View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20003_low_5 (Length: 713)

Name: NF20003_low_5
Description: NF20003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20003_low_5
NF20003_low_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-694)||(12944909-12945590)
chr8 (30-660)||(12937254-12937884)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 694
Target Start/End: Original strand, 12944909 - 12945590
Alignment:
Q  13 cagagacagcagagagtataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12944909 cagaaacagcagagagtataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaa 12945008  T
Q  113 acaggactccacgtgcaccccgcgtgctgcaaaaatcttcgccagctccttttgcttatccaccaatggatcaccaccgtagccatttacaaaacacctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12945009 acaggactccacgtgcaccccacgtgccgccaaaatcttcgccagctccttctgcttatccaccaatggatctccaccgtagccattaacaaagcacctt 12945108  T
Q  213 ggcaaccgtcctatcttttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcaggcaaacacagggaccaca 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  12945109 ggcaaccgtccaatcttttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcgggcaaacataggaaccaca 12945208  T
Q  313 tgagatcacctgctggtaatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctttggaccccactaaaaaatggatatttcattatgat 412  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945209 tgaggtcacctgctggtaatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctctggaccccactaaaaaatggatatttcattatgat 12945308  T
Q  413 ccctcggattttaatgggagagagatcaacgtcaagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaaacattta 512  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12945309 ccctcggattttaatgtgagagagatcaaggtcgagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaagcattta 12945408  T
Q  513 tcaaagtccacatggtctctgatccatggatcagattccgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctg 612  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945409 tcaaagtccacgtggtctctgatccatggatcagattctgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctg 12945508  T
Q  613 ctgggaggcgatgctcaggcgagagacgataatcaaccgaggcaacaatggcaggaatttgagcagctaatgtagagcaggg 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945509 ctgggaggcgatgctcaggcgagagacgataatcaacggaggcaacaatggcaggaatttgagcagctaatgtagagcaggg 12945590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 30 - 660
Target Start/End: Original strand, 12937254 - 12937884
Alignment:
Q  30 ataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaaacaggactccacgtgca 129  Q
    |||||||||||||| |  ||||| ||  |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||    
T  12937254 ataaatttcttaacgtaatcaagtaatgcttgtgccttagcaggatcaaagagttccacagcatgaaacccatcctcacaaaaaacagactccacgtgca 12937353  T
Q  130 ccccgcgtgctgcaaaaatcttcgccagctccttttgcttatccaccaatggatcaccaccgtagccatttacaaaacaccttggcaaccgtcctatctt 229  Q
    |||| |||||  | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  12937354 ccccacgtgcctccaaaatcttcactagctccttttgcctatccaccaagggatccccaccgtagccgttaacaaagcacctcggcagccgtccgatctt 12937453  T
Q  230 ttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcaggcaaacacagggaccacatgagatcacctgctggt 329  Q
     ||||| | ||    |||| ||  | ||||||| |||||| |||| ||||  ||| | |||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |    
T  12937454 ctcaccatgtatcacatccgaaacttttggattacaatacacgtgatcccgatctgtaccctcaggcaaagatagggcccacatgagatcacttgctgat 12937553  T
Q  330 aatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctttggaccccactaaaaaatggatatttcattatgatccctcggattttaatgg 429  Q
    || |||| ||||  |||||| |  ||||||||||||||||  ||||| || ||||||| |||||| |||   |||||||| | |||| |||| ||||  |    
T  12937554 aagggtagtatattatcgttaatgaaacgaagctcagattttgttctctgaaccccaccaaaaaacggagcattcattataagcccttggatcttaagag 12937653  T
Q  430 gagagagatcaacgtcaagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaaacatttatcaaagtccacatggtc 529  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||   |||||||||||| || |||||||||||||| | |||    
T  12937654 gagagagatcgaggtcaagagcacgtagacctgcgaagtacgctatgttacctcctgcactacttcccatcaagaagcagttatcaaagtccacgttgtc 12937753  T
Q  530 tctgatccatggatcagattccgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctgctgggaggcgatgctca 629  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||| | |||||||||  |  |||||||  || ||||| ||||| || ||||| || |||||     
T  12937754 tctgatccatggatcagagacacttggattttgtgcttgggctctgagccagaacaatgaatcaatagcgtcatcataggcagcagggagacggtgctct 12937853  T
Q  630 ggcgagagacgataatcaaccgaggcaacaa 660  Q
    || | |||||||| | |||| ||||| ||||    
T  12937854 ggagtgagacgatgagcaactgaggctacaa 12937884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University