View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19996_high_9 (Length: 392)

Name: NF19996_high_9
Description: NF19996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19996_high_9
NF19996_high_9
[»] chr6 (32 HSPs)
chr6 (1-373)||(4585825-4586197)
chr6 (1-376)||(4613289-4613664)
chr6 (1-376)||(4557311-4557686)
chr6 (1-375)||(4571159-4571533)
chr6 (2-375)||(4563898-4564271)
chr6 (2-376)||(4592417-4592791)
chr6 (5-366)||(4461319-4461680)
chr6 (5-375)||(4514696-4515066)
chr6 (2-375)||(4601976-4602349)
chr6 (5-366)||(4266741-4267102)
chr6 (5-376)||(3171927-3172298)
chr6 (5-366)||(4598367-4598728)
chr6 (5-376)||(4259729-4260100)
chr6 (5-376)||(4506043-4506414)
chr6 (32-366)||(4469999-4470333)
chr6 (5-375)||(4626138-4626508)
chr6 (5-366)||(4480889-4481250)
chr6 (5-312)||(4579682-4579989)
chr6 (56-366)||(4560702-4561011)
chr6 (5-375)||(4574495-4574865)
chr6 (6-375)||(4622329-4622698)
chr6 (5-375)||(4617209-4617579)
chr6 (5-376)||(4489930-4490301)
chr6 (9-375)||(4457781-4458148)
chr6 (5-375)||(4256199-4256557)
chr6 (8-366)||(4516517-4516875)
chr6 (5-370)||(4503972-4504337)
chr6 (5-282)||(4299396-4299673)
chr6 (171-366)||(4493151-4493346)
chr6 (8-336)||(4568282-4568607)
chr6 (101-299)||(4391794-4391996)
chr6 (231-265)||(11002721-11002755)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (2-376)||(16685839-16686213)
chr8 (5-376)||(1674412-1674783)
chr8 (6-376)||(20863419-20863789)
chr8 (227-268)||(1969140-1969181)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-375)||(1281301-1281671)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (5-366)||(3294-3655)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-366)||(24103195-24103556)
chr5 (76-376)||(27999745-28000045)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (5-335)||(4261-4591)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-375)||(3086607-3086977)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (194-366)||(3449-3620)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4586197 - 4585825
Alignment:
Q  1 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacatttttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4586197 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacatttttta 4586098  T
Q  101 tggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4586097 tggatcattagacctgatcttgtcattggtggttccttggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcc 4585998  T
Q  201 cgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4585997 cgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 4585898  T
Q  301 gtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaa 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4585897 gtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaa 4585825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 4613289 - 4613664
Alignment:
Q  1 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacatttttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||     
T  4613289 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcatgaccgttatgactgcagaaaaactattagagtttgcttggggtttggcgaatagcaagcaaccctttttg 4613388  T
Q  101 tggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |    
T  4613389 tggatcattaggcctgatcttgtcattggcggctcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagctggtgtc 4613488  T
Q  201 cgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 300  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4613489 ctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 4613588  T
Q  301 gtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4613589 gtgttggccatttttcgcggatcagccagcaaactgcagatatatatgcaatgaatgggaaattgggatggaaatt 4613664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4557686 - 4557311
Alignment:
Q  1 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacatttttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||  |||||     
T  4557686 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcatgacagttatgacggcagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaatagcaagcaaccctttttg 4557587  T
Q  101 tggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4557586 tggatcattaggcccgatcttgtcatcggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtcaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcc 4557487  T
Q  201 cgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 300  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  4557486 cgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgtt 4557387  T
Q  301 gtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  4557386 gtgttggccattttttgctgatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatacatgggagattggcatggaaatt 4557311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4571533 - 4571159
Alignment:
Q  1 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacatttttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||  |||||     
T  4571533 gtccgttgtttatgtgaattttgggagcaggacagttatgacttcagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaatagcaagcaactctttttg 4571434  T
Q  101 tggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  4571433 tggatcattaggcccgatcttgtcattggtggctcagttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaattgctggttggtgct 4571334  T
Q  201 cgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgtt 300  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  4571333 cgcaagagaaagtattgaaccatccttcaattggtggtttcttgactcactgtggatggaactcaacgaccgaaagcatatctactggagttccaatgtt 4571234  T
Q  301 gtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||| || |||||    
T  4571233 gtgttagccattttttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcgaaat 4571159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4564271 - 4563898
Alignment:
Q  2 tccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  || || |||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||  |||  ||||| |    
