View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19991_high_2 (Length: 473)

Name: NF19991_high_2
Description: NF19991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19991_high_2
NF19991_high_2
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (13-455)||(53727535-53727977)
chr3 (135-455)||(14657089-14657409)
chr3 (135-455)||(19930919-19931239)
chr3 (135-454)||(32895144-32895461)
chr3 (317-454)||(42254441-42254577)
chr3 (135-232)||(42254581-42254678)
chr3 (106-229)||(11635197-11635322)
chr3 (339-412)||(16363776-16363850)
chr3 (158-229)||(16363957-16364030)
chr3 (374-415)||(11635020-11635061)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (13-454)||(26969717-26970158)
chr2 (135-455)||(10938798-10939117)
chr2 (135-455)||(10944660-10944979)
chr2 (200-400)||(9810435-9810639)
chr2 (135-204)||(73389-73458)
chr2 (136-232)||(14632314-14632411)
chr2 (200-332)||(68912-69043)
chr2 (158-229)||(18736835-18736908)
chr2 (157-231)||(19433010-19433086)
chr2 (390-448)||(14632127-14632185)
chr2 (363-419)||(19436298-19436354)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (135-455)||(16085995-16086315)
chr5 (321-454)||(26052561-26052693)
chr5 (135-232)||(26052374-26052471)
chr5 (72-231)||(25636064-25636224)
chr5 (157-236)||(31307718-31307798)
chr5 (339-404)||(25635883-25635949)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (135-455)||(39426979-39427299)
chr7 (135-455)||(32353158-32353478)
chr7 (135-454)||(31207394-31207713)
chr7 (135-454)||(32354337-32354656)
chr7 (135-232)||(13818159-13818258)
chr7 (84-231)||(2433868-2434017)
chr7 (339-419)||(2434135-2434216)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (135-455)||(24042326-24042646)
chr6 (135-455)||(6950497-6950817)
chr6 (136-454)||(19975213-19975528)
chr6 (135-448)||(27077277-27077590)
chr6 (339-454)||(15516246-15516362)
chr6 (106-229)||(15516019-15516144)
chr6 (339-419)||(34234712-34234793)
chr6 (363-419)||(14922656-14922712)
chr6 (81-194)||(34096887-34097000)
chr6 (157-196)||(34234565-34234604)
chr6 (381-419)||(34096808-34096846)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (135-455)||(6668603-6668926)
chr4 (135-455)||(43291051-43291371)
chr4 (135-454)||(8989780-8990099)
chr4 (160-454)||(6805807-6806101)
chr4 (135-232)||(17894159-17894258)
chr4 (365-419)||(6661128-6661182)
chr4 (84-231)||(6661325-6661473)
chr4 (339-419)||(6685396-6685477)
chr4 (72-231)||(572638-572797)
chr4 (369-417)||(572521-572569)
chr4 (157-194)||(6685203-6685240)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (135-455)||(126765-127085)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (135-448)||(24172121-24172435)
chr1 (135-455)||(1967849-1968160)
chr1 (135-453)||(38826202-38826519)
chr1 (135-455)||(49388285-49388603)
chr1 (157-454)||(47325014-47325311)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (136-454)||(201489-201808)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (355-454)||(38641569-38641668)
chr8 (321-425)||(43657099-43657202)
chr8 (339-453)||(38677873-38677988)
chr8 (135-232)||(43656917-43657014)
chr8 (339-455)||(31183043-31183161)
chr8 (339-419)||(44316161-44316242)
chr8 (135-216)||(38641704-38641786)
chr8 (144-231)||(21256760-21256849)
chr8 (85-231)||(9032426-9032573)
chr8 (84-224)||(31182794-31182935)
chr8 (157-229)||(38677696-38677770)
chr8 (81-221)||(44315892-44316034)
chr8 (369-419)||(21256562-21256612)
chr8 (363-412)||(29278375-29278424)
chr8 (157-231)||(29278156-29278232)
[»] scaffold0086 (2 HSPs)
scaffold0086 (339-419)||(38129-38210)
scaffold0086 (81-194)||(38365-38478)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (374-419)||(86287-86332)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 53727977 - 53727535
Alignment:
Q  13 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727977 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccattgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 53727878  T
Q  113 gggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttac 212  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53727877 gggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgactggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 53727778  T
Q  213 ttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatataaagttgatgggtaagctt 312  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  53727777 ttgttagttctgttagcactaaaactttttcttccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatataaaattgatgggtaagctt 53727678  T
Q  313 aaacggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727677 aaacggcttttaatgattaccataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactggatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 53727578  T
Q  413 catgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727577 catgagaccgtggcgggtctctagagcactcatgaataccagg 53727535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Original strand, 14657089 - 14657409
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  14657089 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttttgttagcacta 14657188  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   |   | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| ||||||| |||| |  || | ||||||||||||||    
T  14657189 aaataatgatgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgatggataagttgtaaggacttttaatgattac 14657286  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  14657287 cataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatggaatcagctatatgagtgtgaagtgaggccgcttgcatgagaccgtggcgggcct 14657386  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  14657387 ctagagcactcatgaataccagg 14657409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 19931239 - 19930919
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||| ||  || |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  19931239 gaaaacgacaagtattgcgaacccaacctttgtgattgcaaatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttactagttagttctgttagcaata 19931140  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    ||| | | | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||| || ||||||| ||   |||||||||| |||    
T  19931139 aaattatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgagggataagctttaaatacttttaatgaatac 19931042  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  19931041 cataagcccttatgggtggtgtttggttgtagcatacactagacgaaatcacctatataagtgtcaagtggggcagcttgcatgaaaccgtggtgggttt 19930942  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19930941 ctagagcactcatgaataccagg 19930919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 135 - 454
Target Start/End: Original strand, 32895144 - 32895461
