View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20021_low_2 (Length: 723)
Name: NF20021_low_2
Description: NF20021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20021_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 1530396 - 1529723
Alignment:
| Q |
32 |
attattctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaa |
131 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
1530396 |
attattctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaa |
1530297 |
T |
|
| Q |
132 |
caatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaataac |
231 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1530296 |
caatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaataac |
1530197 |
T |
|
| Q |
232 |
taacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaatagaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaattnnnnn |
331 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1530196 |
taacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaatagaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaattaaaaa |
1530097 |
T |
|
| Q |
332 |
nncaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactactatccagatttcaacaaacccaacnnnnnnnnctcaatttttagcac |
431 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
1530096 |
aacaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactactattcagatttcaacaaacccaacaaaaaaaactcaatttttagcac |
1529997 |
T |
|
| Q |
432 |
atagatcaaaaggggttttcaaataatcattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaagagatacaatgcacaaatcaaccttgagatgaacataagt |
531 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1529996 |
atagatcaaaaggggttttcaaataatcattaaaaaaaaaactgattaaaaaaagaagaagagatacaatgcacaaatcgaccttgagatgaacataagt |
1529897 |
T |
|
| Q |
532 |
atcaatattagaagatttcatataaccaaataattagaaggttgcaattttaaaattaatttagggattcttgatgttgtaacagcaaagtaatgaaaga |
631 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1529896 |
atcaatattagaagatttcatataaccaaataattagaaggttgcaattttaaaattaatttagggattcttgatgttgtaacagcaaagtaatgaaaga |
1529797 |
T |
|
| Q |
632 |
atagactcacctttgaagcaaagagcaaggacgacggagaaacgattgtcggcgcaacacatgttgtctcagac |
705 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1529796 |
atagactcacctttgaagcaaagagcaaggacgacggagaaacgattgtcggcgcaacacatgttgtctcagac |
1529723 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 461
Target Start/End: Original strand, 22476322 - 22476749
Alignment:
| Q |
36 |
ttctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaat |
135 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476322 |
ttctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaat |
22476421 |
T |
|
| Q |
136 |
ctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattcc-aaaaaacacaaattatatacagctaaaaataactaa |
234 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
22476422 |
ctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaaacaaaaattatatacaactaaaaataactaa |
22476521 |
T |
|
| Q |
235 |
catctcaataatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaattnnnnnnn |
333 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476522 |
catctcaataaccaatcaccatttcaccactcaataagaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattaaaaaaa |
22476621 |
T |
|
| Q |
334 |
caacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactactatccagatttcaacaaacccaacnnnnnnnnctcaatttttagcacat |
433 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
22476622 |
caacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactacaatccagatttcaacaaaccaaacaaaaaaaacttaatttttagcacat |
22476721 |
T |
|
| Q |
434 |
agatcaaaaggggttttcaaataatcat |
461 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476722 |
agatcaaaaggggttttcaaataatcat |
22476749 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 32 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 26842174 - 26841739
Alignment:
| Q |
32 |
attattctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaa---tagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatc |
128 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26842174 |
attattctgcaaaaattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcacaattaatc |
26842075 |
T |
|
| Q |
129 |
aaacaatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaat |
228 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26842074 |
aaacaatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaatttccaaaaaacacagattatatacaactaaaaat |
26841975 |
T |
|
| Q |
229 |
aactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaattn |
327 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841974 |
aactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaataagaatctagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaatta |
26841875 |
T |
|
| Q |
328 |
nnnnnncaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactactatccagatttcaacaaacccaac--nnnnnnnnctcaatttt |
425 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |
|
|
| T |
26841874 |
aaaaaacaacaatcatcaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattcaaactacaatccagatttcaacaaaacgaacaaaagaaatactcaatttt |
26841775 |
T |
|
| Q |
426 |
tagcacatagatcaaaaggggttttcaaataatcat |
461 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841774 |
tagcacatagatcaaaaggggttttcaaataatcat |
26841739 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 84 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 29099432 - 29099045
Alignment:
| Q |
84 |
tgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaat |
183 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29099432 |
tgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcctaattaatcaagcaatctcttccacagacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaat |
29099333 |
T |
|
| Q |
184 |
caaataccaaattccaaaaaacac-----aaattatatacagctaaaaataactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaata-gaatcca |
277 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29099332 |
caaataccaaattccaaaaaacacagattatattatatacagctaaaagtaactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaatatgaatcca |
29099233 |
T |
|
| Q |
278 |
gcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaat--------tnnnnnnncaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatattta |
369 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29099232 |
gcaaaccatcatcaagcataaccagaagcaagaatcactctgataaataaaaaaaaataaaaaaaaacaatcattaaacatatttaaatagcaatcttta |
29099133 |
T |
|
| Q |
370 |
tcaaattcaaactactatccagatttcaacaaacccaacnnnnnnnnctcaatttttagcacatagatcaaaaggggttttcaaataat |
458 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
29099132 |
tcaaattcaaactacaatgcagatttaaacaaaccc-attaaaaaaattcaatttttagcacatagatcaaaaggggtttccaaataat |
29099045 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 490 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 26841713 - 26841496
Alignment:
| Q |
490 |
aagagatacaatgcacaaatcaaccttgagatgaacataagtatcaatattagaagatttcatataaccaaataattagaaggttgcaattttaaaatta |
589 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841713 |
aagagatacaattcacaaatcgaccttgagatgaacataagtatcaatattagaagatttcatataacccaataattagaaggttgcaattttaaaatta |
26841614 |
T |
|
| Q |
590 |
atttagggattcttgatgttgtaacag------caaagtaatgaaagaatagactcacctttgaagcaaagagcaaggacgacggagaaacgattgtcgg |
683 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841613 |
atttagggattcttgatgttgtaacaggcacaacaaagtaacgaaagaatagactcgcctttgaagcaaagagcaaggacgacggagaaacgattgtcgg |
26841514 |
T |
|
| Q |
684 |
cgcaacacatgttgtctc |
701 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841513 |
cgcaacacatgttgtctc |
26841496 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 488 - 659
Target Start/End: Original strand, 22476778 - 22476949
Alignment:
| Q |
488 |
agaagagatacaatgcacaaatcaaccttgagatgaacataagtatcaatattagaagatttcatataaccaaataattagaaggttgcaattttaaaat |
587 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
22476778 |
agaagagatacaatgcacaaatcgaccttgagatgaacataagtatcaatattagaagatttcatataaccaaataattagaaggctgcaattttaaaat |
22476877 |
T |
|
| Q |
588 |
taatttagggattcttgatgttgtaacagcaaagtaatgaaagaatagactcacctttgaagcaaagagcaa |
659 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476878 |
taatttagggatttctcatgttgtaacaacaaagtaatgaaagaatagactcacctttgaagcaaagagcaa |
22476949 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 210 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 21923182 - 21923016
Alignment:
| Q |
210 |
attatatacagctaaaaataactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaa |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
21923182 |
attatatacagctaaaaataactaacatctcaataattaatcaccatttcaccactcaataagaatccaacaaattatcatcaagcataaccagaaccaa |
21923083 |
T |
|
| Q |
309 |
ggatcactctgataaattnnnnnnncaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaat |
375 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
21923082 |
ggatcactctgataaataaaaaaaacaacaatcattaaacatgtttaaatagcagtatttatcaaat |
21923016 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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