T  4564271 tccgttgtttatgtgaattttggaagcattacagttatgacaccaaaacaactgttggaatttgcttgggggttggccaattgcaataaaccctttttgt 4564172  T
Q  102 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgccc 201  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||    
T  4564171 ggatcattaggcctgaccttgtcattggtggctcagtcgttttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtcc 4564072  T
Q  202 gcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttg 301  Q
     || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4564071 acaggagaaagtattgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttg 4563972  T
Q  302 tgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4563971 tgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaat 4563898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4592791 - 4592417
Alignment:
Q  2 tccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttat 101  Q
    |||||||||||||||||||| || |||   |||||||||| |  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||| |    
T  4592791 tccgttgtttatgtgaatttcggcagccttacagttatgaatgaagagaaaatgttagagtttgcttggggtttggccaattgcaataaaccttttttgt 4592692  T
Q  102 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgccc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||| ||    
T  4592691 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggcacaattgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcc 4592592  T
Q  202 gcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttg 301  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  4592591 tcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgctggaattccaatgttg 4592492  T
Q  302 tgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592491 tgttggccattctttagtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggagattgggatggaaatt 4592417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4461680 - 4461319
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||  ||||||||||    
T  4461680 gttgtctatgtaaattttggcagcatcacagttatgactcctgatcaactgttagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttatgga 4461581  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||  |  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||    
T  4461580 tcattaggcctgatcttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgca 4461481  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4461480 agagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgt 4461381  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  4461380 tggccattctttggtgatcagccagcaaactgtagatttatttgcaacaaatgggagattgg 4461319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Original strand, 4514696 - 4515066
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  ||  ||||| || | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||    
T  4514696 gttgtttatgttaattttggtagcatcacgattatgtctccggagaaattgttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaacctttttatgga 4514795  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||| || ||    
T  4514796 tcattaggcctgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcgtctgagtttgtgaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccaca 4514895  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  4514896 agagaaagttttgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgagagcatatgcgctggagtgccaatgctttgt 4514995  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4514996 tggcaattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaatgggagattgggatcgaaat 4515066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 2 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4602349 - 4601976
Alignment:
Q  2 tccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |  |  || ||||||| || |||||||||||||||||| || |  |||  ||||| |    
T  4602349 tccgttgtttatgtgaattttggcagcattacagttatgacaccccatcaattattagaattcgcttggggtttggccaattgccataaaccatttttgt 4602250  T
Q  102 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgccc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  4602249 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcagtgattttgtcatctgagtttacaaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtcc 4602150  T
Q  202 gcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttg 301  Q
     |||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4602149 acaagagaaagtgttgaaccacccttcgatcggcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttg 4602050  T
Q  302 tgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4602049 tgttggcctttttttgccgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaat 4601976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Original strand, 4266741 - 4267102
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| |   ||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||| ||||    
T  4266741 gttgtttatgtaaattttggtagcatcacagttatgtcacgagagaagctcttagagtttgcttggggtttggccaacagcaagaacccttttttgtgga 4266840  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||    
T  4266841 taattaggcctgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccaca 4266940  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4266941 agataaagtgttgaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 4267040  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  4267041 tggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattgg 4267102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 3172298 - 3171927
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  | ||||||| ||  ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  ||||| ||||    
T  3172298 gttgtttatgtaaattttggcagcatcatagttatgtctcaagagaaattattagagtttgcttggggtttagccaacagcaagaaaccctttttgtgga 3172199  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||    
