View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20011_low_5 (Length: 561)
Name: NF20011_low_5
Description: NF20011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20011_low_5 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 478; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 48955625 - 48955077
Alignment:
| Q |
1 |
ccgccactccctactacaacaggttgtataaagtaacagtgttacttaatttggcgtttatgtgnnnnnnnnaatattcaatatactgtttgaatttagg |
100 |
Q |
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| T |
48955625 |
ccgctactccctactacaacaggttgtataaagtaacagtgttacttaatttggcgtttatgtgttttttt-aatattcaatatactgtttgaatttagg |
48955527 |
T |
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| Q |
101 |
ttatacaatagattatattactattatattttagtcatcaccaaatccaatgattcagtttaatattagtttgttatcatcattatcattaaaaaacaga |
200 |
Q |
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| T |
48955526 |
ttatccaatagattatattactattatattttagtcatcaccaaatccaatgattcagtttaatattagtttgttatcatcattattattaaaaaacaga |
48955427 |
T |
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| Q |
201 |
aagcgttacttttgatgaaaacacattctagaattttcttggttgatgaaagtaaattatagatttattagcatatgtagcataacagcttaggaagatt |
300 |
Q |
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| T |
48955426 |
aagcgtttcttttgatgaaaacacactctagaattttcttggttgatgaaagtaaattatagatt-attagcatatgtagcataacaacttaggaagatt |
48955328 |
T |
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| Q |
301 |
cacgttatataggacggtcctgttaaaactttcctctcaccgttatcatattcatgatactgatttcatatttagccccttccatattttatatgattct |
400 |
Q |
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| T |
48955327 |
cacgttatataggacggtcctgttaaaacattcctctcaccgttatcatattcatgatactgatttcatatttagccccttccatattttatatgattct |
48955228 |
T |
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| Q |
401 |
tgataattctaacgtggttcactttcatgtcatgcggtgcttattcaggttttgctacagattccgatttcttgttcagctggaatttcaaatgggtatt |
500 |
Q |
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| T |
48955227 |
tgataattctaacgtggttcactttcatgttatgtggtgcttattcaggttttgctacagattccgatttcttgttcagctggaatttcaaatgggtatt |
48955128 |
T |
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| Q |
501 |
ttactattgacggtagggtttatatgataaagtaaactatcaactgatatt |
551 |
Q |
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| T |
48955127 |
ttactattgacggtagggtttatatgataaagtaaactatcaactgatatt |
48955077 |
T |
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