View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20015_low_3 (Length: 466)

Name: NF20015_low_3
Description: NF20015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20015_low_3
NF20015_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-451)||(31699605-31700055)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (34-338)||(10073858-10074162)
chr3 (118-338)||(10135909-10136129)
chr3 (118-278)||(10356533-10356693)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 451
Target Start/End: Original strand, 31699605 - 31700055
Alignment:
Q  1 aatatcctcccaacaagatccaatctgcaaagaaaaggtattgctcttgacacctcttgcccctcttgtcactctgaaaccgaaactgcggaacatttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699605 aatatcctcccaacaagatccaatctgcaaagaaaaggtattgctcttgacacctcttgcccctcttgtcactctgaaaccgaaactgcggaacatttgt 31699704  T
Q  101 tcatgaattgcaatatatccaaactggcattgtttgcttcgcctttgggctcccatactccttttaatgttgctctgaattgctggttgttagaatggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699705 tcatgaattgcaatatatccaaactggcattgtttgcttcgcctttgggctcccatactccttttaatgttgctctgaattgctggttgttagaatggtt 31699804  T
Q  201 gtcttgcgctgataaggaaggttcacaactgttctgcactatcctttggaagatttggttcgcaagaaaccaagctgtcttcaacgggtccgttattgac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699805 gtcttgcgctgataaggaaggttcacaactgttctgcactatcctttggaagatttggtccgcaagaaaccaagctgtcttcaacgggtccgttattgac 31699904  T
Q  301 cctgtcaacttagctcaaacagctgttcagtttcttcaagaatttaatgaagccaatgccaaagctagaccgcaacaacctagcagaagacagactgcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699905 cctgtcaacttagctcaaacagctgttcagtttcttcaagaatttaatgaagccaatgccaaagctagaccgcaacaacctagcagaagacagactgcag 31700004  T
Q  401 aagggccaacgccggatggctgccaccacatgtttgtggatgcaggatgtt 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31700005 aagggccaacgccggatggctgccaccacatgtttgtggatgcaggatgtt 31700055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10074162 - 10073858
Alignment:
Q  34 aaaggtattgctcttgacacctcttgcccctcttgtcactctgaaaccgaaactgcggaacatttgttcatgaattgcaatatatccaaactggcattgt 133  Q
    |||||||||| ||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||| | || |||| ||||||||| |||||||| || ||| | |||||||| ||| |||    
T  10074162 aaaggtattgttctagacacctcctgccctttatgtcattctgaagcagagactgtggaacatttattcatgaactgtaatttgtccaaactagcactgt 10074063  T
Q  134 ttgcttcgcctttgggctcccatactccttttaatgttgctctgaattgctggttgttagaatggttgtcttgcgctgataaggaaggttcacaactgtt 233  Q
    |||| ||||||||| | |||||| |||| |||||| | |  ||| || |||  |||||||| ||| | ||||| |||| |||||| |  || || |||||    
T  10074062 ttgcatcgcctttgcgttcccatgctccctttaatatggacctgcatagctatttgttagattggctatcttgtgctgttaaggatgactcgcagctgtt 10073963  T
Q  234 ctgcactatcctttggaagatttggttcgcaagaaaccaagctgtcttcaacgggtccgttattgaccctgtcaacttagctcaaacagctgttcagttt 333  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||| |||||||| || || ||| ||  ||  |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||    
T  10073962 ctgcactatcctctggaagctttggtacgctagaaatcaagctgtttttaatggggccactacagaccctgttaatttagctcacacagctattcagttt 10073863  T
Q  334 cttca 338  Q
     ||||    
T  10073862 attca 10073858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10136129 - 10135909
Alignment:
Q  118 tccaaactggcattgtttgcttcgcctttgggctcccatactccttttaatgttgctctgaattgctggttgttagaatggttgtcttgcgctgataagg 217  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||| | |||| |||| |||||| | |  ||| || ||| ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  10136129 tccaaactagctatgtttgcatcgcctttgggttgccatgctccctttaatatggacctgcatagctagttgttagattggctatcttgtgctgataagg 10136030  T
Q  218 aaggttcacaactgttctgcactatcctttggaagatttggttcgcaagaaaccaagctgtcttcaacgggtccgttattgaccctgtcaacttagctca 317  Q
    | || || || ||||||||||||||||| | |||| |||||| ||| ||||| |||||||| || || ||| ||| ||  ||||| || || || |||||    
T  10136029 atggctcgcagctgttctgcactatcctctagaagctttggtacgctagaaatcaagctgtttttaatggggccgatacagaccccgttaattttgctca 10135930  T
Q  318 aacagctgttcagtttcttca 338  Q
     ||| ||||||||||| ||||    
T  10135929 cacaactgttcagtttattca 10135909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 278
Target Start/End: Original strand, 10356533 - 10356693
Alignment:
Q  118 tccaaactggcattgtttgcttcgcctttgggctcccatactccttttaatgttgctctgaattgctggttgttagaatggttgtcttgcgctgataagg 217  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||| | |  ||| || ||| ||||||||| ||| | ||||| |||| |||||    
T  10356533 tccaaactagctatgtttgcatcgcctttgggttcccatgctccctttaatatggacctgcatagctagttgttagattggctatcttgtgctgttaagg 10356632  T
Q  218 aaggttcacaactgttctgcactatcctttggaagatttggttcgcaagaaaccaagctgt 278  Q
    | |  || || ||||||||||||||||| |||| | ||||||  || ||||| ||||||||    
T  10356633 atgactcgcagctgttctgcactatcctctggatgctttggtatgctagaaatcaagctgt 10356693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University