T  3172198 ttattaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgca 3172099  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  3172098 agagaaagtgttgaaccatccttcaattggcggattcttgactcactgcggatggaactcaaccacggaaagtgtatgtgctggaatgccaatgttgtgt 3171999  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
     |||||||  |||||||||| ||| | ||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  3171998 aggccattttttgctgatcaaccacctaacagtagaattatttgccaagaatggaagattgggatggaaatt 3171927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4598728 - 4598367
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||    
T  4598728 gttgtttatgtgaattttgggagcataacggtgatgactgcagaaaagttgttagactttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccctttttgtgga 4598629  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||  | ||||| | |||    
T  4598628 tcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttagttgcaagctggtgtctgca 4598529  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  4598528 agagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgccggagtgccaatgttgtgt 4598429  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    || || ||  | || ||||||| | | ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4598428 tgtccctttttcgcggatcagcaagccaactgcagatatatttgcaatgaatgggagattgg 4598367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Original strand, 4259729 - 4260100
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| ||||    
T  4259729 gttgtttacgtgaattttggcagcattacagttatgactccagatcaatttttagagtttgcttggggattggccaatagcaagaaaccctttttgtgga 4259828  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||    
T  4259829 tcattaggcctgacctcattattggtggctcctttattttgtcatctgagtttgagagtgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgca 4259928  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||    
T  4259929 agagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttaactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatttgtgccgaagttccaatgttgtgt 4260028  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||||    
T  4260029 tggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaacgaatgggagattggaattgaaatt 4260100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 4506414 - 4506043
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||| || | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||    
T  4506414 gttgtttatgtgaattttggaagcatcacaattatgtctccggagaaatttttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccctttttgtgga 4506315  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||   |||||||||||||||||| |||| || ||  | |||||  | ||    
T  4506314 tcattaggcctgatcttgtaattggtggctcagtggttttgtcttcagagtttgcaaatgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcaca 4506215  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4506214 agagaaagtgttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgtgt 4506115  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  4506114 tggccgttctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattggagattggaatcgaaatt 4506043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 32 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4470333 - 4469999
Alignment:
Q  32 acagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtg 131  Q
    ||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4470333 acagttatgtctccagagaaactgttagagtttgcttggggtttggcaaatagcaagcaaccctttttgtggatcattaggcccgatcttgtcattggcg 4470234  T
Q  132 gttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaat 231  Q
    | || || ||||| ||||| ||| ||   |||| ||||||||||||||||||||| | |   ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4470233 gctcggtagttttctcatcagagattgtaaatggaatttcagatagaggcctaatcgtgaactggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaat 4470134  T
Q  232 tggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaaca 331  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||    
T  4470133 cggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagca 4470034  T
Q  332 aactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4470033 aattgtagatttatttgcaatgaatgggagattgg 4469999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4626508 - 4626138
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||||||||| ||||| |||   | |||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||  ||||| ||||    
T  4626508 gttgtttatgtgaactttggcagcgttatagttatgactccacagaaactgttagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttgtgga 4626409  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||  |  ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||    
T  4626408 tcattaggcctgatcttgtgattggtggctcatttatttcgtcatccgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgca 4626309  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  4626308 agagaaagtactgaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatatgcgctggagttccaatgctgtgt 4626209  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4626208 tggccaaattttgctgatcagccaacaaattgtagatatatttgcaatgaatgggagattggaatggaaat 4626138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4481250 - 4480889
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  ||| ||||| ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  || | ||||| ||||    
T  4481250 gttgtttatgtaaattttggcagcatcacaattatgtctcaagagaaactcttagagtttgcttggggttttgccaatagcaaaaaaaactttttgtgga 4481151  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    | |||||| || |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| || ||    
T  4481150 ttattaggtctaatcttgtcattggtggctcagtggtgttgtcatctgagtatttgaaagaaatttcaaatagaggcctaatagcaagttggtgtccaca 4481051  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4481050 agagaaagttttgaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtgtatgtgctggagtgccaatgttgtgt 4480951  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4480950 tggccattctttgccgatcagccacctaaccgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 4480889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 4579989 - 4579682