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactga 234  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |    
T  32895144 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaataggtttaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcact-a 32895242  T
Q  235 aactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    || | ||| | || |||||||  || ||||| |||| |   |  ||||||||| || ||  ||| |||| || |  ||| | |  |  |||||||||| |    
T  32895243 aattgttttgtccttttcctagtgt-tatgacattgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagggttgggctcataatgtctttaatgatttc 32895340  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32895341 cataagcctttagg-gtggtgtgtggttgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtct 32895439  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccag 454  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  32895440 ctagagcactcatgaaaaccag 32895461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 317 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 42254577 - 42254441
Alignment:
Q  317 ggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatg 416  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42254577 ggcttttaatgattactataagcccttatggtaggtgtttggttgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaactggggccgcttgcatg 42254478  T
Q  417 agaccgtggtgggtctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  42254477 agaccgtgacgggt-tctagagcattcatgaataccag 42254441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 42254678 - 42254581
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42254678 gaaaacgacaagtaatgggaa-ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 42254581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11635322 - 11635197
Alignment:
Q  106 catcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaa--tgggaaaa 203  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| |||  ||| |||||||| || | || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| || |    
T  11635322 catcgaggggattgagacttaagccaatgaaaatcgacaagtgataggaacccaacctttgtgatttgagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaaga 11635223  T
Q  204 acaagttacttgttagttctgttagc 229  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||    
T  11635222 acaagtcacatgttagttctgctagc 11635197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 16363850 - 16363776
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtgg-ttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 412  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16363850 cccttatgggtggtgtatgacttgcagcatacacttgatgaaatcgcctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 16363776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 16364030 - 16363957
Alignment:
Q  158 caacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaa--tgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| || ||||||| || ||||||||||| ||||    
T  16364030 caacctttgtgattggagatcccatgaggaaggttcaatgtggtaagaacaagtcacatgttagttctgctagc 16363957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 11635061 - 11635020
Alignment:
Q  374 gatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcat 415  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11635061 gatgaaatctcttatatgagtgtcaagtgggaccgcttgcat 11635020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 26970158 - 26969717
Alignment:
Q  13 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26970158 aatatggaactataccgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagctgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtggaacatcgag 26970059  T
Q  113 gggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttac 212  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26970058 gggaatgggacttgagccagttgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 26969959  T
Q  213 ttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatataaagttgatgggtaagctt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  26969958 ttgttagttctgttagcactgaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgttaatctatataaaattgatgggtaaggtt 26969859  T
Q  313 aaacggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 412  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26969858 aaacgacttttaatgattaccataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactagatggaatcatctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 26969759  T
Q  413 catgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  26969758 catgagaccgtggcgggtctctagagcattcatgaataccag 26969717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 10939117 - 10938798
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  10939117 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttatgttagcacta 10939018  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||  || | | | ||||  ||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  10939017 aaatattgttgtctcttttttatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgatgggtaagtttaaaag-cttttaatgattac 10938921  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||  ||||||| || ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  10938920 cataagcccttattggtggtgtttgattgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtttcaagtggggccgcttgtatgagaccgtggcgggtct 10938821  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10938820 ctagagcactcatgaataccagg 10938798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 10944979 - 10944660
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  10944979 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttatgttagcacta 10944880  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||  || | | | ||||  ||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  10944879 aaatattgttgtctcttttttatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgatgggtaagtttaaaag-cttttaatgattac 10944783  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||  ||||||| || ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  10944782 cataagcccttattggtggtgtttgattgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtttcaagtggggccgcttgtatgagaccgtggcgggtct 10944683  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10944682 ctagagcactcatgaataccagg 10944660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 200 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 9810639 - 9810435
Alignment:
Q  200 aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatatt---ggatgtaaga-gtgctaatctatataa 295  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||| | ||  | | |||| ||||||||||||||| |   |||| ||||| ||||||||  ||||||    
T  9810639 aaaaacaagtcacttgttagttacgttagcactaaaattattatgtctcttttctatggtgtatgataataatggatataagaagtgctaattaatataa 9810540  T
