View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1999_low_13 (Length: 489)

Name: NF1999_low_13
Description: NF1999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1999_low_13
NF1999_low_13
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (17-474)||(10558620-10559077)
chr5 (20-474)||(19605902-19606356)
chr5 (32-472)||(9824819-9825261)
chr5 (121-472)||(9850838-9851196)
chr5 (121-474)||(7192723-7193076)
chr5 (122-453)||(10564766-10565097)
chr5 (16-462)||(10216782-10217228)
chr5 (16-474)||(11048690-11049148)
chr5 (121-474)||(10717078-10717431)
chr5 (121-397)||(9836466-9836742)
chr5 (17-337)||(10763167-10763487)
chr5 (121-453)||(10740837-10741169)
chr5 (121-453)||(10747153-10747485)
chr5 (17-379)||(10604565-10604927)
chr5 (17-474)||(10588464-10588921)
chr5 (17-393)||(10611509-10611885)
chr5 (20-448)||(10652239-10652667)
chr5 (121-397)||(10580786-10581075)
chr5 (121-397)||(10660223-10660499)
chr5 (109-290)||(10550686-10550867)
chr5 (17-51)||(10581144-10581178)
chr5 (44-97)||(9849930-9849983)
chr5 (146-219)||(35754837-35754910)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (121-453)||(12932018-12932350)
chr6 (121-393)||(12899369-12899641)
chr6 (121-453)||(12948383-12948715)
chr6 (121-379)||(12907003-12907261)
chr6 (121-453)||(12957817-12958149)
chr6 (17-51)||(12948785-12948819)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (121-453)||(17923541-17923873)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (109-282)||(31467288-31467461)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (121-221)||(7264-7364)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (122-405)||(28605413-28605696)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (122-345)||(39898834-39899057)
chr1 (122-345)||(39876022-39876245)
chr1 (122-345)||(39884145-39884368)
chr1 (122-345)||(39891099-39891322)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 10559077 - 10558620
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559077 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 10558978  T
Q  117 agctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 216  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10558977 agttttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 10558878  T
Q  217 atttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 316  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10558877 atttcgatgtctaatattttttagtgcattacattcggtaataaaactcttgtgagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 10558778  T
Q  317 tcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10558777 tcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggt 10558678  T
Q  417 aagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10558677 aagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 10558620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 20 - 474
Target Start/End: Original strand, 19605902 - 19606356
Alignment:
Q  20 taatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaaccagc 119  Q
    |||||||||||||||| |||||| | || |||||| | |||||| | ||  | ||||| |||||| || ||| |||||||  |||  | |||||||||      
T  19605902 taatgtaatgcagaagaaacatcgacaaggatatttaatctttgctcaaacttcaatgttcttggatgatctgcattcattgtcccgggatgcaaccatt 19606001  T
Q  120 tttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatt 219  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19606002 gttctaagcttccatttctcatgtactcaaaaactagagctttgaattctagacctttgttatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaactaaatt 19606101  T
Q  220 tcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatct 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19606102 tcgatgtctaatatttttgagagcattacattcagtaataaaactcttgtgagctcccttcttttcaaggttcaggaccttaacagcaataactttatct 19606201  T
Q  320 tctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaag 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  19606202 tctgacataagatttcctttatacacggaaccgaagcctcctgatccaatcaagtttctatccgagaacccatcggttgcctgatataagtcttggtagg 19606301  T
Q  420 aaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    |||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19606302 aaaccataggtaattggtcaattgttggtgaatctgaagatggttttttgtttct 19606356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 32 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 9825261 - 9824819
Alignment:
Q  32 gaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaaccagctttctaagcttc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||   ||||||| || ||||||   |||||||||||    
T  9825261 gaagcaacatcaataatgatattcaatctttgatcaagatccaatgttctaggatgctctacattctctatccttggattcaaccattgttctaagcttc 9825162  T
Q  132 c-atttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttcgatgtctaa 230  Q
    | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9825161 ccattttgcatgtactcaaaaactagagctttgaattcttgccctttgtaatcgatactagaaaaacatgttaaaatcttaaccaaatttcgatgtctaa 9825062  T
Q  231 tatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttctgacataag 330  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||| |  ||||||||||||||||||   |||||    
T  9825061 tatttttgagttcattacattcggtaataaaactcttgtgagctcccttcttttcaaagttcaagacctttatggcaataactttatcttctctgataag 9824962  T
Q  331 atttcctttatacac-cgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaagaaaccatagc 429  Q
    |||| ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |    
T  9824961 attttctttatacacaaaaaccaaagcctcctaatccaatcaagtttctagccgagaacccattcgttgcctgatataaggcttggtaggaaaccatatc 9824862  T
Q  430 aagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgttt 472  Q
     |||||||||| | ||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  9824861 tagttggtcaactgttggtgattctggagatgatttcttgttt 9824819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 121 - 472
Target Start/End: Original strand, 9850838 - 9851196
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagcttt-gaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatt 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  9850838 ttctaagcttccatttatcatgtactaaaaaactagagcttttgaattcatgccctttgtaatcgatactagaacaagaagttaaaatcttaaccaaatt 9850937  T
Q  220 tcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctcc--attcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttat 317  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||   || |||||||||| || |||||| |  | ||||| |||||    
T  9850938 tcgatgtctaata-ttttgagggcattacattccgtaataaaactcttgtgaactccctttttttttcaaggttcaagacctttatggaaataattttat 9851036  T
Q  318 cttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcag-----ttgcctgatacaagtct 412  Q
    |||||   | | || ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||  |     |||||||||||||||||    
T  9851037 cttctctgacaggaattcctttatacacagaaccaaagcctcttaatccaatcaagtttctagctgagaacccattggttgccttgcctgatacaagtct 9851136  T
Q  413 tggtaagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgttt 472  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| |||||  | ||||||||||    
T  9851137 tggtaagaaaccatatctagttggtcaactgttggtgaatatgaagtagatttcttgttt 9851196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 121 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 7193076 - 7192723
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  7193076 ttctaagcttccgttgttcatgtattcaaagactaaagctttaaattcttgacctttgtaatctgtactggaacaacatgtcaaaatcttaaccaaattt 7192977  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  7192976 cgatgtctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaaactcttgtgagctcccttcttttgaaggttcatgaccttcacggcaacaactttatctt 7192877  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    ||||   |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||  || || || |||||| |||| |  | ||| ||||| ||    
T  7192876 ctgattcaagatttcctttgtacacagaaccaaagcttcctgatccaactaagtttctagcagaaaacccgtcagttccctggtgaaggtcctggtatga 7192777  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    |||  |||| ||| |||||||  || || |||| ||| || |||||||||||||    
T  7192776 aactttagctagtgggtcaatatttagtaaatcagaatattgtttcttgtttct 7192723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 122 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 10565097 - 10564766
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||| | |||||    
T  10565097 tctaagcttccatttttcatgtactcaaaaaccagagctttaaattcttgacctttgtaatctgtacttgaacaacaggttaaaaccttaactaaatttc 10564998  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| |||||||  |||| ||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  10564997 ggtgtcgaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttcttttggaggttcaggacctttacggcaacaacattatcttc 10564898  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaagaa 421  Q
    ||||| |||||||||||| |||||   |||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||| | ||||  || |||||||| |||    
T  10564897 tgacacaagatttcctttgtacacaagaccaaaacttcctgatcctatcaagtttctagttgagaacccatcggttccttgatgtaattcttggtacgaa 10564798  T
Q  422 accatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    ||| |||  ||||| |||| | ||||||||||    
T  10564797 accttagatagttgatcaactgttggtgaatc 10564766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 462
Target Start/End: Original strand, 10216782 - 10217228
Alignment:
Q  16 cagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaac 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |  || |||  ||| ||||||| | |||| ||||||  ||| |  |||   | |||||||    