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||    
T  4579989 gttgtttatgtgaattttgggagcttgacagttatgactgcagaaaaactgttagagtttgcatggggtttagcaaatagcaagcaaccctttttgtgga 4579890  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||||||||| ||||||||||| || || || |  ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || | ||||| |||||    
T  4579889 tcattaggcccgatcttgtcatcggcggctcagctgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaataacgagctggtgtccgca 4579790  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  4579789 agagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaatcactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgt 4579690  T
Q  305 tggccatt 312  Q
    ||||||||    
T  4579689 tggccatt 4579682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 56 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4561011 - 4560702
Alignment:
Q  56 ttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
T  4561011 ttagagtttgcttggggtttggccaacagcaagaaaccatttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgatt 4560912  T
Q  156 ttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtgg 255  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||    
T  4560911 ttt-gaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacccatcagtcggtggattcttgactcattgcgg 4560813  T
Q  256 atggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||    
T  4560812 atggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgcagatcagccagcaaactgaagatatatttgcaatgaa 4560713  T
Q  356 tgggagattgg 366  Q
    ||| |||||||    
T  4560712 tggaagattgg 4560702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4574865 - 4574495
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  || |||||| ||  ||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||||| ||||    
T  4574865 gttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctcgtagagtttgcttggggtttggccaacagcaaaaaaccctttttgtgga 4574766  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||    
T  4574765 tcattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtggttttctcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccaca 4574666  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  4574665 agagaaagtattgaaccacctttcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttatgt 4574566  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||||  || | ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  4574565 tggccatttttttcggatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatgaatgggagattggaaaggaaat 4574495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 6 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4622698 - 4622329
Alignment:
Q  6 ttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggat 105  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||  ||||| |||||    
T  4622698 ttgtttacgtgaattttggcagcattacagtgatgactcgagatcaactattagagtttgcttggggtttggctgatagcaagaaaccctttttgtggat 4622599  T
Q  106 cattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaa 205  Q
    |||||||||||| |||||||| || || ||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||    
T  4622598 cattaggcctgaccttgtcatgggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaa 4622499  T
Q  206 gagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgtt 305  Q
    ||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  4622498 gaggaagtacttaaccaccctgcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccaccgaaagcatatgtgctggagtttcaatgctgtgtt 4622399  T
Q  306 ggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||| || |||||    
T  4622398 ggccatttttcgctgatcagccaacaaactgtagatatatctgcaattcatgggagattggaatcgaaat 4622329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4617579 - 4617209
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||  | ||  || || | || ||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||| ||||    
T  4617579 gttgtttatgtgaatttcggcagcattacagttatgacacccgagcaattactggaatttgcttggggtttggccaattgcaagaaatcatttttgtgga 4617480  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||| || ||    
T  4617479 tcataaggcctgatcttgtcattggtggctcagtgattttctcatctgagtttacaaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccaca 4617380  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||  |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  4617379 agacaaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagtatatgcgctggagtgccaatgttgtgt 4617280  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||||  |||| || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4617279 tggccattttttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaat 4617209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Original strand, 4489930 - 4490301
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  || |||||| ||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||    
T  4489930 gttgtttatgtaaattttggcagcatcactgttatgtctcgagagaagctattagagtttgcatggggtttggccaacagcaagaaaccctttttgtgga 4490029  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||    
T  4490030 tcattaggcctgatcttgttattggtggctcacaggtgttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccaca 4490129  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4490130 agagaaggtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 4490229  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||||||  |||||||||| |||   | | |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||    
T  4490230 tggccattttttgctgatcaaccacttagcagtagaattatttgcgaagaatgggagattgggatgaaaatt 4490301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 9 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4458148 - 4457781
Alignment:
Q  9 tttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaa-cattttttatggatca 107  Q