Q  296 agttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtg 395  Q
    | |||| || || | || || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||| ||||| |||||||||||||||  ||||| ||||    
T  9810539 aattgaaggatatgttttaaagacttttaatgattaccataagctcttatgagtggcatatgattgtagcatacactagatgaaatcatatatataagtg 9810440  T
Q  396 tcaag 400  Q
    |||||    
T  9810439 tcaag 9810435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 135 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 73458 - 73389
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaa 204  Q
    |||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  73458 gaaaacgacaagtaatgagaacctaacctttgtgattggagatcccatgaagaatgttcaatgggtaaaa 73389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14632411 - 14632314
Alignment:
Q  136 aaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca-atgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    |||||||||||| || | || ||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14632411 aaaacgacaagtgattggaacccaacatttatgattggagatcccatgaggaaggttcatatgggaaaaacaagtcacttgttagttattttagcact 14632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 69043 - 68912
Alignment:
Q  200 aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagt 298  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  || | | | ||||||||| ||||||||||| |||||  ||| |||||||   ||||||| |    
T  69043 aaaaacaagttacttgctagttctgttagcactaaaagattgttgtctctttcctatagtgtatgatataggatg--agatgtgctaaataatataaaat 68946  T
Q  299 tgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    ||| || ||||||| || ||||||||||||||||    
T  68945 tgagggataagctttaaaggcttttaatgattac 68912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 158 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 18736908 - 18736835
Alignment:
Q  158 caacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaa--tgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||| || ||||||||||| ||||    
T  18736908 caacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaagaacaagtcacatgttagttctgctagc 18736835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 231
Target Start/End: Original strand, 19433010 - 19433086
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  19433010 ccaacatttgtgattggagatcccatgaataaggttcatatgggtaaaaacaagtcacttattagttctgctagcac 19433086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 390 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14632185 - 14632127
Alignment:
Q  390 tgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaa 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || ||||||| ||||    
T  14632185 tgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagactgtgacgggtctataaagcactcgtgaa 14632127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 363 - 419
Target Start/End: Original strand, 19436298 - 19436354
Alignment:
Q  363 agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  19436298 agcatacacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtgggcccgtttgtatgaga 19436354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16086315 - 16085995
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  16086315 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgctagttctgttagcacta 16086216  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    | |  || | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  16086215 atatattgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgatgggtaagcttaaaatgcttttaatgattac 16086118  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  16086117 cataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtgaggccgcttgtatgagactgtggcgggtct 16086018  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
     ||||||||||||||||| ||||    
T  16086017 ttagagcactcatgaatatcagg 16085995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 321 - 454
Target Start/End: Original strand, 26052561 - 26052693
Alignment:
Q  321 tttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagac 420  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26052561 tttaatgatttccataagcctttagg-gtgttgtgtggttgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagac 26052659  T
Q  421 cgtggtgggtctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  26052660 cgtggcgggtctctagagcactcatgaaaaccag 26052693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Original strand, 26052374 - 26052471
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  26052374 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaaaaggtttaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcact 26052471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 25636224 - 25636064
Alignment:
Q  72 acaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgatt 171  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||| | | ||||   | |||| |||| || |||||||||||||||    
T  25636224 acaaagcctcttgggatgaaataaatttgtgta-catcgaggggattgagacttaagccactcgaaattaataagtgatggaaacccaacctttgtgatt 25636126  T
Q  172 ggagatcccatgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  25636125 ggagatcccatgaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcac 25636064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 236
Target Start/End: Original strand, 31307718 - 31307798
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaat-gggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaaa 236  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||    
T  31307718 ccaacctttgttattggagaacccatgaagaaggttcaataggtaaaaacaaattacttgttaattaagttagcactgaaa 31307798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 25635949 - 25635883
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtggttgg-agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggg 404  Q
    |||||||| ||||||| || || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25635949 cccttatgggtggtgtatgatttgcagcatgcacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggg 25635883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 39427299 - 39426979
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||      
T  39427299 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcctatgaagaaggttcaatgggtaaaaataaattacttgttagttctgttagcacga 39427200  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 333  Q
    |||   | | | | ||||||||| |||||||||| |||||| ||  |||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  39427199 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaaat-gtgctaaataatataaaattgatgggtaagctttaaaagcttttaatgattacc 39427101  T
Q  334 ataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctc 433  Q