T  10216782 cagataatgtaatgccgaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgcaac 10216881  T
Q  116 cagctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaacca 215  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |   ||||||||||||| ||||||| ||||||      
T  10216882 cattgttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtagtttgtactagaacaacatgttaaaaccttaactg 10216981  T
Q  216 gatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttt 315  Q
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| ||| ||    
T  10216982 agtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaataaaactcttgctagctccattcttttggaggtttaggaccttcacagcaacaacatt 10217081  T
Q  316 atcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttgg 415  Q
    | ||||||||| |||||| ||  |||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||| | ||||  |||||||||    
T  10217082 aacttctgacacaagattcccgctatacacacaaccaaaacttcctgatccaatcaagtttttatccgagaacccatcagttccttgatgtaagtcttgg 10217181  T
Q  416 taagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatgg 462  Q
    || |||||  |||| ||||| || ||| ||||||||||  |||||||    
T  10217182 tatgaaactttagctagttgatcgattgttggtgaatcaaaagatgg 10217228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 474
Target Start/End: Original strand, 11048690 - 11049148
Alignment:
Q  16 cagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  || | |  ||| ||||||| | |||| ||||||  ||| |  |||   | ||| |||    
T  11048690 cagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatcaccaaggtccaatgtttttggatgctctgaatttaaaatctcaggatgtaac 11048789  T
Q  116 cagctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaacca 215  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  11048790 cattgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagtgctttaaattcttcacctttgtaatctgtactagaacaacaggttaaaaccttaacta 11048889  T
Q  216 gatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttt 315  Q
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||| |||||||||  ||||||||| ||||  ||||  | ||| |||||||||| ||| ||    
T  11048890 agtttcggtgtctaatgtttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgctagctccattgttttggaggttgaagactttcacagcaacaacatt 11048989  T
Q  316 atcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttgg 415  Q
    | |||| |||| |||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||| ||| | ||||  || ||||||    
T  11048990 accttccgacacaagatttcctctgtacacagaaccgaaacctcctgatccaatcaagtttttatctgagaatccatcggttccttgatgtaaatcttgg 11049089  T
Q  416 taagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    || |||||  || | ||||| |||||| ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  11049090 tatgaaactttatctagttgatcaattgttggtgaatcaaaagatggtttttggtttct 11049148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 121 - 474
Target Start/End: Original strand, 10717078 - 10717431
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10717078 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaatatcttcactagattt 10717177  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| |||||||  |||| || |||||| || |||| ||| || ||||    
T  10717178 cggtgtctgatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggcaacaacattgtctt 10717277  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||| |  | |  |||||||| || ||    
T  10717278 ctgacacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctgatccaatcaagtttctttctgagaacccatcggttcctcggtgtaagtcttgatatga 10717377  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    |||| |||| ||||| |||||  ||||||||||  | |||||||| | ||||||    
T  10717378 aaccttagctagttgatcaatagttggtgaatcaaaggatggtttttggtttct 10717431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 121 - 397
Target Start/End: Original strand, 9836466 - 9836742
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| ||||    
T  9836466 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattctccacctttataatcaatactagaacaacatgttataaccttgaccaaattt 9836565  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||||  |||| ||| ||||| | ||||| |||||||||||    
T  9836566 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcagcaataaaactcttatgagctcccttctttttgaggttcagaacctttatagcaacaactttatctt 9836665  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagtt 397  Q
     ||| | || ||||||||| || || | |||||| | ||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||||||||    
T  9836666 gtgatacaatatttcctttgtatacggtaccaaaacttcctgatccaatcaaatttctatctgagaactcatcagtt 9836742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 337
Target Start/End: Original strand, 10763167 - 10763487
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||   |||| |||| |   |||| |  |||| ||    
