View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19996_low_6 (Length: 434)

Name: NF19996_low_6
Description: NF19996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19996_low_6
NF19996_low_6
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (18-422)||(52983092-52983496)
chr4 (59-422)||(54860991-54861353)
chr4 (35-428)||(54629832-54630225)
chr4 (26-428)||(55619209-55619608)
chr4 (26-428)||(55626513-55626912)
chr4 (26-428)||(55657559-55657958)
chr4 (18-423)||(55663795-55664207)
chr4 (69-423)||(55636873-55637224)
chr4 (90-228)||(3671355-3671493)
chr4 (344-423)||(3671261-3671340)
chr4 (94-183)||(50190412-50190501)
chr4 (81-145)||(51316242-51316306)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (81-422)||(13403292-13403630)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-419)||(9891107-9891518)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 52983496 - 52983092
Alignment:
Q  18 ttactaccaagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52983496 ttactaccaagtatgtgatttttagttggcttatttaccgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctg 52983397  T
Q  118 attgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52983396 attgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagc 52983297  T
Q  218 aaatcaagtatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgtt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52983296 aaatcaagtatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaatgttgttgtt 52983197  T
Q  318 attacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttg 417  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52983196 attacaaggtacttggtgagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttg 52983097  T
Q  418 agaat 422  Q
    |||||    
T  52983096 agaat 52983092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 59 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 54861353 - 54860991
Alignment:
Q  59 aaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttga 158  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  54861353 aaaagcgctctgaactctaccttatatgtacggtgcaggctgtcattgaagctggtttgattgctcccctagtcaatcttcttcaaaatgctgagtttga 54861254  T
Q  159 cattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaagtatgtgaatatatttttaattgttattttatgg 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||  |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  54861253 cattaaaaaagaagctgcatgggcactcactaatgctacatcaggtggtacccacgagcaaatcaagtaggtgaagttatttttaattgttattttctgg 54861154  T
Q  259 ctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctct 358  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  54861153 ctctgcttcatgctggcaacatt-agagtttacatattaacttaccaaatgttgttgttattacaaggtacttggttagccagggttgcattaagcctct 54861055  T
Q  359 gtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaat 422  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  54861054 gtgtgatttgatggtttgccctgatccaagaattgttactgtctgtctagaaggtcttgagaat 54860991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 35 - 428
Target Start/End: Original strand, 54629832 - 54630225
Alignment:
Q  35 atttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54629832 atttttagttggcttatttaccgaaaaagcactctaaactctaccttttatgcattacgcaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaa 54629931  T
Q  135 tcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaagtatgtgaat 234  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||| |||||| ||| | | |||||||||  ||||| |||||||| ||||      
T  54629932 tcttcttcaaaatgcagagtttgacattacaaaggaagttgcacaggcactcactaatgttacatctggtggtacccacgagcatatcaagtaggtgatg 54630031  T
Q  235 atatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaaggtacttggt 334  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  54630032 ttatttttaattgttattttatggcactgcttcatgctggcaacattgagagttttcatattaactaaccacacgttgctgttattacaaggtacttggt 54630131  T
Q  335 tagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaattatcta 428  Q
     ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| ||| ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  54630132 gagccagggttgcattaagcctctgtgtgatttgctagtttgccctgatccaagaatagttactgtttgtctagaaggtcttgagaattttcta 54630225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 55619608 - 55619209
Alignment:
Q  26 aagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcc 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  55619608 aagtatgtgatttttagttgccttatttaccgaaaaagcgttgtgaactcaaccttttatgtataatgcaggctgttatcaaagctggtctgattgctcc 55619509  T
Q  126 cctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaag 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |  |||||| | |||||||||||||    
T  55619508 cctagtcaatcttcttcaaaatgccgagcttgcgattaaaaaagaagctgcatgggcactccgtaatgctacatctgatggtactcatgagcaaatcaag 55619409  T
Q  226 tatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaag 325  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||| || ||   |   |||||||||||| |||||| |  || ||| ||| ||||||| ||||    
T  55619408 tatgtgaagttatttttaacggttattttttggctctgctttatact---attattgagagtttacatattaaatttcccaatgttgctgttattgcaag 55619312  T