    ||||||| ||||| ||||||| || ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39427100 ataagcctttatgggtggtgtttgattgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtctc 39427001  T
Q  434 tagagcactcatgaataccagg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  39427000 tagagcactcatgaataccagg 39426979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 32353478 - 32353158
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  32353478 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctatgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcatta 32353379  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   | | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| ||||||| |||| |   | | ||||||||||||||    
T  32353378 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgatggataagttgttaagacttttaatgattac 32353281  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32353280 cataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtct 32353181  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    || |||||||||| |||||||||    
T  32353180 ctggagcactcataaataccagg 32353158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 135 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 31207713 - 31207394
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaa-caagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||     
T  31207713 gaaaacggcaagtaatgggaacccaaccttattgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaagcaagttacttgctagttctctaagcacta 31207614  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||  || | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||| || ||||||| || ||||||||||||||||    
T  31207613 aaatattgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgagggataagctttaaaggcttttaatgattac 31207516  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  31207515 cataagcccttatgggtggtgtttggttctagcatacactagatggaatcacttatatgagtgtcaattggggccgcttgcatgagacagtggcgggtct 31207416  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  31207415 ctagagcactcatgaataccag 31207394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 135 - 454
Target Start/End: Original strand, 32354337 - 32354656
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactga 234  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  32354337 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatgggaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact-a 32354435  T
Q  235 aactttttcgcccctttcctatggtgt-atgatattg-gatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgatt 330  Q
    |||| ||| | || ||||||||  ||| |||| | || ||||  | ||||||||| || ||  ||| |||| || || ||||  |  || ||||||||||    
T  32354436 aactgttttgtccttttcctataatgttatgacaatgagatgaga-agtgctaat-taaattaaaatttgagggttaggcttttaatgcctttaatgatt 32354533  T
Q  331 accataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggt 430  Q
    ||||||| || ||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32354534 accataatcctttaggt-tagtgtgtggttgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggt 32354632  T
Q  431 ctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  32354633 ctctagagcactcatgaaaaccag 32354656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Original strand, 13818159 - 13818258
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatcc-aacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13818159 gaaaacgacaagcaatgggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggtataatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 13818258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 2433868 - 2434017
Alignment:
Q  84 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttga-gctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccat 182  Q
    |||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||| | || | ||||||   | |||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  2433868 gggatgaaataaacttgtgta-catcgaggggaatgagacttaaagccacttgaaattaataagtgatgggaacccaatctttgtgattggagatcccat 2433966  T
Q  183 gaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    ||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  2433967 gaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcac 2434017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Original strand, 2434135 - 2434216
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtggttgg-agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||| || || | ||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  2434135 cccttatgggtggtgtatgatttgcagcatacacttgaagaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcctgtatgaga 2434216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 24042646 - 24042326
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  24042646 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgtgagcacta 24042547  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    | |     | | | |||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||| || ||| ||| || ||||||||||||||||    
T  24042546 atataacgttgtctctttcctatggtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgagggataaactttaaaggcttttaatgattac 24042449  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24042448 cataagcctttatgggtggtgtatggttgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtct 24042349  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  24042348 ctagagcactcacgaataccagg 24042326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 6950817 - 6950497
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||      
T  6950817 gaaaacgacaagtaataggaacccaaccgttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaaattacttgttagttctgtaagcacga 6950718  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   | | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||     
T  6950717 aaataatattgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatatataattgatgggtaagctttaaaagcttttaatgattat 6950620  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
     ||||| ||||||| ||||||| || ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  6950619 gataagtccttatgggtggtgtttgattgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggctgcttgcatgagaccgtggcggatct 6950520  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  6950519 ccagagcactcatgaataccagg 6950497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 136 - 454
Target Start/End: Original strand, 19975213 - 19975528
Alignment:
Q  136 aaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactga 234  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  19975213 aaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggatatcccatgaagaaggtttaatgggtaaaaataagttacttgttagtgctgttagcactaa 19975312  T