T  10763167 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgatcaagatccaatgttgttggagtctctgcatttaaattcctagggtgcagcc 10763266  T
Q  117 agctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 216  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  10763267 atcgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaaccagagctttaaattcttgacctttataatcagtactagaacaacatgttaaaatcttaactaa 10763366  T
Q  217 atttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 316  Q
    ||| || |||  ||||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||||  | ||| || | ||||| ||  ||     
T  10763367 attccggtgttgaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacttttatagcaacaatattg 10763466  T
Q  317 tcttctgacataagatttcct 337  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  10763467 tcttctgacacaagatttcct 10763487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Original strand, 10740837 - 10741169
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    ||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| | ||||    
T  10740837 ttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaacaagagctttaaaagtttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgtcaaaatcttaactaaattt 10740936  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| |||||||  |||| || |||||| || |||| ||| || ||||    
T  10740937 cggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttctttttgaggttcaagacctttacggcaacaacattgtctt 10741036  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    ||| || |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||   |||||| ||||| ||| |  | |  |||||||| || ||    
T  10741037 ctgtcacaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctttctgagaacccatcggttcctcggtgtaagtcttgatatga 10741136  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||| |||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  10741137 aaccttagctagttgatcaatagttggtgaatc 10741169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Original strand, 10747153 - 10747485
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  10747153 ttctaagcttccattttttatgtaataaaaaactagagctttaaactcctgaactttgtaatctatactagaacaacacgttaaaatcttaactaaattt 10747252  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||| || |||||| ||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||| || || |||| | | |||| ||    
T  10747253 cggtgtctaatgttcttgagtacattacattcaacaatgaaactcttgtgagctcccttcttttgaaggtttaggacttttacggcaacagcattatttt 10747352  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    | |||| |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||||| || |  ||| | ||||  ||||||||||| ||    
T  10747353 cggacacaagatttcctttgtacactgaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctacttgagaaaccgtttgttccatgatgtaagtcttggtatga 10747452  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||  |||| ||||| |||||| | ||||||||    
T  10747453 aactgtagctagttgatcaattgtaggtgaatc 10747485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 10604927 - 10604565
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | ||||| |  ||| ||||| | | ||||  ||||| |||| |  |||   | ||||||||    
T  10604927 agataatgcaatgcagaagcaacatcaaaaatgatgttaaatcttttaccaaggtccaacgttgttggaggctctgcatttaaaatctcaggatgcaacc 10604828  T
Q  117 agctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 216  Q
    |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||  | ||| |     
T  10604827 attgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaacttgaactaa 10604728  T
Q  217 atttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 316  Q
    ||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||   ||| ||| ||||| | ||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||||  || |||    
T  10604727 attccggtgtcttatagttttgagtgcattacattcaacaatgaaattcttgtgtgctcccttcttttggaggttcaggacctttacagcaactacatta 10604628  T
Q  317 tcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttcta 379  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  10604627 tcttctgacacaagatttcctctgtacacagaaccaaaacttcctaatccaatcaagtttcta 10604565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 474
Target Start/End: Original strand, 10588464 - 10588921
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 116  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||| | ||| |||  ||| ||||| | |||||| ||||||  |||||   ||| || ||| | ||    
T  10588464 agataatgtagtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatctatgaacaaggtccaacgttcttggatgctctgaattcacattccatggatgaagcc 10588563  T
Q  117 agctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 216  Q
    |   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||  |||     
