View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20009_high_1 (Length: 855)

Name: NF20009_high_1
Description: NF20009
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20009_high_1
NF20009_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-839)||(53500913-53501739)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 53501739 - 53500913
Alignment:
Q  9 agcaaaggcattcattaccattagggagctaacaagaagaggaattagaattaacatgttgaaatcatttgaagaaaccatctctataatgaagtgtttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53501739 agcaaaggcattcattaccattagggagctaacaagaagaggaattagaattaacatgttgaaatcatttgaagaaaccatctctataatgaagtgtttg 53501640  T
Q  109 aaagttgatagtagtagggagtgatagtctttgttaaattagaa-gtttagaagtgaatgataaagaagggtgaatgttgctatttataaaatgaatatt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53501639 aaagttgatagtagtagggagtgatagtctttgttaaattagaaagtttagaagtgaatgataaagaagggtgaatgttgctatttataaaataaatatt 53501540  T
Q  208 gaaccgttagtgatgataataattatgagaaatttgaaagagccaagaagctggacacagttgccgcgtttatttatgtacatcaataaaatgtgtccaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53501539 gaaccgttagtgatgataataattatgagaaatttgaaagagccaagaagctggacacagttgccgcgtttatttatgtacatcaataaaatgtgtccaa 53501440  T
Q  308 ttgacaggcggtattgtcnnnnnnncataaaatcttttacgcggttgttgtctttttcattaattatgaacagagtttgagttaaaagttgttgtca--- 404  Q
    ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  53501439 ttgacaggcggtattgtcaaaaaaacataaaatcttttacgcggttgttgtctttttcattaattatgaacagagtttgagttaaaagttgttgtcaagg 53501340  T
Q  405 -agtagtaaaaattaaagtcactacaactccagctattgggtgtgagagagtgccaaccaagcaaaaaacaattacagctaagctaataactcccttaac 503  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53501339 gagtagtaaaaattaaagtcactccaactccatctattgggtgtgagagagtgccaaccaagcatcaaacaattccagctaagctaataactcccttaac 53501240  T
Q  504 tttaagacgtttcaccaccgccactgcatattgaacaaaacagacaaaacaatgtcac---tcgtgggtggacagtggacacacctaaatctagtacgag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53501239 tttaagacgtttcaccaccgccactgcatattga---------acaaaacaatgtcactcgtcgtgggtggacagtggacacacctaaatctagtacgag 53501149  T
Q  601 ttggtggtgtcagtctggatttaagtcacatgttactttttctttaattaacaaagatcgtgctaacaagtagtgtcttaaatacattatttaaagaaga 700  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53501148 ttggtggtgtctgtctggatttaagtcacatgttactttttctttaattaataaagatcgtgctaaca---agtgtcttaaatacattgtttaaagaaga 53501052  T
Q  701 tatactggtttgaatatacaaattacacgtaagtaaaagtcataattctnnnnnnntttcaaaagttattacttttagttgtataaacaatgcttcaagg 800  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53501051 tataccggtttgaatatacaaattacacgtatgtaaaagtcataattctaaaaaaaaatcaaaagttattacttttagttgtataaacaatgcttcaagg 53500952  T
Q  801 attattttttaacgttttctattaaagtatactccaaac 839  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53500951 attattttttaacgttttctattaaagtatactccaaac 53500913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University