View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20012_low_13 (Length: 352)

Name: NF20012_low_13
Description: NF20012
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20012_low_13
NF20012_low_13
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-336)||(10565498-10565833)
chr5 (1-336)||(10581490-10581825)
chr5 (41-336)||(10612205-10612500)
chr5 (41-336)||(10746451-10746737)
chr5 (41-325)||(10605258-10605542)
chr5 (153-336)||(10716508-10716691)
chr5 (41-336)||(10739845-10740140)
chr5 (204-336)||(11048244-11048376)
chr5 (41-336)||(10762260-10762555)
chr5 (41-336)||(10587897-10588174)
chr5 (35-336)||(9835742-9836043)
chr5 (35-332)||(10651616-10651913)
chr5 (179-336)||(19605424-19605581)
chr5 (35-143)||(9827373-9827481)
chr5 (172-332)||(10659636-10659796)
chr5 (41-104)||(7193733-7193796)
chr5 (175-336)||(10559393-10559554)
chr5 (41-104)||(10659505-10659568)
chr5 (79-179)||(10760796-10760896)
chr5 (266-336)||(7193501-7193571)
chr5 (41-102)||(10716408-10716469)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (41-339)||(12958549-12958847)
chr6 (41-339)||(12907661-12907959)
chr6 (12-339)||(12900041-12900371)
chr6 (12-339)||(12932750-12933077)
chr6 (12-336)||(12949107-12949417)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-339)||(17922808-17923135)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (169-337)||(7766-7934)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10565833 - 10565498
Alignment:
Q  1 tctgattatactaagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565833 tctgattatactaagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaag 10565734  T
Q  101 cactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagat 200  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565733 cactcctttgcaggtggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagat 10565634  T
Q  201 taccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  10565633 taccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtaagcatttccaacataaagat 10565534  T
Q  301 tccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565533 tccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 10565498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10581825 - 10581490
Alignment:
Q  1 tctgattatactaagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaag 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10581825 tctgattatactaagctctatacatacatcctcaatattcagtctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaag 10581726  T
Q  101 cactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagat 200  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10581725 cactcctttgcagctggaataagattctcaagatttccatcttccatttctacttctgcgtcccttgataaaagatgtgggtccaaaattttcttaagat 10581626  T
Q  201 taccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggat 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10581625 tagcaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtaagcatttccaacataaggat 10581526  T
Q  301 tccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  10581525 tccaaagctatacatgtcaccacatgcagatacttc 10581490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 41 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10612500 - 10612205
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||   |||||||    
T  10612500 attctttctttgggtgattccattgaacaaagaagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttaaacttggaataagattctcactctttccat 10612401  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||  ||||| ||||||||||   |||| | ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||   | |||||||||||||||| ||||||||    
T  10612400 cttgtatttctacttctgcatattttgacacaagatgtgggtccaagatctttataagattagcaggaaacagtgttgcaacaaagttatgtagattttg 10612301  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    | |||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10612300 atcatcttcaaatgcctcatcagtgggtcttctaccggtaagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 10612205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 41 - 336
Target Start/End: Original strand, 10746451 - 10746737
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  10746451 attctttcttttggtgattcaattgtacaaataagtccaatcctaaaaagtgaaactaaacactcttttacagttggaataagattctcattgtttccat 10746550  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||         || |||||||  |||||| |||||| |||||||| || ||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10746551 ctt---------ctactgcatctcttgatagaagatgcgggtccaagatatttataagattatcaggaaacgatattgcaacaaagttatgcagattttg 10746641  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10746642 accatcttcaaaaacttcatcagtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagctatacatatcaccatatgtggacacttc 10746737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 41 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 10605542 - 10605258
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |    ||||||||||||||  ||| |||||||    
T  10605542 attctttctttcggtgattccattgaacaaataagtccaattctaaaaagtgaaactaaggattcctctacccttggaataagattcgtatggtttccat 10605443  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
     ||  ||| | |||||| ||||  ||| || ||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10605442 tttctattgctacttctacatctcttgttacaaggtgtgggtccaaaatctctttaatattatcaggaaatgaagttgcaacaaagttatgcagattttg 10605343  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacat 325  Q
    |||||||| |||| | | |||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10605342 accatcttgaaaaacttcatcagtgggtctcctaccagtaagtatttccaacatcaggattccaaagctatacatgtcaccacat 10605258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 153 - 336
Target Start/End: Original strand, 10716508 - 10716691
Alignment:
