View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20010_low_2 (Length: 516)

Name: NF20010_low_2
Description: NF20010
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20010_low_2
NF20010_low_2
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (16-501)||(47267588-47268073)
chr7 (16-480)||(47298803-47299267)
chr7 (16-480)||(47292196-47292660)
chr7 (16-495)||(47283553-47284032)
chr7 (16-495)||(47278960-47279439)
chr7 (16-321)||(47242684-47242989)
chr7 (16-419)||(47256808-47257214)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-320)||(32731351-32731655)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (358-441)||(20519702-20519785)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 501
Target Start/End: Original strand, 47267588 - 47268073
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || | ||||||||| || ||||    
T  47267588 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaatgcacgttcgaggt 47267687  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||    
T  47267688 ttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactcattagg 47267787  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47267788 ttatgctgtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaagagcggtgtttattt 47267887  T
Q  316 acaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 415  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267888 acaactataaggtcttgtgttgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 47267987  T
Q  416 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacatatgaatgtagaaggagaagaaggtttcatattactagtttgt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267988 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacataagaatgtagaaggagaagaaggtttcatattactagtttgt 47268073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 47299267 - 47298803
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47299267 cttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcgaggt 47299168  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47299167 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtggaaacccatttgg 47299068  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47299067 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttattt 47298968  T
Q  316 acaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 415  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||| | ||||||   | | |   ||||||| |||| ||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||     
T  47298967 acaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaatttcggatggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaag 47298868  T
Q  416 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacatatgaatgtagaaggagaagaa 480  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |||||||||||    
T  47298867 gtggggctggaccttttcctggagcaacctatatcgtcccatataagaatataaaaggagaagaa 47298803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 47292660 - 47292196
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  47292660 cttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgctcgaggt 47292561  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  47292560 ttaacattaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttgg 47292461  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47292460 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttattt 47292361  T
Q  316 acaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 415  Q
    |||||| ||||||| ||| || | |||||| | ||||||   | | |   ||||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||     
T  47292360 acaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggtgtatggtggagttgcaaaag 47292261  T
Q  416 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacatatgaatgtagaaggagaagaa 480  Q
    ||||||||||  | ||||||||| || |||||||| ||||| ||| |||| || | |||||||||    
T  47292260 gtggggctggaacatttcctggatcaacctatatcgtcccatataagaatataaatggagaagaa 47292196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 495
Target Start/End: Original strand, 47283553 - 47284032
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  47283553 cttatcaccgcatgtttttggtgttgccgcacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggt 47283652  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    |||  | | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| |||||||||||| |||||| || ||    
T  47283653 ttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaaccctttagg 47283752  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  47283753 ttatgcagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttattt 47283852  T
Q  316 acaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 415  Q
    |||||  |||| |||||| |||| |||||  | ||||||   ||||    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||     
T  47283853 acaacagtaagatcgtgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaagtgaatttcggatggggtgaggcggtgtatggtggagtggtaaaag 47283952  T
Q  416 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacatatgaatgtagaaggagaagaaggtttcatattacta 495  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  47283953 gtggggctggacctttacctggagcaacgtatataatcccacataagaatgcagaaggagaagaaggtttaatattacta 47284032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 495
Target Start/End: Original strand, 47278960 - 47279439
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  47278960 cttatcaccgcatgtttttggtgttgccgtacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggt 47279059  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    |||  | | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| |||||||||||| ||| || || ||    
T  47279060 ttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaatcctttagg 47279159  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  47279160 ttatggagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttattt 47279259  T
Q  316 acaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaa 415  Q
    ||||| ||||| || ||| |||| |||||  | ||||||   ||||    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||      
T  47279260 acaacaataagatcttgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaagtgaattttggatggggtgaggcggtgtatggtggggtggtaaatt 47279359  T
Q  416 gtggggctgggccttttcctggagcagcctatatcatcccacatatgaatgtagaaggagaagaaggtttcatattacta 495  Q
    ||| ||| |||||||| ||| ||||| | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  47279360 gtgtggccgggcctttacctagagcaacgtttatcatcccacataagaatgcagaaggagaagaaggtttgatattacta 47279439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 321
Target Start/End: Original strand, 47242684 - 47242989
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||||| ||| || |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||    
T  47242684 cttatcactgcatattattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggt 47242783  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    ||| || ||||  |||     |||||||||| || ||||| ||  |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| ||    
T  47242784 ttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacggtaattgcattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattagg 47242883  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  47242884 ttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattctttagcagattttatggttattaaggaacgatgtttattt 47242983  T
Q  316 acaact 321  Q
    ||||||    
T  47242984 acaact 47242989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 419
Target Start/End: Original strand, 47256808 - 47257214
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  47256808 cttatcactgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcaggtagaaccagatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgttaatgcacgctcgaggt 47256907  T
Q  116 ttaatgttaacaa---ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatt 212  Q
    ||| || ||| ||   |||| | ||  ||||||| ||||| |||||| |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||    
T  47256908 ttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatattatggcaactgtattgctttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaatt 47257007  T
Q  213 tggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgttta 312  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| | || ||||| ||  | |||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  47257008 aggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaagctcaagttacagagaagtacatgcactcattggcagattttatggttattaaggaacgatgttta 47257107  T
Q  313 tttacaactataaggtcgtgtattgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaa 412  Q
    |||||||    |||  | ||||| || ||||||   ||||||   |||||   ||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  47257108 tttacaaagggaagaacatgtatggtgtcagattggactcgtgctaagttctcagaagtgaatttcggatggggtgaagctgtgtatggtggagcagcaa 47257207  T
Q  413 aaagtgg 419  Q
    || ||||    
T  47257208 aaggtgg 47257214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 9e-62; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 32731351 - 32731655
Alignment:
Q  16 cttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggt 115  Q
    ||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||    
T  32731351 cttatcagtgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggt 32731450  T
Q  116 ttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttgg 215  Q
    ||| || ||||  |||     || ||||||| || ||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| ||    
T  32731451 ttagtgctaacccttctttgtttattggatattacggtaattgtattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattagg 32731550  T
Q  216 ttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaggagcggtgtttattt 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||    
T  32731551 ttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattctttagcagattgtatggttattaaggaacgatgtttattt 32731650  T
Q  316 acaac 320  Q
    |||||    
T  32731651 acaac 32731655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 358 - 441
Target Start/End: Original strand, 20519702 - 20519785
Alignment:
Q  358 aagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtggagctgcaaaaagtggggctgggccttttcctggagca 441  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||    
T  20519702 aagttcagagaagtgaattttggatggggtgaggcgaagtatggtggagttgcaaaagctggggctgggggttttcgtggagca 20519785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University