    ||||||| |||||||| ||||  ||||||||| ||  ||| || || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||| || | |||||| ||||| |    
T  4458148 tttatgtaaattttggaagcatcacagttatgtctcaagagaagctcttagaatttgcttgggttttggccaacagcaagaaaaccttttttgtggataa 4458049  T
Q  108 ttaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaaga 207  Q
     |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||  |||||||| ||| ||||||||| |||| ||  ||||||| || |||||    
T  4458048 ctaggcctgatcttgtcattggtggctcggttgttttgtcatcggattttgtgaatgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaaga 4457949  T
Q  208 gcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgg 307  Q
      |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  4457948 taaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatgaaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgcgttgg 4457849  T
Q  308 ccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4457848 ccattctttggtgataagccaacaagttgtagatttatttgcaatgaatgagagattgggatggaaat 4457781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Original strand, 4256199 - 4256557
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| || |    
T  4256199 gttgtttacgtgaattttggcagcattacagttatgactccagatcaactgttagagtttgcttggggattggccaatagcaagaaaccatttttgtgta 4256298  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||             | |||||||| ||||| | | ||||||| |||||    
T  4256299 tcattaggcctgacctcgtcattggtggctcctttattttgtcatctgagttt-------------cggatagaggactaatcgagagttggtgtccgca 4256385  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  4256386 agagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaaccattgaaagcatttgtgccggagttccaatgttgtgt 4256485  T
Q  305 tggccattcattgctgatcag-ccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||| || |||||    
T  4256486 tggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattggaattgaaat 4256557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4516875 - 4516517
Alignment:
Q  8 gtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggatca 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || || |||||| ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||| |    
T  4516875 gtttatgtgaattttggaagcatcacggtcatgactccagatcaactgttagagttcgcttggggtttggccaacagcaagaaaccttttttgtggatta 4516776  T
Q  108 ttaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaaga 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||| || |||  |||||||| ||| ||||||||| |||| ||  | ||||| ||||||||    
T  4516775 ttaggcctgaccttgtcattggtggctcggttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaaga 4516676  T
Q  208 gcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgg 307  Q
    | |||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  4516675 gaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttgg 4516576  T
Q  308 ccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    || ||  ||||||| ||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4516575 cctttttttgctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattgg 4516517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 370
Target Start/End: Original strand, 4503972 - 4504337
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| ||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  4503972 gttgtttatgtaaattttggcagcattacagttatgtcttaagataaattgttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccttttttgtgga 4504071  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||| |||  |||||||| |||  ||||||| ||  | ||  ||||||| || ||    
T  4504072 ttattaggcctgatcttgttattggtggctcagaggtgttgtcatctgattttgtgaatgaaacttctaatagaggacttgtagcaagttggtgtccaca 4504171  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||  |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  4504172 agataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtgctggagtgccaatgttgtgt 4504271  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatg 370  Q
    ||||||||  || |||||||||||   ||  | |  ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4504272 tggccatttttttctgatcagccacttaatagcaacattatttgcgaagaatgggagattgggatg 4504337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 282
Target Start/End: Original strand, 4299396 - 4299673
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| ||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||  ||||| ||||    
T  4299396 gttgtttatgtgaattttggcagcgttacagttatgactccagagcaactgttagagattgcttggggtttggccaattgcaggaaaccatttttgtgga 4299495  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || |   |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||  | | ||| || ||    
T  4299496 tcattaggccagaccttgtcattggcggcttgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccaca 4299595  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatg 282  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4299596 agaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccattgaaagcatatg 4299673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 171 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 4493346 - 4493151
Alignment:
Q  171 cagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccac 270  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| || |||||| || |  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4493346 cagatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactac 4493247  T
Q  271 tgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  4493246 caaaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattgg 4493151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 4568607 - 4568282
Alignment:
Q  8 gtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggatca 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||| ||||  |    ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||| ||| |||||| |||||||    
T  4568607 gtttatgtgaattttggaagcactatggttatgactccagagcag---ttagagttctcttgaggttttgccaacagcaagaaaccttttttgtggatca 4568511  T