Q  235 aactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacca 334  Q
    ||   | | | | ||||||||| ||  |||||| |||| |  |  |||||||   ||||||| |||| || ||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  19975313 aataatgttgtctctttcctatagt--atgataatggaagacat-gtgctaaataatataaaattgagggataagctttagag-cttttaatgattacca 19975408  T
Q  335 taagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctct 434  Q
    ||||||||||||  |||||| |||| | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||| |    
T  19975409 taagcccttatggatggtgtatggtagtagcatacaccagatggaatcacctatatgagtgtcaagtgcgaccgcttgcatgagaccgtgacgggtctgt 19975508  T
Q  435 agagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19975509 agagcactcatgaataccag 19975528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 135 - 448
Target Start/End: Original strand, 27077277 - 27077590
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactga 234  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||| |    
T  27077277 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaaaaggtttaatggaaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcact-a 27077375  T
Q  235 aactttttcgcccctttcctatggtgt-atgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 331  Q
    || | ||| | || |||||||| | || |||| |||| |   |  ||||||||| || ||  ||| |||| || |  ||| | |  |  ||||||||||     
T  27077376 aattgttttgtccttttcctatagagttatgacattgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagggttgggctcataatgtctttaatgattt 27077474  T
Q  332 ccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtc 431  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27077475 ccataagcctttagg-gtggtgtgtggttgtagcaggcactagatggaatcacctatataagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtc 27077573  T
Q  432 tctagagcactcatgaa 448  Q
    |||||||||||||||||    
T  27077574 tctagagcactcatgaa 27077590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 339 - 454
Target Start/End: Original strand, 15516246 - 15516362
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtgg-ttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctaga 437  Q
    |||||||||||||||| ||  ||| | ||| |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15516246 cccttatgagtggtgtatgacttgcaacatacacttgatgaaattgcctatatgggtgtcaagtggagccgcttgcatgagaccgtggcgggtctctaga 15516345  T
Q  438 gcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||| |||||    
T  15516346 gcactcatgaagaccag 15516362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 229
Target Start/End: Original strand, 15516019 - 15516144
Alignment:
Q  106 catcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaa--tgggaaaa 203  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| ||| ||||  |||| || || | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| || |    
T  15516019 catcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgacatgtgataggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaaga 15516118  T
Q  204 acaagttacttgttagttctgttagc 229  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||    
T  15516119 acaagtcacatgttagttctgctagc 15516144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Original strand, 34234712 - 34234793
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtgg-ttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34234712 cccttatgcgtggtgtatgacttgcagcatacacttgatgaaatcgcctatatgagagtcaagtggggccgcttgcatgaga 34234793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 363 - 419
Target Start/End: Original strand, 14922656 - 14922712
Alignment:
Q  363 agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14922656 agcatacacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgtatgaga 14922712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34097000 - 34096887
Alignment:
Q  81 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatccc 180  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| | | ||||   | |||| || | || ||||||||||||||||||||||||    
T  34097000 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 34096901  T
Q  181 atgaagaaagttca 194  Q
    ||||| || |||||    
T  34096900 atgaataaggttca 34096887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 196
Target Start/End: Original strand, 34234565 - 34234604
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34234565 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaat 34234604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 34096846 - 34096808
Alignment:
Q  381 tcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34096846 tcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 34096808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 6668926 - 6668603
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  6668926 gaaaacgacaagtaacgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgctagttctgttagcacta 6668827  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaa-tctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 331  Q
    |||  || | | | ||||||||||| |||||| | | ||| | ||| ||||||| |  ||||||| |||||||||||||||  |  ||||||||||||||    
T  6668826 aaatattattgtctctttcctatggcgtatgaaaatagatatgagaagtgctaaataaatataaaattgatgggtaagcttcgaaagcttttaatgatta 6668727  T
Q  332 ccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtc 431  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  6668726 ccataagcccttatgggtggtgtatggtagtagcatacgctagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgtatgagaccgtggcaggtc 6668627  T
Q  432 tctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6668626 tctagagcactcatgaataccagg 6668603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Original strand, 43291051 - 43291371
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  43291051 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaaaaagttacttgttagttctgttagcacta 43291150  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   | | | | ||||||| | |||||||||| ||||||  ||| ||| |||   ||||||| ||||||| |||| |   | |  |||||||||||||    
T  43291151 aaataatgttgtctctttcctgtagtgtatgataatggatg--agatgtgttaaataatataaaattgatggataagttgttaagatttttaatgattac 43291248  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  43291249 cataagcccttataggtggtgtatggtcgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgtatgagaccgtggcgggtct 43291348  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  43291349 ctagagcactcatgaataccagg 43291371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 135 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 8990099 - 8989780
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactga 234  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |    
