View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20004_low_1 (Length: 680)

Name: NF20004_low_1
Description: NF20004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20004_low_1
NF20004_low_1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (12-659)||(2326808-2327454)
chr2 (55-660)||(2330522-2331126)
chr2 (33-657)||(2303255-2303878)
chr2 (12-659)||(2350829-2351475)
chr2 (22-657)||(2320956-2321591)
chr2 (35-636)||(2293663-2294263)
chr2 (35-636)||(2309994-2310594)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (18-443)||(41127050-41127478)
chr8 (219-353)||(26506749-26506883)
chr8 (219-332)||(26494725-26494838)
chr8 (69-185)||(26494893-26495009)
chr8 (572-659)||(41126832-41126919)
chr8 (376-450)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (155-202)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (70-191)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 2327454 - 2326808
Alignment:
Q  12 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327454 catcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctccggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2327355  T
Q  112 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327354 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 2327255  T
Q  212 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327254 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 2327155  T
Q  312 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2327154 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttc 2327055  T
Q  412 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327054 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctacaacaccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctccttt 2326955  T
Q  512 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 611  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326954 gaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 2326856  T
Q  612 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactcca 659  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2326855 tttcatcctcagtcaacttccgtttttccattggcaactccaactcca 2326808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 2331126 - 2330522
Alignment:
Q  55 ccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctat 154  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||      
T  2331126 ccaccctcgggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcc 2331027  T
Q  155 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctccca 254  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2331026 cagctccaaatggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctccca 2330927  T
Q  255 aacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatga 354  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  2330926 aacacgagggtccaaccccatctctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtga 2330827  T
Q  355 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330826 ggcaacacgaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 2330727  T
Q  455 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 554  Q
    ||| | || || |||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  2330726 tctctccagcatcatcgccacccatcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccattgca 2330628  T
Q  555 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 654  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||   |||||||||||    
T  2330627 aagcggtggaagtagtatccgtgccaccgttcaaaaactccgaacaaagactaatcatttcatcctcactcaatttccgtttctcctgaggcaactccaa 2330528  T
Q  655 ctccat 660  Q
    ||||||    
T  2330527 ctccat 2330522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2303878 - 2303255
Alignment:
Q  33 tttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaatta 132  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2303878 tttttccgacaaatcaacatagccgccctctggaagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaatta 2303779  T
Q  133 tatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggct 232  Q
      | | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  2303778 agtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaacggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggct 2303679  T
Q  233 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaac 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2303678 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaac 2303579  T
Q  333 cacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaag 432  Q
    |||||| ||  |||  || || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  2303578 cacatcctctttcaccgcgtgtggcaacagaaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaat 2303479  T
Q  433 tcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatc 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || || || |||||||| || |    
T  2303478 tcttcctctttcacttcctccttctctccattctcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtactt-aacc 2303380  T
Q  533 aaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttct 632  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||      
T  2303379 aaattcgccataatccattgcaaagtagtggaagtagtatccgtcccaccattcagaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttc 2303280  T
Q  633 gtttttccattggcaactccaactc 657  Q
    |||| |||   ||||||||||||||    
T  2303279 gtttctcctcgggcaactccaactc 2303255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 2351475 - 2350829
Alignment:
Q  12 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 111  Q
    ||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351475 catcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2351376  T
Q  112 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 211  Q
    || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| || | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||    
T  2351375 aagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcat 2351276  T
Q  212 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 311  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2351275 ccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttagg 2351176  T
Q  312 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 411  Q
    |||||||||||| || |||| |||||| ||  |||  || || |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2351175 caccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttc 2351076  T
Q  412 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 511  Q
    | ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||   ||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  2351075 agatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctccctt 2350976  T
Q  512 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 611  Q
    | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2350975 gcacgtcggggtacttc-accaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaagtagtatctatcccagcattcaaaaactctgaacaaagactaacca 2350877  T
Q  612 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactcca 659  Q
    ||||||| ||| |||| ||| |||| ||    ||||||||||||||||    
T  2350876 tttcatcttcactcaatttccgtttctcatcaggcaactccaactcca 2350829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2321591 - 2320956
Alignment:
Q  22 gtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagta 121  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321591 gtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctccggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagca 2321492  T
Q  122 aagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 221  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321491 aagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaaacggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 2321392  T
Q  222 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321391 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 2321292  T
Q  322 ccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatg-ccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccga 420  Q
    || |||||||||||||| ||  |||  |  || | |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2321291 ccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacacaaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcga 2321192  T