Q  326 gtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaattat 425  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||||| |    
T  55619311 gtacttggtgagccatggttgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattgtttctgtctgtttagatggtcttgagaatttt 55619212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 55626912 - 55626513
Alignment:
Q  26 aagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcc 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55626912 aagtatgtgatttttagttgccttatttaccgaaaaagcgttgtgaactcaaccttttatgtataatgcaggctgttatcgaagctggtctgattgctcc 55626813  T
Q  126 cctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaag 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| | |  |||||| | |||||||||||||    
T  55626812 cctagtcaatcttcttcaaaatgccgagcttgcgattaaaaaagaagctgcatgtgcactccgtaatgctacatctgatggtactcatgagcaaatcaag 55626713  T
Q  226 tatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaag 325  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||| || ||   |   |||||||||||| |||||| |  || ||| ||| ||||||| ||||    
T  55626712 tatgtgaagttatttttaacggttattttttggctctgctttatact---attattgagagtttacatattaaatttcccaatgttgctgttattgcaag 55626616  T
Q  326 gtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaattat 425  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||||| |    
T  55626615 gtacttggtgagccatggttgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattgtttctgtctgtttagatggtcttgagaatttt 55626516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 55657958 - 55657559
Alignment:
Q  26 aagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcc 125  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  55657958 aagtatgtgatttttagttgccttatttaccgaaaaagcgttgtgaactcaaccttttatgtataatgcaggctgttatcaaagctggtctgattgctcc 55657859  T
Q  126 cctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaag 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |  |||||| | |||||||||||||    
T  55657858 cctagtcaatcttcttcaaaatgccgagcttgcgattaaaaaagaagctgcatgggcactccgtaatgctacatctgatggtactcatgagcaaatcaag 55657759  T
Q  226 tatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaag 325  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||| || ||   |   |||||||||||| |||||| |  || ||| ||| ||||||| ||||    
T  55657758 tatgtgaagttatttttaacggttattttttggctctgctttatact---attattgagagtttacatattaaatttcccaatgttgctgttattgcaag 55657662  T
Q  326 gtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaattat 425  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  |||||||||||| |    
T  55657661 gtacttggtgagccatggttgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattgtttctgtctgtttagatggtcttgagaatttt 55657562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 55664207 - 55663795
Alignment:
Q  18 ttactaccaagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgtat----gatacaggctgttattgaagctgg 113  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||    | | ||||||||||||||||||||    
T  55664207 ttactgccatgtatgtgatttttagttggcttatttaccgaaaaagcactctgaactctagcttttatgtatatatgttgcaggctgttattgaagctgg 55664108  T
Q  114 tctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccct 213  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  || |||||||||||||||||||| | | ||||||||| | | | ||||||| |    
T  55664107 tctaattgctcccctagtaaatcttcttcaaaatgccgattttgaagttcaaaaagaagctgcatgggcattatttaatgctacatctggcggtacccat 55664008  T
Q  214 gagcaaatcaagtatgtgaa----tatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaatt 309  Q
    ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  55664007 gagcaaatcaagtatgtgaagttatataattttaattgttatttc-tggccctacttcatgctggcaacattgaaagtttacgtattaacttaccaaatt 55663909  T
Q  310 ttgttgttattacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttaga 409  Q
    | ||||  ||| ||||||||||||| | | | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||    
T  55663908 tcgttgccattccaaggtacttggtgacccagggttgcattaaacctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaacaattgttgctgtctgcttaga 55663809  T
Q  410 atgtcttgagaatt 423  Q
    | ||||||||||||    
T  55663808 aggtcttgagaatt 55663795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 69 - 423
Target Start/End: Original strand, 55636873 - 55637224
Alignment:
Q  69 tgaactctaccttttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaa 168  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  55636873 tgaactctaccttttatgtatgatgcaggctgttattgaagctagtctgattgcccccctagtcaatcttcttcaaaatgccgagtttgacattgcaaaa 55636972  T
Q  169 gaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaagtatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttca 268  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||| |||||   ||||     
T  55636973 gaagctgcatgggcactctttaatgttacatctggtggtacccatgagcaaatcaagtatgtgaagctattttaaatttttattttctggct---cttcg 55637069  T
Q  269 tgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttg 368  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||  ||| || |||||| |||||||||||||||||  ||| | | |||||||||||||||||||||||||    