Q  153 cttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaa 252  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||  ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10716508 cttctgcatctcttgatacaagatgtggatccaaaatctttataagattgtcaggaaatgaagatgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttgaaa 10716607  T
Q  253 agcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    |   | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  10716608 aaattcatcagtgggtcttctaccggtaagcatttccaacataaggattccaaagctatacatgtcaccacatgtggacacttc 10716691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 41 - 336
Target Start/End: Original strand, 10739845 - 10740140
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |      ||||  ||| || |  | |||||||    
T  10739845 attctttctttcggtgattccattgaacaaataagtccaattctaaaaagtgaaactaaggattcctctaccccaggaactagaatcgctcggtttccat 10739944  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||  |||   |||||| ||||  ||| |  ||||||||||||||||||||   |||  ||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  10739945 cttgtattgttacttctacatctcttgcttcaagatgtgggtccaaaatctctataatgttaccaggaaacgaagttgctacaaagttatgtagattttg 10740044  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    |||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||    
T  10740045 accatcttgaaaaacttcatcagtgggtcttctaccggtaagtatttccaacataaggattccaaagctatacatgtcaccagatgttgacacttc 10740140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 204 - 336
Target Start/End: Original strand, 11048244 - 11048376
Alignment:
Q  204 caggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattcc 303  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11048244 caggaagtgaaattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaaacttcatgggtgggtcttctaccggtaagcatttccaacataaggattcc 11048343  T
Q  304 aaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  11048344 aaagctatacatgtcaccacacgtggacacttc 11048376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 41 - 336
Target Start/End: Original strand, 10762260 - 10762555
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |     || ||||||| || |  | |||||||    
T  10762260 attctttctttcggtgattccattgaacaaataagtccaattctaaaaagtgaaactaaggattcctctacccctgcaataagaatcgctcggtttccat 10762359  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||   ||   |||||| ||||  ||| |  |||||||||||||||||| |   |||  ||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  10762360 cttgttttgttacttctacatctcttgcttcaagatgtgggtccaaaatatctataatgttaccaggaaatgaagctgctacaaagttatgcagattttg 10762459  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    |||||||| |||| | | |||||||||||||||||| || || |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || |||||    
T  10762460 accatcttgaaaaacttcatcagtgggtcttctaccagtaagtattttcaacataaggactccaaagctatacatgtcaccagatgttgacacttc 10762555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 336
Target Start/End: Original strand, 10587897 - 10588174
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    || ||||||||||||||||| || |||||    
T  10587897 attctttcttttggtgattccattgaacaagcaagtccaatccttagaagtgaaactaagcacttctccttagctggaataagattctcattatgtccat 10587996  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||                  | ||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||| |  |||||||  || |||||||  |||| ||||||||    
T  10587997 ctt------------------ctattgaaacaagatgtgggtccaaaatctgtataagattatcttgaaatgaactttcaacaaacatatgtagattttg 10588078  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||||||||||    | ||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  10588079 accatcttcaaacatttcatctgtgggtcttcttccggtgatcatttccaacataagcatcccaaagctatacatgtcaccagatgtggatacttc 10588174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 336
Target Start/End: Original strand, 9835742 - 9836043
Alignment:
Q  35 atgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgat 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||  || ||||||||||||||||  ||    
T  9835742 atgttcattctttcttttggtgattctcttgaacaggcaagtccaatccttaaaactgaaactaagcaattctttacagctggaataagattctcactat 9835841  T
Q  135 ttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcag 234  Q
    |||||||||  ||| |  ||||| ||||  ||| || || |||| ||||||||||||    |||||||||||  |||||  || || ||||  || | ||    
T  9835842 ttccatcttctattgctgcttcttcatctcttggtacaaaatgttggtccaaaatctgtgaaagattaccagctaatgaactttcagcaaacgtacgtag 9835941  T
Q  235 attttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatact 334  Q
    |||||||||||| |||||    | ||| || |||||||| || || | |||||||||||  || || |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||    
T  9835942 attttgaccatcctcaaatctttcatctgtaggtcttcttccagtaatcatttccaacacgagcatcccaaagctatacatgtcaccatatgttgatgct 9836041  T
Q  335 tc 336  Q
    ||    
T  9836042 tc 9836043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 332
Target Start/End: Original strand, 10651616 - 10651913
Alignment:
Q  35 atgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgat 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | || ||||||   |||||||||||| |||||||||||||| |||| || |  ||||||| | | |||  ||   |    
T  10651616 atgttcattctttcttttggtgatttcactgaacaagcaagtccaatcctgaaaagtgaaactaaacacttctctacagttggagtgaaatttccacagt 10651715  T
Q  135 ttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcag 234  Q
    |||| ||||  |||||  ||||| |||   ||| || ||||||||| ||||||||||   ||| ||||  ||||||||| ||| |||||||  ||||||     
T  10651716 ttccttcttctatttcttcttcttcatttcttggtacaagatgtggatccaaaatctgtataatattattaggaaatgaaattccaacaaacatatgcaa 10651815  T
Q  235 attttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggata 332  Q
    ||||||||| ||||||||      ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  10651816 attttgaccttcttcaaacattccatctgttggtcttcttccggtaagcatttccaacataagcaccccgaagctatacatgtcaccatatgtggata 10651913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 179 - 336
