View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20013_low_1 (Length: 864)

Name: NF20013_low_1
Description: NF20013
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20013_low_1
NF20013_low_1
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-864)||(47528223-47529086)
chr3 (374-826)||(47523248-47523700)
chr3 (60-406)||(47522772-47523118)
chr3 (1-96)||(47549907-47550002)
chr3 (422-661)||(47550362-47550601)
chr3 (1-81)||(47522599-47522679)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (58-862)||(44870714-44871509)
chr7 (1-65)||(44871616-44871680)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (374-828)||(9819883-9820319)
chr5 (374-828)||(9853661-9854097)
chr5 (111-366)||(9820393-9820648)
chr5 (111-366)||(9853332-9853587)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (420-649)||(21061975-21062204)
chr6 (420-649)||(21081368-21081597)
chr6 (418-657)||(21080674-21080911)
chr6 (418-649)||(21061289-21061518)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 864
Target Start/End: Original strand, 47528223 - 47529086
Alignment:
Q  1 ggaaaatgagaagcatgtgattcaatctaaaccagaagttactaattcggtgggtagtggtaaaagagggaaggtattaaagagagaaggtataagggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528223 ggaaaatgagaagcatgtgattcaatctaaaccagaagttactaattcggtgggtagtggtaaaagagggaaggtattaaagagagaaggtataagggaa 47528322  T
Q  101 aggtattcacttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaatgtgctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528323 aggtattcacttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaatgtgctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagta 47528422  T
Q  201 tatattgtgatggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggatttaaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528423 tatattgtgatggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggatttaaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactgg 47528522  T
Q  301 tatcttcttggaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttcacgtgatcaaaacgataatcattgtattgccgaagcaaactat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528523 tatcttcttggaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttcacgtgatcaaaatgataatcattgtattgccgaagcaaactat 47528622  T
Q  401 gaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47528623 gaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttctgcattccacctcagttgtttagatc 47528722  T
Q  501 ttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528723 ttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaatgtaaacaagaatgtacagataccaatgataa 47528822  T
Q  601 caatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaacaggatatgaatctagtcacatggagagtaatgttaaaaag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47528823 caatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaacaggatatgaatctagtcacatggagagtaatgttaaaaag 47528922  T
Q  701 aagaattggttttgcaatatagtttgcgcgaacaggttcatatgtctaaagaagctattgtggaaaccaattaaggttgcagataatctaacttggacac 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47528923 aagaattggttttgcaatatagtttgcgtgaacaggttcatatgtctaaagaagctattgtggaaaccaattaaggttgcagacaatctaacttggacac 47529022  T
Q  801 tgttgaagaatgtgaatagtgatgatgatggcagagatttttcttctgatgagtttagtcaaaa 864  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529023 tgttgaagaatgtgaatagtgatgatgatggcagagatttttcttctgatgagtttagtcaaaa 47529086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 374 - 826
Target Start/End: Original strand, 47523248 - 47523700
Alignment:
Q  374 aatcattgtattgccgaagcaaactatgaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtcctt 473  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  47523248 aatcactgtgttgccaaagcaaattatgaagcaaataacgatactgtttgttctatttgtgatttgggaggtgacatagtactgtgtgatcaatgtcctt 47523347  T
Q  474 cagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaa 573  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| | ||    
T  47523348 ctgcattccacctcagttgtttaggtctcgatcgagttccggatggcgattggttctgtccaacatgttgttgcaaaatatgctatcgacccaaatgcaa 47523447  T
