View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20009_low_7 (Length: 520)

Name: NF20009_low_7
Description: NF20009
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20009_low_7
NF20009_low_7
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (97-506)||(36369063-36369474)
chr4 (19-506)||(36404354-36404845)
chr4 (83-506)||(36373682-36374107)
chr4 (13-506)||(36397421-36397916)
chr4 (89-506)||(36387641-36388061)
chr4 (13-506)||(36425834-36426329)
chr4 (85-506)||(36433691-36434114)
chr4 (79-506)||(36411668-36412097)
chr4 (79-506)||(36416999-36417428)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36369474 - 36369063
Alignment:
Q  97 cctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 196  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369474 cctagttcaattgcattgacgcgtaaaaataaatcctggccttgatcgctaagtttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 36369375  T
Q  197 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369374 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 36369275  T
Q  297 cacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 396  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369274 cacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 36369175  T
Q  397 tctcta-ctcataccaatcacgtggaaa-ttttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttg 494  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  36369174 tctctatctcataccaatcacgtggaaatttttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcttcaaagttaaaaaggtcacaattactgtttg 36369075  T
Q  495 atccacaggttc 506  Q
    ||||||||||||    
T  36369074 atccacaggttc 36369063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 19 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36404845 - 36404354
Alignment:
Q  19 acaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactc 118  Q
    |||||| |||||||||| |||||  || |||||  | |||||||||||| |||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||| |    
T  36404845 acaagtccaaataagtttaaactatacataagtgctgtcaaatttagaa-gaaaaaaacagtaggaggggatatcttacctagttcaactttatcgacgc 36404747  T
Q  119 gtaaaaataaatcttggccttgatcgcta---actttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36404746 gtaaaaataaatcttggccttgatcactactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatcagc 36404647  T
Q  216 aactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaact 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||  ||||| |||||| ||||    
T  36404646 aactgcataggcagtacaagagcaatttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaact 36404547  T
Q  316 ttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctcta--ctcataccaat 413  Q
    ||||  || |||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  36404546 ttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcataccaat 36404447  T
Q  414 cacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36404446 cacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactgtttgatccacatgttc 36404354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 83 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36374107 - 36373682
Alignment:
Q  83 gggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgc 182  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  36374107 ggggaaataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgc 36374008  T
Q  183 caaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaacca 282  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  36374007 caaacagccacttccaccattactcacatcagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagacca 36373908  T
Q  283 cctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacac 382  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||    
T  36373907 cctttagtaactgccacagatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacac 36373808  T
Q  383 accctcccgacccatctct--actcataccaatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtc 480  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  36373807 accctcctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaagggtc 36373708  T
Q  481 acaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  36373707 acagttactgtttgatccacaggttc 36373682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36397916 - 36397421
Alignment:
Q  13 gaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcat 112  Q
    |||| ||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||  | ||||||||||||  ||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||    
T  36397916 gaagaaacaagtccagagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagaagaaaaaaaacagtaggagggaatatcttaccaagttcaactttat 36397817  T
Q  113 tgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatc 212  Q
     ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  36397816 cgacgcgcaaatataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatc 36397717  T
Q  213 agcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcagga 312  Q
     || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | | ||| ||| ||||| ||||||||    
T  36397716 ggctactgcataggaagtacaggagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaactcaaaccatctatggtaactgccccagatatatcagga 36397617  T
Q  313 actttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctcta--ctcatacc 410  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  36397616 actttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcatacc 36397517  T
Q  411 aatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36397516 aatcgcttggaaattttggttcaaaaccaagtaaacacgtgcacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttgatccacacgttc 36397421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 89 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36388061 - 36387641
Alignment:
Q  89 atatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaaca 188  Q
    |||||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36388061 atatcttacctagttcaattttatcgacgcgtagaaataaatcttggccttgatcattaagtttttgaatgtctattaaatccccatgccatgccaaaca 36387962  T
Q  189 accacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccaccttta 288  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36387961 tccacttccaccattcctcacatcagcaattgaataggcagtacaagaacagttttgcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccactttta 36387862  T
Q  289 gcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctc 388  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||||||||||||||||||    
T  36387861 gcaactgccacagatgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctc 36387762  T
Q  389 ccgacccatc-tcta--ctcataccaatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaat 485  Q
    ||| |||||| ||||  || ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36387761 ccgtcccatcttctattctgataccaatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaat 36387662  T
Q  486 tactttttgatccacaggttc 506  Q
    |||  ||||||||||| ||||    
T  36387661 taccatttgatccacatgttc 36387641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36426329 - 36425834
Alignment:
Q  13 gaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcat 112  Q
    |||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||  | |||||||||| | ||||||    | ||| ||||| ||||||||||||||||||  |     
T  36426329 gaagaaacaagtccaaagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagcaagaaaaaaccagcaggagggaaaatcttacctagttcaactttag 36426230  T
Q  113 tgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatc 212  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  36426229 cgacgcgtaaaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcttcacgtc 36426130  T
Q  213 agcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgccacagatgtatcagga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || | ||||| |||  ||| || ||||||    
T  36426129 agcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcagga 36426030  T
Q  313 actttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgacccatctcta--ctcatacc 410  Q
    ||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| || || |||||||||| |  ||||||||    
T  36426029 acttttacgcttacaactttgataaacccttctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacatccacctgacccatctcgactctcatacc 36425930  T
Q  411 aatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36425929 aatctcgtggaaattttggttcgaaaccaagtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttc 36425834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 85 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36434114 - 36433691
Alignment:
Q  85 gggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgcca 184  Q
    |||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36434114 gggaatttcttacctagttcaactttatcgacacgtaaaaataaatcttggccttgatcgcttactttttgaatgtccattaaatcaccatgccatgcca 36434015  T
Q  185 aacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacc 284  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36434014 aacacccgcttccaccattgctcacattatcaactgcataggctgtacaagaacagtttctgaagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacc 36433915  T
Q  285 tttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacac 384  Q
    ||| |||   ||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||    
T  36433914 tttggcatttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacac 36433815  T
Q  385 cctcccgacccatctcta--ctcataccaatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcac 482  Q
    ||||| |||||||||| |  |||||||||||| | |||| |||| | |||||||||| |||||||||  || || |||||  ||||||| | ||||||||    
T  36433814 cctcctgacccatctccactctcataccaatcgcctggagatttgggttcaaaaccaggtaaacaagcacatttgaagtccgcaaagttcatagggtcac 36433715  T
Q  483 aattactttttgatccacaggttc 506  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||    
T  36433714 aattactgtttgatccacatgttc 36433691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 79 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36412097 - 36411668
Alignment:
Q  79 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 178  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36412097 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36411998  T
Q  179 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 278  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36411997 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36411898  T
Q  279 accacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 378  Q
    |||| || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36411897 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36411798  T
Q  379 acacaccctcccgacccatctcta--ctcataccaatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaag 476  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||    
T  36411797 acacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36411698  T
Q  477 ggtcacaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  36411697 ggtcacaattactgtttggtccacatgttc 36411668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 79 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 36417428 - 36416999
Alignment:
Q  79 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 178  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36417428 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36417329  T
Q  179 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 278  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36417328 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36417229  T
Q  279 accacctttagcaaccgccacagatgtatcaggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttcctt 378  Q
    |||| || | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||  || | |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||    
T  36417228 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36417129  T
Q  379 acacaccctcccgacccatctcta--ctcataccaatcacgtggaaattttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaag 476  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||    
T  36417128 acacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36417029  T
Q  477 ggtcacaattactttttgatccacaggttc 506  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  36417028 ggtcacaattactgtttggtccacatgttc 36416999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University