Q  108 ttaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaaga 207  Q
    |||||||| | |||||||||||||| || ||  |||||||||| ||||||  ||||| || ||| |||||||||| ||| ||  | ||||| ||||||||    
T  4568510 ttaggccttagcttgtcattggtggctcagttattttgtcatccgagtttgtgaatggaacttcggatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaaga 4568411  T
Q  208 gcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttgg 307  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||    |||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||    
T  4568410 gcaagtgttgaaccacccttcagttggacgattcttgactcattgtggatggaactccacattggaaagcatttgtgccagagtaccaatgttatgttgg 4568311  T
Q  308 ccattcattgctgatcagccaacaaactg 336  Q
    || ||  || |||| ||||||||| ||||    
T  4568310 ccttttttttctgagcagccaacatactg 4568282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 101 - 299
Target Start/End: Original strand, 4391794 - 4391996
Alignment:
Q  101 tggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatt----gcgggttgg 196  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||  | ||    ||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||| |||  |    ||  | |||    
T  4391794 tggatcattaggcttgaccttgtcattggcaggtcatgtgttttgttatatgagtatgagaatgaaatttcagatagaggtctatctagtcgcaagatgg 4391893  T
Q  197 tgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaa 296  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || || |||||||| |||||| ||| ||||||||| ||| || |||| ||||    
T  4391894 tgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatgaaactcacccattgaaagcatttgttctagagttccaa 4391993  T
Q  297 tgt 299  Q
    |||    
T  4391994 tgt 4391996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 231 - 265
Target Start/End: Original strand, 11002721 - 11002755
Alignment:
Q  231 ttggtggattcttgactcactgtggatggaactca 265  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11002721 ttggtggattcgtgactcactgtggatggaactca 11002755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 2 - 376
Target Start/End: Original strand, 16685839 - 16686213
Alignment:
Q  2 tccgttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  16685839 tccgttgtttatgtgaattttgggagcatgacagttatgactgcagaaaaactattagagtttgcttggggtttgaccaatagcaagcaacattttcaat 16685938  T
Q  102 ggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgccc 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||    
T  16685939 ggatcattaggtctgatcttgtcatttgcggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgccc 16686038  T
Q  202 gcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttg 301  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  16686039 gcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgttg 16686138  T
Q  302 tgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| |||| || |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16686139 tgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatgcagatatatttgcaatgaatgggagattggcatggaaatt 16686213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 1674783 - 1674412
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  |  ||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||| ||||    
T  1674783 gttgtttatgtgaatttcggtagcattattgttatgactccagatcaactattggagtttgcttggggtttggccgattgcaagaaaccttttttgtgga 1674684  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |   |||||| || ||    
T  1674683 tcactaggcctgatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttatgaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccaca 1674584  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1674583 agagaaagtgttgaaccacccttcaatcggcggattcttgacacactgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgt 1674484  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1674483 tggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaatt 1674412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 6 - 376
Target Start/End: Original strand, 20863419 - 20863789
Alignment:
Q  6 ttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatggat 105  Q
    |||| ||||| |||||||| || || ||||| ||| ||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||  ||||| |||||    
T  20863419 ttgtatatgtaaattttggcagtaccacagtcatgtctgtagaaaaattgttagagtttgcatggggtttggccaacagcaagaaaccctttttgtggat 20863518  T
Q  106 cattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgcaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||    
T  20863519 cattaggcctgatcttgtcattggtggctcggtgattttttcatctgcgtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaa 20863618  T
Q  206 gagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgtt 305  Q
    ||| | || |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20863619 gagaaggtgttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtggatggaactcaaccattgagagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgct 20863718  T
Q  306 ggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaatt 376  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||   ||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  20863719 ggccattttttgctgatcagccgacaaactgcagatacatttgcaacaaatgggagattgggatcgaaatt 20863789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 268
Target Start/End: Original strand, 1969140 - 1969181
Alignment:
Q  227 tcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaacc 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  1969140 tcaattggtggattcttgactcattgtggctggaattcaacc 1969181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 1281671 - 1281301
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||||  ||||    || |||||||||||| |||| ||||||||| |||  ||||| ||||    
T  1281671 gttgtttatgtgaatttcggaagcattacagttatgactccagagcaacttcaggaatttgcttggggtctggctaatagcaagaaaccatttttgtgga 1281572  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||    