Q  574 acaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaacaggatatgaatct 673  Q
     ||||||||| |||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||||||   ||||  || |||     
T  47523448 gcaagaatgtgcagatggcaatgacagcaatattcttgtttgtgttcaatgtgcacaaaagtttcattttgggtgtgtaaaggctttaggacttggatca 47523547  T
Q  674 agtcacatggagagtaatgttaaaaagaagaattggttttgcaatatagtttgcgcgaacaggttcatatgtctaaagaagctattgtggaaaccaatta 773  Q
    |||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||| |  |||| |||| |||||||||||||| | |   |||||||||| |    
T  47523548 agtcacattgagagcaatggtgaaaagaagaattggttttgcagtgtagtttgtggtaacatgttcttatgtctaaagaagttgtcagggaaaccaataa 47523647  T
Q  774 aggttgcagataatctaacttggacactgttgaagaatgtgaatagtgatgat 826  Q
      ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||    
T  47523648 cagttgcagctaatctaacttggacattattgaagaatgtgagtaatgatgat 47523700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 60 - 406
Target Start/End: Original strand, 47522772 - 47523118
Alignment:
Q  60 gtaaaagagggaaggtattaaagagagaaggtataagggaaaggtattcacttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaatgt 159  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47522772 gtaagagagggaaggtatcaaagacggaaggtaaaagagaaaggtattcactagtttcttggttgataaagaatcaagttttggtttcagggactaatgt 47522871  T
Q  160 gctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagtatatattgtgatggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggattt 259  Q
      ||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||| || ||| || |||||| || |||||||||||||||  ||||||||||| | || ||||||||    
T  47522872 attctgtcgtggtagaaacaatgttgtcaaaagagggggtttattttctgatggcatagtttgtgattgttgtcgtgttaatttcaatgtcactggattt 47522971  T
Q  260 aaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactggtatcttcttggaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttcac 359  Q
     ||| |||||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  47522972 gaggctcatgctggttgtacaagacatagaccaaccactagtatcttgttgggagatggaaggtcgttgttggactgtcaaagggaagctcttagttcac 47523071  T
Q  360 gtgatcaaaacgataatcattgtattgccgaagcaaactatgaagca 406  Q
    ||||| ||||    |||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  47523072 gtgatgaaaagcggaatcattgtattgctgaagcaaattctgaagca 47523118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 47549907 - 47550002
Alignment:
Q  1 ggaaaatgagaagcatgtgattcaatctaaaccagaagttactaattcggtgggtagtggtaaaagagggaaggtattaaagagagaaggtataag 96  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  47549907 ggaaaatgagaaacatgtgagtcaatctgaatcagaagtttctaattcagtggatagtggtaaaagagggaaagtactaaagagggaaggtataag 47550002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 422 - 661
Target Start/End: Original strand, 47550362 - 47550601
Alignment:
Q  422 tgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcag-ttgtttagatcttgatcgagttccggatggt 520  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||  | |||||| || | |||||||| ||   |||||| ||||||||||    
T  47550362 tgttctgtttgtggttttggaggtgacttaatattatgtgatggatgtccttcttcgttccac-tctgattgtttaggtcccaatcgagatccggatggt 47550460  T
Q  521 gattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgttc 620  Q
       ||||| ||||| | ||| ||||| | ||||||||||| ||| ||| | |||||||||| | || ||   | |||| |  ||||||||| ||||||||    
T  47550461 atgtggttatgtccgagttgctgttgtagaatatgttgtcaacccaaatgcaaacaagaatttgcaaatgatattgatgatgatattcttgcttgtgttc 47550560  T
Q  621 aatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaaca 661  Q
    ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47550561 aatgtgaacgaaaatttcactttgggtgtgcaaaggcaaca 47550601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 81
Target Start/End: Original strand, 47522599 - 47522679
Alignment:
Q  1 ggaaaatgagaagcatgtgattcaatctaaaccagaagttactaattcggtgggtagtggtaaaagagggaaggtattaaa 81  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| | || ||||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  47522599 ggaaaatgagaagcatgtgagtaaatttgaatcagaacttaatgattcggtaggtagtgataaaagaggaaaggttttaaa 47522679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 44871509 - 44870714