Target Start/End: Original strand, 19605424 - 19605581
Alignment:
Q  179 gggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccgg 278  Q
    ||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||| |   | |||||||||||||||||  |||   || ||| || |||||||| || |    
T  19605424 gggtccaaaatcttcataatgttatcaggaaatgaaatttcaacatacaaacgcagattttgaccatctgtaaacatgtcatccgtcggtcttcttcccg 19605523  T
Q  279 tcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
T  19605524 taagcatttccaatataagcatcccaaagctatacatatcaccatgtgtggaaacttc 19605581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 143
Target Start/End: Original strand, 9827373 - 9827481
Alignment:
Q  35 atgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgat 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||   |||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||  || ||||||||||||||||  ||    
T  9827373 atgttcattctttcttttggtgattctcttgaacaggcaagtccaatccttaaaactgaaactaagcaattctttacagctggaataagattctcactat 9827472  T
Q  135 ttccatctt 143  Q
    |||||||||    
T  9827473 ttccatctt 9827481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 332
Target Start/End: Original strand, 10659636 - 10659796
Alignment:
Q  172 aagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtctt 271  Q
    ||||||||||||||||||||    || ||||   |||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||    | ||| || ||||||    
T  10659636 aagatgtgggtccaaaatctgtaaaatattatttggaaatgaaatttcaacaaatatatgcagattttgaccctcttcaaacatttcatccgttggtctt 10659735  T
Q  272 ctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggata 332  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||| |  || ||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  10659736 cttccggtaagcatttccaacagaagcaccccgaagctatacatgtcaccatgtgtggata 10659796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 7193796 - 7193733
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcact 104  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7193796 attctttcttttggtgattccactgaacaagcaagtccaatcctaaaaagtgaaactacgcact 7193733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10559554 - 10559393
Alignment:
Q  175 atgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttcta 274  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||  |||||||||  || ||||| |   |||||||||||||||||||  |||    | |||||| ||||||||     
T  10559554 atgtgggtccaaaatctgcataacattattaggaaatgaattttcaacatacaaatgcagattttgaccatctaaaaacatttcatcagttggtcttctt 10559455  T
Q  275 ccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    || || | ||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| |||||    
T  10559454 cctgtaatcatttccaatataagcatcccaaagctatacatgtcaccatgtgtggaaacttc 10559393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Original strand, 10659505 - 10659568
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcact 104  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10659505 attctttcttttggtgatttcactgaacatgcaagtccaatccgaaaaagtgaaactaagcact 10659568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 179
Target Start/End: Original strand, 10760796 - 10760896
Alignment:
Q  79 aatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgt 178  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |  | |||||||||||||| |||  ||||||||||  ||||| |||| | ||||  |||||| |||||||    
T  10760796 aatcctaaacagtgaaactaagcacttctctacacttggaataagattcccattgtttccatcttgtatttctacttttacatctcttgatacaagatgt 10760895  T
Q  179 g 179  Q
    |    
T  10760896 g 10760896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 7193571 - 7193501
Alignment:
Q  266 ggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7193571 ggtctccttccggtaagaatttccaacaaaagcatcccgaagctatacatatcaccatatgtagatacttc 7193501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 102
Target Start/End: Original strand, 10716408 - 10716469
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagca 102  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10716408 attctttctatcggtgattccattgtacaaacaagtccaatcctgaaaagagaaactaagca 10716469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 41 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 12958847 - 12958549
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12958847 attctttcttttggtgattccaatgaacataaaagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctctacagttggaataagaatctcatgatttccat 12958748  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||   || |  | ||| || |  ||| |||||||||||| ||||| |||||  | |||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  12958747 cttctcttgctccatcttcagctcttggtaaaagatgtggatccaacatctttattagattatcaggaaatgaatttgtaacaaagttatgcagattttg 12958648  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttctga 339  Q
    |||||||||||||   | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12958647 accatcttcaaaaagttcatcagtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagctatacatgtcaccacatgtggatacttctga 12958549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 41 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 12907959 - 12907661
Alignment:
Q  41 attctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttgaagttggaataagattctcatgatttccat 140  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  12907959 attctttcttttgttgattccaatgaacataaaagtccaatcctaaaaagtgaagttaagcactcctctacatttggaataagaatctcatgaattccat 12907860  T
Q  141 ctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttg 240  Q
    |||  ||| |  ||||| || |  ||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12907859 cttctattcctccttcttcagctcttggtaaaagatgtggatccaaaatctttataagattatcaggaaatgaaattgtaacaaagttatgcagattttg 12907760  T
Q  241 accatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttctga 339  Q