T  10588564 attgttctaaacttccatttttcatgtaatcaaaaactaaagctttaaattcttgacctttataatcagtaccagaacaacatgttaaaatcttggccaa 10588663  T
Q  217 atttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 316  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||| ||||||| ||||| ||| ||||| | ||||| |  ||||    
T  10588664 atttcgatgtctaacattcttgagtgcattacattcggcaataaaactcttatcagctcccttctttttaaggttcagaaccttgatagcaacagattta 10588763  T
Q  317 tcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggt 416  Q
    |||| ||| |  ||| ||||||| || || |||| ||| | |||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||  |  |||||||    
T  10588764 tcttgtgatacgagaattcctttgtatacggaacaaaaacttcctgatccaatcaagtttccatctgagaatccatcagttccttgatgtagttcttggt 10588863  T
Q  417 aagaaaccatagcaagttggtcaattattggtgaatctgaagatggtttcttgtttct 474  Q
    | |||||| || | || |||||| || | |||| ||| ||||||  |||| |||||||    
T  10588864 atgaaaccttaactagctggtcagttgtaggtgtatcagaagataatttcatgtttct 10588921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 10611885 - 10611509
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaacc 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || | ||| ||| | || ||||||| |  ||  |||||| |||| |  | | | | ||||||||    
T  10611885 agataatgtaatgcagaaccaacatccataatgatgtttaatctatgactgaggtccaatgttgctgtatgctcttcatttaaaaccttgggatgcaacc 10611786  T
Q  117 agctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccag 216  Q
    |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  10611785 attgttctaagcttccatttttcatgtaatcaaaaactagggctttaaattcttgacctttgtaatctgtactagaacaacatgttaaaatcttaactaa 10611686  T
Q  217 atttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataacttta 316  Q
    |||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||||  | |||||| | ||||| ||| ||     
T  10611685 atttcggtgtctaataaattttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccattgttttggaggttgaagacctttatagcaacaacattg 10611586  T
Q  317 tcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatc 393  Q
    |||||||||| |||||||||| | |||||   |||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  10611585 tcttctgacacaagatttcctctgtacacatcaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaacccatc 10611509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Original strand, 10652239 - 10652667
Alignment:
Q  20 taatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattcatcatccttgaatgcaaccagc 119  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||   |||| |   | || ||||||| || | || ||| | |||      
T  10652239 taatgtaatacagaagcaatgtcaacaatgatattcagtcgttgatcaaggtccaacattctttgaatccctgcattcattatacctggatgtagccatt 10652338  T
Q  120 tttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatt 219  Q
     ||||| | |||| || |||||||||||||| |||| ||| || || || ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||| |||||||| |||    
T  10652339 gttctaggtttccgttgttcatgtattcaaacactaaagccttaaactcttgacctttgtaatcggtactcgaacaacatgtcaaaaccttaaccaaatt 10652438  T
Q  220 tcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatct 319  Q
    || ||| || |||||||| ||||||||||||||   ||  || |||||| ||| ||| || |||| ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  10652439 tctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaacgaagctcttgtgagatccctttttttgaaggttcaggacctttatggcaacaactttatct 10652538  T
Q  320 tctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaag 419  Q
    |||||   |||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||| || ||||||||  || || ||||||||| | || |  | ||||| ||| |    
T  10652539 tctgatgcaagatttcctttgtacacagaaccaaaacttcctaatccaaccaggtttctagcagaaaatccatcagttccttggtgaaggtctttgtatg 10652638  T
Q  420 aaaccatagcaagttggtcaattattggt 448  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  10652639 aaaccctagcaagcgggtcaattattggt 10652667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 121 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 10581075 - 10580786
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||| || ||||||||||   ||||||||||||| |||| || ||| || | ||||    
T  10581075 ttctaagcttccatttttcatgtaataaaaaactaaagctttaaattcttggcctttgtaatttgtactagaacaacatgttagaaccttgactaaattt 10580976  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcac-------------agca 307  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||| |||||||  |||| || |||||| ||              |||    
T  10580975 tggtgtctaatatttttgagtgcattacattcaacaataaaactcttgtgagctcctttcttttggaggttcaagacctttactgcaacaacattatgca 10580876  T
Q  308 ataactttatcttctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagtt 397  Q
    | ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| || |||| |||||||   ||||| |||||||||    
