View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20029_low_1 (Length: 889)

Name: NF20029_low_1
Description: NF20029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20029_low_1
NF20029_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (64-873)||(37973852-37974648)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 664; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 664; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 37974648 - 37973852
Alignment:
Q  64 aaaaaatcacctttaggcagaagctacatatgccaacttgagacgcttaatcaaacagacacttcttaaaacgtgaatccaaacatacacccatgagcga 163  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |    
T  37974648 aaaaaatgacctttaggcagaagctacatatgccaacttgggacgcttaatcaaacagacactt---aaaacgtcaatccaaacattcacccataagcaa 37974552  T
Q  164 agtgggaatcaatatttaaaaaccataattggaacaacatgatgaatatagtactaaagtgaatctggatcacacgcagtaattgaagtcataaagatgt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37974551 agtgggaatcaatatttaaaaaccataattggaacaacatgatgaatatagtattaaagtgaatctggatcacacgcagtaattgaactcataaagatgt 37974452  T
Q  264 ataggaacctcttgtcttggtctttgttattgtcatagtgtcagaacttagaaactatgcttggttatgagtggtgagcgatggtccttaagtacacctg 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974451 ataggaacctcttgtcttggtctttgttattgtcatagtgtcagaacttagaaactatgcttggttatgagtggtgagcgatggtccttaagtacacctg 37974352  T
Q  364 tatggttctcacgaaaatgagatatacaaaattgttacacgtgtcttagtttggagaatcggtccccgcattgagggtcgagcccacagaacaatgcttt 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974351 tatggttctcacgaaaatgagatatacaaaattgttacacgtgtcttagtttggagaatcggtccccgcattgagggtcgagcccacagaacaatgcttt 37974252  T
Q  464 tgtagtttgttgtgttatgttatgttatgaatgaataccatatttattattatatactagcacgttatatgctgctgcatatatnnnnnnnnnnnngtaa 563  Q
    ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||            ||||    
T  37974251 tgtagtttgttgtgttatgt-----tatgaatgaataccata-ttattattatatactagcacgttata---tgctgcatatat--aaaaataaaagtaa 37974163  T
Q  564 gcat--tatatatatatttaggaataaattacaggttgagtatttgcatttgttggatacggtgaactttgttgggcacatgggtctccatgtgacccaa 661  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37974162 gcattatatatatatatttaggaataaattacaggttgagtatttgcatttgttggatacggtgaactttgttgggcacatgggtctccatgtgacccaa 37974063  T
Q  662 agatgccttgttattggggagcaaagaaataatgatgttctgtttgatgggtcacaactcaatactactcactataggtttagctactcattgatcagag 761  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37974062 agatgccttgttattggggagcaaagaaataatgatgttctgtttgatgggtcacaactcaatactactcactatagg-ttagctactcattgatcagag 37973964  T
Q  762 cagttatgcttgttcatgatctgaaatcgagagtggaaatattggaagagttagaggagtgatggagaatgtgccacagggtaatgtactaacaatgtct 861  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37973963 cagttatgcttgttcatgatctgaaatcgagagtggaaatattggaagagttagaggagtgatggagaatgtgccacagggtaatgtactaacaatgtct 37973864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University