Q  421 agtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccg 520  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    |||||| | |||| ||||| | |||||||| |||||||||||  || || ||||    
T  2321191 agtttctgcaagttttcctctttcacttcctccttctctccattgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccg 2321092  T
Q  521 ggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcct 620  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2321091 ggtacttc-accaaattcgccataatccactgcaaagcagtggaagtagtatccgtcccaccgttcaaaaactccgaacaaagattaaccatttcattct 2320993  T
Q  621 cagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactc 657  Q
    || |||||||  |||| |||   ||||||||||||||    
T  2320992 cactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaactc 2320956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 35 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 2294263 - 2293663
Alignment:
Q  35 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 134  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2294263 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2294164  T
Q  135 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 234  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2294163 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2294064  T
Q  235 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 334  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2294063 aactccaacgggtcctcccaaacacgaggatccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2293964  T
Q  335 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 434  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2293963 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtc 2293864  T
Q  435 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 534  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  || || || |||||||||| | |     
T  2293863 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcact-ac 2293765  T
Q  535 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 634  Q
    ||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2293764 attcgccataatccactgcaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2293665  T
Q  635 tt 636  Q
    ||    
T  2293664 tt 2293663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 35 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 2310594 - 2309994
Alignment:
Q  35 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 134  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2310594 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2310495  T
Q  135 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 234  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2310494 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2310395  T
Q  235 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 334  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2310394 aactccaatgggtcctcccaaacacgacgatccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2310295  T
Q  335 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 434  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  2310294 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtc 2310195  T
Q  435 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 534  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |  || || ||||||||| | ||     
T  2310194 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttc-accac 2310096  T
Q  535 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 634  Q
    ||| ||||||||||| | ||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2310095 attcgccataatccactccaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2309996  T
Q  635 tt 636  Q
    ||    
T  2309995 tt 2309994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 41127478 - 41127050
Alignment:
Q  18 cacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggcca---ccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaa 114  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  |||   |||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41127478 cacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaa 41127379  T
Q  115 tggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatcct 214  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41127378 tggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatcct 41127279  T
Q  215 tcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcac 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||     
T  41127278 tcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccctatgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcag 41127179  T
Q  315 caaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaa 414  Q
    ||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | |    
T  41127178 caagtaaccgtcgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttaga 41127079  T
Q  415 taccgaagtttatgcaagtcttcctcttt 443  Q
    ||  | || || |||||||||||||||||    
T  41127078 tatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 41127050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 219 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506749
Alignment:
Q  219 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 318  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaag 26506784  T
Q  319 taaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatg 353  Q
    ||||| || |||| |||||| ||| ||| ||||||    
T  26506783 taaccgttaaaaatcacatcctcggtcactgcatg 26506749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 219 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 26494838 - 26494725
Alignment:
Q  219 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 318  Q
    |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||    ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26494838 aaacctctctggcttaaacaccgtaggatcctcccaaaccgttggatctaatcctatatctgccaccataaaattcacagtcccatttttaggcaccaag 26494739  T
Q  319 taaccattcaaaac 332  Q
    ||||||||||||||    
T  26494738 taaccattcaaaac 26494725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26495009 - 26494893
Alignment:
Q  69 cttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggc 168  Q
    |||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  || || |||||  | |||||||| || ||  | ||||||||||||    
T  26495009 cttccactcaaagttcaaaaccaaattagcaacaaagtattctaaatggagcattgccaatttataggcaggacaaatcctcctccctgctccaaacggc 26494910  T
Q  169 atcatcttgatctcttt 185  Q
    |||||||| ||||||||    
T  26494909 atcatctttatctcttt 26494893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 572 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 41126919 - 41126832
Alignment:
Q  572 tctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactcca 659  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||  |||| |||   ||||||||||| ||||    
T  41126919 tctgtgccagcattcaaaaactctgaacaaaggctgaccatttcatcttcactcagcttgcgtttctcctcgggcaactccaattcca 41126832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 376 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26494681 - 26494607
Alignment:
Q  376 ggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  | | ||| | ||| ||||||||| ||||||||    
T  26494681 ggatgacgccttaacccttccaaaatcacagccttcaaatatggcaatttctccaaatcttcctctctcacttcc 26494607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 55017117 - 55017070
Alignment:
Q  155 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaa 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  55017117 cagcaccaaacggcatcatcttcatctctttagttcctgtaatatcaa 55017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 191
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176408
Alignment:
Q  70 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggca 169  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || ||||||  ||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  170 tcatcttgatctctttactccc 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactccc 15176408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University