T  10580875 acaacattatcttctgacacaagatttcctttgtacacggaaccaaaacttcctgacccgatcatgtttctatccgagaacccatcagtt 10580786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 121 - 397
Target Start/End: Original strand, 10660223 - 10660499
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||| || || || ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||| ||| |||| ||||    
T  10660223 ttctaggcttccattgttcatgtattcaaacactaaagccttaaactcttgacctttgtaatctgtacttgaacaacatgtcaaaaccttgaccaaattt 10660322  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    | ||| || |||||||| ||||||||||||||   ||| || |||||| ||||||| || |||| ||||| ||| ||||| |  |||| || ||||||||    
T  10660323 ctatgcctcatattttttagtgcattacattcaacaatgaagctcttgtgagctcccttattttgaaggttcagaacctttatggcaacaaatttatctt 10660422  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagtt 397  Q
    ||||   |||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||  | ||||||||  || || |||||||||    
T  10660423 ctgatgcaagatttcctttgtagacagaaccaaaacctcctaatccaacaaggtttctagcagaaaatccatcagtt 10660499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10550867 - 10550686
Alignment:
Q  109 atgcaaccagctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatc 208  Q
    |||||||||  |||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||| || ||    |||||||||||  | || ||||||||||| |||||     
T  10550867 atgcaaccaattttctaagtttccatttctcatgtactcaaatacaagagctttaaactcacttcctttgtaatctgtgctggaacaacaagtcaaaatt 10550768  T
Q  209 ttaaccagatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggt 290  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||| || |||| ||||||| |||||    
T  10550767 ttaactagatttctgtgcctaatattttttagtgcattacattcagcaatgaaactcttgtgaactcccttctttttaaggt 10550686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 10581178 - 10581144
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgat 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10581178 agataatgtaatgcagaagcaacatccataatgat 10581144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 97
Target Start/End: Original strand, 9849930 - 9849983
Alignment:
Q  44 ataatgatattcagtctttgattaagatccaatgctcttggttgctctacattc 97  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| | |||| ||||||||||||    
T  9849930 ataatgatattcaatctttgatcaagatcaaatgttgttggatgctctacattc 9849983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 35754910 - 35754837
Alignment:
Q  146 tcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatt 219  Q
    |||||||| | ||||||||| || | ||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  35754910 tcaaaaacaatagctttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaagatt 35754837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12932350 - 12932018
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  12932350 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagtgctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaattt 12932251  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||||| ||||||| || ||||  || | || |||||| || |||| ||| |||||||    
T  12932250 cggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttttgcagattcaagacctttactgcaacaacattatctt 12932151  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    ||||||  | ||||||||| || || |||||||| | ||||||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| |   ||  || |||||||| ||    
T  12932150 ctgacactatatttcctttgtaaacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttctatttgagaatccatcggttccaacatgtaattcttggtatga 12932051  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||| |||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  12932050 aaccttagctagttgatcaattgttggtgaatc 12932018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 121 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 12899641 - 12899369
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  12899641 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaattt 12899542  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||| ||| ||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||| || || ||||  || | || |||||| || |||| ||| |||||||    
T  12899541 cggtgtcgaatgtttttgagtgcattacattctaaaatgaaactcttgtgagcaccctttttttgcagattcaagacctttactgcaacaacattatctt 12899442  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatc 393  Q
    |||| |  | ||||||| | || || |||||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  12899441 ctgaaactatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccatc 12899369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12948715 - 12948383
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||   | ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  12948715 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttggcctttgttatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaattt 12948616  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| || || |  |||| || ||| || || |||| ||| |||||||    