T  8990099 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgatttgagatcccatgaaaaaggttcaatgggaaaaacaaatcacttgttagttatgttagcact-a 8990001  T
Q  235 aactttttcgcccctttcctatggtgt-atgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 331  Q
    |||| ||| | || |||||||| |||| |||| | || |   |  ||||||||| || ||  ||| |||| || || ||||  |  |  |||||||||||    
T  8990000 aactgttttgtccttttcctatagtgttatgacaatgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagggttaggcttttaatgtctttaatgatta 8989902  T
Q  332 ccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtc 431  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8989901 ccataagcctttagg-gtggtgtgtgattgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtc 8989803  T
Q  432 tctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  8989802 tctagagcactcatgaaaaccag 8989780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 160 - 454
Target Start/End: Original strand, 6805807 - 6806101
Alignment:
Q  160 acctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctatggt 259  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | || |||||||| ||    
T  6805807 acctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact-aaactgttttgtccttttcctatagt 6805905  T
Q  260 gt-atgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgt 356  Q
    || |||||| || |   |  ||||||||| || ||  ||| |||| || || ||||  |  || |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  6805906 gttatgataatgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagggttaggcttttaatgcctttaatgattaccataagcctttagg-gtggtgtgt 6806003  T
Q  357 ggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6806004 ggttgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtgggaccgcttgcatgggaccgtggtgggtctctagagcactcatgaaaaccag 6806101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Original strand, 17894159 - 17894258
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg--aaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    |||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17894159 gaaaacgacaagtaatgagaacccaacatttgtgattggagatcccatgaaaaaggttcaatgggtaaaacacaagttacatgttagttatgttagcact 17894258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 6661182 - 6661128
Alignment:
Q  365 catgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6661182 catgcacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgtatgaga 6661128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 6661473 - 6661325
Alignment:
Q  84 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatg 183  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||  |||| |||||  |||||   | |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6661473 gggatgaaataaatttgtgta-catcgaggggattgaaacttaagctacgtgaaattaataagtgatggaaaaccaacctttgtgattggagatcccatg 6661375  T
Q  184 aagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    || || ||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  6661374 aataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcac 6661325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Original strand, 6685396 - 6685477
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtggttgg-agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||| || || | ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6685396 cccttatgggtggtgtatgatttgcagcatacacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgtatgaga 6685477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 572797 - 572638
Alignment:
Q  72 acaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgatt 171  Q
    |||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||| | ||||||   | |||| |||| || ||||| | |||||||    
T  572797 acaaagccccttgggatgaaataaat-tgtgta-catcgaggggattgggactaaagccacttgaaattaataagtgatgggaacccaacatatgtgatt 572700  T
Q  172 ggagatcccatgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || ||||||    
T  572699 ggagatcccatgaataaggttcatatgggtaaaaacaagtcacttattagttatgctagcac 572638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 572569 - 572521
Alignment:
Q  369 cactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatga 417  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  572569 cacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgtatga 572521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 194
Target Start/End: Original strand, 6685203 - 6685240
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  6685203 ccaacctttgtgattggagatcccatgaataaggttca 6685240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Original strand, 126765 - 127085
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaa-acaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  126765 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttaaatgggtaaacacaagttacttgttagttctgttagcacta 126864  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   | | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| ||| |||   ||||||| ||||||| |||| |   | | ||||||||||||||    
T  126865 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtggtaaataatataaatttgatggataagttgttaagacttttaatgattac 126962  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  126963 cataagctcttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtct 127062  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  127063 ctagagcactcaagaataccagg 127085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 135 - 448
Target Start/End: Original strand, 24172121 - 24172435
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||     
T  24172121 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggtttaacgggtaaaaacaaattact-gttagttatgttagcactt 24172219  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   ||| | ||| || ||||||||||| ||| || || | ||| |||||||   ||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||| |    
T  24172220 aaatgattttgtcccatttctatggtgtatcataatgaatatgagaagtgctaaataatataaaattgaggggtaagctttaaaggcttttaatgattgc 24172319  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    ||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24172320 cattagcctttatgggtggtgtatggttgtagcatacattagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtct 24172419  T
Q  433 ctagagcactcatgaa 448  Q
    ||||||||||||||||    
T  24172420 ctagagcactcatgaa 24172435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Original strand, 1967849 - 1968160
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||      
T  1967849 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgcttggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaaattacttgttagttctgttagcacga 1967948  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 333  Q