Alignment:
Q  58 tggtaaaagagggaaggtattaaagagagaaggtataagggaaaggtattcacttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaat 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  44871509 tggtaaaagagggaaggtattaaagaggggaggtataagggaaagttattccattgtttcttggttgatagagaataaagttttggtttcaggaactcat 44871410  T
Q  158 gtgctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagtatatattgtgatggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggat 257  Q
    ||| |||||||||||||| | ||| |||| | ||| |||||||||| || ||||||||| |||||| | ||||||  ||||||||||||  ||  |||||    
T  44871409 gtgttctgtcgtggtagtgaaaatattgtcaaaagagggagtatattttctgatggtatagtttgtaactgttgtcgtgttaatttcaccgtcagtggat 44871310  T
Q  258 ttaaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactggtatcttcttggaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttc 357  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||  | | |||||| | ||||||| |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||             
T  44871309 ttgaggctcatgctggttgtacaagacacagaccatccattagtatcttgttggaagacggaaggtcattgtttaaatgtcaaagggaagcg-------- 44871218  T
Q  358 acgtgatcaaaacgataatcattgtattgccgaagcaaactatgaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtacta 457  Q
     ||||||||||| |  | |||||||||||  |||||||| | |||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  44871217 -cgtgatcaaaaggggagtcattgtattggggaagcaaattctgaagcaaataacgacaatgtttgttctatttgtggctttggaggtgacttagtacta 44871119  T
Q  458 tgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgtt 557  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44871118 tgtgatcgatgtccttctgcattccaccttggttgtttaggtcttgatcgagttccagatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgct 44871019  T
Q  558 gtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggc 657  Q
     |||||| ||| | |||||||||||| |||||  |||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  44871018 atcgacccaaatgcaaacaagaatgtgcagatggcaatgaaaacaattttcttgtatgtgtacaatgtgagcaaaaatttcactttgggtgtgtaaagac 44870919  T
Q  658 aacaggatatgaatctagtcacatggagagtaatgttaaaaagaagaattggttttgcaatatagtttgcgcgaacaggttcatatgtctaaagaagcta 757  Q
     ||| ||| || |||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44870918 tacaagatttggatctagtcacacagagagcaatattaaaaagaagaattggttttgcagtgtagtttgtgggaacatgttcttatgtctaaagaagcta 44870819  T
Q  758 ttgtggaaaccaattaaggttgcagataatctaacttggacactgttgaagaatgtgaatagtgatgatgatggcagagatttttcttctgatgagttta 857  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  44870818 ttggggaaaccaattaaggttgcagataatataaattggacattgttgaagaatgtgagtagtgacgatgatggtggagattttacttctaatgagttta 44870719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 44871680 - 44871616
Alignment:
Q  1 ggaaaatgagaagcatgtgattcaatctaaaccagaagttactaattcggtgggtagtggtaaaa 65  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44871680 ggaaaatgagaatcatgtgagtcaatctgaaccagaagttacaaattcggtgggtagtggtaaaa 44871616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 374 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 9820319 - 9819883
Alignment:
Q  374 aatcattgtattgccgaagcaaactatgaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtcctt 473  Q
    ||||||||| ||| | ||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  9820319 aatcattgtgttgtcaaagaaaaatctgaagcaaataatgataatgtttgttctatttgtggttttggaggtgacttagcactatgtgatcgatgccctt 9820220  T
Q  474 cagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaa 573  Q
    | |||||||||||  ||||||||| |||  ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| | ||    
T  9820219 ctgcattccacctaggttgtttaggtctcaatcgagttccaattggtgaatggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgctatcgacccaaatgcaa 9820120  T
Q  574 acaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaacaggatatgaatct 673  Q
    ||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||   ||||  ||||| |    
T  9820119 acaagaatgtaaagatcacaaggataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcaaaaatatcactttggatgtgtaaaggctgtaggaattgaattt 9820020  T