T  12948615 cggtgtctaatattttttagtgcattacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttctggaggttcaagacttttactgcaacaacattatctt 12948516  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    |||| | || ||||||| | || || |||||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||  ||| |   ||  || |||||||| ||    
T  12948515 ctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccatgggttccaacatgtaattcttggtatga 12948416  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||| |||| ||||| |||||| | ||||||||    
T  12948415 aaccttagctagttgatcaattgtaggtgaatc 12948383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 12907261 - 12907003
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  12907261 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaattt 12907162  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||| ||| |||| || ||  |||  |||| || |||||| || |||| ||| |||||||    
T  12907161 ctgtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaacttttgtgagcgccctttgtttggaggttcaagacctttactgcaacaacattatctt 12907062  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttcta 379  Q
    |||| | || ||||||||| || || |||||||| | ||||||||| |||| |||||||    
T  12907061 ctgaaacaatatttcctttgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttcta 12907003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12958149 - 12957817
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| | |||||| ||||    
T  12958149 ttctaagcttccattttccatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccctaaccaaattt 12958050  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||||| ||||||| || || |  |||| || ||| || |  |||| ||| |||||||    
T  12958049 cggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaatgaaactcttgtgagctccctttttctggaggttcaagacttttattgcaacaacattatctt 12957950  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    |||| | || ||||||| | || || |||||||| | ||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||  ||| |   ||  || |||||||| ||    
T  12957949 ctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcaagtttctatctgagaatccattggttccaacatgtaattcttggtatga 12957850  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||| |||| ||||| |||||| | ||||||||    
T  12957849 aaccttagctagttgatcaattgtaggtgaatc 12957817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 12948819 - 12948785
Alignment:
Q  17 agataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgat 51  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12948819 agataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgat 12948785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 121 - 453
Target Start/End: Original strand, 17923541 - 17923873
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  17923541 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccttaaccaaattt 17923640  T
Q  221 cgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatctt 320  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||   ||  ||||||||| ||||||| || || |  |||| || ||| || || |||| ||| |||||||    
T  17923641 cggtgtctaatatttttgagtgcgttacattcaacaacgaaactcttgtgagctccctttttatggaggttcaagactttaactgcaacaacattatctt 17923740  T
Q  321 ctgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgatacaagtcttggtaaga 420  Q
    |||| | || ||||||| | || || |||||||| | ||||||||| |||| |||||||  |||||| ||||| ||| |    |  || |||||||| ||    
T  17923741 ctgaaacaatatttcctctgtatacggaaccaaaacttcctgatccgatcatgtttctatctgagaatccatcggttcctacgtgtaattcttggtatga 17923840  T
Q  421 aaccatagcaagttggtcaattattggtgaatc 453  Q
    |||| |||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  17923841 aaccttagctagttgatcaattgttggtgaatc 17923873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 109 - 282
Target Start/End: Original strand, 31467288 - 31467461
Alignment:
Q  109 atgcaaccagctttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatc 208  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||||  |||| ||||| |  |||||||||    
T  31467288 atgcaaccaactttctaagcttccgtttttcatgtactcgaaaacaagagctttaaattcttgatctttgaaatctgtactggaacagcttgttaaaatc 31467387  T
Q  209 ttaaccagatttcgatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattctt 282  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  31467388 ttaaccaaatttcggtgtctaatatttttgagtgcattgcattcagcaaggaaactcttgtgagctcctttctt 31467461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 121 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7364 - 7264
Alignment:
Q  121 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagattt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||   | ||||||||||| ||||||| | |||||| ||||    
T  7364 ttctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttaaattcttgacctttgtaatttgtgctagaacaacatgttaaaaccctaaccaaattt 7265  T
Q  221 c 221  Q
    |    
T  7264 c 7264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 122 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 28605696 - 28605413
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  28605696 tctaaacttccattttccatgtactcaaaaactaaagctttgaattcattaccattgtaatccatacttgaacaacatgttaaaatcttgacaagattcc 28605597  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
     ||| |  ||| ||||||||||||| ||||| |  || ||||||||| | |||||  |   || ||||| || |||||| | ||||| |||| | |||||    
T  28605596 tatgacggatacttttgagtgcattgcattcagcgatgaaactcttgtgcgctcccctgacttgaaggttcaagacctttatagcaacaactctttcttc 28605497  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacaccgaaccaaagcctcctgatccaatcaagtttctagatgagaagccatcagttgcctgata 405  Q
    ||||  |||| |||||||||| ||  | ||||| || || ||||| |||||||| || || ||||| ||||  ||||| |||||    
T  28605496 tgactcaagaattcctttatatacaaatccaaaaccaccagatcctatcaagttgctggaagagaatccatttgttgcttgata 28605413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 8e-16; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 345
Target Start/End: Original strand, 39898834 - 39899057
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || || | |||| | | ||| | |||||| ||||| || | || ||| || |||||||    
T  39898834 tctaagcttccatttgtcatgtattcaaaaactattgctttaaagtcattacctctatgatccacactagagcaacatgtgataaccttgactagatttc 39898933  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
     ||| || |||||| |||  ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||| ||||| | |||||  || ||||| ||||||| |||| | |||||    
T  39898934 tatgcctgatatttctgaaagcattacattcggcaatgaaacttttatgagctcctttcttctgaaggtttagaacctttacagcaacaactctttcttc 39899033  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacac 345  Q
    |||  ||||  ||||||| |||||    
T  39899034 tgaattaagtattcctttgtacac 39899057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 345
Target Start/End: Original strand, 39876022 - 39876245
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || || || || | |||||||| ||| | |||||| ||||| || | |||||| || |||||||    
T  39876022 tctaagctcccatttttcatgtattcataaactattgccttaaagtcgtcacctttgtgatccacactagagcaacatgtgataatcttgactagatttc 39876121  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
     ||| || |||||| | |  ||||||||||||| ||  ||||| ||  ||||||| ||||| | |||||  || ||||| ||||||| |||| | |||||    
T  39876122 tatgcctgatatttctaaaagcattacattcggcaaggaaacttttatgagctcctttcttctgaaggtttagaacctttacagcaacaactctttcttc 39876221  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacac 345  Q
    |||  ||||  ||||||| |||||    
T  39876222 tgaattaagtcttcctttgtacac 39876245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 345
Target Start/End: Original strand, 39884145 - 39884368
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||  || || || || | |||||||| ||| | |||||| ||||| || | |||||| || |||||||    
T  39884145 tctaagctcccatttgtcatgtattcataaactattgccttaaagtcgtcacctttgtgatccacactagagcaacatgtgataatcttgactagatttc 39884244  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
     ||| || |||||| | |  ||||||||||||| ||  ||||| ||  ||||||| ||||| | |||||  || ||||| ||||||| |||| | |||||    
T  39884245 tatgcctgatatttctaaaagcattacattcggcaaggaaacttttatgagctcctttcttctgaaggtttagaacctttacagcaacaactctttcttc 39884344  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacac 345  Q
    |||  ||||  ||||||| |||||    
T  39884345 tgaattaagtcttcctttgtacac 39884368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 345
Target Start/End: Original strand, 39891099 - 39891322
Alignment:
Q  122 tctaagcttccatttttcatgtattcaaaaactagagctttgaattcctgacctttgtaatcaatactagaacaacaagttaaaatcttaaccagatttc 221  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||  || || || || | |||||||| ||| | |||||| ||||| || | |||||| || |||||||    
T  39891099 tctaagctcccatttgtcatgtattcataaactattgccttaaagtcgtcacctttgtgatccacactagagcaacatgtgataatcttgactagatttc 39891198  T
Q  222 gatgtctaatatttttgagtgcattacattcggtaataaaactcttgggagctccattcttttcaaggtccaggaccttcacagcaataactttatcttc 321  Q
     ||| || |||||| | |  ||||||||||||| ||  ||||| ||  ||||||| ||||| | |||||  || ||||| ||||||| |||| | |||||    
T  39891199 tatgcctgatatttctaaaagcattacattcggcaaggaaacttttatgagctcctttcttctgaaggtttagaacctttacagcaacaactctttcttc 39891298  T
Q  322 tgacataagatttcctttatacac 345  Q
    |||  ||||  ||||||| |||||    
T  39891299 tgaattaagtcttcctttgtacac 39891322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University