T  55637070 tgctggccacattgagagtttacgtattaacttgccatatgttgttgatattacaaggtacttggagagccaaggttgcattaagcctctgtgtgatttg 55637169  T
Q  369 cttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaatt 423  Q
    |||| |  || |||||||| |||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  55637170 cttgctatccatgatccaagaattgttactgtttgtctagaaggtcttgagaatt 55637224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 90 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3671493 - 3671355
Alignment:
Q  90 gatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctct 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||| |  ||| ||||| |||||||||||||||    
T  3671493 gatacaggctgttattgaagctggtctgattgcccctctggtcaatcttcttcaaaatgcggagtttgacactttaaaggaagcagcatgggcactctct 3671394  T
Q  190 aatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaagtat 228  Q
    |||||||| | | |  |||||| |||||||||| |||||    
T  3671393 aatgctacatctggcagtacccatgagcaaatcgagtat 3671355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 3671340 - 3671261
Alignment:
Q  344 ttgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaatt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  3671340 ttgcattaagcctctgtgtgatttgctcgtttgctctgatccaaaaattgttactgtctgtttgcaatgtcttgagaatt 3671261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 94 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 50190501 - 50190412
Alignment:
Q  94 caggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggca 183  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50190501 caggctgttattgatgccggtcttattgctccacttgtcagacttcttcaaaatgcagagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggca 50190412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 145
Target Start/End: Original strand, 51316242 - 51316306
Alignment:
Q  81 tttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaat 145  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  51316242 tttatgtacgatgcaggctgttattgaagctggtctcattgctcccctggtcgatcttcttcaat 51316306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 81 - 422
Target Start/End: Original strand, 13403292 - 13403630
Alignment:
Q  81 tttatgtatgatacaggctgttattgaagctggtctgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgg 180  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13403292 tttatgtatgatgtaggctgttattgaagccggactgattgctcctctggtcaatcttcttcaaaatgccgaatttgacattaaaaaagaagctgcatgg 13403391  T
Q  181 gcactctctaatgctacgtttagtggtacccctgagcaaatcaagtatgtgaatatatttttaattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactt 280  Q
    |||||||| |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| || ||  |    
T  13403392 gcactctccaatgctacatctggcggtacccatgagcaaatcaagtatgtgaagtgatttttaatatttattttttggcgctgcttcatgccggaaaaat 13403491  T
Q  281 tgagagtttacttattaactcaccaaattttgttgttattacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccct 380  Q
    | ||| ||||  |  ||||| ||||||| || |||   |||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  13403492 taagattttaggtgataacttaccaaatatttttg---ttacaaggtacttggtgagccagggttgcattaagcctctgtgtgatcttcttgtttgcccc 13403588  T
Q  381 gatccaaaaattattattgtctgtttagaatgtcttgagaat 422  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||||| |||||||||||    
T  13403589 gatccaagaattgttaccgtctgtttagaaggtcttgagaat 13403630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Original strand, 9891107 - 9891518
Alignment:
Q  18 ttactaccaagtatgtgatttttagttggcttatttactgaaaaagcgctatgaactctaccttttatgt--atgatacaggctgttattgaagctggtc 115  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||||  ||||||   ||||| ||  | |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9891107 ttactgccaggtatgtgaattttagttgttttatttttcgaaaaggccgtctgaactctaccttttatgtgtatgatgcaggctgttattgaagctggtc 9891206  T
Q  116 tgattgctcccctagtcaatcttcttcaatatgccgagtttgacattaaaaaagaagctgcatgggcactctctaatgctacgtttagtggtacccctga 215  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||| |  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | | |  |||||| |||    
T  9891207 tgattgcccctctggtcaatcttcttcaaaatgcggagtttgacactttaaaggaagcagcatgggcactctctaatgctacatctggcagtacccatga 9891306  T
Q  216 gcaaatcaagtatgtgaatat---attttt-----aattgttattttatggctctgcttcatgctggcaactttgagagtttacttattaactcaccaaa 307  Q
    ||||||| |||| |||| | |   ||||||     |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  | | ||| |||||| |||||||| ||||||    
T  9891307 gcaaatcgagtacgtgatttttttatttttttttaaattgttattttctggctttgcttcatgttggccgcatcgagtgtttacatattaacttaccaaa 9891406  T
Q  308 ttttgttgttattacaaggtacttggttagctatgattgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgccctgatccaaaaattattattgtctgttta 407  Q
    | |||||||| ||||||| || ||||  ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  9891407 tgttgttgttgttacaagttatttggcgagccagggttgcattaagcctctgtgtgatttgcttgtttgctctgatccaaaaattgttactgtctgttta 9891506  T
Q  408 gaatgtcttgag 419  Q
     |||||||||||    
T  9891507 caatgtcttgag 9891518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University