcctgccactcatgtcaaagttgtggtgatgatctcgagaattattgc 13373380  T
Q  104 tcaaagatgattcagacatacagttccaagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtcc 203  Q
    ||||||||||| |  |||||  |  |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||  |  |||    
T  13373379 tcaaagatgatcctcacatatggcgccaagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatcc 13373280  T
Q  204 gtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctgg 303  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||| |  |||| |||||    
T  13373279 gtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctgg 13373180  T
Q  304 actgcatataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcct 403  Q
      | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||| |||||||||    
T  13373179 tttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcct 13373080  T
Q  404 aacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagctgactcattcgtggttagtcgcgaacaagaccagatgaaggtg 481  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||||    
T  13373079 aacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcatttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtg 13373002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 139 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 13419602 - 13419297
Alignment:
Q  139 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 238  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||||||||| |    
T  13419602 tgatggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggt 13419503  T
Q  239 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 338  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |   |||||||| | | ||||| |||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  13419502 cctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttg 13419403  T
Q  339 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagc 438  Q
    | |||||||||||||| || || ||||| || |||| ||| || || ||  | ||||| || ||| ||||| | |||||||| || |||| ||| |||||    
T  13419402 gccatatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 13419303  T
Q  439 tgactc 444  Q
    ||||||    
T  13419302 tgactc 13419297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 139 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 13447153 - 13446848
Alignment:
Q  139 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 238  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| |    
T  13447153 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 13447054  T
Q  239 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 338  Q
    ||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |   |||||||||| | ||||| |||||  || ||||||| || ||||||||||||||| | |    
T  13447053 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttg 13446954  T
Q  339 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagc 438  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || || ||  | ||||| || ||||| ||  | |||||||| || |||| |||||||||    
T  13446953 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 13446854  T
Q  439 tgactc 444  Q
     |||||    
T  13446853 agactc 13446848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 447
Target Start/End: Original strand, 13385407 - 13385632
Alignment:
Q  222 cacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggt 321  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  | | | | |||||| | ||||||||||| || ||| | ||||| ||    
T  13385407 cacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgt 13385506  T
Q  322 tggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagct 421  Q
    ||||||||||||  | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| || || ||  | ||||| ||| ||| |||| | ||||||||     
T  13385507 tggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagca 13385606  T
Q  422 attgaacgcttaggagctgactcatt 447  Q
    |  |||| |||||||||||| |||||    
T  13385607 aaagaacacttaggagctgattcatt 13385632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 447
Target Start/End: Original strand, 13389228 - 13389453
Alignment:
Q  222 cacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggt 321  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  | | | ||| |||| | || |||||||| || | ||||||||| ||    
T  13389228 cacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgt 13389327  T
Q  322 tggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagct 421  Q
    ||||||||||||  | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||  |  ||||| ||| | ||||| || || |||||| |||| |||||     
T  13389328 tggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagca 13389427  T
Q  422 attgaacgcttaggagctgactcatt 447  Q
    || |||| ||||||||| || |||||    
T  13389428 atagaacacttaggagccgattcatt 13389453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 224 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 13426408 - 13426188
Alignment:
Q  224 cttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttg 323  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  |    ||||||  | | ||||| |||||  || ||||||| || ||||    
T  13426408 cttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttg 13426309  T
Q  324 gtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagctat 423  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||  | ||||| || |||| |||| | |||||||| ||    
T  13426308 gtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgat 13426209  T
Q  424 tgaacgcttaggagctgactc 444  Q
     ||||  ||||||||||||||    
T  13426208 agaacatttaggagctgactc 13426188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 149 - 447
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393860
Alignment:
Q  149 atcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgctcctctccttt 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | |||||||  || || |||||||| || |  ||||| |||| |||| |||||||  |||| |||||||||||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  249 gtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggc 348  Q
    |||| || || || |||||||| ||  |   | |||||||| | ||||| |||||  || |||||||| | ||||||||||||||| | |||||  |||     
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttggg 13393761  T
Q  349 tgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagctgactcatt 447  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||| ||  | ||||| || || |||||| |||| ||||| || |||  | |||||||||| |||||    
T  13393762 tgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagctgattcatt 13393860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 308 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 13413088 - 13412949
Alignment:
Q  308 catataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaaca 407  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || || ||  | ||||| || |||||||    
T  13413088 catataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaaca 13412989  T
Q  408 aaaagaaggaagctattgaacgcttaggagctgactcatt 447  Q
    || | |||||||| || |||| |||||||||||| |||||    
T  13412988 aagaaaaggaagcaatagaacacttaggagctgattcatt 13412949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 224 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 13454021 - 13453879
Alignment:
Q  224 cttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttg 323  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||  |   |||||||||| | ||||| ||||   || |||||||||| ||||    
T  13454021 cttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttg 13453922  T
Q  324 gtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagc 366  Q
    ||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||    
T  13453921 gtcttggtggacttggccatatggccgtgaaattcgccaaagc 13453879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 456
Target Start/End: Original strand, 28430404 - 28430845
Alignment:
Q  15 tcaaagttggagataaggttggtgtggggtgcatggttggatcctgccattcatgtcaaagttgtggcgaggatctcgaaaattactgctcaaagatgat 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||   |||   |||||||||||||||  ||||  ||||    
T  28430404 tcaaagttggagacaaggtaggtgttgggtgcatggttcaatcctgccactcatgccaaaattgcaacgaaagtctcgaaaattactgtccaaaagtgat 28430503  T
Q  115 tcagacatacagttccaagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgat 214  Q
    ||  |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||  |||| |  || | |||||  ||    
T  28430504 tctcacatacggttccaagaatcttgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaat 28430603  T
Q  215 gccttatcacttgatgctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatatag 314  Q
      | || | ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| | || ||||||    ||||  |||    
T  28430604 agcctacctcttgatgctgcagctcctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattag 28430703  T
Q  315 gtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaa 414  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  28430704 gtgtggttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaagaa 28430803  T
Q  415 ggaagctattgaacgcttaggagctgactcattcgtggttag 456  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||    
T  28430804 ggaagctattgaacttcttggagctgactcatttgtggttag 28430845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 139 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 47601424 - 47601116
Alignment:
Q  139 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 238  Q
    ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||| | || |  ||||||||||  ||  ||||||| ||| | |||    
T  47601424 tgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgct 47601325  T
Q  239 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggattagacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 338  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  |   | |||||||| | || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  47601324 cctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttg 47601225  T
Q  339 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaacgcttaggagc 438  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||| || |||||  | ||||| || ||||||||| | || ||||| |  ||| ||||||||||    
T  47601224 gtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagc 47601125  T
Q  439 tgactcatt 447  Q
    |||||||||    
T  47601124 tgactcatt 47601116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University