Q  674 agtcacatggagagtaatgttaaaaagaagaattggttttgcaatatagtttgcgcgaacaggttcatatgtctaaagaagctattgtggaaaccaatta 773  Q
    | ||||||||                  ||||||||||||||| | | ||||| | ||||| |||| |||||||||||||| | ||  | ||||||||||    
T  9820019 aatcacatgg------------------agaattggttttgcagtgtggtttgtgggaacatgttcttatgtctaaagaagttgttaggaaaaccaatta 9819938  T
Q  774 aggttgcagataatctaacttggacactgttgaagaatgtgaatagtgatgatga 828  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||| ||||| ||||||    
T  9819937 aggttgcagataatttaacatggacattggtgaagaatgtgagtagtgttgatga 9819883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 374 - 828
Target Start/End: Original strand, 9853661 - 9854097
Alignment:
Q  374 aatcattgtattgccgaagcaaactatgaagcaaataatgatactgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtcctt 473  Q
    ||||||||| ||| | ||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  9853661 aatcattgtgttgtcaaagaaaattctgaagcaaagaatgataatgtttgttctatttgtggttttggaggtgacttagcactatgtgatcgatgccctt 9853760  T
Q  474 cagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaa 573  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| | ||    
T  9853761 ctgcattccacctcggttgtttaggtctcaatcgagttccaattggtgaatggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgctatcgacccaaatgcaa 9853860  T
Q  574 acaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggcaacaggatatgaatct 673  Q
    ||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||   ||||  ||||| |    
T  9853861 acaagaatgtaaagatcacaaggataacaatattcttgtttgtgttcaatgtgagcaaaaatatcactttggatgcgtaaaggctgtaggaattgaattt 9853960  T
Q  674 agtcacatggagagtaatgttaaaaagaagaattggttttgcaatatagtttgcgcgaacaggttcatatgtctaaagaagctattgtggaaaccaatta 773  Q
    | ||||||||                  ||||||||||||||| | | ||||| | ||||| |||| |||||||||||||| | ||  | ||||||||||    
T  9853961 aatcacatgg------------------agaattggttttgcagtgtggtttgtgggaacatgttcttatgtctaaagaagttgttaggaaaaccaatta 9854042  T
Q  774 aggttgcagataatctaacttggacactgttgaagaatgtgaatagtgatgatga 828  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||| ||||| ||||||    
T  9854043 aggttgcagataatttaacatggacattggtgaagaatgtgagtagtgttgatga 9854097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 9820648 - 9820393
Alignment:
Q  111 ttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaatgtgctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagtatatattgtga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||| | ||| || ||| | | || |||    
T  9820648 ttgtttcttggttgataaagaatcaagttttggtttcagggactaatgtgttctgtcagggcagtaacaaagttgtcaaaagaggaagtttgttttctga 9820549  T
Q  211 tggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggatttaaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactggtatcttcttg 310  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||||||  || ||| || | || ||  ||  |||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||| |||    
T  9820548 tgctatagtttgtgattgttgtcatgttacctttactatcaccgggttcgagtctcatgctggttgtacaagacatagaccatccactagtatcttgttg 9820449  T
Q  311 gaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttcacgtgatca 366  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  9820448 gaagatggaagatcgttgttggattgtcaaagggaagctctgagttcgagtgatca 9820393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 366
Target Start/End: Original strand, 9853332 - 9853587
Alignment:
Q  111 ttgtttcttggttgataaagaataaagttttggtttcagggactaatgtgctctgtcgtggtagtaacaatgttgttacaagcgggagtatatattgtga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||| | ||| || ||| | | || |||    
T  9853332 ttgtttcttggttgataaagaatcaagttttggtttcagggactaatgtgttctgtcagggcagtaacaaagttgtcaaaagaggaagtttgttttctga 9853431  T
Q  211 tggtattgtttgtgattgttgtaatgttaatttcactctcgctggatttaaggatcatgctggttgtacaagacctacatcatccactggtatcttcttg 310  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||||||  || ||| || | || ||  ||  |||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||| |||    