T  1281571 tcactaggcctgatcttgtcattggcggctcagtgattttgtcatctgactttgcgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccaca 1281472  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1281471 agagaaagtgttgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 1281372  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  1281371 tggccattttttgctgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaat 1281301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Original strand, 3294 - 3655
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| || |  |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||||    
T  3294 gttgtttatgtgaatttcggcagcattacagttatgactccaaatcaactgttagaatttgcttggggtttggccgatagcaagaaaccgtttttgtgga 3393  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||  |  |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||||| || ||    
T  3394 tcattaggcctgatcttgtcattggcggctcgtttattttgtcatcagaatttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccaca 3493  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||    
T  3494 agagcaagtactgatccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgcgctggagtaccaatgctttgt 3593  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  3594 tggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgcaacgaatgggagattgg 3655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 24103556 - 24103195
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| |   ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||    
T  24103556 gttgtttatgtaaattttggtagcatcacagttatgtcacgagagaagctcttagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaacccttttttgtgga 24103457  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||   || ||| ||||||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||    
T  24103456 taattaggcctgatcttgtcattgggggctcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaagtttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccaca 24103357  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24103356 agataaagtgttaaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 24103257  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  24103256 tggccattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattgg 24103195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 76 - 376
Target Start/End: Original strand, 27999745 - 28000045
Alignment:
Q  76 ggccaatagcaagcaacattttttatggatcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagat 175  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  27999745 ggccaattgcaagaaaccttttttgtggatcactaggcctaatcttgtcattggtggctcagtggttttgtcatctgagtttaggaaagaaatttcagat 27999844  T
Q  176 agaggcctaattgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaa 275  Q
    |||||||||||  |   |||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27999845 agaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcagcgggttcttgactcactgcggatggaactcaaccaccgaaa 27999944  T
Q  276 gcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27999945 gcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggtcattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaat 28000044  T
Q  376 t 376  Q
    |    
T  28000045 t 28000045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 335
Target Start/End: Original strand, 4261 - 4591
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||| | ||| ||   ||||| ||||    
T  4261 gttgtttatgtgaattttggaagcattacagttatgactccagatcaactgttagagtttgcttgggttttgaccaattgtaagaaatcctttttgtgga 4360  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    
T  4361 tcattaggcctgaccttgtcattggcggctcgtttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccaca 4460  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4461 agagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgtaggagtgccaatgttgtgt 4560  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaact 335  Q
    ||||||||  | || ||||||||||||||||    
T  4561 tggccatttttcgccgatcagccaacaaact 4591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3086977 - 3086607
Alignment:
Q  5 gttgtttatgtgaattttgggagcacaacagttatgactacagaaaaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagcaacattttttatgga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||    
T  3086977 gttgtttatgtgagttttggcagcattacagttatgactcaagagcaactattagagtttgcttggggtttggccaatagcaagaaaccatttttgtgga 3086878  T
Q  105 tcattaggcctgatcttgtcattggtggttccgtggttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgggttggtgcccgca 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| |  || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||    
T  3086877 tcattaggcctgatcttgtcattggcggctcctttattatgtcatctgagtttgagaaagaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgca 3086778  T
Q  205 agagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgt 304  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  3086777 agagcaagtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaacggttgaaagcgtacttgctggagtgccaatgttgtgt 3086678  T
Q  305 tggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgggatggaaat 375  Q
    ||||||||   ||  ||||| |||| ||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||| || |||||    
T  3086677 tggccattttatggagatcaaccaataaactgtagatatatctgcaatatatgggagattggaattgaaat 3086607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 366
Target Start/End: Original strand, 3449 - 3620
Alignment:
Q  194 tggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgc 293  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |    
T  3449 tggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatttgttctggagttc 3547  T
Q  294 caatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggagattgg 366  Q
    ||||| || ||||||||||  |  | || ||  ||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||    
T  3548 caatgctgcgttggccatttttccccgaacactcaacaaactgtagatgcatttggaatgaatgggagattgg 3620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University