    |||   | | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  | | ||||||   ||||||| |||||||||||||||         ||||||||||||    
T  1967949 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgagata-tgctaaataatataaaattgatgggtaagctt---------ttaatgattacc 1968038  T
Q  334 ataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctc 433  Q
    |||||| |||||| ||||||| || ||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1968039 ataagcacttatgggtggtgtttgattgtaacatacactagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtctc 1968138  T
Q  434 tagagcactcatgaataccagg 455  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  1968139 tagagcactcatgaatatcagg 1968160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 135 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 38826519 - 38826202
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  38826519 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtaattggagatcccatgaagaacgttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctattagcacta 38826420  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    |||   | | |    |||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||||||| |||| || |||| || || | |||| |||||||||    
T  38826419 aaataatgttgtatgtttcctatagtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataatataaaattgagggataagttttaaagacttt-aatgattac 38826323  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||    
T  38826322 cataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacgctagataaaatcacttatgtgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagattgtggctggtct 38826223  T
Q  433 ctagagcactcatgaatacca 453  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  38826222 ctagagcactcatgaatacca 38826202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 135 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 49388603 - 49388285
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactg 233  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  49388603 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaataggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagtacta 49388504  T
Q  234 aaactttttcgcccctttcctatggtgtatgatattggatgtaaga-gtgctaatctatataaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    | |     | | | ||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||   ||| |||  ||| || ||||||| || || |||||||||||||    
T  49388503 atataacgttgtctctttcctattgtgtatgataatggatg--agatgtgctaaataataaaaa--tgagggataagctttaaaggtttttaatgattac 49388408  T
Q  333 cataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtct 432  Q
    |||||||| ||||| ||| ||| |||| | ||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  49388407 cataagccattatgggtgatgtatggtcgtagcatacactaaatggaatcacttatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccatggcgggtct 49388308  T
Q  433 ctagagcactcatgaataccagg 455  Q
    ||||| |||||||||||| ||||    
T  49388307 ctagaacactcatgaatatcagg 49388285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 157 - 454
Target Start/End: Original strand, 47325014 - 47325311
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaaactttttcgcccctttcctat 256  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| | |||   || ||||||||    
T  47325014 ccaatctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact-aaattgttttatccttttcctat 47325112  T
Q  257 ggtgt-atgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattaccataagcccttatgagtggtg 353  Q
     |||| |||| | || |   |  ||||||||| || ||  ||| |||| || || ||||  |  || ||||||| |||||||||||| ||| | ||||||    
T  47325113 agtgttatgacaatgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagggttaggcttttaatgcctttaatggttaccataagcctttagg-gtggtg 47325210  T
Q  354 tgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaatacca 453  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  47325211 tgtggttgtagcatgcactagatggaatcacctatatgagtgtgaagtagggccgcttgcatgagaccgtggcaggtctctagagcactcatgaaaacca 47325310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 136 - 454
Target Start/End: Original strand, 201489 - 201808
Alignment:
Q  136 aaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactgaa 235  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||    
T  201489 aaaacgacaagtgatggtaacccaacctttatgattggagatcccgtgaaaaaggttcaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcact-aa 201587  T
Q  236 actttttcgcccctttcctatggtgt-atgatattggatgtaagagtgctaatctatat--aaagttgatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 332  Q
    | | ||| | || |||||||| |||| |||| | || |   |  ||||||||| || ||  ||| ||||  | ||  |||  |  || ||||||||||||    
T  201588 attgttttgtccttttcctatagtgttatgacaatgaaatgagaagtgctaat-taaattaaaatttgagtgttagacttttaatgcctttaatgattac 201686  T
Q  333 cataagcccttatgagtggt-gtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtc 431  Q
    |||||||  ||| | ||||  ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  201687 cataagca-ttaagggtggaagtgtggttgtagcatccactagatggaatcacctatatgagtgttaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtaggtc 201785  T
Q  432 tctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  201786 tctagagcactcatgaaaaccag 201808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 355 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 38641668 - 38641569
Alignment:
Q  355 gtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctagagcactcatgaataccag 454  Q
    ||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  38641668 gtggttgtagcatgcaccggatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggcgggtctctagagcactcatgaaaaccag 38641569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 321 - 425
Target Start/End: Original strand, 43657099 - 43657202
Alignment:
Q  321 tttaatgattaccataagcccttatgagtggtgtgtggttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagac 420  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43657099 tttaatgattagcataagcctttagg-gtggtgtgtggttgtagcatgctccagatggaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagac 43657197  T
Q  421 cgtgg 425  Q
    |||||    
T  43657198 cgtgg 43657202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 339 - 453
Target Start/End: Original strand, 38677873 - 38677988
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtg-gttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtggtgggtctctaga 437  Q
    |||||||| ||||||| || |||| || || |||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  38677873 cccttatgggtggtgtatgagttgcagtatacacttgatgaaatcgcctatatgggtgtcgagtggggccgcttgcatgagaccgtggcaggtctctaga 38677972  T
Q  438 gcactcatgaatacca 453  Q
    ||||||| ||||||||    
T  38677973 gcactcacgaatacca 38677988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Original strand, 43656917 - 43657014