    |||||||||||||   | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12907759 accatcttcaaaaagttcatcagtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagctatacatgtcaccacaagtggatacttctga 12907661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 12900371 - 12900041
Alignment:
Q  12 taagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttga 111  Q
    |||||||||||   ||| || |||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |      
T  12900371 taagctctctagtgacatccacaatattcattctttcttttggtgattccaaagaacataaaagtgcaatcctaagaagtgaaactaagcactcttctat 12900272  T
Q  112 agttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaact---tctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccagga 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| |  ||   ||| || |  ||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||    
T  12900271 agttggaatatgaatctcatgatttccatcttctattgctcctaattcttcagctcttggtaaaagatgtggatccaaaatctttataagattatcagga 12900172  T
Q  209 aatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagc 308  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  12900171 aatgaaattgtaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaaagttcatcagtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagc 12900072  T
Q  309 tatacatatcaccacatgtggatacttctga 339  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  12900071 tatacatgtcaccacaagtggatacttctga 12900041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 12 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 12933077 - 12932750
Alignment:
Q  12 taagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttga 111  Q
    |||||||||||   ||| || |||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||| | |||| ||||||||| ||||||||| ||||| || | |      
T  12933077 taagctctctagtgacatccacaatattcattctttcttttggtgattccaaagaacataaaagtgcaatcctaagaagtgaaacaaagcaatcttctat 12932978  T
Q  112 agttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaat 211  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| |  ||||| || |  ||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  12932977 agttggaatatgaatctcatgatttccatcttctattgctccttcttcagctcttggtaaaagatgtggatccaaaatctttataagattatcaggaaat 12932878  T
Q  212 gatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctat 311  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12932877 gaaattgtaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaaagttcatcggtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagctat 12932778  T
Q  312 acatatcaccacatgtggatacttctga 339  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  12932777 acatgtcaccacatgtggaaacttctga 12932750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 12949417 - 12949107
Alignment:
Q  12 taagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtg-aaactaagcactcctttg 110  Q
    |||||||||||   ||| || |||| || |||||||| |||| ||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| | ||||| ||||||| | |     
T  12949417 taagctctctagtgacatccacaatattcattctttcatttgatgattccaatgaacaaaaaagtccaatcctaaaaaggggaaactgagcactcttcta 12949318  T
Q  111 aagttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaa 210  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||               || |  ||| |||||||||||| |||||||||||    | ||||   |||||    
T  12949317 tagttggaataagaatctcatgatttccatctt---------------cagctcttggtaaaagatgtggatccaaaatctttacgaaattattgggaaa 12949233  T
Q  211 tgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagcta 310  Q
    ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12949232 tgaaattttaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaaagttcatcagtgggtcttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagcta 12949133  T
Q  311 tacatatcaccacatgtggatacttc 336  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||    
T  12949132 tacatgtcaccacaagtggatacttc 12949107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 339
Target Start/End: Original strand, 17922808 - 17923135
Alignment:
Q  12 taagctctctacatacaacctcaatgttgattctttcttttggtgactccattgaacacataagtccaatcctaaaaagtgaaactaagcactcctttga 111  Q
    |||||||||||   ||| || |||| || ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |      
T  17922808 taagctctctagtgacatccacaatattcattctttcttttggtgattccaatgaacaaaaaagtccaatcctaaaaagggaaactaagcactcctctac 17922907  T
Q  112 agttggaataagattctcatgatttccatctttcatttcaacttctgcatccattgataaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaat 211  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||    | |  | ||| || |  ||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||| | |||||||    
T  17922908 agttggaagaagaatctcatgatttccatcttctcgtgctccatcttcagctcttggtaaaagatgtggatccaaaatctttataagattgcaaggaaat 17923007  T
Q  212 gatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggtcttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctat 311  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||   | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17923008 gaaattgtaacaaagttatgtagattttgaccgtctttaaaaagttcatcggtgggtcttcttccggtaagcatttccagcataaggattccaaagctat 17923107  T
Q  312 acatatcaccacatgtggatacttctga 339  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||    
T  17923108 acatgtcaccataagtggatacttctga 17923135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 169 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 7934 - 7766
Alignment:
Q  169 taaaagatgtgggtccaaaatcttcttaagattaccaggaaatgatattgcaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaagcgtgatcagtgggt 268  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||    
T  7934 taaaagatgtggatccaaaatctttataagattatcaggaaatgaaattgtaacaaagttatgcagattttgaccatcttcaaaaagttcatcagtgggt 7835  T
Q  269 cttctaccggtcagcatttccaacataaggattccaaagctatacatatcaccacatgtggatacttct 337  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7834 cttctaccagtaagcatttccagcataaggattccaaagctatacatgtcaccacatgtggatacttct 7766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University