T  9853432 tgctatagtttgtgattgttgtcatgttacctttactatcaccgggttcgagtctcatgctggttgtacaagacatagaccatccactagtatcttgttg 9853531  T
Q  311 gaagatggaaggtcgttgttggaatgtcaaagggaagctatgagttcacgtgatca 366  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  9853532 gaagatggaagatcgttgttggattgtcaaagggaagctctgagttcgagtgatca 9853587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 420 - 649
Target Start/End: Original strand, 21061975 - 21062204
Alignment:
Q  420 tttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatgg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||| ||| ||| |||||  |||| |    
T  21061975 tttgttctatttgtggttttgggggtgacacaatattatgtgatcgatgtccttctgcattccaccgctgttctttaggtctcgatggagttttggatag 21062074  T
Q  520 tgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgtt 619  Q
    ||||| |||  ||||||||||| | ||||||||||||| || ||| ||  | |||||||| ||| || ||   |||||||||||||||||||  ||||||    
T  21062075 tgattagtttcgtccaacttgtggctgcaaaatatgttatcaaccaaagtgcaaacaagagtgtgcaaatggtaatgataacaatattcttgcgtgtgtt 21062174  T
Q  620 caatgtgagcagaaatttcactttgggtgt 649  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  21062175 caatgtgagcaaaaatttcaatttgggtgt 21062204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 420 - 649
Target Start/End: Original strand, 21081368 - 21081597
Alignment:
Q  420 tttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggatgg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||| ||| ||| |||||  |||| |    
T  21081368 tttgttctatttgtggttttgggggtgacacaatattatgtgatcgatgtccttctgcattccaccgctgttctttaggtctcgatggagttttggatag 21081467  T
Q  520 tgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtgtt 619  Q
    ||||| |||  ||||||||||| | ||||||||||||| || ||| ||  | |||||||| ||| || ||   |||||||||||||||||||  ||||||    
T  21081468 tgattagtttcgtccaacttgtggctgcaaaatatgttatcaaccaaagtgcaaacaagagtgtgcaaatggtaatgataacaatattcttgcgtgtgtt 21081567  T
Q  620 caatgtgagcagaaatttcactttgggtgt 649  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  21081568 caatgtgagcaaaaatttcaatttgggtgt 21081597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 418 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 21080911 - 21080674
Alignment:
Q  418 tgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggat 517  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||| |||  ||||  |||   ||||||||| |||  ||||||||| ||||    
T  21080911 tgtttgtcctatttttggttttggttgtgacatagtactttgtgattggtgtctttcttcattaaaccatggttgtttaggtctcaatcgagttctggat 21080812  T
Q  518 ggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtg 617  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||||||||| | |||||||||| | |||| ||||||| || ||   ||| | ||||| ||| |||||||||    
T  21080811 ggtgattggttctttcgaatttgttgttgcaaaatatgctatcgacctaaatgaaaaccagaatgtgcatatggaaatcaaaacaacatt-ttgtttgtg 21080713  T
Q  618 ttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgtgtaaaggc 657  Q
     |||||||| | | || |||||||||||||||||||||||    
T  21080712 atcaatgtgtg-aaaattttcactttgggtgtgtaaaggc 21080674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 418 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 21061518 - 21061289
Alignment:
Q  418 tgtttgttctatttgtggttttggacgtgacatagtactatgtgatcgatgtccttcagcattccacctcagttgtttagatcttgatcgagttccggat 517  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||| |||  ||||  |||   ||||||||| |||  ||||||||| ||||    
T  21061518 tgtttgtcctatttttggttttggttgtgacatagtactttgtgattggtgtctttcttcattaaaccatggttgtttaggtctcaatcgagttctggat 21061419  T
Q  518 ggtgattggttctgtccaacttgttgttgcaaaatatgttgtcgacctaaacgtaaacaagaatgtacagataccaatgataacaatattcttgtttgtg 617  Q
    || |||||||||| || || |||||||||||||||||| | |||||||||| | |||| ||||||| || ||   ||| | ||||| ||| |||||||||    
T  21061418 ggggattggttctttcgaatttgttgttgcaaaatatgctatcgacctaaatgaaaaccagaatgtgcatatggaaatcaaaacaacatt-ttgtttgtg 21061320  T
Q  618 ttcaatgtgagcagaaatttcactttgggtgt 649  Q
     |||||||| | | || |||||||||||||||    
T  21061319 atcaatgtgtg-aaaattttcactttgggtgt 21061289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University