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 232  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  43656917 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgattggagatcctatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact 43657014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 339 - 455
Target Start/End: Original strand, 31183043 - 31183161
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtgg-ttggagcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagaccgtgg-tgggtctctag 436  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     |||||||    
T  31183043 cccttatgggtggtgtatgacttgcagcatacacttgatgaaatcgcctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgagatcttggcaaaatctctag 31183142  T
Q  437 agcactcatgaataccagg 455  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31183143 agcactcatgaataccagg 31183161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Original strand, 44316161 - 44316242
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtggttgg-agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||||||||||| || || | ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44316161 cccttatgagtggtgtatgatttgcagcatacacttgatgaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 44316242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 135 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 38641786 - 38641704
Alignment:
Q  135 gaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttcaatggg-aaaaacaagttacttgt 216  Q
    |||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||    
T  38641786 gaaaacgacaagtaatgggaacccatactttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaataaattacttgt 38641704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21256849 - 21256760
Alignment:
Q  144 aagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    |||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  21256849 aagtgatgggaacccaacatttgtgattggagatcccatgaataaggttcatatgggtaaaaacaagttacttattagttctgctagcac 21256760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 85 - 231
Target Start/End: Original strand, 9032426 - 9032573
Alignment:
Q  85 ggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatga 184  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||| | | ||||   | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9032426 ggatgaaataaatttgtgta-catcgaggggattgggacttaagccactcgaaattaataagtgatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatga 9032524  T
Q  185 agaaagttca-atgg-gaaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    | || ||||| ||||  || ||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  9032525 ataaggttcatatggataagaacaagtcacttattagttctgctagcac 9032573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 224
Target Start/End: Original strand, 31182794 - 31182935
Alignment:
Q  84 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatcccatg 183  Q
    |||||||||| ||| |||| | ||||||||||| || ||||| ||| ||| ||||  || | || || | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  31182794 gggatgaaataaatttgtg-agcatcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgatatgtcataggaacccaacctttgtgattggagatcccatg 31182892  T
Q  184 aagaaagttcaa--tgggaaaaacaagttacttgttagttctg 224  Q
    ||||| ||||||  ||| || ||||||| || |||||||||||    
T  31182893 aagaaggttcaatgtggtaagaacaagtcacatgttagttctg 31182935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 229
Target Start/End: Original strand, 38677696 - 38677770
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca--atgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||| || |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38677696 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcattgtggtaagaacaagttacatgttagttctgctagc 38677770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 221
Target Start/End: Original strand, 44315892 - 44316034
Alignment:
Q  81 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatccc 180  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| | | ||||   | |||| || | || ||||||||||||||||||||||||    
T  44315892 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 44315991  T
Q  181 atgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagtt 221  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  44315992 atgaataaggttcatatgggtaataacaagtcacttattagtt 44316034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 21256612 - 21256562
Alignment:
Q  369 cactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  21256612 cacttgatgaaatcacctatgtgaatgtcaagtggggccgcttgtatgaga 21256562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 363 - 412
Target Start/End: Original strand, 29278375 - 29278424
Alignment:
Q  363 agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttg 412  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29278375 agcatacacttgatgaaatctcctatgtgagtgtcaagtggggccgcttg 29278424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 231
Target Start/End: Original strand, 29278156 - 29278232
Alignment:
Q  157 ccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaagttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcac 231  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  |||| || ||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  29278156 ccaacctttgtgatttgagatcccatgaataaggttcatgtgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcac 29278232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 38210 - 38129
Alignment:
Q  339 cccttatgagtggtgtgtggttgg-agcatgcactagatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    |||||||| ||||||| || || | ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38210 cccttatgggtggtgtatgatttgcagcatacacttgataaaatcacctatgtgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 38129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 38478 - 38365
Alignment:
Q  81 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagctaattgaaaacgacaagtaatggtaatccaacctttgtgattggagatccc 180  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| | | ||||   | |||| || | || ||||||||||||||||||||||||    
T  38478 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 38379  T
Q  181 atgaagaaagttca 194  Q
    ||||| || |||||    
T  38378 atgaataaggttca 38365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 374 - 419
Target Start/End: Original strand, 86287 - 86332
Alignment:
Q  374 gatgaaatcacctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 419  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  86287 gatgaaatcgcctatatgagtgtcaagtggggccgcttgcatgaga 86332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University